• 专利附录
  • 专利说明
  • 权利要求
  • 类似技术
  • 同族专利
  • 引用文献
  • 法律状态
  • 优先权
    • 专利摘要:
    L'invention porte sur un procédé de détection, par spectrométrie de masse, d'au moins un marqueur d'au moins un mécanisme de résistance à au moins un antimicrobien, résistance d'au moins un microorganisme compris dans un échantillon, caractérisé en ce que l'antimicrobien est une céphalosporine, et lesdits marqueurs de résistance sont des protéines ou des peptides. De façon préférentielle, lesdits protéines ou peptides sont des protéines dudit microorganisme.
    公开号:EP3156496A1
    申请号:EP16188578.5
    申请日:2012-04-20
    公开日:2017-04-19
    发明作者:Yannick Charretier；Jean-Philippe Charrier；Christine Franceschi；Gilles Zambardi；Tiphaine CECCHINI；Elodie DEGOUT-CHARMETTE
    申请人:Biomerieux Inc；
    IPC主号:G01N33-00
    专利说明:
    [0001] La présente invention concerne le domaine de la microbiologie. Plus précisément, l'invention concerne la détection d'au moins un mécanisme de résistance aux céphalosporines d'au moins un microorganisme issu d'un échantillon en utilisant la spectrométrie de masse.
    [0002] Depuis la découverte des microbes par Pasteur, les microorganismes sont étudiés par microscopie et analyses biochimiques. Ces méthodes traditionnelles sont souvent longues et fastidieuses et des alternatives analytiques ont très tôt été recherchées. C'est ainsi que l'analyse de bactéries par spectrométrie de masse a été initiée dès 1975 par J. Anhalt et C. Fenselau [1].
    [0003] Ces travaux préliminaires ont été suivis par l'étude en chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse (GC-MS) d'acides gras de la paroi des microorganismes [2]. Cette méthode a été popularisée sous l'appellation anglo-saxonne de FAME pour Fatty Acid Methyl Ester. Elle constitue actuellement une méthode de référence pour les études taxonomiques. Son utilisation reste cependant limitée à certains laboratoires spécialisés maîtrisant le traitement de l'échantillon par saponification, hydrolyse et dérivation.
    [0004] En 1996, les travaux de M. Claydon et al [3] ainsi que de T. Krishnamurthy et P. Ross [4] ont montré la possibilité d'identifier différentes espèces bactériennes avec un spectromètre de masse de type MALDI-TOF (acronyme de l'anglais Matrix Assisted Laser Desorption lonization - Time Of Flight). L'analyse associe l'acquisition d'un spectre de masse et l'interprétation d'un logiciel expert. Elle est extrêmement simple et peut être effectuée en quelques minutes. Cependant elle ne se diffuse que depuis peu de temps dans les laboratoires d'analyses médicales [5]. Son utilisation clinique est actuellement limitée à l'identification d'espèces bactériennes et de levures. Elle n'est pas utilisée en routine pour l'identification des résistances aux antimicrobiens.
    [0005] Or l'identification de résistances aux antimicrobiens tels que les antibiotiques est un élément essentiel pour assurer une prise en charge optimale des patients.
    [0006] D'autres procédés de spectrométrie de masse, notamment en tandem, ont été proposés pour répondre à ces besoins. A titre d'exemple, il est possible de citer les travaux de C. Fenselau et al. pour l'identification de β-Lactamase avec un quadripôle-TOF (Q-TOF) [6].
    [0007] Cependant ces résultats de recherche ne sont pas applicables à une utilisation clinique de routine. Ils ont été obtenus avec des instruments de recherche nécessitant un personnel hautement qualifié. Les temps d'analyse, souvent supérieurs à une heure par échantillon, sont incompatibles avec la charge de travail d'un laboratoire d'analyse microbiologique.
    [0008] Plus récemment S. Hofstadler et al. [7] ont proposé un procédé associant une amplification du génome microbien par PCR à une détection des produits de PCR par électrospray-TOF (ESI-TOF). Ce procédé est maintenant totalement automatisé [8]. Toutefois, il nécessite une amplification par PCR avec les défauts inhérents à la biologie moléculaire, à savoir rendement d'extraction, coût des sondes, etc.
    [0009] Dans ce contexte, l'objectif de la présente invention est de proposer un procédé de détection de mécanismes de résistance aux céphalosporines, qui permette de palier les inconvénients des procédés de l'art antérieur, à savoir fournir un procédé peu coûteux, sans réactifs spécifiques à chaque espèce, notamment par rapport aux procédés de biologie moléculaire, donnant un résultat en un temps court, inférieur à une heure, et utilisable en clinique de routine, sans nécessiter un personnel hautement qualifié.
    [0010] A cette fin, l'invention propose un nouveau procédé de détection, par spectrométrie de masse, d'au moins un mécanisme de résistance à au moins un antimicrobien d'au moins un microorganisme issu d'un échantillon, caractérisé en ce que l'antimicrobien est une céphalosporine et en ce que des protéines et/ou des peptides sont détectés en tant que marqueurs dudit mécanisme de résistance à au moins un antibiotique de la classe des céphalosporines.
    [0011] Avantageusement, des marqueurs de résistance à plusieurs antimicrobiens différents peuvent être détectés simultanément.
    [0012] Comme indiqué dans la demande PCT/FR2010/052181 , des marqueurs de typage et/ou de virulence desdits microorganismes peuvent être détectés, de la même façon, par spectrométrie de masse, préalablement ou simultanément à la détection des marqueurs de mécanisme de résistance.
    [0013] Par marqueurs de la résistance à au moins un antimicrobien de la classe des céphalosporines, on entend des molécules d'origine protéique qui sont caractéristiques desdites propriétés.
    [0014] Les céphalosporines sont des antibiotiques appartenant à la famille des béta-lactamines. Elles sont habituellement classées en plusieurs sous-classes: les céphalosporines de première génération, tels que cefazoline, cephalotine, cefaclor, cephalexine, qui sont dégradées par les beta-lactamases des groupes 1 et 2b, 2br, 2be, 2ber les céphalosporines de seconde génération, tels que cefamandole, cefpodoxime, cefuroxime, qui sont dégradées par les béta-lactamases des groupes 1, 2be, 2ber les céphalosporines de troisième génération, tels que cefotaxime, ceftazidime, ceftriaxone, cefixime, qui sont dégradées par les béta-lactamases des groupes 1, 2be, 2ber bien qu'étant plus stables que les céphalosporines de première et seconde génération les céphalosporines de quatrième génération, tels que cefepime et cefpirome, qui sont dégradées par les béta-lactamases des groupes 2be et 2 ber les céphalosporines avec activité anti-MRSA tels que ceftaroline et ceftobiprole, qui sont dégradées par les béta-lactamases des groupes 2be et 2 ber les céphamycines, tels que cefoxitine, cefotetan, cefmetazole, qui sont dégradées par les béta-lactamases des groupes 1
    [0015] Par détermination de la résistance à au moins un antimicrobien, on entend la détermination de la susceptibilité d'un microorganisme à être détruit par un antimicrobien. Les protéines impliquées dans les mécanismes de résistance vont différer selon la famille et l'espèce.
    [0016] La nomenclature des béta-lactamases, enzymes bactériennes de résistance aux béta-lactamines, n'est pas standardisée. Elles sont soit classées en quatre classes moléculaires (A à D) sur la base de leur structure primaire, soit en groupes fonctionnels sur la base des substrats ciblés et de leur résistance aux inhibiteurs (pour un revue, voir [9] Bush and Jacoby, Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2010; 54 (3): 969-976). Pour la classification moléculaire, les techniques de séquençage ont permis une classification plus précise : par exemple, 183 variants de la protéine TEM ont été décrits (notés TEM-i, i étant compris entre 1 et 183). Pour la classification fonctionnelle, Bush et Jacoby (supra) ont proposé de nouveaux sous-groupes fonctionnels : les enzymes du groupe 1 sont des céphalosporinases appartenant à la classe moléculaire C. ACC, ACT, MIR, MOX, DHA, CMY et FOX sont des enzymes, portées par des plasmides, appartenant à ce sous-groupe. les enzymes du groupe 2 appartiennent aux classes moléculaires A et D. Ce groupe est lui-même subdivisé en sous-groupes : 2a, 2b, 2be, 2br, 2ber, 2c, 2ce, 2d, 2de, 2df, 2f, etc. CTX-M (2be), SHV (2b, 2be ou 2br), PER (2be), VEB (2be) et TEM (2b, 2be, 2br ou 2ber) sont des enzymes appartenant à ce groupe. ∘ Le sous groupe 2a correspond à des béta-lactamases hydrolysant la benzylpénicilline et les dérivées de la pénicilline, mais n'hydrolysant pas les céphalosporines, les carbapénèmes ou les monobactames. ∘ Le sous-groupe 2b correspond à des béta-lactamases à large spectre, hydrolysant les pénicillines et les céphalosporines de première génération telles que la céphaloridine et la céphalothine, et qui sont inhibées par l'acide clavulanique, le sulfobactame ou le tazobactame. Les variants TEM-1, TEM-2 et SHV-1 appartiennent à ce sous-groupe. ▪ Le sous-groupe 2be correspond à des beta-lactamases à spectre étendu (BLSE), également inhibées par l'acide clavulanique, le sulfobactame ou le tazobactame. Ces enzymes, en plus des propriétés du sous-groupe 2b, hydrolysent au moins un oxyimino-béta-lactame tel que le cefotaxime ou le ceftazidime, et les monobactames comme l'aztreonam. Ce sous-groupe contient de nombreux variants de TEM et SHV, des variants de PER et VEB, ainsi que CTX-M, BEL-1, BES-1, SFO-1, TAL-1 et TAL-2. ▪ Le sous-groupe 2br correspond aux béta-lactamases du sous-groupe 2b qui sont insensibles à l'inhibition par l'acide clavulanique, le sulfobactame ou le tazobactame. Ce sous-groupe contient des variants des enzymes TEM et SHV. ▪ Le sous groupe 2ber correspond aux béta-lactamases du sous-groupe 2be qui sont insensibles à l'inhibition par l'acide clavulanique, le sulfobactame ou le tazobactame. Ce sous-groupe contient des variants TEM. ∘ Le sous groupe 2ce est caractérisé par sa capacité à hydrolyser la carbenicilline ou la ticarcilline ainsi que le cefepime et le cefpirome. CARB-10 fait partie de ce sous-groupe. ∘ Le sous-groupe 2d inclut les béta-lactamases de type OXA capables d'hydrolyser la cloxacilline ou l'oxacilline. Les OXA (ou oxacillinases) correspondent à des béta-lactamases de classe D, selon leur séquence primaire, elles peuvent conférer des résistances aux céphalosporines ou aux céphalosporines et aux carbapénèmes (Poirel et al, 2010, Antimicrobio. Agents Chemother., 54 :24-38). ▪ Le sous-groupe 2de inclut les OXA ayant un spectre étendu étendu aux oxy-imino-béta-lactames, mais pas aux carbapénèmes. ▪ Le sous-groupe 2df inclut les OXA ayant un spectre étendu aux carbapénèmes. ∘ Le sous-groupe 2e correspond à des céphalosporinases à spectre étendu, inhibées par l'acide clavulanique ou le tazobactame. ∘ Le sous-groupe 2f correspond à des carbapénèmases telles que SME, KPC ou certains variants de GES. La première béta-lactamase de type GES a été isolée en 1998 en Guyane française (Poirel et al., 2000, Antimicrobio. Agents Chemother., 43:622-632). Cette enzyme (GES-1) conférait une résistance de type BLSE (sous-groupe 2be). Le deuxième isolat d'une bactérie portant une béta-lactamase de type GES a été réalisé en 2000 en Afrique du Sud (Poirel et al., 2001, Antimicrobio. Agents Chemother., 45 :2598-2603). Cette enzyme (GES-2) conférait une résistance aux céphalosporines et aux carbapénèmes tels que l'imipénème (sous-groupe 2f). Les enzymes du groupe 3 sont des métallo-béta-lactamases connues pour hydrolyser les antibiotiques de la classe des carbapénèmes. Les enzymes IMP, VIM, CAU, GOB ou FEZ font partis de ce groupe.
    [0017] Le procédé de l'invention peut être mis en oeuvre pour détecter des mécanismes de résistance aux céphalosporines chez des bactéries. Ainsi, par exemple, à titre de bactéries chez lesquelles il est possible de rechercher un mécanisme de résistance aux céphalosporines selon le procédé de l'invention, on peut citer, de façon non exhaustive : les Enterobacteriaceae, en utilisant des protéines et peptides du groupe 1 et du groupe 2 comme marqueur de résistance ; les bactéries non fermentantes (Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii) etc.
    [0018] Il est à noter par ailleurs que les souches connues comme résistantes aux carbapénèmes sont également résistantes aux céphalosporines et aux pénicillines Ainsi, un procédé de détection d'un mécanisme de résistance aux carbapénèmes permet également de détecter un mécanisme de résistance aux céphalosporines et aux pénicillines.
    [0019] L'échantillon sur lequel le procédé de l'invention peut être mis en oeuvre est tout échantillon susceptible de contenir un microorganisme cible. L'échantillon peut être d'origine biologique, soit animale, végétale ou humaine. Il peut alors correspondre à un prélèvement de fluide biologique (sang total, sérum, plasma, urine, liquide céphalo-rachidien, sécrétion organique, par exemple), un prélèvement tissulaire ou des cellules isolées. Ce prélèvement peut être utilisé tel quel dans la mesure où les marqueurs des mécanismes de résistance des bactéries aux béta-lactamines sont disponibles dans l'échantillon testé, ou bien il peut subir préalablement à l'analyse, une préparation de type enrichissement, extraction, concentration, purification, culture, selon des méthodes connues de l'homme du métier.
    [0020] L'échantillon peut être d'origine industrielle, soit, selon une liste non exhaustive un prélèvement d'air, un prélèvement d'eau, un prélèvement effectué sur une surface, une pièce ou un produit manufacturé, un produit d'origine alimentaire. Parmi les échantillons d'origine alimentaire, on peut citer de façon non exhaustive un échantillon de produit lacté (yaourts, fromages), de viande, de poisson, d'oeuf, de fruit, de légume, d'eau, de boisson (lait, jus de fruits, soda, etc). Ces échantillons d'origine alimentaire peuvent aussi provenir de sauces ou de plats élaborés. Un échantillon alimentaire peut enfin être issu d'une alimentation destinée aux animaux, telle que notamment des farines animales.
    [0021] En amont de la détection par spectrométrie de masse, l'échantillon à analyser est préférentiellement traité au préalable pour générer des peptides à partir de l'ensemble des protéines présentes dans l'échantillon pour fragmenter ces protéines en peptides, par exemple par digestion avec une enzyme protéolytique (protéase), ou par action d'un réactif chimique. En effet, le clivage des protéines peut être fait par un traitement physico-chimique, par un traitement biologique ou par une combinaison des deux traitements. Parmi les traitements utilisables, on peut citer le traitement par des radicaux hydroxyle, notamment avec de l'H2O2. Le traitement par les radicaux hydroxyle provoque une coupure des liaisons peptidiques qui se fait de manière aléatoire sur n'importe quelle liaison peptidique de la protéine. La concentration en radicaux hydroxyle conditionne le nombre de clivages opérés et donc la longueur des fragments peptidiques obtenus. D'autres traitements chimiques peuvent également être utilisés comme, par exemple, le traitement au bromure de cyanogène (CNBr) qui scinde spécifiquement les liaisons peptidiques au niveau du groupe carboxylique des résidus méthionyle. Il est également possible de réaliser un clivage acide partiel au niveau des résidus aspartyle par chauffage à 1000°C d'une solution de protéines dans de l'acide trifluoroacétique.
    [0022] Le traitement des protéines par digestion enzymatique est néanmoins préféré par rapport au traitement physico-chimique car il préserve davantage la structure des protéines, et est plus facile à contrôler. Par « digestion enzymatique », on entend l'action simple ou combinée d'une ou de plusieurs enzymes dans des conditions de réaction appropriées. Les enzymes effectuant la protéolyse, appelées protéases, coupent les protéines à des endroits spécifiques. Chaque protéase reconnaît généralement une séquence d'acides aminés au sein desquels elle effectue toujours la même coupure. Certaines protéases reconnaissent un seul acide aminé ou une séquence de deux acides aminés entre lesquels elles opèrent un clivage, d'autres protéases ne reconnaissent que des séquences plus longues. Ces protéases peuvent être des endoprotéases ou des exoprotéases. Parmi les protéases connues on peut citer, comme décrit dans WO2005/098071 : les enzymes spécifiques comme la trypsine qui scinde la liaison peptidique au niveau du groupe carboxylique des résidus Arg et Lys, l'endolysine qui clive la liaison peptidique du groupe -CO des lysines, la chymotrypsine qui hydrolyse la liaison peptidique au niveau du groupe carboxylique des résidus aromatiques (Phe, Tyr et Trp), la pepsine qui coupe au niveau du groupe NH2 des résidus aromatiques (Phe, Tyr et Trp), la protéase V8 de la souche V8 de Staphylococcus aureus qui clive la liaison peptidique au niveau du groupe carboxylique du résidu Glu ; les enzymes non-spécifiques comme la thermolysine provenant de la bactérie Bacillus thermoproteolyticus qui hydrolyse la liaison peptidique du groupe NH2 des acides aminés hydrophobes (Xaa-Leu, Xaa-Ile, Xaa-Phe), la subtilisine et la pronase qui sont des protéases bactériennes qui hydrolysent pratiquement toutes les liaisons et peuvent transformer les protéines en oligopeptides dans des conditions de réaction contrôlées (concentration en enzyme et durée de réaction).
    [0023] Plusieurs protéases peuvent être utilisées de façon simultanée, si leurs modes d'action sont compatibles, ou elles peuvent être utilisées de façon successive. Dans le cadre de l'invention, la digestion de l'échantillon est, de préférence, réalisée par action d'une enzyme protéase, par exemple la trypsine.
    [0024] La génération de peptides à l'aide d'un réactif chimique ou d'une protéase, peut être obtenu par simple réaction en solution. Elle peut également être mise en oeuvre avec un four à micro-ondes [10], ou sous pression [11], ou bien encore avec un dispositif à ultrasons [12]. Dans ces trois derniers cas, le protocole sera beaucoup plus rapide. Parmi les peptides ainsi obtenus, les peptides spécifiques de la protéine, sont nommés peptides protéotypiques. Ce sont eux qui seront dosés par spectrométrie de masse.
    [0025] Selon l'invention, les marqueurs des mécanismes de résistance des bactéries aux céphalosporines sont des protéines de la bactérie chez laquelle les mécanismes de résistance aux céphalosporines sont à rechercher. En particulier, lesdites protéines sont digérées en peptides, de préférence par une enzyme, de préférence encore par la trypsine.
    [0026] De même, l'échantillon contenant des marqueurs protéiques de caractérisation des mécanismes de résistance des bactéries aux céphalosporines peut également être préalablement traité à des fins de purification. Ce traitement préalable de purification peut être mis en oeuvre avant ou après l'étape de génération de peptides tels que décrits précédemment.
    [0027] Le traitement préalable de purification d'échantillon est largement connu de l'homme du métier et pourra notamment mettre en oeuvre des techniques de centrifugation, de filtration, d'électrophorèse ou de chromatographie. Ces techniques séparatives peuvent être utilisées seules ou combinées entre elles pour obtenir une séparation multidimensionnelle. Par exemple, une chromatographie multidimensionnelle peut être utilisée en associant une séparation par chromatographie d'échange d'ions à une chromatographie en phase inverse, comme décrit par T. Fortin et al. [13], ou H. Keshishian et al. [14]. Dans ces publications, le milieu chromatographique peut être en colonne ou en cartouche (extraction en phase solide).
    [0028] La fraction électrophorétique ou chromatographique (ou le temps de rétention en chromatographie mono ou multidimensionnelle) des peptides protéotypiques est caractéristique de chaque peptide et la mise en oeuvre de ces techniques permet donc de sélectionner le ou les peptides protéotypiques à doser. Un tel fractionnement des peptides générés permet d'accroître la spécificité du dosage ultérieur par spectrométrie de masse.
    [0029] Une alternative aux techniques d'électrophorèse ou de chromatographie, pour le fractionnement des peptides, consiste à purifier spécifiquement les N-glycopeptides ([15] et demande de brevet WO 2008/066629 ). Néanmoins, une telle purification ne permet que la quantification des peptides ayant subi une modification post-traductionnelle de type N-glycosylation. Or toutes les protéines ne sont pas glycosylées, ce qui limite donc son utilisation.
    [0030] La spectrométrie de masse à mettre en oeuvre dans le procédé de l'invention est largement connue de l'homme du métier comme un outil puissant pour l'analyse et la détection de différents types de molécules. De façon générale, tout type de molécule pouvant être ionisée peut être détecté en fonction de sa masse moléculaire à l'aide d'un spectromètre de masse. Selon la nature de la molécule à détecter, d'origine protéique ou métabolique, certaines technologies de spectrométrie de masse peuvent être plus adaptées. Néanmoins, quelque soit la méthode de spectrométrie de masse utilisée pour la détection, cette dernière comprend une étape d'ionisation de la molécule cible en ions dits moléculaires, dans le cas présent une étape d'ionisation des marqueurs de caractérisation, et une étape de séparation des ions moléculaires obtenus en fonction de leur masse.
    [0031] Tous les spectromètres de masse comportent donc : une source d'ionisation destinée à ioniser les marqueurs présents dans l'échantillon à analyser, c'est-à-dire à conférer une charge positive ou négative à ces marqueurs; un analyseur de masse destiné à séparer les marqueurs ionisés, ou ions moléculaires, en fonction de leur ratio masse sur charge (m /z) ; un détecteur destiné à mesurer le signal produit soit directement par les ions moléculaires, soit par des ions produits à partir des ions moléculaires, comme détaillés ci-après.
    [0032] L'étape d'ionisation nécessaire pour la mise en oeuvre d'une spectrométrie de masse peut être mise en oeuvre par tout procédé connu de l'homme du métier. La source d'ionisation permet d'amener les molécules à doser sous un état gazeux et ionisé. Une source d'ionisation peut être utilisée soit en mode positif pour étudier les ions positifs, soit en mode négatif pour étudier les ions négatifs. Plusieurs types de sources existent et seront utilisés en fonction du résultat recherché et des molécules analysées. On peut citer, notamment : l'ionisation électronique (EI), l'ionisation chimique (CI) et la désorption-ionisation chimique (DCI) le bombardement par atomes rapides (FAB), atomes métastables (MAB) ou ions (SIMS, LSIMS) le couplage plasma inductif (ICP) l'ionisation chimique à pression atmosphérique (APCI) et la photoionisation à pression atmosphérique (APPI) l'électronébulisation ou électrospray (ESI) la désorption-ionisation laser assistée par matrice (MALDI), activée par une surface (SELDI) ou sur silicium (DIOS) l'ionisation-désorption par interaction avec espèces métastables (DART)
    [0033] Notamment, l'ionisation peut être mise en oeuvre comme suit : l'échantillon contenant les molécules cibles est introduit dans une source d'ionisation, où les molécules sont ionisées à l'état gazeux et ainsi transformées en ions moléculaires qui correspondent aux molécules initiales. Une source d'ionisation de type électrospray (ESI pour ElectroSpray Ionisation) permet d'ioniser une molécule tout en la faisant passer d'un état liquide à un état gazeux. Les ions moléculaires obtenus correspondent alors aux molécules présentes à l'état liquide, avec en mode positif un, deux, voire trois protons supplémentaires ou plus et sont donc porteurs de une, deux, voire trois charges ou plus. Par exemple, lorsque la molécule cible est une protéine, une ionisation des peptides protéotypiques obtenus après fractionnement de la protéine cible, grâce à une source de type électrospray fonctionnant en mode positif, conduit à des ions polypeptidiques à l'état gazeux, avec un, deux, voire trois protons supplémentaires ou plus et qui sont donc porteurs de une, deux, voire trois charges ou plus, et permet un passage d'un état liquide à un état gazeux [16]. Ce type de source est particulièrement bien adapté, lorsque les molécules cibles ou peptides protéotypiques obtenus sont préalablement séparées par chromatographie liquide en phase inverse. Néanmoins, le rendement d'ionisation des molécules présentes dans l'échantillon peut varier en fonction de la concentration et de la nature des différentes espèces en présence. Ce phénomène se traduit par un effet matrice bien connu de l'homme de l'art.Une source d'ionisation MALDI permettra d'ioniser des molécules, à partir d'un échantillon à l'état solide.L'analyseur de masse dans lequel est mis en oeuvre l'étape de séparation des marqueurs ionisés en fonction de leur rapport masse/charge (m/z) est tout analyseur de masse connu de l'homme du métier. On peut citer les analyseurs basse résolution, du type quadripôle ou quadrupôle (Q), piège à ions 3D (IT) ou linéaire (LIT), également appelés trappe ionique, et les analyseurs haute résolution, permettant de mesurer la masse exacte des analytes et qui utilisent notamment le secteur magnétique couplé à un secteur électrique, le temps de vol (TOF), la résonance cyclotronique ionique à transformé de fourier (FT-ICR), l'orbitrappe.
    [0034] La séparation des ions moléculaires en fonction de leur ratio m/z peut être mise en oeuvre une seule fois (spectrométrie de masse simple ou MS), ou bien plusieurs séparations MS successives peuvent être menées. Lorsque deux séparations MS successives sont réalisées, l'analyse est appelée MS/MS ou MS2. Lorsque trois séparations MS successives sont réalisées, l'analyse est appelée MS/MS/MS ou MS3 et plus généralement, lorsque n séparations MS successives sont réalisées, l'analyse est appelée MSn.Parmi les techniques mettant en oeuvre plusieurs séparations successives, les modes SRM (Selected Reaction Monitoring) en cas de détection ou dosage d'une seule molécule cible, ou bien MRM (Multiple Reaction Monitoring) en cas de détection ou dosage de plusieurs molécules cibles, sont des utilisations particulières de séparation MS2. De même le mode MRM3 est une utilisation particulière de séparation en MS/MS/MS. On parle alors de spectrométrie de masse ciblée.Dans le cas d'une détection en mode MS simple, c'est le rapport masse/charge des ions moléculaires obtenus qui est corrélé à la molécule cible à détecter.
    [0035] Dans le cas d'une détection en mode MS/MS, essentiellement deux étapes sont ajoutées, par rapport à un dosage MS qui sont : une fragmentation des ions moléculaires, alors appelés ions précurseurs, pour donner des ions dit ions fragments de 1 ère génération, et une séparation des ions dit ions fragments de 1ère génération en fonction de leur masse (m/z)2, le rapport (m/z)1 correspondant au rapport (m/z) des ions précurseurs. C'est alors le rapport masse/charge des ions fragments de 1ère génération ainsi obtenus qui est corrélé à la molécule cible à détecter. Par ion fragment de première génération, on entend un ion issu de l'ion précurseur, suite à une étape de fragmentation et dont le rapport masse sur charge m/z est différent de l'ion précurseur.Les couples (m/z)1 et (m/z)2 sont baptisés transitions et sont représentatifs des ions caractéristiques à détecter.Le choix des ions caractéristiques qui sont détectés pour être corrélés à la molécule cible est effectué par l'homme du métier selon les méthodes standards. Leur sélection conduira avantageusement aux dosages les plus sensibles, les plus spécifiques et les plus robustes possibles, en termes de reproductibilité et fiabilité. Dans les méthodes développées pour la sélection de peptides protéotypiques (m/z)1, et de fragment de première génération (m/z)2, le choix est essentiellement basé sur l'intensité de la réponse. Pour plus de détails, on pourra se référer à V. Fusaro et al. [17]. Des logiciels commerciaux, tels que les logiciels MIDAS et MRM Pilote d'Applied Biosytems ou encore MRMaid [18] pourront être utilisés par l'homme de l'art pour lui permettre de prédire tous les couples de transitions possibles. Il pourra également être fait appel à une base de données nommée PeptideAtlas, construite par F. Desiere et al. [19] pour compiler l'ensemble des transitions MRM de peptides décrites par la communauté scientifique. Cette base PeptideAtlas est disponible en accès libre sur internet. Pour des molécules non protéiques, il est également possible d'utiliser des bases de données, telles que par exemple celle accessible au travers du logiciel Cliquid de la société Applied Biosytems (Etats Unis d'Amérique). Une approche alternative pour sélectionner les peptides protéotypiques, (m/z)1 et (m/z)2, consiste à utiliser les spectres de fragmentation MS/MS obtenus à l'occasion d'autres travaux. Ces travaux peuvent être, par exemple, les phases de découverte et d'identification des biomarqueurs par analyse protéomique. Cette approche a été proposée par Thermo Scientific lors de réunions utilisateurs [18]. Elle permet de générer une liste de transitions candidates à partir des peptides identifiés expérimentalement par le logiciel SIEVE (Thermo Scientific). Certains critères ont été détaillés par J. Mead et al. [18] pour le choix des ions (m/z)1 et (m/z)2 et sont détaillés ci-après : les peptides avec des sites de clivage interne, c'est-à-dire avec de la Lysine ou de l'Arginine interne, doivent être évités, sauf si la Lysine ou l'Arginine est suivie par de la Proline, les peptides avec de l'Asparagine ou de la Glutamine doivent être évités car ils peuvent se désaminer, les peptides avec de la Glutamine ou de l'Acide Glutamique en N-terminal doivent être évités car ils peuvent se cycliser spontanément, les peptides avec de la Méthionine doivent être évités car ils peuvent être oxydés, les peptides avec de la Cystéine doivent être évités car ils peuvent être modifiés de façon non reproductible lors d'une éventuelle étape de dénaturation, réduction et blocage des fonctions thiols, les peptides avec de la Proline peuvent être considérés comme favorables parce qu'ils produisent généralement des fragments intenses en MS/MS avec un seul pic très majoritaire. Cependant, un seul fragment très majoritaire ne permet pas de valider l'identité de la transition dans un mélange complexe. En effet, seule la présence simultanée de plusieurs fragments caractéristiques permet de vérifier que l'ion précurseur recherché est bien détecté, les peptides ayant une Proline adjacente au C-terminal (position n-1) ou en seconde position par rapport au C-terminal (position n-2) sont à éviter car, dans ce cas, la taille du peptide fragment de première génération est généralement considérée comme trop petite pour être suffisamment spécifique, la sélection de fragments ayant une masse supérieure au précurseur est à privilégier pour favoriser la spécificité. Pour cela, il faut sélectionner un ion précurseur dichargé et sélectionner l'ion fragment de première génération le plus intense ayant une masse supérieure au précurseur, c'est à dire un ion fragment de première génération monochargé.
    [0036] La fragmentation des ions précurseurs sélectionnés est mise en oeuvre dans une cellule de fragmentation telle que les modèles de type triple quadripôle [20], ou de type trappe ionique [21], ou encore de type temps de vol (TOF) [22], lesquels permettent également la séparation des ions. La ou les fragmentations seront classiquement réalisées par collision avec un gaz inerte tel que l'argon ou l'azote, au sein d'un champ électrique, par photo-excitation ou photodissociation à l'aide d'une source lumineuse intense, collision avec des électrons ou espèces radicalaires, par application d'une différence de potentiel, par exemple dans un tube de temps de vol, ou par tout autre mode d'activation. Les caractéristiques du champ électrique conditionnent l'intensité et la nature de la fragmentation. Ainsi, le champ électrique appliqué en présence d'un gaz inerte, par exemple dans un quadripôle, conditionne l'énergie de collision apportée aux ions. Cette énergie de collision sera optimisée, par l'homme du métier, pour accroître la sensibilité de la transition à doser. A titre d'exemple, il est possible de faire varier l'énergie de collision entre 5 et 180 e-V en q2 dans un spectromètre de masse AB SCIEX QTRAP® 5500 de la société Applied Biosystems (Foster City, Etats Unis d'Amérique). De même, la durée de l'étape de collision et l'énergie d'excitation au sein, par exemple, d'une trappe ionique seront optimisées, par l'homme du métier, pour conduire au dosage le plus sensible. A titre d'exemple, il est possible de faire varier cette durée, baptisée temps d'excitation, entre 0,010 et 50 ms et l'énergie d'excitation entre 0 et 1 (unité arbitraire) en Q3 dans un spectromètre de masse AB SCIEX QTRAP® 5500 de la société Applied Biosystems.Enfin, la détection des ions caractéristiques sélectionnés se fait de façon classique, notamment grâce à un détecteur et à un système de traitement. Le détecteur collecte les ions et produit un signal électrique dont l'intensité dépend de la quantité d'ions collectée. Le signal obtenu est ensuite amplifié pour qu'il puisse être traité informatiquement. Un ensemble informatique de traitement des données permet de transformer les informations reçues par le détecteur en spectre de masse.Le principe du mode SRM, ou encore du mode MRM, est de sélectionner spécifiquement un ion précurseur, de le fragmenter, puis de sélectionner spécifiquement l'un de ses ions fragments. Pour de telles applications, des dispositifs du type triple quadripôle ou des hybrides triple quadripôle à trappe ionique sont généralement utilisés.
    [0037] Dans le cas d'un dispositif triple quadripôle (Q1q2Q3) utilisé en mode MS2, en vue du dosage ou de la détection d'une protéine cible, le premier quadripôle (Q1) permet de filtrer les ions moléculaires, correspondant aux peptides protéotypiques caractéristiques de la protéine à doser et obtenus lors d'une étape antérieure de digestion, en fonction de leur ratio masse sur charge (m/z). Seuls les peptides ayant le ratio masse/charge du peptide protéotypique recherché, ratio appelé (m/z)1, sont transmis dans le deuxième quadripôle (q2) et jouent le rôle d'ions précurseurs pour la fragmentation ultérieure. L'analyseur q2 permet de fragmenter les peptides de ratio masse/charge (m/z)1 en ions fragments de première génération. La fragmentation est généralement obtenue par collision des peptides précurseurs avec un gaz inerte, comme de l'azote ou de l'argon dans q2. Les ions fragments de première génération sont transmis dans un troisième quadripôle (Q3) qui filtre les ions fragments de première génération en fonction d'un ratio masse sur charge spécifique, ratio appelé (m/z)2. Seuls les ions fragments de première génération ayant le ratio masse/charge d'un fragment caractéristique du peptide protéotypique recherché (m/z)2 sont transmis dans le détecteur pour être détectés, voire quantifiés. Ce mode de fonctionnement présente une double sélectivité, en relation avec la sélection de l'ion précurseur d'une part et de la sélection de l'ion fragment de première génération d'autre part. La spectrométrie de masse en mode SRM ou MRM est donc avantageuse pour la quantificationLorsque la spectrométrie de masse mise en oeuvre dans le procédé de l'invention est une spectrométrie de masse en tandem (MS2, MS3, MS4 ou MS5), plusieurs analyseurs de masse peuvent être couplés entre eux. Par exemple, un premier analyseur sépare les ions, une cellule de collision permet de fragmenter les ions, et un second analyseur sépare les ions fragments. Certains analyseurs, comme les pièges à ions ou le FT-ICR, constituent plusieurs analyseurs en un et permettent de fragmenter les ions et d'analyser les fragments directement.Selon des modes de réalisation préférés de l'invention, le procédé de l'invention comprend une ou plusieurs des caractéristiques suivantes : la spectrométrie de masse, mise en oeuvre pour les propriétés de résistance potentielle à au moins un antimicrobien, est une spectrométrie de type MS/MS, ce qui a pour avantage de générer un fragment spécifique de la molécule à détecter ou à quantifier, et ainsi d'apporter une grande spécificité à la méthode de dosage ; la spectrométrie MS/MS est de la MRM, ce qui a pour avantage d'utiliser un temps de cycle d'analyse dans le spectromètre de masse de quelques dizaines de millisecondes, ce qui permet de détecter ou de quantifier avec une grande sensibilité, et de façon multiplexée, un grand nombre de molécules différentes ; le cas échéant, la détermination des propriétés de typage, et du facteur de virulence est mise en oeuvre dans le même appareil de spectrométrie de masse que la détermination des marqueurs de résistance à au moins un antimicrobien, de préférence simultanément, ce qui a pour avantage de réduire le temps d'analyse et le coût de l'instrument, cela facilite également le traitement et le rendu des résultats.
    [0038] Outre la détermination de la résistance à un antibiotique, il convient d'identifier le ou les microorganismes présents dans l'échantillon à tester.Les procédés d'identification de microorganismes sont largement connus de l'homme du métier, comme décrit par exemple par Murray P. R. el al. dans Manuel of Clinical Microbiology, 2007, 9ème édition, et en particulier dans le Vol. 1, Section III, chapitres 15 et 16 pour les bactéries et levures, Vol. Il, Section VI, chapitre 82 pour les virus, et Vol. II, Section X, chapitre 135 pour les protozoaires. A titre d'exemple de procédés classiques d'identification, on peut citer la détermination du profil biologique, en utilisant par exemple les cartes d'identification du Vitek 2 (bioMérieux), ou bien encore en utilisant des techniques de biologie moléculaire avec des critères d'identification basés sur l'étude de la présence de certains gènes, sur l'étude de leur séquence.L'identification peut être mise en oeuvre directement à partir de l'échantillon dans lequel on effectue l'identification, ou bien les microorganismes contenus dans l'échantillon peuvent être cultivés par des méthodes bien connues de l'homme du métier avec des milieux de culture et des conditions de culture optimales adaptées en fonction des espèces de microorganismes à rechercher, comme décrit par Murray P.R. et al. dans Manuel of Clinical Microbiology, 2007, 9ème édition, Vol. I, Section III, chapitre 14, et en particulier dans le Vol. I, Section IV, chapitre 21 pour les bactéries, Vol. II, Section VI, chapitre 81 pour les virus, Vol. II, Section VIII, chapitre 117 pour les levures, et Vol. II, Section X, chapitre 134 pour les protozoaires.Ainsi, de façon générale, dans le cas d'une identification par une méthode biochimique d'une bactérie dans un prélèvement, il faut d'abord l'obtenir en culture pure, par exemple après ensemencement sur gélose. La biologie moléculaire (PCR) peut dans certains cas s'appliquer directement à l'échantillon à analyser.Au lieu de cultiver les microorganismes, ces derniers peuvent être concentrés par capture directement dans l'échantillon au moyen de surfaces actives. Un tel procédé a été décrit par W.-J. Chen et al. [11] qui ont capturé différentes espèces bactériennes à l'aide de billes magnétiques avec une surface activée au Fe3O4/TiO2. Une capture par d'autres moyens est également possible, telle qu'une capture par des lectines [23], ou par des anticorps [24], ou encore par de la Vancomycine [25]. La capture permet de concentrer les microorganismes et ainsi de réduire ou même de supprimer l'étape de culture. Il s'en suit un gain de temps considérable. L'identification peut également être mise en oeuvre par spectrométrie de masse, selon les techniques décrites précédemment, de préférence par MS, par MS/MS, ou bien par MS suivie d'une spectrométrie de type MS/MS, ce qui constitue un mode de réalisation de l'invention. Dans ce cas également, l'échantillon peut être soumis préalablement à une étape de culture telle qu'un ensemencement sur gélose. L'utilisation d'un procédé d'identification par MS est avantageux en ce qu'il peut être réalisé en quelques minutes et en ce qu'il nécessite un spectromètre de masse avec un seul analyseur, c'est à dire un instrument moins complexe qu'un spectromètre de masse en tandem utilisé en MS/MS.L'utilisation d'un procédé d'identification par MS suivi d'une spectrométrie de type MS/MS est également avantageuse. Elle permet de s'assurer de l'identité des ions observée en MS, ce qui augmente la spécificité de l'analyse.L'utilisation d'un procédé d'identification par MS/MS de type MRM présente l'avantage d'être plus sensible et plus simple que les approches MS puis MS/MS traditionnelle. Ce procédé ne nécessite ni logiciel performant pour traiter l'information entre l'acquisition du spectre MS et du spectre MS/MS, ni changement du réglage des paramètres machines pour enchaîner des spectres MS puis MS/MS.Le procédé d'identification par MS peut être mis en oeuvre avec une source électrospray sur échantillon brut, comme décrit par S. Vaidyanathan et al. [26] ou encore par R. Everley et al. [27] après séparation chromatographique. Différentes gammes de m/z permettent alors d'identifier les microorganismes. S. Vaidyanathan et al. ont utilisé une fenêtre entre 200 et 2000 Th, et R. Everley et al. une fenêtre entre 620 et 2450 Th. Les spectres de masse peuvent également être déconvolués pour accéder à la masse des protéines indépendamment de leur état de charge. R. Everley et al. ont ainsi exploité les masses entre environ 5 000 et 50 000 Da. De façon alternative, le procédé d'identification par MS peut être également mis en oeuvre à l'aide d'un MALDI-TOF, comme décrit par Claydon et al [3] et T. Krishnamurthy et P. Ross [4]. L'analyse associe l'acquisition d'un spectre de masse et l'interprétation d'un logiciel expert. Elle est extrêmement simple et peut être effectuée en quelques minutes. Ce procédé d'identification se répand actuellement dans les laboratoires d'analyse médicale [28].L'identification de bactéries par MS puis MS/MS via leurs protéines présentes dans l'échantillon, a été largement appliquée par de nombreuses équipes. A titre d'exemple, il est possible de citer les travaux récents de Manes N. et al. [29] qui ont étudié le peptidome de Salmonella enterica, ou les travaux de R. Nandakumar et al. [30] ou de L. Hernychova et al. [31] qui ont étudié le protéome de bactéries après digestion des protéines avec de la trypsine. L'approche classique consiste à i) acquérir un spectre MS, ii) sélectionner successivement chaque ion précurseur observé sur le spectre MS avec un signal intense, iii) fragmenter successivement chaque ion précurseur et acquérir son spectre MS/MS, iv) interroger des bases de données protéiques telles que SWISS-PROT ou NCBI, aux travers de logiciels tels que Mascot (Matrix Science, Londres, Royaume-Uni) ou SEQUEST (Thermo Scientific, Waltham, Etats-Unis d'Amérique), pour identifier le peptide ayant une forte probabilité de correspondre au spectre MS/MS observé. Cette méthode peut conduire à l'identification d'un microorganisme si une protéine ou un peptide caractéristique de l'espèce est identifié.Un des avantages de l'utilisation de la spectrométrie de masse réside en ce qu'elle est particulièrement utile pour quantifier des molécules, dans le cas présent les marqueurs des mécanismes de résistance des bactéries aux beta-lactamines. Pour ce faire, on utilise l'intensité de courant détectée, laquelle est proportionnelle à la quantité de molécule cible. L'intensité de courant ainsi mesurée pourra servir de mesure quantitative permettant de déterminer la quantité de molécule cible présente, laquelle est caractérisée par son expression en unités du Système International (SI) de type mol/m3 ou kg/m3, ou par les multiples ou sous-multiples de ces unités, ou par les dérivées usuelles des unités SI, y compris leurs multiples ou sous-multiples. A titre d'exemple non limitatif, les unités telles que ng/ml ou fmol/l sont des unités caractérisant une mesure quantitative.
    [0039] Un calibrage est néanmoins nécessaire pour pouvoir corréler l'aire du pic mesurée, correspondant à l'intensité de courant induit par les ions détectés, à la quantité de molécule cible à doser. Pour cela, les calibrages classiquement utilisés en spectrométrie de masse pourront être mis en oeuvre, dans le cadre de l'invention. Les dosages MRM sont classiquement calibrés à l'aide de standards externes ou, de préférence, à l'aide de standards internes tels que décrits par T. Fortin et al. [13]. Dans le cas où la molécule cible est un peptide protéotypique, permettant de doser une protéine d'intérêt, la corrélation entre la mesure quantitative et la quantité de peptide protéotypique cible, et par la suite de protéine d'intérêt, est obtenue en étalonnant le signal mesuré par rapport à un signal étalon pour lequel la quantité à doser est connue. L'étalonnage peut être réalisé au moyen d'une courbe d'étalonnage, par exemple obtenue par injections successives de peptide protéotypique étalon à différentes concentrations (étalonnage externe), ou de façon préférentielle, par étalonnage interne en utilisant un peptide lourd, comme standard interne, par exemple conformément aux méthodes AQUA, QconCAT ou PSAQ détaillées ci-après. Par « peptide lourd », on entend un peptide correspondant au peptide protéotypique, mais dans lequel un ou plusieurs atomes de carbone 12 (12C) est (sont) remplacé(s) par du carbone 13 (13C), et/ou un ou plusieurs atomes d'azote 14 (14 N) est (sont) remplacé(s) par de l'azote 15 (15N).L'utilisation de peptides lourds, comme standards internes (AQUA), a également été proposée dans la demande de brevet US 2004/0229283 . Le principe est de synthétiser artificiellement des peptides protéotypiques avec des acides aminés comportant des isotopes plus lourds que les isotopes naturels usuels. De tels acides aminés sont obtenus, par exemple, en remplaçant certains des atomes de carbone 12 (12C) par du carbone 13 (13C), ou en replaçant certains des atomes d'azote 14 (14N) par de l'azote 15 (15N). Le peptide artificiel (AQUA) ainsi synthétisé a rigoureusement les mêmes propriétés physicochimiques que le peptide naturel (à l'exception d'une masse plus élevée). Il est généralement ajouté, à une concentration donnée, à l'échantillon, en amont du dosage par spectroscopie de masse, par exemple entre le traitement entrainant le clivage des protéines de l'échantillon d'intérêt et le fractionnement des peptides obtenus après l'étape de traitement. De ce fait, le peptide AQUA est co-purifié avec le peptide naturel à doser, lors du fractionnement des peptides. Les deux peptides sont donc injectés simultanément dans le spectromètre de masse, pour le dosage. Ils subissent alors les mêmes rendements d'ionisation dans la source. La comparaison des aires de pic des peptides naturels et AQUA, dont la concentration est connue, permet de calculer la concentration du peptide naturel et de remonter ainsi à la concentration de la protéine à doser. Une variante de la technique AQUA a été proposée par J.-M. Pratt et al. [32] sous le nom de QconCat. Cette variante est également décrite dans la demande de brevet WO 2006/128492 . Elle consiste à concaténer différents peptides AQUA et à produire le polypeptide artificiel sous forme de protéine recombinante lourde. La protéine recombinante est synthétisée avec des acides aminés comportant des isotopes lourds. De cette façon, il est possible d'obtenir un standard pour calibrer le dosage simultané de plusieurs protéines à moindre coût. Le standard QconCAT est ajouté dès le début, en amont du traitement entrainant le clivage des protéines et avant les étapes de fractionnement des protéines, de dénaturation, de réduction puis de blocage des fonctions thiols des protéines, si celles-ci sont présentes. Le standard QconCAT subit donc le même cycle de traitement entrainant le clivage des protéines que la protéine naturelle, ce qui permet de tenir compte du rendement de l'étape de traitement entrainant le clivage des protéines. En effet, le traitement, notamment par digestion, de la protéine naturelle peut ne pas être complet. Dans ce cas l'utilisation d'un standard AQUA conduirait à sous-estimer la quantité de protéine naturelle. Pour un dosage absolu, il peut donc être important de tenir compte des rendements de traitement entrainant le clivage des protéines. Cependant, V. Brun et al. [33] ont montré que, parfois, les standards QconQAT ne reproduisaient pas exactement le rendement de traitement notamment par digestion de la protéine naturelle, sans doute du fait d'une conformation tridimensionnelle différente de la protéine QconCAT.V. Brun et al. [33] ont alors proposé d'utiliser une méthode baptisée PSAQ et décrite dans la demande de brevet WO 2008/145763 . Dans ce cas, le standard interne est une protéine recombinante, ayant la même séquence que la protéine naturelle mais synthétisée avec des acides aminés lourds. La synthèse est réalisée ex-vivo avec des acides aminés lourds. Ce standard a rigoureusement les mêmes propriétés physicochimiques que la protéine naturelle (à l'exception d'une masse plus élevée). Il est ajouté dès le début, avant l'étape de fractionnement des protéines, lorsque cette dernière est présente. Il est donc co-purifié avec la protéine native, lors de l'étape de fractionnement des protéines. Il présente le même rendement de traitement, notamment par digestion, que la protéine native. Le peptide lourd obtenu après clivage est également co-purifié avec le peptide naturel, si une étape de fractionnement des peptides est réalisée. Les deux peptides sont donc injectés simultanément dans le spectromètre de masse, pour être dosé quantitativement. Ils subissent alors les mêmes rendements d'ionisation dans la source. La comparaison des aires de pic des peptides naturels et des peptides de référence dans la méthode PSAQ permet de calculer la concentration de la protéine à doser en tenant compte de la totalité des étapes du procédé de dosage.L'ensemble de ces techniques, à savoir AQUA, QconCAT ou PSAQ ou toute autre technique de calibrage, utilisée dans des dosages par spectrométrie de masse et en particulier dans les dosages MRM ou MS, pourront être mises en oeuvre pour effectuer le calibrage, dans le cadre de l'invention.
    [0040] De façon préférentielle, la spectrométrie de masse utilisée dans le procédé de détection selon l'invention est de type MS/MS. Plus préférentiellement, la spectrométrie de masse est la MRM.
    [0041] Le procédé de l'invention permet la détection de résistances aux céphalosporines, caractérisée par la détection d'au moins un peptide en tant que marqueur de résistance. De façon préférentielle, ledit peptide marqueur de résistance appartient aux protéines TEM, CMY, CTX-M, SHV, FOX, ACC, ACT, CARB, DHA, MIR, MOX, PER, VEB, OXA ou GES.
    [0042] En particulier, la détection d'un mécanisme de résistance aux céphalosporines induit par l'expression de la protéine TEM est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant à la protéine TEM et à ses différents variants de séquences SEQ ID N 1 à SEQ ID N°165 et SEQ ID N°1836 à SEQ ID N°1843.SEQ ID N° 1 :
    [0043] Dans la colonne intérêt clinique, les mentions 2b, 2br, 2be et 2ber correspondent aux sous-groupes fonctionnels des béta-lactamases TEM que permet de détecter le peptide correspondant. Ainsi la détection d'un peptide 2be signera la présence d'une béta-lactamase avec un spectre étendu (BLSE) capable d'hydrolyser les pénicillines, les céphalosporines de première génération telles que la céphaloridine et la céphalotine ainsi qu'au moins un antibiotique de la classe des oxyimino-béta-lactames tels que le cefotaxime, le ceftazidime ou les monobactames tels que l'aztreoname.
    [0044] La mention TEM indique un peptide commun entre au moins deux des sous-groupes 2b, 2br et 2be ou 2ber. Le peptide correspondant signe la présence d'une beta-lactamase de type TEM et la présence d'un mécanisme de résistance au moins aux pénicillines et aux céphalosporines de première génération.
    [0045] La détection d'un mécanisme de résistance aux céphalosporines de type BLSE (beta-lactamase à spectre étendu), induit par la protéine TEM, est caractérisée par la détection d'au moins un peptide marqueur de résistance, de type 2be, choisi parmi les séquences SEQ ID N°168, SEQ ID N°169, SEQ ID N°179, SEQ ID N°181, SEQ ID N°186, SEQ ID N°199, SEQ ID N°200, SEQ ID N°205, SEQ ID N°206, SEQ ID N°208, SEQ ID N°212, SEQ ID N°213, SEQ ID N°214, SEQ ID N°215, SEQ ID N°216, SEQ ID N°217, SEQ ID N°222, SEQ ID N°225, SEQ ID N°226, SEQ ID N°227, SEQ ID N°230, SEQ ID N°234, SEQ ID N°236, SEQ ID N°237, SEQ ID N°238, SEQ ID N°239, SEQ ID N°240, SEQ ID N°249, SEQ ID N°254, SEQ ID N°255, SEQ ID N°256, SEQ ID N°259, SEQ ID N°261, SEQ ID N°1927, SEQ ID N°1928.
    [0046] La détection d'un mécanisme de résistance aux céphalosporines induit par l'expression de la protéine CMY est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant à la protéine CMY et à ses différents variants de séquences SEQ ID N° 262 à SEQ ID N°311 et SEQ ID N°1844 à SEQ ID N°1870.SEQ ID N° 262 :
    [0047] La détection d'un mécanisme de résistance aux céphalosporines induit par l'expression de la protéine CTX-M est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant à la protéine CTX-M et à ses différents variants de séquences SEQ ID N° 351 à SEQ ID N°445 et SEQ ID N° 1871 à SEQ ID N°1908.SEQ ID N° 351 :
    [0048] Dans la colonne intérêt clinique, la mention 2be que l'ensemble des peptides CTX-M signe la présence d'une béta-lactamase avec un spectre étendu (BLSE) capable d'hydrolyser les pénicillines, les céphalosporines de première génération telles que la céphaloridine et la céphalotine ainsi qu'au moins un antibiotique de la classe des oxyimino-beta-lactames tels que le cefotaxime, le ceftazidime ou les monobactames tels que l'aztreoname.
    [0049] La détection d'un mécanisme de résistance aux céphalosporines de type BLSE (béta-lactamase à spectre étendu), induit par la protéine CTX-M, est caractérisée par la détection d'au moins un peptide marqueur de résistance, de type 2be, choisi parmi les séquences SEQ ID N°446 à SEQ ID N°478, SEQ ID N°480 à SEQ ID N°495 et SEQ ID N° 2008 à SEQ ID N°2092
    [0050] La détection d'un mécanisme de résistance aux céphalosporines induit par l'expression de la protéine SHV est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant à la protéine SHV et à ses différents variants de séquences SEQ ID N° 496 à SEQ ID N°613 et SEQ ID N° 1909 à SEQ ID N°1919.SEQ ID N° 496 :
    [0051] Dans la colonne intérêt clinique, les mentions 2b, 2br, 2be et 2ber correspondent aux sous-groupes fonctionnels des béta-lactamases SHV que permet de détecter le peptide correspondant. Ainsi la détection d'un peptide 2be signera la présence d'une béta-lactamase avec un spectre étendu (BLSE) capable d'hydrolyser les pénicillines, les céphalosporines de première génération telles que la céphaloridine et la céphalotine ainsi qu'au moins un antibiotique de la classe des oxyimino-beta-lactames tels que le cefotaxime, le ceftazidime ou les monobactames tels que l'aztreoname.
    [0052] La mention SHV indique un peptide commun entre au moins deux des sous-groupes 2b, 2br et 2be ou 2ber. Le peptide correspondant signe la présence d'une beta-lactamase de type SHV et la présence d'un mécanisme de résistance au moins aux pénicillines et aux céphalosporines de première génération.
    [0053] La détection d'un mécanisme de résistance aux céphalosporines de type BLSE (beta-lactamase à spectre étendu), induit par la protéine SHV, est caractérisée par la détection d'au moins un peptide marqueur de résistance, de type 2be, choisi parmi les séquences SEQ ID N°616, SEQ ID N°617, SEQ ID N°627, SEQ ID N°629, SEQ ID N°634, SEQ ID N°647, SEQ ID N°648, SEQ ID N°653, SEQ ID N°654, SEQ ID N°656, SEQ ID N°660, SEQ ID N°661, SEQ ID N°662, SEQ ID N°663, SEQ ID N°664, SEQ ID N°665, SEQ ID N°670, SEQ ID N°673, SEQ ID N°674, SEQ ID N°675, SEQ ID N°678, SEQ ID N°682, SEQ ID N°684, SEQ ID N°685, SEQ ID N°686, SEQ ID N°687, SEQ ID N°688, SEQ ID N°697, SEQ ID N°702, SEQ ID N°703, SEQ ID N°704, SEQ ID N°707, SEQ ID N°708, SEQ ID N°709, SEQ ID N°711, SEQ ID N°2095.
    [0054] La détection d'un mécanisme de résistance aux céphalosporines induit par l'expression de la protéine FOX est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant à la protéine FOX et à ses différents variants de séquences SEQ ID N° 712 à SEQ ID N°718 et SEQ ID N° 1920 à SEQ ID N°1922.SEQ ID N° 712 :
    [0055] La détection d'un mécanisme de résistance aux céphalosporines induit par l'expression de la protéine ACC est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant à la protéine ACC et à ses différents variants de séquences SEQ ID N° 736 à SEQ ID N°739.SEQ ID N°736:
    [0056] La détection d'un mécanisme de résistance aux céphalosporines induit par l'expression de la protéine ACT est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant à la protéine ACT et à ses différents variants de séquences SEQ ID N° 788 à SEQ ID N°794.SEQ ID N°788:
    [0057] La détection d'un mécanisme de résistance aux céphalosporines induit par l'expression de la protéine CARB est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant à la protéine CARB et à ses différents variants de séquences SEQ ID N° 842 à SEQ ID N°852.SEQ ID N°842:
    [0058] La détection d'un mécanisme de résistance aux céphalosporines induit par l'expression de la protéine DHA est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant à la protéine DHA et à ses différents variants de séquences SEQ ID N°922 à SEQ ID N°927.SEQ ID N°922:
    [0059] La détection d'un mécanisme de résistance aux céphalosporines induit par l'expression de la protéine MIR est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant à la protéine MIR et à ses différents variants de séquences SEQ ID N° 949 à SEQ ID N°953.SEQ ID N°949:
    [0060] La détection d'un mécanisme de résistance aux céphalosporines induit par l'expression de la protéine MOX est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant à la protéine MOX et à ses différents variants de séquences SEQ ID N° 982 à SEQ ID N°988.SEQ ID N°982:
    [0061] La détection d'un mécanisme de résistance aux céphalosporines induit par l'expression de la protéine PER est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant à la protéine PER et à ses différents variants de séquences SEQ ID N°1038 à SEQ ID N°1044.SEQ ID N°1038:
    [0062] La détection d'un mécanisme de résistance aux céphalosporines induit par l'expression de la protéine PER indique une résistance de type ESBL. Elle est préférentiellement détectée à l'aide des SEQ ID N°1045 à SEQ ID N°1065 et SEQ ID N°1069 à SEQ ID N°1077.
    [0063] La détection d'un mécanisme de résistance aux céphalosporines induit par l'expression de la protéine VEB est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant à la protéine VEB et à ses différents variants de séquences SEQ ID N°1078 à SEQ ID N°1084.SEQ ID N°1078:
    [0064] La détection d'un mécanisme de résistance aux céphalosporines induit par l'expression de la protéine VEB indique une résistance de type ESBL.
    [0065] La détection d'un mécanisme de résistance aux céphalosporines ou aux carbapénèmes induit par l'expression de la protéine OXA est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant à la protéine OXA et à ses différents variants de séquences SEQ ID N° 1105 à SEQ ID N°1266 :SEQ ID N°1105:
    [0066] lesdits peptides étant choisis, de préférence, parmi les peptides de séquence SEQ ID N° 1267 à SEQ ID N° 1835 et SEQ ID N° 2160 à SEQ ID N° 2171 tels que définis ci-après : Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Position du peptide dans la ou les protéines OXA Intérêt clinique SEQ ID N°1267
    [0067] Dans la colonne intérêt clinique, les mentions 2d, 2de, 2df correspondent aux sous-groupes fonctionnels des béta-lactamases OXA que permet de détecter le peptide correspondant. Ainsi la détection d'un peptide 2df signera la présence d'une beta-lactamase de type carbapénèmase capable d'hydrolyser les carbapénèmes.
    [0068] La mention 2de signera la présence d'une beta-lactamase avec un spectre étendu (BLSE) capable d'hydrolyser les pénicillines, les céphalosporines de première génération telles que la céphaloridine et la céphalotine ainsi qu'au moins un antibiotique de la classe des oxyimino-beta-lactames tels que le cefotaxime, le ceftazidime ou les monobactames tels que l'aztreoname.
    [0069] La mention OXA indique un peptide commun entre au moins deux des sous-groupes 2d, 2de et 2df. Le peptide correspondant signe la présence d'une béta-lactamase de type OXA et la présence d'un mécanisme de résistance au moins aux pénicillines et aux céphalosporines de première génération.
    [0070] La détection d'un mécanisme de résistance aux céphalosporines de type BLSE (beta-lactamase à spectre étendu) induit par la protéine OXA, est caractérisée par la détection d'au moins un peptide marqueur de résistance, de type 2de, choisi parmi les séquences SEQ ID N° 1277, 1297, 1323, 1344, 1368, 1369, 1373, 1375, 1392, 1421, 1423, 1427, 1429, 1439, 1444, 1446, 1450, 1451, 1457, 1465, 1468, 1490, 1491, 1495, 1498, 1534, 1543, 1545, 1575, 1589, 1597, 1598, 1600, 1602, 1657, 1713, 1721, 1724, 1740, 1742, 1787, 1824, 1268, 1269, 1270, 1271, 1272, 1278, 1279, 1280, 1281, 1283, 1285, 1288, 1290, 1295, 1299, 1300, 1301, 1302, 1303, 1304, 1305, 1306, 1307, 1308, 1309, 1310, 1314, 1315, 1316, 1317, 1318, 1319, 1320, 1332, 1337, 1339, 1340, 1341, 1342, 1350, 1354, 1355, 1356, 1357, 1358, 1359, 1360, 1365, 1366, 1367, 1386, 1389, 1390, 1391, 1393, 1394, 1402, 1404, 1405, 1407, 1408, 1413, 1414, 1419, 1420, 1425, 1432, 1433, 1440, 1447, 1448, 1456, 1471, 1472, 1477, 1478, 1480, 1485, 1487, 1488, 1499, 1504, 1506, 1508, 1509, 1510, 1513, 1514, 1515, 1516, 1521, 1522, 1525, 1526, 1530, 1533, 1539, 1540, 1548, 1550, 1551, 1552, 1553, 1554, 1555, 1556, 1559, 1567, 1569, 1570, 1571, 1572, 1574, 1577, 1582, 1590, 1592, 1595, 1596, 1605, 1609, 1610, 1611, 1612, 1613, 1614, 1615, 1616, 1617, 1618, 1620, 1626, 1627, 1628, 1632, 1633, 1634, 1635, 1637, 1638, 1639, 1640, 1652, 1653, 1656, 1660, 1661, 1662, 1664, 1665, 1666, 1669, 1670, 1671, 1672, 1673, 1677, 1678, 1680, 1681, 1685, 1687, 1695, 1696, 1697, 1703, 1704, 1706, 1707, 1708, 1709, 1712, 1714, 1715, 1717, 1720, 1722, 1725, 1727, 1729, 1730, 1732, 1733, 1737, 1738, 1743, 1746, 1748, 1751, 1752, 1753, 1754, 1755, 1758, 1759, 1760, 1761, 1762, 1763, 1764, 1765, 1769, 1771, 1773, 1775, 1776, 1777, 1781, 1785, 1788, 1790, 1791, 1792, 1793, 1794, 1795, 1796, 1797, 1798, 1800, 1805, 1806, 1809, 1810, 1815, 1816, 1818, 1828, 2160, 2161, 2162, 2163, 2164, 2165, 2166, 2167, 2168, 2169, 2170, 2171.
    [0071] La détection d'un mécanisme de résistance aux carbapénèmes ou aux céphalosporines, induit par l'expression de la protéine GES, est caractérisée par la détection d'au moins un peptide appartenant à la protéine GES et à ses différents variants de séquences SEQ ID N° 2114 à SEQ ID N°2130.SEQ ID N°2114:
    [0072] lesdits peptides étant choisis, de préférence, parmi les peptides de séquence SEQ ID N° 2131à SEQ ID N° 2159 tels que définis ci-après : Peptide SEQ ID N° Séquence d'acides aminés Position du peptide dans la ou les protéines GES Intérêt clinique SEQ ID N°2131 AAEIGVAIVDPQGEIVAGHR 36-55 pour les protéines de SEQ N°2126 carba SEQ ID N°2132 AAQIGVAIVDPQGEIVAGHR 36-55 pour les protéines de SEQ N°2114, 2115, 2116,2117,2118,2119,2120,2121,2122, 2123,2124,2125,2127,2128,2129,2130 BLSE SEQ ID N°2133 AGFPK 218-222 pour les protéines de SEQ N°2114, 2115,2116,2117,2118,2119,2120,2121, 2122,2123,2124,2125,2126,2127,2128, 2129,2130 BLSE SEQ ID N°2134 DTTTPIAMAR 174-183 pour les protéines de SEQ N°2114, 2115,2116,2117,2118,2119,2120,2121, 2122,2123,2124,2125,2126,2127,2128, 2129,2130 BLSE SEQ ID N°2135 DWWGEK 223-229 pour les protéines de SEQ N°2114, 2115,2116,2117,2118,2119,2120,2121, 2122,2123,2124,2125,2126,2127,2128, 2129,2130 BLSE SEQ ID N°2136 DYAVAVYTTAPK 250-261 pour les protéines de SEQ N°2114, 2115,2116,2117,2118,2119,2120,2121, 2122,2123,2124,2125,2126,2127,2128, 2129,2130 BLSE SEQ ID N°2137 EIGGPAAMTQYFR 136-148 pour les protéines de SEQ N°2114, 2115,2116,2117,2118,2119,2120,2121, 2122,2123,2124,2125,2126,2127,2128, 2129,2130 BLSE SEQ ID N°2138 EPEMGDNTPGDLR 161-173 pour les protéines de SEQ N°2114, 2115, 2116, 2120, 2121, 2122, 2127, 2128, 2130 BLSE SEQ ID N°2139 EPEMNDNTPGDLR 161-173 pour les protéines de SEQ N°2117, 2123 carba SEQ ID N°2140 EPEMSDNTPGDLR 161-173 pour les protéines de SEQ N°2118, 2119,2125,2126,2129 carba SEQ ID N°2141 ESEMSDNTPGDLR 161-173 pour les protéines de SEQ N°2124 carba SEQ ID N°2142 FAMCSTFK 60-67 pour les protéines de SEQ N°2114, 2115, 2116,2117,2118,2119,2120,2121,2122, 2123, 2124, 2125, 2126, 2127, 2128, 2129, 2130 BLSE SEQ ID N°2143 FIHALLLAGIAHSAYASEK 3-21 pour les protéines de SEQ N°2114, 2115, 2116,2117,2118,2119,2120,2121,2123, 2124,2125,2126,2127,2128,2129,2130 BLSE SEQ ID N°2144 FIHALLLAGTAHSAYASEK 3-21 pour les protéines de SEQ N°2122 carba SEQ ID N°2145 FPLAALVFER 68-77 pour les protéines de SEQ N°2114, 2115, 2116,2117,2118,2119,2120,2121,2122, 2123, 2124, 2125, 2126, 2127, 2128, 2129, 2130 BLSE SEQ ID N°2146 IDSGTER 78-84 pour les protéines de SEQ N°2114, 2115, 2116,2117,2118,2119,2120,2121,2122, 2123, 2124, 2125, 2126, 2127, 2128, 2129, 2130 BLSE SEQ ID N°2147 IGDSVSR 150-156 pour les protéines de SEQ N°2114, 2115,2116,2117,2118,2119,2120,2121, 2122,2123,2124,2125,2126,2127,2128, 2129,2130 BLSE SEQ ID N°2148 LSAVER 262-267 pour les protéines de SEQ N°2114, 2115,2116,2117,2118,2119,2120,2121, 2122,2123,2124,2125,2126,2127,2128, 2129,2130 BLSE SEQ ID N°2149 LSYGPDMIVEWSPATER 89-105 pour les protéines de SEQ N°2114, 2116,2117,2118,2120,2121,2122,2124, 2125,2126,2130 BLSE SEQ ID N°2150 LSYGPDMIVK 89-98 pour les protéines de SEQ N°2115, 2119, 2123,2127,2128,2129 carba SEQ ID N°2151 NDIGFFK 239-245 pour les protéines de SEQ N°2114, 2115,2116,2117,2118,2119,2120,2121, 2122,2123,2124,2125,2126,2127,2128, 2129,2130 BLSE SEQ ID N°2152 TDLEK 26-30 pour les protéines de SEQ N°2114, 2115, 2116,2117,2118,2119,2120,2121,2122, 2123, 2124, 2125, 2126, 2127, 2128, 2129, 2130 BLSE SEQ ID N°2153 TGACANGAR 230-238 pour les protéines de SEQ N°2130 carba SEQ ID N°2154 TGTCANGAR 230-238 pour les protéines de SEQ N°2121, 2125,2127 carba SEQ ID N°2155 TGTCANGGR 230-238 pour les protéines de SEQ N°2114, 2115,2116,2117,2118,2119,2122,2123, 2124,2126,2128,2129 BLSE SEQ ID N°2156 TGTCANGSR 230-238 pour les protéines de SEQ N°2120 carba SEQ ID N°2157 VLYGGALTSTSTHTIER 188-204 pour les protéines de SEQ N°2114, 2115,2116,2117,2118,2119,2120,2121, 2122,2123,2124,2125,2126,2127,2128, 2129,2130 BLSE SEQ ID N°2158 WLIGNQTGDATLR 205-217 pour les protéines de SEQ N°2114, 2115,2116,2117,2118,2119,2120,2121, 2122,2123,2124,2125,2126,2127,2128, 2129,2130 BLSE SEQ ID N°2159 WSPATER 99-105 pour les protéines de SEQ N°2114, 2115,2116,2117,2118,2119,2120,2121, 2122,2123,2124,2125,2126,2127,2128, 2129,2130 carba
    [0073] Dans la colonne intérêt clinique, les mentions BLSE et carba correspondent aux activités béta-lactamases GES que permet de détecter le peptide correspondant. Ainsi la détection d'un peptide carba signera la présence d'une béta-lactamase de type carbapénèmase capable d'hydrolyser les carbapénèmes, les pénicillines, les céphalosporines de première génération telles que la céphaloridine et la céphalotine ainsi qu'au moins un antibiotique de la classe des oxyimino-beta-lactames tels que le cefotaxime, le ceftazidime ou les monobactames tels que l'aztreoname.
    [0074] Si aucun peptide noté carba n'est détecté, la détection d'un peptide noté BLSE signera la présence d'une béta-lactamase avec un spectre étendu (BLSE) capable d'hydrolyser les pénicillines, les céphalosporines de première génération telles que la céphaloridine et la céphalotine ainsi qu'au moins un antibiotique de la classe des oxyimino-beta-lactames tels que le cefotaxime, le ceftazidime ou les monobactames tels que l'aztreoname.
    [0075] La détection d'un mécanisme de résistance aux céphalosporinases avec un spectre étendu (BLSE) induit par la protéine GES, est ainsi caractérisée par la détection d'au moins un peptide marqueur de résistance, de type BLSE, choisi parmi les séquences SEQ ID N° 2131 à SEQ ID N°2159
    [0076] Certaines séquences peptidiques peuvent être communes à plusieurs mécanismes de résistance. Ainsi les séquences suivantes sont identiques : SEQ ID N°834 et SEQ ID N°978 SEQ ID N°833 et SEQ ID N°977 SEQ ID N°832 et SEQ ID N°976 SEQ ID N°831 et SEQ ID N°975 SEQ ID N°826 et SEQ ID N°974 SEQ ID N°825 et SEQ ID N°973 SEQ ID N°824 et SEQ ID N°972 SEQ ID N°823 et SEQ ID N°971 SEQ ID N°822 et SEQ ID N°970 SEQ ID N°817 et SEQ ID N°969 SEQ ID N°813 et SEQ ID N°967 SEQ ID N°802 et SEQ ID N°964 SEQ ID N°798 et SEQ ID N°963 SEQ ID N°666 et SEQ ID N°895 SEQ ID N°350 et SEQ ID N°1035 SEQ ID N°349 et SEQ ID N°1031 SEQ ID N°347 et SEQ ID N°1030 SEQ ID N°346 et SEQ ID N°1029 SEQ ID N°345 et SEQ ID N°1028 SEQ ID N°343 et SEQ ID N°1037 et SEQ ID N°725 SEQ ID N°342 et SEQ ID N°1026 SEQ ID N°341 et SEQ ID N°1025 SEQ ID N°340 et SEQ ID N°1024 SEQ ID N°339 et SEQ ID N°1023 SEQ ID N°338 et SEQ ID N°1020 SEQ ID N°337 et SEQ ID N°1036 et SEQ ID N°719 SEQ ID N°337 et SEQ ID N°1036 SEQ ID N°336 et SEQ ID N°841 et SEQ ID N°981 SEQ ID N°323 et SEQ ID N°840 et SEQ ID N°980 SEQ ID N°315 et SEQ ID N°839 et SEQ ID N°948 et SEQ ID N°979 SEQ ID N°240 et SEQ ID N°679 SEQ ID N°184 et SEQ ID N°626 SEQ ID N°182 et SEQ ID N°625 SEQ ID N°1034 et SEQ ID N°1999 SEQ ID N°1032 et SEQ ID N°1988 SEQ ID N°1027 et SEQ ID N°1970 SEQ ID N°1022 et SEQ ID N°1952 SEQ ID N°1021 et SEQ ID N°1937 SEQ ID N°1019 et SEQ ID N°1933 SEQ ID N°809 et SEQ ID N°966 SEQ ID N°1033 et SEQ ID N°1989
    [0077] Dans tous les cas, les séquences ci-dessus signent l'expression d'un mécanisme de résistance aux céphalosporines.
    [0078] Le procédé de l'invention et ses avantages ressortiront de la suite de la présente description qui présente plusieurs exemples, non limitatifs, de mise en oeuvre dudit procédé. Exemple 1 : Identification de microorganismes à partir d'un échantillon par profil biochimique 1. Mise-en en culture de l'échantillon sur milieu de culture
    [0079] Les milieux de culture optimaux et les conditions de culture optimales sont différents selon les espèces de microorganisme. Par défaut l'échantillon est ensemencé sur différents milieux : o gélose Columbia au sang de mouton (réf bioMérieux 43041) pendant 18 à 24 h à 35°C, en atmosphère aérobie ou anaérobie ; o gélose TSA (référence bioMérieux 43011) pendant 18 à 24 h à 37°C. 2. Identification des microorganismes
    [0080] L'identification est mise en oeuvre comme suit :1. Sélection de colonies isolées 2. En respectant les conditions d'asepsie, transfert de 3,0 mL de solution saline stérile aqueuse (à 0,45-0,50 % de NaCl, de pH 4,5 à 7,0) dans un tube à essai en plastique transparent (polystyrène) 3. A l'aide d'un bâtonnet ou d'un écouvillon stérile, transfert d'un nombre suffisant de colonies identiques dans le tube de solution saline préparé à l'étape 2 et ajustement de la suspension bactérienne entre 0,50 et 0,63 McFarland avec un DENSICHEK étalonné du VITEK® 4. Positionnement du tube de suspension bactérienne et d'une carte d'identification VITEK® sur une cassette VITEK® 5. Chargement de la cassette dans l'instrument VITEK® 6. Les opérations de remplissage, scellage, incubation et lecture sont automatiques 7. Acquisition d'un profil biochimique 8. Identification avec le système VITEK® réalisée par comparaison à des profils biochimiques de souches connues Exemple 2 : Préparation d'un échantillon primaire urinaire par enrichissement en microorganismes:
    [0081] Le protocole suivant est mis en oeuvre en 16 étapes (les étapes 5 à 12 sont optionnelles et pourraient être omises si l'échantillon enrichi est ultérieurement traité selon les exemples 4 et suivants) : 1. Centrifugation de 5 mL d'urine contaminée, à 2000g pendant 30 secondes 2. Récupération du surnageant 3. Centrifugation à 15000g pendant 5 minutes 4. Elimination du surnageant 5. Lavage du culot avec 3 mL d'eau distillée par remise en suspension 6. Centrifugation à 15000g pendant 5 minutes 7. Elimination du surnageant 8. Mettre le culot en présence de solvant (8 volumes acétone pour 1 volume de méthanol) en dilution au 1/10 9. Laisser 1 heure à -20°C 10. Centrifugation à 15000g pendant 5 minutes 11. Elimination du surnageant 12. Mettre le culot en présence de solvant (8 volumes acétone pour 1 volume de méthanol) en dilution au 1/10 13. Laisser 1 heure à -20°C 14.Centrifugation à 15000g pendant 5 minutes 15. Elimination du surnageant 16. Le culot constitue l'échantillon enrichi en microorganisme Exemple 3 : Identification de microorganismes à partir d'un échantillon par MALDI-TOF
    [0082] L'identification est mise en oeuvre comme suit : 1. Transfert à l'aide d'une oese 1µl, d'une portion de colonie de microorganisme obtenue selon l'exemple 1, ou d'un échantillon enrichi selon l'exemple 2, et dépôt uniforme sur une plaque pour spectrométrie de masse par MALDI-TOF 2. Recouvrement du dépôt avec 1 µl de matrice. La matrice utilisée est une solution saturée d'HCCA (acide alpha-cyano-4-hydroxycinnamique) en solvant organique (50% d'acétonitrile et 2,5% d'acide trifluoroacétique) 3. Séchage à température ambiante 4. Introduction de la plaque dans le spectromètre de masse 5. Acquisition d'un spectre de masse 6. Comparaison du spectre obtenu avec les spectres contenus dans une base de connaissance 7. Identification du microorganisme par comparaison des pics obtenus à ceux de la base de connaissance Exemple 4 : Identification de microorganismes à partir d'un échantillon par ESI-MS
    [0083] L'identification est mise en oeuvre comme suit : 1. Prélèvement d'une colonie de microorganisme, obtenue selon l'exemple 1, ou d'un échantillon enrichi selon l'exemple 2, et mise en suspension dans 100µl d'eau déminéralisée. 2. Centrifugation à 3000g pendant 5 minutes. 3. Elimination du surnageant. 4. Remise en suspension dans 100µl d'eau déminéralisée. 5. Centrifugation à 3000g pendant 5 minutes. 6. Elimination du surnageant. 7. Remise en suspension dans 100µl d'un mélange Acétonitrile, eau déminéralisée, acide formique (50/50/0.1 %). 8. Filtration avec un filtre de porosité 0.45 µm. 9. Injection dans un spectromètre de masse en mode MS simple. 10.Acquisition d'un spectre de masse. 11. Comparaison du spectre obtenu avec les spectres contenus dans une base de connaissance. 12. Identification du microorganisme par référence à des spectres de référence. Exemple 5 : Obtention de protéines digérées à partir de microorganismes
    [0084] Classiquement le protocole suivant est mis en oeuvre en 17 étapes : 1. Prélèvement d'une colonie de microorganisme, obtenue selon l'exemple 1, ou d'un échantillon enrichi selon l'exemple 2, et mise en suspension dans 10 à 100µl d'une solution d'hydrochlorure de guanidine 6M, 50 mM Tris-HCl, pH=8,0. 2. Ajout de dithiothréitol (DTT) pour obtenir une concentration finale de 5mM. 3. Réduction pendant 20 minutes à 95°C dans un bain-marie. 4. Refroidissement des tubes à température ambiante. 5. Ajout d'iodoacétamide pour obtenir une concentration finale de 12.5 mM. 6. Alkylation pendant 40 minutes à température ambiante et à l'obscurité. 7. Dilution d'un facteur 6 avec une solution de NH4HCO3 50 mM, pH=8.0 pour obtenir une concentration finale en hydrochlorure de guanidine de 1 M. 8. Ajout de 1 µg de trypsine. 9. Digestion à 37°C pendant 6 heures jusqu'à une nuit. 10.Ajout d'acide formique jusqu'à un pH inférieur à 4 pour stopper la réaction. 11. Le volume d'échantillon est complété à 1mL avec eau/acide formique 0,5% (v/v) 12. Equilibrage des colonnes HLB Oasis Waters avec 1ml de méthanol puis 1 ml H2O/acide formique 0,1 % (v/v) 13. Dépôt de l'échantillon qui s'écoule par gravité 14. Lavage avec 1 ml H2O/acide formique 0,1% (v/v) 15. Elution avec 1ml d'un mélange 80% de méthanol et 20% d'eau/acide formique 0,1 % (v/v) 16. L'éluat est évaporé avec un évaporateur de type SpeedVac® SPD2010 (Thermo Electron Corporation, Waltham, Massachusetts, Etats-Unis d'Amérique), durant 2 heures, afin d'obtenir un volume d'environ 100µl. 17.L'éluat est ensuite repris dans une solution eau/acide formique 0,5% (v/v) quantité suffisante pour (QSP) 250µl Exemple 6 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type TEM:
    [0085] Les échantillons Ech10 à Ech61 sont identifiés selon l'une des méthodes décrites dans les exemples 1, 3 ou 4. L'identification des espèces est reportée dans le TABLEAU 1. TABLEAU 1 :Noms Espèces Ech10 P. mirabilisEch11 E. coliEch12 E. aerogenesEch13 E. coliEch14 E. coliEch15 E. coliEch16 S. marcescensEch17 E. coliEch18 E. coliEch19 P. mirabilisEch20 C. freundiiEch21 E. coliEch22 P. mirabilisEch23 E. coliEch24 K. pneumoniaeEch25 E. coliEch26 K. oxytocaEch27 P. mirabilisEch28 E. coliEch29 P. mirabilisEch30 P. rettgeriEch31 P. stuartiiEch32 S. DerbyEch33 E. coliEch34 E. coliEch35 E. coliEch36 E. coliEch37 E. coliEch38 E. coliEch39 E. coliEch40 E. coliEch41 E. coliEch42 E. coliEch43 E. coliEch44 E. coliEch45 K. pneumoniaeEch46 E. coliEch47 K. pneumoniaeEch48 P. mirabilisEch49 P. mirabilisEch50 P. mirabilisEch51 P. mirabilisEch52 P. mirabilisEch53 K. pneumoniaeEch54 P. mirabilisEch55 E. coliEch56 E. coliEch57 P. mirabilisEch58 E. aerogenesEch59 E. aerogenesEch60 E. coliEch61 E. coli
    [0086] Les échantillons Ech10 à Ech61 correspondent à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type TEM (Enterobacteriaceae...). La méthode suivante est alors mise en oeuvre pour rechercher un tel mécanisme.
    [0087] Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis un volume de 50µl de protéines digérées est injecté et analysé selon les conditions suivantes : Chaîne chromatographique Dionex Ultimate 3000 de la société Dionex Corporation (Sunnyvale, Etats Unis d'Amerique). Colonne Waters BEH130 C18, 2,1mm de diamètre interne, 100mm de long, taille de particule de 3,5µm (Waters, Saint-Quentin En Yvelines, France). Solvant A : H2O + 0,1% acide formique. Solvant B : ACN + 0,1 % acide formique. Gradient HPLC défini dans le TABLEAU 2 ci-après. TABLEAU 2 :Temps (min) Débit (µl) Solvant A (%) Solvant B (%) 0 300 98 2 3 300 98 2 34 300 54.6 45.4 35 300 0 100 55 300 0 100 55.1 300 98 2 74 300 98 2 L'éluat en sortie de colonne chromatographique est directement injecté dans la source d'ionisation du spectromètre de masse de type QTRAP® 5500 de la société Applied Biosystems (Foster City, Etats Unis d'Amérique). Les peptides, issus de la digestion des protéines du microorganisme, sont analysés par le spectromètre de masse en mode MRM. Seuls les peptides indiqués dans le TABLEAU 3 sont détectés. Pour cela, le ou les fragments des peptides indiqués dans le TABLEAU 3 sont détectés. L'état de charge du précuseur, ainsi que l'existence éventuelle d'une méthionine oxydée sont également indiqués dans le TABLEAU 3. TABLEAU 3 :Transition numéro Peptide Oxydation méthionine Ion fragment Etat de charge du précurseur Intérêt clinique 1 DAENQLGAR non y4 monochargé 2 TEM 2 DAENQLGAR non y6 monochargé 2 TEM 3 DAENQLGAR non y7 monochargé 2 TEM 4 ELTAFLHNIGDHVTR non y4 monochargé 2 TEM 5 ELTAFLHNIGDHVTR non y8 monochargé 2 TEM 6 ELTAFLHNIGDHVTR non y9 monochargé 2 TEM 7 ELTAFLHNMGDNVTR non y7 monochargé 2 2b 8 ELTAFLHNMGDNVTR non y8 monochargé 2 2b 9 ELTAFLHNMGDNVTR non y9 monochargé 2 2b 10 FPMISTFK oui y5 monochargé 2 2br 11 FPMISTFK oui y6 monochargé 2 2br 12 FPMISTFK oui y7 monochargé 2 2br 13 FPMISTFK non y5 monochargé 2 2br 14 FPMISTFK non y6 monochargé 2 2br 15 FPMISTFK non y7 monochargé 2 2br 16 GEPELNEAIPNDER non y12 dichargé 2 2be 17 GEPELNEAIPNDER non y5 monochargé 2 2be 18 GEPELNEAIPNDER non y7 monochargé 2 2be 19 GSLGIIAALGPDGKPSR non y10 monochargé 2 2br 20 GSLGIIAALGPDGKPSR non y8 monochargé 2 2br 21 GSLGIIAALGPDGKPSR non y9 monochargé 2 2br 22 IHYSQNDLVEYSPVTEK non y6 monochargé 3 TEM 23 IHYSQNDLVEYSPVTEK non y7 monochargé 3 TEM 24 IHYSQNDLVEYSPVTEK non y8 monochargé 3 TEM 25 ILESFRPEER non b6 monochargé 2 TEM 26 ILESFRPEER non b8 monochargé 2 TEM 27 ILESFRPEER non y7 dichargé 2 TEM 28 IVVIYTTGGQATMDER oui y7 monochargé 2 2be 29 IVVIYTTGGQATMDER oui y8 monochargé 2 2be 30 IVVIYTTGGQATMDER oui y9 monochargé 2 2be 31 IVVIYTTGGQATMDER non y6 monochargé 2 2be 32 IVVIYTTGGQATMDER non y8 monochargé 2 2be 33 IVVIYTTGGQATMDER non y9 monochargé 2 2be 34 LDSWEPELNEAIPNDER non y5 monochargé 3 2be 35 LDSWEPELNEAIPNDER non y6 monochargé 3 2be 36 LDSWEPELNEAIPNDER non y7 monochargé 3 2be 37 QIAEICASLIK non y6 monochargé 2 TEM 38 QIAEICASLIK non y7 monochargé 2 TEM 39 QIAEICASLIK non y8 monochargé 2 TEM 40 SGANER non y3 monochargé 2 TEM 41 SGANER non y4 monochargé 2 TEM 42 SGANER non y5 monochargé 2 TEM 43 SGGSER non y3 monochargé 2 2be 44 SGGSER non y4 monochargé 2 2be 45 SGGSER non y5 monochargé 2 2be 46 VDAGQEQLDR non y7 monochargé 2 TEM 47 VDAGQEQLDR non y8 monochargé 2 TEM 48 VDAGQEQLDR non y9 monochargé 2 TEM 49 VKPAEDK non y4 monochargé 2 2be 50 VKPAEDK non y5 monochargé 2 2be 51 VKPAEDK non y6 monochargé 2 2be 52 WEPELNEAIPIDER non y12 dichargé 2 2be 53 WEPELNEAIPIDER non y5 monochargé 2 2be 54 WEPELNEAIPIDER non y7 monochargé 2 2be 55 DTTMPAAMATK oui y7 monochargé 2 TEM 56 DTTMPAAMATK oui y8 monochargé 2 TEM 57 DTTMPAAMATK oui y9 monochargé 2 TEM 58 DTTMPAAMATK non y7 monochargé 2 TEM 59 DTTMPAAMATK non y8 monochargé 2 TEM 60 DTTMPAAMATK non y9 monochargé 2 TEM 61 ELTAFLHNMGDHVTR non y13 dichargé 2 TEM 62 ELTAFLHNMGDHVTR non y4 monochargé 2 TEM 63 ELTAFLHNMGDHVTR non y8 monochargé 2 TEM 64 EPELNEAIPNDER non y5 monochargé 2 TEM 65 EPELNEAIPNDER non y7 monochargé 2 TEM 66 EPELNEAIPNDER non y8 monochargé 2 TEM 67 FPMMSTFK oui y6 monochargé 2 TEM 68 FPMMSTFK oui y7 monochargé 2 TEM 69 FPMMSTFK oui y7 dichargé 2 TEM 70 FPMMSTFK non y6 monochargé 2 TEM 71 FPMMSTFK non y7 monochargé 2 TEM 72 FPMMSTFK non y7 dichargé 2 TEM 73 GIIAALGPDGKPSR non y7 monochargé 2 TEM 74 GIIAALGPDGKPSR non y8 monochargé 2 TEM 75 GIIAALGPDGKPSR non y9 monochargé 2 TEM 76 IDAGQEQLGR non y7 monochargé 2 TEM 77 IDAGQEQLGR non y8 monochargé 2 TEM 78 IDAGQEQLGR non y9 monochargé 2 TEM 79 IHYSQNDLVK non y7 monochargé 2 2be 80 IHYSQNDLVK non y8 monochargé 2 2be 81 IHYSQNDLVK non y9 dichargé 2 2be 82 IHYSQSDVVEYSPVTEK non y16 dichargé 2 TEM 83 IHYSQSDVVEYSPVTEK non y5 monochargé 2 TEM 84 IHYSQSDVVEYSPVTEK non y6 monochargé 2 TEM 85 IVVIYMTGGQATMDER non y6 monochargé 2 2be 86 IVVIYMTGGQATMDER non y8 monochargé 2 2be 87 IVVIYMTGGQATMDER non y9 monochargé 2 2be 88 LDCWEPELNEAIPNDER non y5 monochargé 3 2be 89 LDCWEPELNEAIPNDER non y6 monochargé 3 2be 90 LDCWEPELNEAIPNDER non y7 monochargé 3 2be 91 MSIQHFR oui y4 monochargé 2 TEM 92 MSIQHFR oui y5 monochargé 2 TEM 93 MSIQHFR oui y6 monochargé 2 TEM 94 MSIQHFR non y4 monochargé 2 TEM 95 MSIQHFR non y5 monochargé 2 TEM 96 MSIQHFR non y6 monochargé 2 TEM 97 QQLIDWMEADK non y5 monochargé 2 TEM 98 QQLIDWMEADK non y6 monochargé 2 TEM 99 QQLIDWMEADK non y7 monochargé 2 TEM 100 SGASER non y3 monochargé 2 2be 101 SGASER non y4 monochargé 2 2be 102 SGASER non y5 monochargé 2 2be 103 VALIPFLAAFCLPVFAHPETLVK non y11 dichargé 3 2ber 104 VALIPFLAAFCLPVFAHPETLVK non y6 monochargé 3 2ber 105 VALIPFLAAFCLPVFAHPETLVK non y8 monochargé 3 2ber 106 VGYIELDLNSGK non y7 monochargé 2 TEM 107 VGYIELDLNSGK non y8 monochargé 2 TEM 108 VGYIELDLNSGK non y9 monochargé 2 TEM 109 VLLCGAELSR non y6 monochargé 2 TEM 110 VLLCGAELSR non y7 monochargé 2 TEM 111 VLLCGAELSR non y8 monochargé 2 TEM 112 DAEDQLGAR non y5 monochargé 2 TEM 113 DAEDQLGAR non y6 monochargé 2 TEM 114 DAEDQLGAR non y7 monochargé 2 TEM 115 ETTTPAAMATTLR oui y7 monochargé 2 2be 116 ETTTPAAMATTLR oui y9 monochargé 2 2be 117 ETTTPAAMATTLR oui y9 dichargé 2 2be 118 ETTTPAAMATTLR non y7 monochargé 2 2be 119 ETTTPAAMATTLR non y9 monochargé 2 2be 120 ETTTPAAMATTLR non y9 dichargé 2 2be 121 FPMVSTFK oui y6 monochargé 2 TEM 122 FPMVSTFK oui y7 monochargé 2 TEM 123 FPMVSTFK oui y7 dichargé 2 TEM 124 FPMVSTFK non y6 monochargé 2 TEM 125 FPMVSTFK non y7 monochargé 2 TEM 126 FPMVSTFK non y7 dichargé 2 TEM 127 GSGGIIAALGPDGKPSR non y7 monochargé 2 2br 128 GSGGIIAALGPDGKPSR non y8 monochargé 2 2br 129 GSGGIIAALGPDGKPSR non y9 monochargé 2 2br 130 HLTDGMTVR oui y5 monochargé 2 TEM 131 HLTDGMTVR oui y7 monochargé 2 TEM 132 HLTDGMTVR oui y8 monochargé 2 TEM 133 HLTDGMTVR non y4 monochargé 2 TEM 134 HLTDGMTVR non y7 monochargé 2 TEM 135 HLTDGMTVR non y8 monochargé 2 TEM 136 IVIIYTTGSQATMDER non b4 monochargé 2 2br 137 IVIIYTTGSQATMDER non y2 monochargé 2 2br 138 IVIIYTTGSQATMDER non y9 monochargé 2 2br 139 IVVIYTTGSQATMDEQNR oui y5 monochargé 3 2br 140 IVVIYTTGSQATMDEQNR oui y6 monochargé 3 2br 141 IVVIYTTGSQATMDEQNR oui y7 monochargé 3 2br 142 IVVIYTTGSQATMDEQNR non y5 monochargé 3 2br 143 IVVIYTTGSQATMDEQNR non y6 monochargé 3 2br 144 IVVIYTTGSQATMDEQNR non y7 monochargé 3 2br 145 LDHWEPELNEAVPNDER non y5 monochargé 3 2be 146 LDHWEPELNEAVPNDER non y6 monochargé 3 2be 147 LDHWEPELNEAVPNDER non y7 monochargé 3 2be 148 LLTGELLTLASQQQLIDWMEADK oui b8 monochargé 3 TEM 149 LLTGELLTLASQQQLIDWMEADK oui y6 monochargé 3 TEM 150 LLTGELLTLASQQQLIDWMEADK oui y7 monochargé 3 TEM 151 LLTGELLTLASQQQLIDWMEADK non b4 monochargé 3 TEM 152 LLTGELLTLASQQQLIDWMEADK non y6 monochargé 3 TEM 153 LLTGELLTLASQQQLIDWMEADK non y7 monochargé 3 TEM 154 QIAEIGASLIK non y7 monochargé 2 TEM 155 QIAEIGASLIK non y8 monochargé 2 TEM 156 QIAEIGASLIK non y9 monochargé 2 TEM 157 QTAEIGASLIK non y7 monochargé 2 2be 158 QTAEIGASLIK non y8 monochargé 2 2be 159 QTAEIGASLIK non y9 monochargé 2 2be 160 SGADER non y3 monochargé 2 TEM 161 SGADER non y4 monochargé 2 TEM 162 SGADER non y5 monochargé 2 TEM 163 SGASK non y2 monochargé 2 2be 164 SGASK non y3 monochargé 2 2be 165 SGASK non y4 monochargé 2 2be 166 VAGPLLR non y4 monochargé 2 TEM 167 VAGPLLR non y5 monochargé 2 TEM 168 VAGPLLR non y6 monochargé 2 TEM 169 VGYIEMDLNSGK oui y10 dichargé 2 2be 170 VGYIEMDLNSGK oui y7 monochargé 2 2be 171 VGYIEMDLNSGK oui y8 monochargé 2 2be 172 VGYIEMDLNSGK non y7 monochargé 2 2be 173 VGYIEMDLNSGK non y8 monochargé 2 2be 174 VGYIEMDLNSGK non y9 monochargé 2 2be 175 WEPELNEAIPNDER non y12 dichargé 2 TEM 176 WEPELNEAIPNDER non y5 monochargé 2 TEM 177 WEPELNEAIPNDER non y7 monochargé 2 TEM 178 ELTAFLHNMGEHVTR non y7 monochargé 2 2b 179 ELTAFLHNMGEHVTR non y8 monochargé 2 2b 180 ELTAFLHNMGEHVTR non y9 monochargé 2 2b 181 FPMLSTFK oui y6 monochargé 2 TEM 182 FPMLSTFK oui y7 monochargé 2 TEM 183 FPMLSTFK oui y7 dichargé 2 TEM 184 FPMLSTFK non y6 monochargé 2 TEM 185 FPMLSTFK non y7 monochargé 2 TEM 186 FPMLSTFK non y7 dichargé 2 TEM 187 GSCGIIAALGPDGKPSR non y7 monochargé 2 2br 188 GSCGIIAALGPDGKPSR non y8 monochargé 2 2br 189 GSCGIIAALGPDGKPSR non y9 monochargé 2 2br 190 GSSGIIAALGPDGKPSR non y7 monochargé 2 TEM 191 GSSGIIAALGPDGKPSR non y8 monochargé 2 TEM 192 GSSGIIAALGPDGKPSR non y9 monochargé 2 TEM 193 ILESFRPEK non y5 monochargé 2 TEM 194 ILESFRPEK non y6 monochargé 2 TEM 195 ILESFRPEK non y7 monochargé 2 TEM 196 IVVIYTTGSQATMDELNR oui y5 monochargé 3 2br 197 IVVIYTTGSQATMDELNR oui y6 monochargé 3 2br 198 IVVIYTTGSQATMDELNR oui y7 monochargé 3 2br 199 IVVIYTTGSQATMDELNR non y5 monochargé 3 2br 200 IVVIYTTGSQATMDELNR non y6 monochargé 3 2br 201 IVVIYTTGSQATMDELNR non y7 monochargé 3 2br 202 IVVIYTTGSQATMDER non y6 monochargé 2 TEM 203 IVVIYTTGSQATMDER non y8 monochargé 2 TEM 204 IVVIYTTGSQATMDER non y9 monochargé 2 TEM 205 LHCWEPELNEAIPNDER non y5 monochargé 3 2be 206 LHCWEPELNEAIPNDER non y6 monochargé 3 2be 207 LHCWEPELNEAIPNDER non y7 monochargé 3 2be 208 LLTGELLTLASR non y6 monochargé 2 TEM 209 LLTGELLTLASR non y7 monochargé 2 TEM 210 LLTGELLTLASR non y9 monochargé 2 TEM 211 QQLIDWMADK oui y6 monochargé 2 2ber 212 QQLIDWMADK oui y7 monochargé 2 2ber 213 QQLIDWMADK oui y8 monochargé 2 2ber 214 QQLIDWMADK non y6 monochargé 2 2ber 215 QQLIDWMADK non y7 monochargé 2 2ber 216 QQLIDWMADK non y8 monochargé 2 2ber 217 SALPAGWFIADK non y7 monochargé 2 TEM 218 SALPAGWFIADK non y9 monochargé 2 TEM 219 SALPAGWFIADK non y9 dichargé 2 TEM 220 SGAGVR non y3 monochargé 2 2be 221 SGAGVR non y4 monochargé 2 2be 222 SGAGVR non y5 monochargé 2 2be 223 SGTGER non y3 monochargé 2 2be 224 SGTGER non y4 monochargé 2 2be 225 SGTGER non y5 monochargé 2 2be 226 VALIPFFAAFCIPVFAHPETLVK non y11 dichargé 3 2br 227 VALIPFFAAFCIPVFAHPETLVK non y6 monochargé 3 2br 228 VALIPFFAAFCIPVFAHPETLVK non y7 monochargé 3 2br 229 VLLCGAVLSR non y6 monochargé 2 TEM 230 VLLCGAVLSR non y7 monochargé 2 TEM 231 VLLCGAVLSR non y8 monochargé 2 TEM 232 YSPVTEK non y4 monochargé 2 2be 233 YSPVTEK non y5 monochargé 2 2be 234 YSPVTEK non y6 monochargé 2 2be 235 CEPELNEAIPNDER non y12 dichargé 2 2br 236 CEPELNEAIPNDER non y5 monochargé 2 2br 237 CEPELNEAIPNDER non y8 monochargé 2 2br 238 DAEDQVGAR non y5 monochargé 2 2be 239 DAEDQVGAR non y6 monochargé 2 2be 240 DAEDQVGAR non y7 monochargé 2 2be 241 DTTMPVAMATTLR non y7 monochargé 2 TEM 242 DTTMPVAMATTLR non y9 monochargé 2 TEM 243 DTTMPVAMATTLR non y9 dichargé 2 TEM 244 ELTAFLR non y4 monochargé 2 2be 245 ELTAFLR non y5 monochargé 2 2be 246 ELTAFLR non y6 monochargé 2 2be 247 GSTGIIAALGPDGKPSR non y10 monochargé 2 TEM 248 GSTGIIAALGPDGKPSR non y7 monochargé 2 TEM 249 GSTGIIAALGPDGKPSR non y9 monochargé 2 TEM 250 HLTGGMTVR oui y5 monochargé 2 2b 251 HLTGGMTVR oui y6 monochargé 2 2b 252 HLTGGMTVR oui y7 monochargé 2 2b 253 HLTGGMTVR non y5 monochargé 2 2b 254 HLTGGMTVR non y6 monochargé 2 2b 255 HLTGGMTVR non y7 monochargé 2 2b 256 IVVIYMTGSQATMDELNR oui y6 monochargé 3 2ber 257 IVVIYMTGSQATMDELNR oui y7 monochargé 3 2ber 258 IVVIYMTGSQATMDELNR oui y8 monochargé 3 2ber 259 IVVIYMTGSQATMDELNR non y5 monochargé 3 2ber 260 IVVIYMTGSQATMDELNR non y6 monochargé 3 2ber 261 IVVIYMTGSQATMDELNR non y7 monochargé 3 2ber 262 LDHWEPELNEAIPNDER non y5 monochargé 3 2be 263 LDHWEPELNEAIPNDER non y6 monochargé 3 2be 264 LDHWEPELNEAIPNDER non y7 monochargé 3 2be 265 LLTSELLTLASR non y10 monochargé 2 TEM 266 LLTSELLTLASR non y7 monochargé 2 TEM 267 LLTSELLTLASR non y9 monochargé 2 TEM 268 QIAEIGGSLIK non y7 monochargé 2 2ber 269 QIAEIGGSLIK non y8 monochargé 2 2ber 270 QIAEIGGSLIK non y9 monochargé 2 2ber 271 QQLIDWMEVDK oui y6 monochargé 2 TEM 272 QQLIDWMEVDK oui y7 monochargé 2 TEM 273 QQLIDWMEVDK oui y8 monochargé 2 TEM 274 QQLIDWMEVDK non y5 monochargé 2 TEM 275 QQLIDWMEVDK non y6 monochargé 2 TEM 276 QQLIDWMEVDK non y7 monochargé 2 TEM 277 SVLPAGWFIADK non y10 dichargé 2 2be 278 SVLPAGWFIADK non y9 monochargé 2 2be 279 SVLPAGWFIADK non y9 dichargé 2 2be 280 VAGPLMR oui y4 monochargé 2 2br 281 VAGPLMR oui y5 monochargé 2 2br 282 VAGPLMR oui y6 monochargé 2 2br 283 VAGPLMR non y4 monochargé 2 2br 284 VAGPLMR non y5 monochargé 2 2br 285 VAGPLMR non y6 monochargé 2 2br 286 VALIPFFAAFCLPVFAHPDTLVK non y11 dichargé 3 TEM 287 VALIPFFAAFCLPVFAHPDTLVK non y17 dichargé 3 TEM 288 VALIPFFAAFCLPVFAHPDTLVK non y6 monochargé 3 TEM 289 VALIPFFAAFCLPVFAHPK non y15 dichargé 3 TEM 290 VALIPFFAAFCLPVFAHPK non y7 monochargé 3 TEM 291 VALIPFFAAFCLPVFAHPK non y9 dichargé 3 TEM 292 VEDAEDQLGAR non y7 monochargé 2 2b 293 VEDAEDQLGAR non y8 monochargé 2 2b 294 VEDAEDQLGAR non y9 monochargé 2 2b 295 DAEDQLGSTSGYIELDLNSGK non y7 monochargé 3 2ber 296 DAEDQLGSTSGYIELDLNSGK non y8 monochargé 3 2ber 297 DAEDQLGSTSGYIELDLNSGK non y9 monochargé 3 2ber 298 DTTMPAAMATTLR non y7 monochargé 2 TEM 299 DTTMPAAMATTLR non y8 monochargé 2 TEM 300 DTTMPAAMATTLR non y9 monochargé 2 TEM 301 DTTTPAAMATTLR oui y7 monochargé 2 TEM 302 DTTTPAAMATTLR oui y8 monochargé 2 TEM 303 DTTTPAAMATTLR oui y9 dichargé 2 TEM 304 DTTTPAAMATTLR non y7 monochargé 2 TEM 305 DTTTPAAMATTLR non y9 monochargé 2 TEM 306 DTTTPAAMATTLR non y9 dichargé 2 TEM 307 GSHGIIAALGPDGKPSR non b6 monochargé 2 2br 308 GSHGIIAALGPDGKPSR non y15 dichargé 2 2br 309 GSHGIIAALGPDGKPSR non y8 monochargé 2 2br 310 HLPDGMTVR non y5 monochargé 2 TEM 311 HLPDGMTVR non y7 monochargé 2 TEM 312 HLPDGMTVR non y8 monochargé 2 TEM 313 IHYSQSDLVEYSPVTEK non y16 dichargé 2 2be 314 IHYSQSDLVEYSPVTEK non y7 monochargé 2 2be 315 IHYSQSDLVEYSPVTEK non y8 monochargé 2 2be 316 IVVIYMTGSQATMDER non y6 monochargé 2 TEM 317 IVVIYMTGSQATMDER non y8 monochargé 2 TEM 318 IVVIYMTGSQATMDER non y9 monochargé 2 TEM 319 LLTDELLTLASR non y5 monochargé 2 2be 320 LLTDELLTLASR non y6 monochargé 2 2be 321 LLTDELLTLASR non y7 monochargé 2 2be 322 NMGDHVTR oui y4 monochargé 2 2be 323 NMGDHVTR oui y5 monochargé 2 2be 324 NMGDHVTR oui y6 monochargé 2 2be 325 NMGDHVTR non y4 monochargé 2 2be 326 NMGDHVTR non y5 monochargé 2 2be 327 NMGDHVTR non y6 monochargé 2 2be 328 QIVEIGASLIK non y7 monochargé 2 2be 329 QIVEIGASLIK non y8 monochargé 2 2be 330 QIVEIGASLIK non y9 monochargé 2 2be 331 SGAGER non y3 monochargé 2 TEM 332 SGAGER non y4 monochargé 2 TEM 333 SGAGER non y5 monochargé 2 TEM 334 VAEPLLR non y4 monochargé 2 2b 335 VAEPLLR non y5 monochargé 2 2b 336 VAEPLLR non y6 monochargé 2 2b 337 VALIPFFAAFCFPVFAHPETLVK non b11 monochargé 3 TEM 338 VALIPFFAAFCFPVFAHPETLVK non y11 dichargé 3 TEM 339 VALIPFFAAFCFPVFAHPETLVK non y6 monochargé 3 TEM 340 VALIPFFAAFCLPVFAHPETLVK non b7 monochargé 3 TEM 341 VALIPFFAAFCLPVFAHPETLVK non y11 dichargé 3 TEM 342 VALIPFFAAFCLPVFAHPETLVK non y6 monochargé 3 TEM 343 VDAGQEQLGR non y5 monochargé 2 TEM 344 VDAGQEQLGR non y7 monochargé 2 TEM 345 VDAGQEQLGR non y8 monochargé 2 TEM 346 VGYIELDPNSGK non y5 monochargé 2 2be 347 VGYIELDPNSGK non y7 monochargé 2 2be 348 VGYIELDPNSGK non y8 monochargé 2 2be
    [0088] Les transitions mentionnées dans le TABLEAU 3 sont détectées en utilisant les paramètres figurant dans le TABLEAU 4. Le temps de rétention du peptide précurseur et les transitions, c'est-à-dire les rapports (m/z)1 en Q1 et (m/z)2 en Q3 ainsi que l'énergie de collision utilisée pour fragmenter l'ion précurseur sont indiqués dans le TABLEAU 4. Le seuil au dela duquel la transition est considérée comme détectée est également indiquée dans le TABLEAU 4. TABLEAU 4 :Transition numéro Temps de rétention (minute) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré Q3 Energie de collision (eV) Seuil de positivité 1 9,9 487,24 416,26 26 2500 2 9,9 487,24 658,36 26 2500 3 9,9 487,24 787,41 26 2500 4 19,3 861,95 512,29 43 2500 5 19,3 861,95 911,47 43 2500 6 19,3 861,95 1048,53 43 2500 7 19,3 859,42 792,37 43 2500 8 19,3 859,42 906,41 43 2500 9 19,3 859,42 1043,47 43 2500 10 18,1 493,751 595,34 27 2500 11 18,1 493,751 742,38 27 2500 12 18,1 493,751 839,43 27 2500 13 19,8 485,757 595,34 26 2500 14 19,8 485,757 726,39 26 2500 15 19,8 485,757 823,44 26 2500 16 15 791,87 698,84 40 2500 17 15 791,87 630,28 40 2500 18 15 791,87 814,41 40 2500 19 19,1 804,96 997,54 40 5000 20 19,1 804,96 813,42 40 5000 21 19,1 804,96 926,51 40 5000 22 16,6 674,67 660,36 38 2500 23 16,6 674,67 823,42 38 2500 24 16,6 674,67 952,46 38 2500 25 14,6 638,34 746,42 33 2500 26 14,6 638,34 972,51 33 2500 27 14,6 638,34 460,73 33 2500 28 15,9 885,44 866,37 44 2500 29 15,9 885,44 923,39 44 2500 30 15,9 885,44 980,41 44 2500 31 17 877,44 722,31 44 2500 32 17 877,44 907,39 44 2500 33 17 877,44 964,42 44 2500 34 19,5 676,32 630,28 38 2500 35 19,5 676,32 743,37 38 2500 36 19,5 676,32 814,41 38 2500 37 18,6 623,35 691,38 32 2500 38 18,6 623,35 804,46 32 2500 39 18,6 623,35 933,51 32 2500 40 1,3 317,15 418,2 19 6000 41 1,3 317,15 489,24 19 6000 42 1,3 317,15 546,26 19 6000 43 1 296,64 391,19 18 2500 44 1 296,64 448,22 18 2500 45 1 296,64 505,24 18 2500 46 10,5 565,78 845,41 30 2500 47 10,6 565,78 916,45 30 2500 48 10,6 565,78 1031,48 30 2500 49 4,1 393,72 462,22 22 2500 50 4,1 393,72 559,27 22 2500 51 4,1 393,72 687,37 22 2500 52 20,1 855,92 698,36 43 2500 53 20,1 855,92 629,33 43 2500 54 20,1 855,92 813,44 43 2500 55 17 585,26 705,36 31 4000 56 17 585,26 852,4 31 4000 57 16,9 585,26 953,44 31 4000 58 13,2 569,27 689,37 30 2500 59 13,2 569,27 820,41 30 2500 60 13,2 569,27 921,45 30 2500 61 18,3 870,93 749,86 43 2500 62 18,3 870,93 512,29 43 2500 63 18,3 870,93 929,43 43 2500 64 14,9 763,36 630,28 39 2500 65 14,9 763,36 814,41 39 2500 66 14,9 763,36 943,45 39 2500 67 14,9 510,73 776,33 27 2500 68 14,9 510,73 873,38 27 2500 69 14,9 510,73 437,2 27 2500 70 18,9 494,74 744,34 27 2500 71 18,9 494,74 841,39 27 2500 72 18,9 494,74 421,2 27 2500 73 15,5 676,39 756,4 35 2500 74 15,5 676,39 813,42 35 2500 75 15,5 676,39 926,51 35 2500 76 11,5 543,78 787,41 29 2500 77 11,5 543,78 858,44 29 2500 78 11,5 543,78 973,47 29 2500 79 12,5 608,82 803,43 32 2500 80 12,5 608,82 966,49 32 2500 81 12,5 608,82 552,28 32 2500 82 15,5 990,98 934,44 49 2500 83 15,5 990,98 573,32 49 2500 84 15,5 990,98 660,36 49 2500 85 19 892,44 722,31 44 2500 86 19 892,44 907,39 44 2500 87 19 892,44 964,42 44 2500 88 19,4 700,65 630,28 39 2500 89 19,4 700,65 743,37 39 2500 90 19,4 700,65 814,41 39 2500 91 10,4 467,73 587,3 26 2500 92 10,4 467,73 700,39 26 2500 93 10,4 467,73 787,42 26 2500 94 12,8 459,73 587,3 25 2500 95 12,8 459,73 700,39 25 2500 96 12,8 459,73 787,42 25 2500 97 20,1 688,83 593,26 35 2500 98 20,1 688,83 779,34 35 2500 99 20,1 688,83 894,37 35 2500 100 1,4 303,646 391,19 18 13000 101 1,4 303,646 462,23 18 13000 102 1,4 303,646 519,25 18 13000 103 31,6 851,81 619,35 47 2500 104 31,6 851,81 686,41 47 2500 105 31,6 851,81 894,5 47 2500 106 18,8 654,35 746,4 34 2500 107 18,8 654,35 875,45 34 2500 108 18,8 654,35 988,53 34 2500 109 16,3 559,31 632,34 30 2500 110 16,3 559,31 792,37 30 2500 111 16,3 559,31 905,45 30 2500 112 10,5 487,73 544,32 26 2500 113 10,5 487,73 659,35 26 2500 114 10,5 487,73 788,39 26 2500 115 12,6 690,35 779,41 35 2500 116 12,6 690,35 947,5 35 2500 117 12,6 690,35 474,26 35 2500 118 15,9 682,35 763,41 35 2500 119 15,9 682,35 931,5 35 2500 120 15,9 682,35 466,26 35 2500 121 19,8 486,75 728,36 26 2500 122 19,8 486,75 825,42 26 2500 123 19,8 486,75 413,21 26 2500 124 18,4 478,75 712,37 26 2500 125 18,4 478,75 809,42 26 2500 126 18,4 478,75 405,21 26 2500 127 16,3 776,93 756,4 39 2500 128 16,3 776,93 813,42 39 2500 129 16,3 776,93 926,51 39 2500 130 12,2 523,26 579,3 28 2500 131 12,2 523,26 795,37 28 2500 132 12,2 523,26 908,45 28 2500 133 12 515,26 506,28 28 2500 134 12 515,26 779,37 28 2500 135 12 515,26 892,46 28 2500 136 18 899,46 439,33 36 2500 137 18 899,46 304,16 57 2500 138 18 899,46 994,43 36 2500 139 15,6 681,33 661,29 38 2500 140 15,6 681,33 808,33 38 2500 141 15,6 681,33 909,37 38 2500 142 16,6 676 661,29 38 3100 143 16,6 676 792,33 38 3100 144 16,6 676 893,38 38 3100 145 17,2 688,32 630,28 38 2500 146 17,2 688,32 729,35 38 2500 147 17,2 688,32 800,39 38 2500 148 27 878,12 841,5 48 2500 149 27 878,12 795,34 48 2500 150 27 878,12 910,37 48 2500 151 27,9 872,79 462,22 48 2500 152 27,9 872,79 779,34 48 2500 153 27,9 872,79 894,37 48 2500 154 18,8 571,84 701,46 30 2500 155 18,8 571,84 830,5 30 2500 156 18,8 571,84 901,54 30 2500 157 16,6 565,82 701,46 30 2500 158 16,6 565,82 830,5 30 2500 159 16,6 565,82 901,54 30 2500 160 1,5 317,64 419,19 19 9000 161 1,5 317,64 490,23 19 9000 162 1,5 317,64 547,25 19 9000 163 0,9 225,12 234,14 18 2500 164 0,9 225,12 305,18 13 2500 165 0,9 225,12 362,2 13 2500 166 14,1 363,24 498,34 21 2500 167 14,1 363,24 555,36 21 2500 168 14,1 363,24 626,4 21 2500 169 14,7 671,32 593,28 35 4500 170 14,7 671,32 780,36 35 4500 171 14,7 671,32 909,4 35 4500 172 17,5 663,32 764,36 34 2500 173 17,5 663,32 893,4 34 2500 174 17,5 663,32 1006,49 34 2500 175 18 856,4 698,84 43 2500 176 18 856,4 630,28 43 2500 177 18 856,4 814,41 43 2500 178 18,6 877,94 829,4 44 2500 179 18,6 877,94 943,44 44 2500 180 18,6 877,94 1080,5 44 2500 181 18,1 493,75 742,38 27 2500 182 18,1 493,75 839,43 27 2500 183 18,1 493,75 420,22 27 2500 184 19,8 485,76 726,39 26 2500 185 19,8 485,76 823,44 26 2500 186 19,8 485,76 412,22 26 2500 187 16,5 828,43 756,4 41 2500 188 16,5 828,43 813,42 41 2500 189 16,5 828,43 926,51 41 2500 190 16,1 791,93 756,4 40 2500 191 16,1 791,93 813,42 40 2500 192 16,1 791,93 926,51 40 2500 193 15,7 559,81 676,38 30 2500 194 14,1 559,81 763,41 30 2500 195 14,1 559,81 892,45 30 2500 196 16,6 676,34 646,31 38 2500 197 16,6 676,34 793,96 38 2500 198 16,6 676,34 894,4 38 2500 199 18,9 671,01 646,31 38 4000 200 18,9 671,01 777,96 38 4000 201 18,9 671,01 878,4 38 4000 202 16,9 892,45 722,31 44 2500 203 16,9 892,45 937,4 44 2500 204 16,9 892,45 994,43 44 2500 205 17,9 707,99 630,28 39 6000 206 17,9 707,99 743,37 39 6000 207 17,9 707,99 814,41 39 6000 208 22,5 643,89 660,4 33 2500 209 22,5 643,89 773,49 33 2500 210 22,5 643,89 959,55 33 2500 211 17,5 632,31 781,32 33 3000 212 17,5 632,31 894,4 33 3000 213 17,5 632,31 1007,49 33 3000 214 19,8 624,31 765,32 32 2500 215 19,8 624,31 878,41 32 2500 216 19,8 624,31 991,49 32 2500 217 21,4 638,34 836,43 33 2500 218 21,4 638,34 1004,52 33 2500 219 21,5 638,34 502,76 33 2500 220 3,2 273,65 331,21 17 2500 221 3,2 273,65 402,25 17 2500 222 3,2 273,65 459,27 17 2500 223 1,3 303,65 361,18 18 21000 224 1,3 303,65 462,23 18 21000 225 1,3 303,65 519,25 18 21000 226 31,3 863,138 619,35 47 2500 227 31,3 863,138 686,41 47 2500 228 31,3 863,138 823,47 47 2500 229 17,7 544,32 602,36 29 2500 230 17,7 544,32 762,39 29 2500 231 17,7 544,32 875,48 29 2500 232 9,8 412,21 476,27 23 2500 233 9,8 412,21 573,32 23 2500 234 9,8 412,21 660,36 23 2500 235 15,2 843,38 698,84 42 2500 236 15,2 843,38 630,28 42 2500 237 15,2 843,38 943,45 42 2500 238 8,7 480,72 530,3 26 2500 239 8,7 480,72 645,33 26 2500 240 8,7 480,72 774,37 26 2500 241 18,8 704,35 763,41 36 2500 242 18,8 704,35 959,53 36 2500 243 18,8 704,35 480,27 36 2500 244 18,3 425,25 506,31 24 2500 245 18,3 425,25 607,36 24 2500 246 18,3 425,25 720,44 24 2500 247 16,4 798,94 997,54 40 2500 248 16,3 798,94 756,4 40 2500 249 16,3 798,94 926,51 40 2500 250 8,3 494,26 850,45 27 2500 251 8,3 494,26 636,31 27 2500 252 8,3 494,26 737,36 27 2500 253 10,9 486,26 834,45 26 2500 254 10,9 486,26 620,32 26 2500 255 10,9 486,26 721,37 26 2500 256 19,3 691,67 793,36 39 2500 257 19,3 691,67 894,4 39 2500 258 19,3 691,67 965,44 39 2500 259 20,6 681,01 646,31 38 2500 260 20,6 681,01 777,36 38 2500 261 20,6 681,01 878,4 38 2500 262 18 692,99 630,28 39 2500 263 18 692,99 743,37 39 2500 264 18 692,99 814,41 39 2500 265 23 658,89 1090,61 34 2500 266 23 658,89 773,49 34 2500 267 23 658,89 989,56 34 2500 268 17,9 564,83 687,44 30 2500 269 17,9 564,83 816,48 30 2500 270 17,9 564,83 887,52 30 2500 271 18,9 710,84 823,37 36 2500 272 18,9 710,84 938,39 36 2500 273 18,9 710,84 1051,48 36 2500 274 20,9 702,84 621,29 36 2500 275 20,9 702,84 807,37 36 2500 276 20,9 702,84 922,4 36 2500 277 22,6 652,36 559,31 34 2500 278 22,6 652,36 1004,52 34 2500 279 22,6 652,36 502,76 34 2500 280 11,1 380,21 532,29 22 2500 281 11,1 380,21 589,31 22 2500 282 11,1 380,21 660,35 22 2500 283 13,1 372,22 516,3 21 2500 284 13,1 372,22 573,32 21 2500 285 13,1 372,22 644,35 21 2500 286 31,3 858,47 612,34 47 2500 287 31,3 858,47 967,1 47 2500 288 31,3 858,47 672,39 47 2500 289 30,5 715,73 874,95 40 2500 290 30,5 715,73 795,45 40 2500 291 30,6 715,73 534,79 40 2500 292 11,7 601,79 788,39 31 2500 293 11,7 601,79 859,43 31 2500 294 11,7 601,79 974,45 31 2500 295 20 738,01 746,4 41 2500 296 20 738,01 875,45 41 2500 297 20 738,01 988,53 41 2500 298 17,6 690,34 763,61 35 2500 299 17,6 690,34 834,45 35 2500 300 17,6 690,34 931,5 35 2500 301 19,5 683,34 779,41 35 6000 302 19,5 683,34 850,45 35 6000 303 19,5 683,34 474,25 35 6000 304 16,1 675,34 763,41 35 2500 305 16,1 675,34 931,5 35 2500 306 16,1 675,34 466,25 35 2500 307 14,4 816,94 565,31 41 2500 308 14,4 816,94 744,92 41 2500 309 14,4 816,94 813,42 41 2500 310 13 513,26 563,3 28 2500 311 13 513,26 775,38 28 2500 312 13 513,26 888,46 28 2500 313 16,6 997,99 941,45 49 2500 314 16,6 997,99 573,32 49 2500 315 16,6 997,99 952,46 49 2500 316 18,9 907,44 722,32 45 2500 317 18,9 907,44 937,4 45 2500 318 18,9 907,44 994,43 45 2500 319 23,7 672,89 547,32 35 2500 320 23,7 672,89 660,4 35 2500 321 23,7 672,89 773,49 35 2500 322 17,1 473,21 528,29 26 2500 323 17,9 473,21 627,32 26 2500 324 17,8 473,21 684,34 26 2500 325 8,4 465,22 512,29 25 9000 326 8,4 465,22 627,32 25 9000 327 8,4 465,22 684,34 25 9000 328 19,8 585,86 701,46 31 2500 329 19,8 585,86 830,5 31 2500 330 19,8 585,86 929,57 31 2500 331 1,3 288,64 361,18 18 8000 332 1,3 288,64 432,22 18 8000 333 1,3 288,64 489,24 18 8000 334 14,5 399,25 498,34 23 6000 335 14,5 399,25 627,38 23 6000 336 14,5 399,25 698,42 23 6000 337 31,3 874,47 823,47 48 2500 338 31,3 874,47 619,41 48 2500 339 31,3 874,47 686,41 48 2500 340 31,3 863,14 823,47 47 2500 341 31,3 863,14 619,34 47 2500 342 31,3 863,14 686,41 47 2500 343 10,6 536,77 602,38 29 2500 344 10,6 536,77 787,41 29 2500 345 10,6 536,77 858,44 29 2500 346 16,5 646,33 502,26 33 7000 347 16,5 646,33 730,37 33 7000 348 16,5 646,33 859,42 33 7000
    [0089] Les autres paramètres machine utilisés sont les suivants : Type de balayage: MRM MRM planifié : oui Polarité: Positive Source d'ionisation:Turbo V™ (Applied BioSystems) Réglage Q1: Filtrage avec résolution unitaire Réglage Q3: Filtrage avec résolution unitaire Pause inter-scan: 5.00 msec Vitesse de balayage: 10 Da/s Gaz rideau: 50,00 psi Tension de cône: 5500,00 V Température de source: 500,00 °C Gaz de nébulisation: 50,00 psi Gaz chauffant: 40,00 psi Gaz de collision induisant dissociation : 9,00 psi Remplissage dynamique: activé Potentiel d'orifice : 80, 00 V (en anglais declustering potential (DP)) Potentiel d'entrée avant Q0 (EP): 10,00 V Potentiel en sortie de cellule de collision : 35 V (en anglais cell exit potential (CXP)) Temps de cycle total: 1.2 sec Fenêtre de détection : 90 sec
    [0090] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des 3 transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 4, la détection du peptide est considérée comme positive et est notée « 1 » dans le TABLEAU 5. Lorsque au moins une transition comporte une aire inférieure au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 4, le peptide correspondant est considéré comme non détecté et est noté 0 dans le TABLEAU 5.
    [0091] L'échantillon Ech10 ne présente aucun peptide caractéristique des TEM. La bactérie présente dans l'échantillon Ech10 peut être sensible aux céphalosporines et aux pénicillines.
    [0092] Les échantillons Ech11 à Ech61 comportent au moins un peptide caractéristique des TEM. Les bactéries présentes dans les échantillons Ech11 à Ech61 expriment donc une béta-lactamase qui leur confère une résistance aux pénicillines.
    [0093] Aucun peptide spécifique du phénotype 2b n'est observé, aucun échantillon testé n'est identifié comme résistant seulement aux pénicillines.
    [0094] Les échantillons Ech35, Ech49 et Ech50 comportent au moins un peptide spécifique du phénotype 2br. Les échantillons Ech35, Ech49 et Ech50 sont donc résistants aux pénicillines associé à un inhibiteur de type acide clavulanique et tazobactame. Aucun peptide spécifique du phénotype 2ber n'est observé, aucun échantillon testé n'est identifié comme appartenant uniquement à ce phénotype.
    [0095] Les échantillons Ech12 à Ech21, Ech23 à Ech27, Ech29, Ech32, Ech33, Ech44, Ech46, Ech52, Ech55, Ech57 à Ech61 comportent au moins un peptide spécifique du phénotype 2be ou du phénotype 2ber. Les échantillons Ech12 à Ech21, Ech23 à Ech27, Ech29, Ech32, Ech33, Ech44, Ech46, Ech52, Ech55, Ech57 à Ech61 sont donc résistants aux pénicillines, aux céphalosporines et aux monobactames. Exemple 7 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type CMY:
    [0096] Les échantillons correspondant à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type CMY peuvent être détectés en mettant en oeuvre la méthode suivante.
    [0097] Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 6 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 6 :Transition numéro Peptide Ion fragment Etat de charge du précurseur Temps de rétention (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision 1 LSDPVTK y6 2 10 380.22 646.34 22 2 LSDPVTK y5 2 10 380.22 559.31 22 3 LSDPVTK y4 2 10 380.22 444.28 22 4 ADSIINGSDSK y9 2 10.2 553.77 920.47 29 5 ADSIINGSDSK y8 2 10.2 553.77 833.44 29 6 ADSIINGSDSK y7 2 10.2 553.77 720.35 29 7 ASWVHK y5 2 11.6 364.2 656.35 21 8 ASWVHK y4 2 11.6 364.2 569.32 21 9 ASWVHK y3 2 11.6 364.2 383.24 21 10 SYPNPVR y6 2 11.6 416.72 745.4 23 11 SYPNPVR y5 2 11.6 416.72 582.34 23 12 SYPNPVR y4 2 11.6 416.72 485.28 23 13 VEAAWR y5 2 12.3 366.2 632.32 21 14 VEAAWR y4 2 12.3 366.2 503.27 21 15 VEAAWR y3 2 12.3 366.2 432.24 21 16 QWQGIR y5 2 13.8 394.21 659.36 22 17 QWQGIR y4 2 13.8 394.21 473.28 22 18 QWQGIR y3 2 13.8 394.21 345.22 22 19 VLQPLK y5 2 14 349.23 598.39 20 20 VLQPLK y4 2 14 349.23 485.31 20 21 VLQPLK y3 2 14 349.23 357.25 20 22 SSVIDMAR y7 2 14.2 439.72 791.41 24 23 SSVIDMAR y6 2 14.2 439.72 704.38 24 24 SSVIDMAR y5 2 14.2 439.72 605.31 24 25 WVQANMDASHVQEK y9 2 14.4 821.89 1044.48 41 26 WVQANMDASHVQEK y8 2 14.4 821.89 913.44 41 27 WVQANMDASHVQEK y7 2 14.4 821.89 798.41 41 28 TLQQGIALAQSR y9 2 15.2 643.36 943.53 33 29 TLQQGIALAQSR y8 2 15.2 643.36 815.47 33 30 TLQQGIALAQSR y7 2 15.2 643.36 758.45 33 31 TEQQIADIVNR y9 2 15.6 643.84 1056.58 33 32 TEQQIADIVNR y8 2 15.6 643.84 928.52 33 33 TEQQIADIVNR y7 2 15.6 643.84 800.46 33 34 LAHTWITVPQNEQK y9 2 16 832.94 1056.57 42 35 LAHTWITVPQNEQK y8 2 16 832.94 943.48 42 36 LAHTWITVPQNEQK y7 2 16 832.94 842.44 42 37 DYAWGYR y6 2 16.4 465.71 815.38 25 38 DYAWGYR y5 2 16.4 465.71 652.32 25 39 DYAWGYR y4 2 16.4 465.71 581.28 25 40 YWPELTGK y7 2 17.4 497.26 830.44 27 41 YWPELTGK y6 2 17.4 497.26 644.36 27 42 YWPELTGK y5 2 17.4 497.26 547.31 27 43 TFNGVLGGDAIAR y9 2 17.6 645.84 871.5 33 44 TFNGVLGGDAIAR y8 2 17.6 645.84 772.43 33 45 TFNGVLGGDAIAR y7 2 17.6 645.84 659.35 33 46 NLGIVMLANK y9 2 19.1 536.81 958.58 29 47 NLGIVMLANK y8 2 19.1 536.81 845.49 29 48 NLGIVMLANK y7 2 19.1 536.81 788.47 29 49 TGSTGGFGSYVAFVPEK y9 2 19.5 852.42 1039.55 43 50 TGSTGGFGSYVAFVPEK y8 2 19.5 852.42 952.51 43 51 TGSTGGFGSYVAFVPEK y7 2 19.5 852.42 789.45 43 52 ADIANNHPVTQQTLFELGSVSK y9 3 20 790.41 979.55 44 53 ADIANNHPVTQQTLFELGSVSK y8 3 20 790.41 866.46 44 54 ADIANNHPVTQQTLFELGSVSK y7 3 20 790.41 719.39 44 55 VALAALPAVEVNPPAPAVK y9 2 20.4 914.04 892.53 45 56 VALAALPAVEVNPPAPAVK y8 2 20.4 914.04 793.46 45 57 VALAALPAVEVNPPAPAVK y7 2 20.4 914.04 679.41 45 58 LLHLATYTAGGLPLQIPDDVR y9 3 22.4 755.09 1052.57 42 59 LLHLATYTAGGLPLQIPDDVR y8 3 22.4 755.09 955.52 42 60 LLHLATYTAGGLPLQIPDDVR y7 3 22.4 755.09 842.44 42 61 TITPLMQEQAIPGMAVAVIYQGK y9 3 22.5 820.44 948.55 45 62 TITPLMQEQAIPGMAVAVIYQGK y8 3 22.5 820.44 877.51 45 63 TITPLMQEQAIPGMAVAVIYQGK y7 3 22.5 820.44 778.45 45 64 AALLHFYQNWQPQWTPGAK y9 3 23.2 752.72 1012.52 42 65 AALLHFYQNWQPQWTPGAK y8 3 23.2 752.72 884.46 42 66 AALLHFYQNWQPQWTPGAK y7 3 23.2 752.72 787.41 42 67 LYANSSIGLFGALAVK y9 2 25.1 812.46 875.53 41 68 LYANSSIGLFGALAVK y8 2 25.1 812.46 818.51 41 69 LYANSSIGLFGALAVK y7 2 25.1 812.46 705.43 41 70 SLCCALLLTASFSTFAAAK y9 3 25.4 678.01 929.47 38 71 SLCCALLLTASFSTFAAAK y8 3 25.4 678.01 842.44 38 72 SLCCALLLTASFSTFAAAK y7 3 25.4 678.01 695.37 38 73 IGDMYQGLGWEMLNWPLK y9 3 28.5 717.68 1216.62 40 74 IGDMYQGLGWEMLNWPLK y8 3 28.5 717.68 1030.54 40 75 IGDMYQGLGWEMLNWPLK y7 3 28.5 717.68 901.5 40 76 AHYFNYGVANR y7 2 15.5 656.32 793.4 34 77 AHYFNYGVANR y8 2 15.5 656.32 940.46 34 78 AHYFNYGVANR y9 2 15.5 656.32 1103.53 34 79 ANIGGVDDK y5 2 9.6 444.72 533.26 25 80 ANIGGVDDK y6 2 9.6 444.72 590.28 25 81 ANIGGVDDK y7 2 9.6 444.72 703.36 25 82 ESGSQVLFNK y6 2 15.1 554.79 748.44 29 83 ESGSQVLFNK y7 2 15.1 554.79 835.47 29 84 ESGSQVLFNK y8 2 15.1 554.79 892.49 29 85 GAMQLDDK y5 2 11.5 439.21 618.31 24 86 GAMQLDDK y6 2 11.5 439.21 749.35 24 87 GAMQLDDK y7 2 11.5 439.21 820.39 24 88 GIGIVMLANR y6 2 18.7 522.31 703.39 28 89 GIGIVMLANR y7 2 18.7 522.31 816.48 28 90 GIGIVMLANR y8 2 18.7 522.31 873.5 28 91 HAPWLK y4 2 15 376.22 543.33 22 92 HAPWLK y5 2 15 376.22 614.37 22 93 HAPWLK b5 2 15 376.22 605.32 22 94 IPGMAVAVLK y6 2 18.1 499.81 600.41 27 95 IPGMAVAVLK y7 2 18.1 499.81 731.45 27 96 IPGMAVAVLK y8 2 18.1 499.81 788.47 27 97 PVVDASIQPLLK y7 2 19.3 640.38 798.51 33 98 PVVDASIQPLLK y8 2 19.3 640.38 869.55 33 99 PVVDASIQPLLK y9 2 19.3 640.38 984.57 33 100 QAMASYAYGYSK y7 2 15.5 670.3 851.39 34 101 QAMASYAYGYSK y8 2 15.5 670.3 938.43 34 102 QAMASYAYGYSK y9 2 15.5 670.3 1009.46 34 103 QWAPVYSPGSHR y8 2 14.8 692.84 902.45 35 104 QWAPVYSPGSHR y9 2 14.8 692.84 999.5 35 105 QWAPVYSPGSHR y10 2 14.8 692.84 1070.54 35 106 QYSNPSIGLFGHLAASSLK y11 2 22 995.52 1143.65 49 107 QYSNPSIGLFGHLAASSLK y12 2 22 995.52 1200.67 49 108 QYSNPSIGLFGHLAASSLK y11 2 22 664.02 1143.65 37 109 TGSTNGFGAYVAFVPAR y9 2 19.4 857.93 993.55 43 110 TGSTNGFGAYVAFVPAR y10 2 19.4 857.93 1050.57 43 111 TGSTNGFGAYVAFVPAR y11 2 19.4 857.93 1197.64 43 112 TLTATLGAYAVVK y8 2 18.3 654.38 820.49 34 113 TLTATLGAYAVVK y9 2 18.3 654.38 921.54 34 114 TLTATLGAYAVVK y10 2 18.3 654.38 992.58 34 115 VNPGMLADEAYGIK y8 2 18.8 739.37 866.43 38 116 VNPGMLADEAYGIK y9 2 18.8 739.37 979.51 38 117 VNPGMLADEAYGIK y10 2 18.8 739.37 1110.55 38 118 PSGMSYEEAMTR y10 2 15.5 679.79 1174.49 35 119 PSGMSYEEAMTR y9 2 15.5 679.79 1117.47 35 120 PSGMSYEEAMTR y8 2 15.5 679.79 986.42 35 121 PYYFTWGK y7 2 20.3 531.26 964.46 29 122 PYYFTWGK y6 2 20.3 531.26 801.39 29 123 PYYFTWGK y5 2 20.3 531.26 638.33 29
    [0098] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des 3 transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales à 2500 la détection du peptide est considérée comme positive et est noté « 1 ». Lorsque au moins une transition comporte une aire inférieure à 2500, le peptide correspondant est considéré comme non détecté et est noté « 0 ». Exemple 8 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type CTX-M:
    [0099] Les échantillons correspondant à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type CTX-M peuvent être détectés en mettant en oeuvre la méthode suivante.Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 7 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 7 :Transition numéro Peptide Etat de charge du précurseur ion fragment de première génération Temps de rétention (minutes) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision (eV) 1 AGLPK 2 y4 9.5 243.16 414.27 16 2 AGLPK 2 y3 9.5 243.16 357.25 16 3 AGLPK 2 y2 9.5 243.16 244.17 16 4 AGLPTSWTVGDK 2 y9 16.6 616.32 990.49 32 5 AGLPTSWTVGDK 2 y8 16.6 616.32 893.44 32 6 AGLPTSWTVGDK 2 y7 16.6 616.32 792.39 32 7 AIGDETFR 2 y7 14 454.73 837.41 25 8 AIGDETFR 2 y6 14 454.73 724.33 25 9 AIGDETFR 2 y5 14 454.73 667.3 25 10 ALAETQR 2 y6 7.4 394.72 717.39 22 11 ALAETQR 2 y5 7.4 394.72 604.3 22 12 ALAETQR 2 y4 7.4 394.72 533.27 22 13 ALGDSQR 2 y6 7 373.69 675.34 21 14 ALGDSQR 2 y5 7 373.69 562.26 21 15 ALGDSQR 2 y4 7 373.69 505.24 21 16 AMAQTLR 2 y6 12.1 395.72 719.39 22 17 AMAQTLR 2 y5 12.1 395.72 588.35 22 18 AMAQTLR 2 y4 12.1 395.72 517.31 22 19 APLILVTYFTQPQPK 2 y9 22.4 858.49 1109.6 43 20 APLILVTYFTQPQPK 2 y8 22.4 858.49 1008.5 43 21 APLILVTYFTQPQPK 2 y7 22.4 858.49 845.45 43 22 APLVLVTYFTQPQQNAESR 3 y9 21.4 721.38 1057.5 40 23 APLVLVTYFTQPQQNAESR 3 y8 21.4 721.38 929.44 40 24 APLVLVTYFTQPQQNAESR 3 y7 21.4 721.38 832.39 40 25 AQLVTWLK 2 y7 21 479.79 887.53 26 26 AQLVTWLK 2 y6 21 479.79 759.48 26 27 AQLVTWLK 2 y5 21 479.79 646.39 26 28 AQLVTWMK 2 y7 19 488.77 905.49 27 29 AQLVTWMK 2 y6 19 488.77 777.43 27 30 AQLVTWMK 2 y5 19 488.77 664.35 27 31 DILAAAAK 2 y7 12.1 386.73 657.43 22 32 DILAAAAK 2 y6 12.1 386.73 544.35 22 33 DILAAAAK 2 y5 12.1 386.73 431.26 22 34 DTTSPR 2 y5 4.6 338.67 561.3 20 35 DTTSPR 2 y4 4.6 338.67 460.25 20 36 DTTSPR 2 y3 4.6 338.67 359.2 20 37 DTTTPLAMAQTLK 2 y9 17 695.87 972.55 36 38 DTTTPLAMAQTLK 2 y8 17 695.87 875.5 36 39 DTTTPLAMAQTLK 2 y7 17 695.87 762.42 36 40 DTTTPR 2 y5 4.8 345.67 575.31 20 41 DTTTPR 2 y4 4.8 345.67 474.27 20 42 DTTTPR 2 y3 4.8 345.67 373.22 20 43 DVLAAAAK 2 y7 10.5 379.72 643.41 22 44 DVLAAAAK 2 y6 10.5 379.72 544.35 22 45 DVLAAAAK 2 y5 10.5 379.72 431.26 22 46 DVLASAAK 2 y7 10.8 387.72 659.41 22 47 DVLASAAK 2 y6 10.8 387.72 560.34 22 48 DVLASAAK 2 y5 10.8 387.72 447.26 22 49 DVLASAAR 2 y7 11.4 401.72 687.41 23 50 DVLASAAR 2 y6 11.4 401.72 588.35 23 51 DVLASAAR 2 y5 11.4 401.72 475.26 23 52 FAMCSTSK 2 y7 11.1 466.2 784.33 26 53 FAMCSTSK 2 y6 11.1 466.2 713.3 26 54 FAMCSTSK 2 y5 11.1 466.2 582.26 26 55 FPMCSTSK 2 y7 12.1 479.21 810.35 26 56 FPMCSTSK 2 y6 12.1 479.21 713.3 26 57 FPMCSTSK 2 y5 12.1 479.21 582.26 26 58 GNTTGAASIQAGLPASWVVGDK 3 y9 19.5 700.7 958.5 39 59 GNTTGAASIQAGLPASWVVGDK 3 y8 19.5 700.7 861.45 39 60 GNTTGAASIQAGLPASWVVGDK 3 y7 19.5 700.7 790.41 39 61 GNTTGAASIQAGLPTSWVVGDK 3 y9 19.3 710.7 988.51 40 62 GNTTGAASIQAGLPTSWVVGDK 3 y8 19.3 710.7 891.46 40 63 GNTTGAASIQAGLPTSWVVGDK 3 y7 19.3 710.7 790.41 40 64 GNTTGAASIR 2 y9 9 474.25 890.47 26 65 GNTTGAASIR 2 y8 9 474.25 776.43 26 66 GNTTGAASIR 2 y7 9 474.25 675.38 26 67 GNTTGSASIR 2 y9 8.5 482.25 906.46 26 68 GNTTGSASIR 2 y8 8.5 482.25 792.42 26 69 GNTTGSASIR 2 y7 8.5 482.25 691.37 26 70 HLLNQR 2 y5 10.2 390.73 643.39 22 71 HLLNQR 2 y4 10.2 390.73 530.3 22 72 HLLNQR 2 y3 10.2 390.73 417.22 22 73 LAALEK 2 y5 11 322.7 531.31 19 74 LAALEK 2 y4 11 322.7 460.28 19 75 LAALEK 2 y3 11 322.7 389.24 19 76 LAELER 2 y5 12.1 365.71 617.33 21 77 LAELER 2 y4 12.1 365.71 546.29 21 78 LAELER 2 y3 12.1 365.71 417.25 21 79 LGVALIDTADNTQVLYR 2 y9 21.4 931.5 1079.6 46 80 LGVALIDTADNTQVLYR 2 y8 21.4 931.5 1008.5 46 81 LGVALIDTADNTQVLYR 2 y7 21.4 931.5 893.48 46 82 LGVALINTADNSQILYR 2 y9 21.1 931.01 1079.6 46 83 LGVALINTADNSQILYR 2 y8 21.1 931.01 1008.5 46 84 LGVALINTADNSQILYR 2 y7 21.1 931.01 893.48 46 85 LIAHLGGPDK 2 y9 12.7 510.8 907.5 27 86 LIAHLGGPDK 2 y8 12.7 510.8 794.42 27 87 LIAHLGGPDK 2 y7 12.7 510.8 723.38 27 88 LIAHVGGPASVTAFAR 2 y9 17.5 783.94 919.5 39 89 LIAHVGGPASVTAFAR 2 y8 17.5 783.94 822.45 39 90 LIAHVGGPASVTAFAR 2 y7 17.5 783.94 751.41 39 91 LIAQLGGPGGVTAFAR 2 y9 19.3 764.44 875.47 39 92 LIAQLGGPGGVTAFAR 2 y8 19.3 764.44 778.42 39 93 LIAQLGGPGGVTAFAR 2 y7 19.3 764.44 721.4 39 94 NLTLGK 2 y5 12.2 323.2 531.35 19 95 NLTLGK 2 y4 12.2 323.2 418.27 19 96 NLTLGK 2 y3 12.2 323.2 317.22 19 97 QLGDETFR 2 y7 14.4 483.24 837.41 26 98 QLGDETFR 2 y6 14.4 483.24 724.33 26 99 QLGDETFR 2 y5 14.4 483.24 667.3 26 100 QLLNQPVEIK 2 y9 16.2 591.35 1053.6 31 101 QLLNQPVEIK 2 y8 16.2 591.35 940.55 31 102 QLLNQPVEIK 2 y7 16.2 591.35 827.46 31 103 QLTLGHALGETQR 2 y9 14.9 712.39 968.49 36 104 QLTLGHALGETQR 2 y8 14.9 712.39 911.47 36 105 QLTLGHALGETQR 2 y7 14.9 712.39 774.41 36 106 QSESDK 2 y5 1.7 347.16 565.25 20 107 QSESDK 2 y4 1.7 347.16 478.21 20 108 QSESDK 2 y3 1.7 347.16 349.17 20 109 QSETQK 2 y5 3.7 360.68 592.29 21 110 QSETQK 2 y4 3.7 360.68 505.26 21 111 QSETQK 2 y3 3.7 360.68 376.22 21 112 QSGGR 2 y4 5.5 252.63 376.19 16 113 QSGGR 2 y3 5.5 252.63 289.16 16 114 QSGGR 2 b4 5.5 252.63 330.14 16 115 SDLVNYNPIAEK 2 y9 17.1 681.85 1047.6 35 116 SDLVNYNPIAEK 2 y8 17.1 681.85 948.48 35 117 SDLVNYNPIAEK 2 y7 17.1 681.85 834.44 35 118 SESEPNLLNQR 2 y9 13.3 643.82 1070.6 33 119 SESEPNLLNQR 2 y8 13.3 643.82 983.53 33 120 SESEPNLLNQR 2 y7 13.3 643.82 854.48 33 121 SLGDETFR 2 y7 14.6 462.72 837.41 25 122 SLGDETFR 2 y6 14.6 462.72 724.33 25 123 SLGDETFR 2 y5 14.6 462.72 667.3 25 124 SSGGR 2 y4 5.9 232.12 376.19 15 125 SSGGR 2 y3 5.9 232.12 289.16 15 126 SWVVGDK 2 y6 14.2 395.71 703.38 22 127 SWVVGDK 2 y5 14.2 395.71 517.3 22 128 SWVVGDK 2 y4 14.2 395.71 418.23 22 129 TEPTLNTAIPGDPR 2 y9 15.6 741.38 940.48 38 130 TEPTLNTAIPGDPR 2 y8 15.6 741.38 826.44 38 131 TEPTLNTAIPGDPR 2 y7 15.6 741.38 725.39 38 132 TGSGDYGTTNDIAVIWPK 2 y8 19.9 947.96 941.55 47 133 TGSGDYGTTNDIAVIWPK 2 y7 19.9 947.96 826.52 47 134 TGSGDYGTTNDIAVIWPK 2 y6 19.9 947.96 713.43 47 135 TGSGDYGTTNDIAVIWPQGR 3 y9 19.7 703.34 1039.6 39 136 TGSGDYGTTNDIAVIWPQGR 3 y8 19.7 703.34 926.52 39 137 TGSGDYGTTNDIAVIWPQGR 3 y7 19.7 703.34 855.48 39 138 TGSGGYGTTNDIAVIWPK 2 y9 19.5 918.96 1055.6 45 139 TGSGGYGTTNDIAVIWPK 2 y8 19.5 918.96 941.55 45 140 TGSGGYGTTNDIAVIWPK 2 y7 19.5 918.96 826.52 45 141 VMAAAAVLK 2 y8 15.3 437.26 774.45 24 142 VMAAAAVLK 2 y7 15.3 437.26 643.41 24 143 VMAAAAVLK 2 y6 15.3 437.26 572.38 24 144 VMAVAAVLK 2 y8 16.3 451.28 802.49 25 145 VMAVAAVLK 2 y7 16.3 451.28 671.45 25 146 VMAVAAVLK 2 y6 16.3 451.28 600.41 25 147 VTAFAR 2 y5 11.6 332.69 565.31 20 148 VTAFAR 2 y4 11.6 332.69 464.26 20 149 VTAFAR 2 y3 11.6 332.69 393.22 20
    [0100] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des 3 transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales à 2500, la détection du peptide est considérée comme positive et est noté « 1 ». Lorsque au moins une transition comporte une aire inférieure à 2500, le peptide correspondant est considéré comme non détecté et est noté « 0 ».Exemple 9 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type SHV:
    [0101] Les échantillons correspondant à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type SHV peuvent être détectés en mettant en oeuvre la méthode suivante.Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 8 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 8 :Transition numéro Peptide Etat de charge du précurseur ion fragment de première génération Temps de rétention (minutes) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision (eV) 1 AGAGER 2 y5 5 280.64 489.24 17 2 AGAGER 2 y4 5 280.64 432.22 17 3 AGAGER 2 y3 5 280.64 361.18 17 4 ATTTPASMAATLR 2 y9 15.1 646.34 917.49 33 5 ATTTPASMAATLR 2 y8 15.1 646.34 820.43 33 6 ATTTPASMAATLR 2 y7 15.1 646.34 749.4 33 7 CIISLLATLPLAVHASPQPLEQIK 3 y9 27.3 871.5 1039.6 48 8 CIISLLATLPLAVHASPQPLEQIK 3 y8 27.3 871.5 952.55 48 9 CIISLLATLPLAVHASPQPLEQIK 3 y7 27.3 871.5 855.49 48 10 DMPASMAER 2 y8 12 504.22 892.4 27 11 DMPASMAER 2 y7 12 504.22 761.36 27 12 DMPASMAER 2 y6 12 504.22 664.31 27 13 DSPASMAER 2 y8 8.8 482.21 848.39 26 14 DSPASMAER 2 y7 8.8 482.21 761.36 26 15 DSPASMAER 2 y6 8.8 482.21 664.31 26 16 DTLASMAER 2 y8 13.3 497.24 878.44 27 17 DTLASMAER 2 y7 13.3 497.24 777.39 27 18 DTLASMAER 2 y6 13.3 497.24 664.31 27 19 DTPASMAER 2 y8 9.2 489.22 862.41 27 20 DTPASMAER 2 y7 9.2 489.22 761.36 27 21 DTPASMAER 2 y6 9.2 489.22 664.31 27 22 DTPASMAK 2 y7 8.5 410.7 705.36 23 23 DTPASMAK 2 y6 8.5 410.7 604.31 23 24 DTPASMAK 2 y5 8.5 410.7 507.26 23 25 DTTTPASMAATLR 2 y9 15.2 668.33 917.49 34 26 DTTTPASMAATLR 2 y8 15.2 668.33 820.43 34 27 DTTTPASMAATLR 2 y7 15.2 668.33 749.4 34 28 DTTTPASMAGTLR 2 y9 15.1 661.32 903.47 34 29 DTTTPASMAGTLR 2 y8 15.1 661.32 806.42 34 30 DTTTPASMAGTLR 2 y7 15.1 661.32 735.38 34 31 DTTTPASMTATLR 2 y9 14.9 683.34 947.5 35 32 DTTTPASMTATLR 2 y8 14.9 683.34 850.45 35 33 DTTTPASMTATLR 2 y7 14.9 683.34 779.41 35 34 FPMISTFK 2 y7 19.7 485.76 823.44 26 35 FPMISTFK 2 y6 19.7 485.76 726.39 26 36 FPMISTFK 2 y5 19.7 485.76 595.34 26 37 FPMMSTFK 2 y7 19.3 494.74 841.39 27 38 FPMMSTFK 2 y6 19.3 494.74 744.34 27 39 FPMMSTFK 2 y5 19.3 494.74 613.3 27 40 GIVALLGGNIK 2 y9 18.4 527.83 884.56 28 41 GIVALLGGNIK 2 y8 18.4 527.83 785.49 28 42 GIVALLGGNIK 2 y7 18.4 527.83 714.45 28 43 GIVALLGPDNK 2 y8 16.9 548.82 827.46 29 44 GIVALLGPDNK 2 y7 16.9 548.82 756.43 29 45 GIVALLGPDNK 2 y6 16.9 548.82 643.34 29 46 GIVALLGPNHK 2 y9 16.3 559.84 948.56 30 47 GIVALLGPNHK 2 y8 16.3 559.84 849.49 30 48 GIVALLGPNHK 2 y7 16.3 559.84 778.46 30 49 GIVALLGPNNK 2 y9 16.5 548.33 925.55 29 50 GIVALLGPNNK 2 y8 16.5 548.33 826.48 29 51 GIVALLGPNNK 2 y7 16.5 548.33 755.44 29 52 GIVALLGPNNNAER 2 y9 16.4 719.39 984.49 37 53 GIVALLGPNNNAER 2 y8 16.4 719.39 871.4 37 54 GIVALLGPNNNAER 2 y7 16.4 719.39 814.38 37 55 GIVALR 2 y5 14.2 314.71 571.39 19 56 GIVALR 2 y4 14.2 314.71 458.31 19 57 GIVALR 2 y3 14.2 314.71 359.24 19 58 GPNNK 2 y4 5.3 265.14 472.25 17 59 GPNNK 2 y3 5.3 265.14 375.2 17 60 GPNNK 2 b4 5.3 265.14 383.17 17 61 GTTTPASMAATLR 2 y9 15.3 639.33 917.49 33 62 GTTTPASMAATLR 2 y8 15.3 639.33 820.43 33 63 GTTTPASMAATLR 2 y7 15.3 639.33 749.4 33 64 HLADGMTVGELCAAAITMSDNSAAK 3 y9 20 845.39 924.41 46 65 HLADGMTVGELCAAAITMSDNSAAK 3 y8 20 845.39 823.36 46 66 HLADGMTVGELCAAAITMSDNSAAK 3 y7 20 845.39 692.32 46 67 HLLQWMVDDR 2 y9 21.2 656.83 1175.6 34 68 HLLQWMVDDR 2 y8 21.2 656.83 1062.5 34 69 HLLQWMVDDR 2 y7 21.2 656.83 949.42 34 70 IHYLQQDLVDYSPVSEK 3 y9 19.9 678.68 1023.5 38 71 IHYLQQDLVDYSPVSEK 3 y8 19.9 678.68 924.43 38 72 IHYLQQDLVDYSPVSEK 3 y7 19.9 678.68 809.4 38 73 IVVIYLR 2 y6 19.1 438.29 762.49 24 74 IVVIYLR 2 y5 19.1 438.29 663.42 24 75 IVVIYLR 2 y4 19.1 438.29 564.35 24 76 LCIISLLAALPLAVHASPQPLEQIK 3 y9 29.8 899.19 1039.6 49 77 LCIISLLAALPLAVHASPQPLEQIK 3 y8 29.8 899.19 952.55 49 78 LCIISLLAALPLAVHASPQPLEQIK 3 y7 29.8 899.19 855.49 49 79 LCIISLLATLPLAVHASPQPLDQIK 3 y9 29.5 904.52 1025.6 49 80 LCIISLLATLPLAVHASPQPLDQIK 3 y8 29.5 904.52 938.53 49 81 LCIISLLATLPLAVHASPQPLDQIK 3 y7 29.5 904.52 841.48 49 82 LCIISLLATLPLAVHASPQPLEQIK 3 y9 29.6 909.19 1039.6 49 83 LCIISLLATLPLAVHASPQPLEQIK 3 y8 29.6 909.19 952.55 49 84 LCIISLLATLPLAVHASPQPLEQIK 3 y7 29.6 909.19 855.49 49 85 LCIISLLATLPLAVHSSPQPLEQIK 3 y9 29.3 914.53 1039.6 50 86 LCIISLLATLPLAVHSSPQPLEQIK 3 y8 29.3 914.53 952.55 50 87 LCIISLLATLPLAVHSSPQPLEQIK 3 y7 29.3 914.53 855.49 50 88 LCIISLLATLPLAVHTSPQPLEQIK 3 y9 29.5 919.2 1039.6 50 89 LCIISLLATLPLAVHTSPQPLEQIK 3 y8 29.5 919.2 952.55 50 90 LCIISLLATLPLAVHTSPQPLEQIK 3 y7 29.5 919.2 855.49 50 91 LCIISLLATLPLTVHASPQPLEQIK 3 y9 29.3 919.2 1039.6 50 92 LCIISLLATLPLTVHASPQPLEQIK 3 y8 29.3 919.2 952.55 50 93 LCIISLLATLPLTVHASPQPLEQIK 3 y7 29.3 919.2 855.49 50 94 LCIISLLATLPLVVHASPQPLEQIK 3 y9 30.3 918.54 1039.6 50 95 LCIISLLATLPLVVHASPQPLEQIK 3 y8 30.3 918.54 952.55 50 96 LCIISLLATLPLVVHASPQPLEQIK 3 y7 30.3 918.54 855.49 50 97 LCIISLLATLSLAVHASPQPLEQIK 3 y9 29.5 905.85 1039.6 49 98 LCIISLLATLSLAVHASPQPLEQIK 3 y8 29.5 905.85 952.55 49 99 LCIISLLATLSLAVHASPQPLEQIK 3 y7 29.5 905.85 855.49 49 100 LCIISLLATMPLAVHASPQPLEQIK 3 y9 27.4 915.18 1039.6 50 101 LCIISLLATMPLAVHASPQPLEQIK 3 y8 27.4 915.18 952.55 50 102 LCIISLLATMPLAVHASPQPLEQIK 3 y7 27.4 915.18 855.49 50 103 LCIISLLAVLPLAVHASPQPLEQIK 3 y9 30.5 908.53 1039.6 49 104 LCIISLLAVLPLAVHASPQPLEQIK 3 y8 30.5 908.53 952.55 49 105 LCIISLLAVLPLAVHASPQPLEQIK 3 y7 30.5 908.53 855.49 49 106 LLISQR 2 y5 12.9 365.23 616.38 21 107 LLISQR 2 y4 12.9 365.23 503.29 21 108 LLISQR 2 y3 12.9 365.23 390.21 21 109 LLLATVGGPAGLTAFLR 2 y9 24 835.5 945.55 42 110 LLLATVGGPAGLTAFLR 2 y8 24 835.5 848.5 42 111 LLLATVGGPAGLTAFLR 2 y7 24 835.5 777.46 42 112 LLNSQR 2 y5 9.4 365.71 617.34 21 113 LLNSQR 2 y4 9.4 365.71 504.25 21 114 LLNSQR 2 y3 9.4 365.71 390.21 21 115 LLTNQR 2 y5 9.8 372.72 631.35 21 116 LLTNQR 2 y4 9.8 372.72 518.27 21 117 LLTNQR 2 y3 9.8 372.72 417.22 21 118 LLTSQR 2 y5 9.8 359.22 604.34 21 119 LLTSQR 2 y4 9.8 359.22 491.26 21 120 LLTSQR 2 y3 9.8 359.22 390.21 21 121 LNIISLLATLPLAVHASPQPLEQIK 3 y9 29.6 893.87 1039.6 49 122 LNIISLLATLPLAVHASPQPLEQIK 3 y8 29.6 893.87 952.55 49 123 LNIISLLATLPLAVHASPQPLEQIK 3 y7 29.6 893.87 855.49 49 124 LSASSQR 2 y6 6.2 374.7 635.31 21 125 LSASSQR 2 y5 6.2 374.7 548.28 21 126 LSASSQR 2 y4 6.2 374.7 477.24 21 127 LSESQLSGR 2 y8 10.5 488.76 863.42 27 128 LSESQLSGR 2 y7 10.5 488.76 776.39 27 129 LSESQLSGR 2 y6 10.5 488.76 647.35 27 130 LSESQLSGSVGMIEMDLASGR 3 y9 21.1 723.02 991.49 40 131 LSESQLSGSVGMIEMDLASGR 3 y8 21.1 723.02 878.4 40 132 LSESQLSGSVGMIEMDLASGR 3 y7 21.1 723.02 749.36 40 133 MVVIYLR 2 y6 18.9 447.27 762.49 25 134 MVVIYLR 2 y5 18.9 447.27 663.42 25 135 MVVIYLR 2 y4 18.9 447.27 564.35 25 136 NEALPGDAR 2 y8 10.6 471.74 828.42 26 137 NEALPGDAR 2 y7 10.6 471.74 699.38 26 138 NEALPGDAR 2 y6 10.6 471.74 628.34 26 139 NQHIAGIGAALIEHWQR 2 y9 21.2 957.51 1123.6 47 140 NQHIAGIGAALIEHWQR 2 y8 21.2 957.51 1052.6 47 141 NQHIAGIGAALIEHWQR 2 y7 21.2 957.51 981.53 47 142 NQQIAGIGAALIEHWQR 2 y9 22.1 953.01 1123.6 47 143 NQQIAGIGAALIEHWQR 2 y8 22.1 953.01 1052.6 47 144 NQQIAGIGAALIEHWQR 2 y7 22.1 953.01 981.53 47 145 NQQIAGLGAALIEHWQR 2 y9 22.3 953.01 1123.6 47 146 NQQIAGLGAALIEHWQR 2 y8 22.3 953.01 1052.6 47 147 NQQIAGLGAALIEHWQR 2 y7 22.3 953.01 981.53 47 148 NTTTPASMAATLR 2 y9 15.3 667.84 917.49 34 149 NTTTPASMAATLR 2 y8 15.3 667.84 820.43 34 150 NTTTPASMAATLR 2 y7 15.3 667.84 749.4 34 151 NVLTSQR 2 y6 9.6 409.23 703.41 23 152 NVLTSQR 2 y5 9.6 409.23 604.34 23 153 NVLTSQR 2 y4 9.6 409.23 491.26 23 154 QIDDNVTR 2 y7 9.4 480.74 832.42 26 155 QIDDNVTR 2 y6 9.4 480.74 719.33 26 156 QIDDNVTR 2 y5 9.4 480.74 604.3 26 157 QIGDK 2 y4 5.8 280.66 432.25 17 158 QIGDK 2 y3 5.8 280.66 319.16 17 159 QIGDK 2 b4 5.8 280.66 414.2 17 160 QIGDNVTR 2 y7 9.5 451.74 774.41 25 161 QIGDNVTR 2 y6 9.5 451.74 661.33 25 162 QIGDNVTR 2 y5 9.5 451.74 604.3 25 163 QIGENVTR 2 y7 9.5 458.75 788.43 25 164 QIGENVTR 2 y6 9.5 458.75 675.34 25 165 QIGENVTR 2 y5 9.5 458.75 618.32 25 166 QLLQWMVDAR 2 y9 21.5 630.33 1131.6 33 167 QLLQWMVDAR 2 y8 21.5 630.33 1018.5 33 168 QLLQWMVDAR 2 y7 21.5 630.33 905.43 33 169 QLLQWMVDDGVAGPLIR 2 y9 25 956.01 897.52 47 170 QLLQWMVDDGVAGPLIR 2 y8 25 956.01 782.49 47 171 QLLQWMVDDGVAGPLIR 2 y7 25 956.01 725.47 47 172 QLLQWMVDDR 2 y9 21.7 652.33 1175.6 34 173 QLLQWMVDDR 2 y8 21.7 652.33 1062.5 34 174 QLLQWMVDDR 2 y7 21.7 652.33 949.42 34 175 QLLQWMVDGR 2 y8 21.3 623.32 1004.5 32 176 QLLQWMVDGR 2 y7 21.3 623.32 891.41 32 177 QLLQWMVDGR 2 y6 21.3 623.32 763.36 32 178 QLLQWMVEDR 2 y9 21.9 659.33 1189.6 34 179 QLLQWMVEDR 2 y8 21.9 659.33 1076.5 34 180 QLLQWMVEDR 2 y7 21.9 659.33 963.44 34 181 QQDLVDYSPVSEK 2 y9 15.6 754.37 1023.5 38 182 QQDLVDYSPVSEK 2 y8 15.6 754.37 924.43 38 183 QQDLVDYSPVSEK 2 y7 15.6 754.37 809.4 38 184 QQHLVDYSPVSEK 2 y9 13.9 765.38 1023.5 39 185 QQHLVDYSPVSEK 2 y8 13.9 765.38 924.43 39 186 QQHLVDYSPVSEK 2 y7 13.9 765.38 809.4 39 187 QSESQLSGR 2 y8 7.6 496.24 863.42 27 188 QSESQLSGR 2 y7 7.6 496.24 776.39 27 189 QSESQLSGR 2 y6 7.6 496.24 647.35 27 190 QSESQLSGSVGMIEMDLASGR 3 y9 19.7 728.01 991.49 40 191 QSESQLSGSVGMIEMDLASGR 3 y8 19.7 728.01 878.4 40 192 QSESQLSGSVGMIEMDLASGR 3 y7 19.7 728.01 749.36 40 193 SQLQLLQWMVDDR 2 y9 26.3 816.41 1175.6 41 194 SQLQLLQWMVDDR 2 y8 26.3 816.41 1062.5 41 195 SQLQLLQWMVDDR 2 y7 26.3 816.41 949.42 41 196 SVLPAGWFIADK 2 y9 22.9 652.36 1004.5 34 197 SVLPAGWFIADK 2 y8 22.9 652.36 907.47 34 198 SVLPAGWFIADK 2 y7 22.9 652.36 836.43 34 199 SVLPAGWFIADR 2 y9 23 666.36 1032.5 34 200 SVLPAGWFIADR 2 y8 23 666.36 935.47 34 201 SVLPAGWFIADR 2 y7 23 666.36 864.44 34 202 SVLSAGWFIADK 2 y9 22.7 647.35 994.5 33 203 SVLSAGWFIADK 2 y8 22.7 647.35 907.47 33 204 SVLSAGWFIADK 2 y7 22.7 647.35 836.43 33 205 TGAAER 2 y5 4.8 302.66 503.26 18 206 TGAAER 2 y4 4.8 302.66 446.24 18 207 TGAAER 2 y3 4.8 302.66 375.2 18 208 TGAAK 2 y4 6 224.13 346.21 15 209 TGAAK 2 y3 6 224.13 289.19 15 210 TGAAK 2 b4 6 224.13 301.15 15 211 TGAGER 2 y5 4.9 295.65 489.24 18 212 TGAGER 2 y4 4.9 295.65 432.22 18 213 TGAGER 2 y3 4.9 295.65 361.18 18 214 TGAGK 2 y4 6.1 217.12 332.19 15 215 TGAGK 2 y3 6.1 217.12 275.17 15 216 TGAGK 2 b4 6.1 217.12 287.13 15 217 TGASER 2 y5 4.5 310.65 519.25 19 218 TGASER 2 y4 4.5 310.65 462.23 19 219 TGASER 2 y3 4.5 310.65 391.19 19 220 TGASK 2 y4 5.8 232.13 362.2 15 221 TGASK 2 y3 5.8 232.13 305.18 15 222 TGASK 2 b4 5.8 232.13 317.15 15 223 TGASR 2 y4 5.8 246.13 390.21 16 224 TGASR 2 y3 5.8 246.13 333.19 16 225 TGASR 2 y2 5.8 246.13 262.15 16 226 TLTAWCADER 2 y9 15.9 611.78 1121.5 32 227 TLTAWCADER 2 y8 15.9 611.78 1008.4 32 228 TLTAWCADER 2 y7 15.9 611.78 907.37 32 229 TLTAWHADER 2 y9 14.4 600.29 1098.5 31 230 TLTAWHADER 2 y8 14.4 600.29 985.45 31 231 TLTAWHADER 2 y7 14.4 600.29 884.4 31 232 TLTAWR 2 y5 15 374.21 646.37 21 233 TLTAWR 2 y4 15 374.21 533.28 21 234 TLTAWR 2 y3 15 374.21 432.24 21 235 TVGGPAGLTAFLR 2 y9 19.7 630.36 945.55 33 236 TVGGPAGLTAFLR 2 y8 19.7 630.36 848.5 33 237 TVGGPAGLTAFLR 2 y7 19.7 630.36 777.46 33 238 TVVIYLR 2 y6 17.4 432.27 762.49 24 239 TVVIYLR 2 y5 17.4 432.27 663.42 24 240 TVVIYLR 2 y4 17.4 432.27 564.35 24 241 VAGPLIR 2 y6 14.1 363.24 626.4 21 242 VAGPLIR 2 y5 14.1 363.24 555.36 21 243 VAGPLIR 2 y4 14.1 363.24 498.34 21 244 VALCGAVLAR 2 y9 17.2 515.3 930.52 28 245 VALCGAVLAR 2 y8 17.2 515.3 859.48 28 246 VALCGAVLAR 2 y7 17.2 515.3 746.4 28 247 VDAGDEQLER 2 y9 10.9 566.27 1032.5 30 248 VDAGDEQLER 2 y8 10.9 566.27 917.43 30 249 VDAGDEQLER 2 y7 10.9 566.27 846.4 30 250 VDAGDK 2 y5 4.1 302.65 505.23 18 251 VDAGDK 2 y4 4.1 302.65 390.2 18 252 VDAGDK 2 y3 4.1 302.65 319.16 18 253 VGMIEMDLASGR 2 y9 18.7 639.81 991.49 33 254 VGMIEMDLASGR 2 y8 18.7 639.81 878.4 33 255 VGMIEMDLASGR 2 y7 18.7 639.81 749.36 33 256 VGMIEMDLASR 2 y9 18.7 611.3 1065.5 32 257 VGMIEMDLASR 2 y8 18.7 611.3 934.47 32 258 VGMIEMDLASR 2 y7 18.7 611.3 821.38 32 259 VGMIEMDLASSR 2 y9 18.4 654.82 1021.5 34 260 VGMIEMDLASSR 2 y8 18.4 654.82 908.41 34 261 VGMIEMDLASSR 2 y7 18.4 654.82 779.37 34 262 VLLCGAVLAR 2 y9 19.3 536.32 972.57 29 263 VLLCGAVLAR 2 y8 19.3 536.32 859.48 29 264 VLLCGAVLAR 2 y7 19.3 536.32 746.4 29 265 VVLCGAMLAR 2 y8 18.1 545.3 891.45 29 266 VVLCGAMLAR 2 y7 18.1 545.3 778.37 29 267 VVLCGAMLAR 2 y6 18.1 545.3 618.34 29 268 VVLCGAVLAR 2 y9 18 529.31 958.55 28 269 VVLCGAVLAR 2 y8 18 529.31 859.48 28 270 VVLCGAVLAR 2 y7 18 529.31 746.4 28 271 VVLCGTVLAR 2 y9 16.6 544.32 988.56 29 272 VVLCGTVLAR 2 y8 16.6 544.32 889.49 29 273 VVLCGTVLAR 2 y7 16.6 544.32 776.41 29 274 WETDR 2 y4 9.8 353.66 520.24 21 275 WETDR 2 y3 9.8 353.66 391.19 21 276 WETDR 2 b4 9.8 353.66 532.2 21 277 WETELNEAFPGDAR 2 y9 19 817.88 976.45 41 278 WETELNEAFPGDAR 2 y8 19 817.88 862.41 41 279 WETELNEAFPGDAR 2 y7 19 817.88 733.36 41 280 WETELNEALPADAR 2 y9 18.9 807.89 956.48 41 281 WETELNEALPADAR 2 y8 18.9 807.89 842.44 41 282 WETELNEALPADAR 2 y7 18.9 807.89 713.39 41 283 WETELNEALPGDAR 2 y9 18.5 800.88 942.46 40 284 WETELNEALPGDAR 2 y8 18.5 800.88 828.42 40 285 WETELNEALPGDAR 2 y7 18.5 800.88 699.38 40 286 WETELNEALSGDAR 2 y9 18 795.87 932.44 40 287 WETELNEALSGDAR 2 y8 18 795.87 818.4 40 288 WETELNEALSGDAR 2 y7 18 795.87 689.36 40 289 WETELNEVLPGDAR 2 y9 19.4 814.9 970.5 41 290 WETELNEVLPGDAR 2 y8 19.4 814.9 856.45 41 291 WETELNEVLPGDAR 2 y7 19.4 814.9 727.41 41 292 WETER 2 y4 10.4 360.67 534.25 21 293 WETER 2 y3 10.4 360.67 405.21 21 294 WETER 2 b4 10.4 360.67 546.22 21
    [0102] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des 3 transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales à 2500 la détection du peptide est considérée comme positive et est noté « 1 ». Lorsque au moins une transition comporte une aire inférieure à 2500, le peptide correspondant est considéré comme non détecté et est noté « 0 ».Exemple 10 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type FOX:
    [0103] Les échantillons correspondant à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type FOX peuvent être détectés en mettant en oeuvre la méthode suivante.Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 9 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 9 :Transition numéro Peptide Etat de charge du précurseur ion fragment de première génération Temps de rétention (minutes) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision (eV) 1 AHYFNYGVANR 2 y9 15.5 656.32 1103.53 34 2 AHYFNYGVANR 2 y8 15.5 656.32 940.46 34 3 AHYFNYGVANR 2 y7 15.5 656.32 793.4 34 4 AMGEQR 2 y5 5.3 346.16 620.28 20 5 AMGEQR 2 y4 5.3 346.16 489.24 20 6 AMGEQR 2 y3 5.3 346.16 432.22 20 7 ESGQR 2 y4 4.3 288.64 447.23 18 8 ESGQR 2 y3 4.3 288.64 360.2 18 9 ESGQR 2 b4 4.3 288.64 402.16 18 10 FAVPK 2 y4 11.3 281.17 414.27 17 11 FAVPK 2 y3 11.3 281.17 343.23 17 12 FAVPK 2 b4 11.3 281.17 415.23 17 13 GGFELDDK 2 y7 14.5 440.71 823.38 24 14 GGFELDDK 2 y6 14.5 440.71 766.36 24 15 GGFELDDK 2 y5 14.5 440.71 619.29 24 16 GIAIVMLANR 2 y9 19.3 529.31 1000.6 28 17 GIAIVMLANR 2 y8 19.3 529.31 887.51 28 18 GIAIVMLANR 2 y7 19.3 529.31 816.48 28 19 IPGMAVAVLK 2 y9 18.1 499.81 885.52 27 20 IPGMAVAVLK 2 y8 18.1 499.81 788.47 27 21 IPGMAVAVLK 2 y7 18.1 499.81 731.45 27 22 NYPIEAR 2 y6 12.2 431.72 748.4 24 23 NYPIEAR 2 y5 12.2 431.72 585.34 24 24 NYPIEAR 2 y4 12.2 431.72 488.28 24 25 SWSPVYPAGTHR 2 y9 15.5 679.34 997.52 35 26 SWSPVYPAGTHR 2 y8 15.5 679.34 900.47 35 27 SWSPVYPAGTHR 2 y7 15.5 679.34 801.4 35 28 TGSADLLK 2 y7 14 402.73 703.4 23 29 TGSADLLK 2 y6 14 402.73 646.38 23 30 TGSADLLK 2 y5 14 402.73 559.34 23 31 TGSTGGFGAYVAFVPAR 2 y9 19.5 829.42 993.55 41 32 TGSTGGFGAYVAFVPAR 2 y8 19.5 829.42 922.51 41 33 TGSTGGFGAYVAFVPAR 2 y7 19.5 829.42 759.45 41 34 TLTATLGAYAAVK 2 y9 17.2 640.37 893.51 33 35 TLTATLGAYAAVK 2 y8 17.2 640.37 792.46 33 36 TLTATLGAYAAVK 2 y7 17.2 640.37 679.38 33 37 VSEQTLFEIGSVSK 2 y9 19.6 762.4 979.55 39 38 VSEQTLFEIGSVSK 2 y8 19.6 762.4 866.46 39 39 VSEQTLFEIGSVSK 2 y7 19.6 762.4 719.39 39 40 VSQHAPWLK 2 y8 15.3 533.3 966.52 28 41 VSQHAPWLK 2 y7 15.3 533.3 879.48 28 42 VSQHAPWLK 2 y6 15.3 533.3 751.42 28 43 VTPGVLAAEAYGIK 2 y9 18.4 694.89 935.52 36 44 VTPGVLAAEAYGIK 2 y8 18.4 694.89 822.44 36 45 VTPGVLAAEAYGIK 2 y7 18.4 694.89 751.4 36
    [0104] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des trois transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales à 2500 la détection du peptide est considérée comme positive et est noté « 1 ». Lorsque au moins une transition comporte une aire inférieure à 2500, le peptide correspondant est considéré comme non détecté et est noté « 0 ».Exemple 11 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type TEM ou CTX-M:
    [0105] Les échantillons correspondant à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type TEM ou CTX-M peuvent être détectés en mettant en oeuvre la méthode suivante.Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 10 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 10 :Transition numéro Protéine Peptide Ion fragment de première génération Etat de charge du précurseur Intérêt clinique 1 CTX-M AMAQTLR y4 monochargé 2 2be 2 CTX-M AMAQTLR y5 monochargé 2 2be 3 CTX-M AMAQTLR y6 monochargé 2 2be 4 CTX-M AQLVTWLK y5 monochargé 2 2be 5 CTX-M AQLVTWLK y6 monochargé 2 2be 6 CTX-M AQLVTWLK y7 monochargé 2 2be 7 CTX-M FAMCSTSK y5 monochargé 2 2be 8 CTX-M FAMCSTSK y6 monochargé 2 2be 9 CTX-M FAMCSTSK y7 monochargé 2 2be 10 CTX-M LAALEK y3 monochargé 2 2be 11 CTX-M LAALEK y4 monochargé 2 2be 12 CTX-M LAALEK y5 monochargé 2 2be 13 CTX-M LGVALINTADNSQILYR y7 monochargé 2 2be 14 CTX-M LGVALINTADNSQILYR y8 monochargé 2 2be 15 CTX-M LGVALINTADNSQILYR y9 monochargé 2 2be 16 CTX-M NLTLGK y3 monochargé 2 2be 17 CTX-M NLTLGK y4 monochargé 2 2be 18 CTX-M NLTLGK y5 monochargé 2 2be 19 CTX-M QSETQK y3 monochargé 2 2be 20 CTX-M QSETQK y4 monochargé 2 2be 21 CTX-M QSETQK y5 monochargé 2 2be 22 CTX-M SDLVNYNPIAEK y7 monochargé 2 2be 23 CTX-M SDLVNYNPIAEK y8 monochargé 2 2be 24 CTX-M SDLVNYNPIAEK y9 monochargé 2 2be 25 CTX-M TEPTLNTAIPGDPR y7 monochargé 2 2be 26 CTX-M TEPTLNTAIPGDPR y8 monochargé 2 2be 27 CTX-M TEPTLNTAIPGDPR y9 monochargé 2 2be 28 CTX-M VMAAAAVLK y6 monochargé 2 2be 29 CTX-M VMAAAAVLK y7 monochargé 2 2be 30 CTX-M VMAAAAVLK y8 monochargé 2 2be 31 TEM DAEDQLGAR y5 monochargé 2 TEM 32 TEM DAEDQLGAR y6 monochargé 2 TEM 33 TEM DAEDQLGAR y7 monochargé 2 TEM 34 TEM DTTMPAAMATTLR y7 monochargé 2 TEM 35 TEM DTTMPAAMATTLR y8 monochargé 2 TEM 36 TEM DTTMPAAMATTLR y9 monochargé 2 TEM 37 TEM DTTTPAAMATTLR y7 monochargé 2 TEM 38 TEM DTTTPAAMATTLR y9 dichargé 2 TEM 39 TEM DTTTPAAMATTLR y9 monochargé 2 TEM 40 TEM EPELNEAIPNDER y5 monochargé 2 TEM 41 TEM EPELNEAIPNDER y7 monochargé 2 TEM 42 TEM EPELNEAIPNDER y8 monochargé 2 TEM 43 TEM GIIAALGPDGKPSR y7 monochargé 2 TEM 44 TEM GIIAALGPDGKPSR y8 monochargé 2 TEM 45 TEM GIIAALGPDGKPSR y9 monochargé 2 TEM 46 TEM GSCGIIAALGPDGKPSR y7 monochargé 2 2br 47 TEM GSCGIIAALGPDGKPSR y8 monochargé 2 2br 48 TEM GSCGIIAALGPDGKPSR y9 monochargé 2 2br 49 TEM GSSGIIAALGPDGKPSR y7 monochargé 2 TEM 50 TEM GSSGIIAALGPDGKPSR y8 monochargé 2 TEM 51 TEM GSSGIIAALGPDGKPSR y9 monochargé 2 TEM 52 TEM HLTDGMTVR y4 monochargé 2 TEM 53 TEM HLTDGMTVR y7 monochargé 2 TEM 54 TEM HLTDGMTVR y8 monochargé 2 TEM 55 TEM IHYSQNDLVEYSPVTEK y6 monochargé 3 TEM 56 TEM IHYSQNDLVEYSPVTEK y7 monochargé 3 TEM 57 TEM IHYSQNDLVEYSPVTEK y8 monochargé 3 TEM 58 TEM IHYSQNDLVK y7 monochargé 2 2be 59 TEM IHYSQNDLVK y8 monochargé 2 2be 60 TEM IHYSQNDLVK y9 dichargé 2 2be 61 TEM ILESFRPEER b6 monochargé 2 TEM 62 TEM ILESFRPEER b8 monochargé 2 TEM 63 TEM ILESFRPEER y7 dichargé 2 TEM 64 TEM LDHWEPELNEAIPNDER y5 monochargé 3 2be 65 TEM LDHWEPELNEAIPNDER y6 monochargé 3 2be 66 TEM LDHWEPELNEAIPNDER y7 monochargé 3 2be 67 TEM LDSWEPELNEAIPNDER y5 monochargé 3 2be 68 TEM LDSWEPELNEAIPNDER y6 monochargé 3 2be 69 TEM LDSWEPELNEAIPNDER y7 monochargé 3 2be 70 TEM LLTGELLTLASR y6 monochargé 2 TEM 71 TEM LLTGELLTLASR y7 monochargé 2 TEM 72 TEM LLTGELLTLASR y9 monochargé 2 TEM 73 TEM QIAEIGASLIK y7 monochargé 2 TEM 74 TEM QIAEIGASLIK y8 monochargé 2 TEM 75 TEM QIAEIGASLIK y9 monochargé 2 TEM 76 TEM QQLIDWMEADK y5 monochargé 2 TEM 77 TEM QQLIDWMEADK y6 monochargé 2 TEM 78 TEM QQLIDWMEADK y7 monochargé 2 TEM 79 TEM VAGPLLR y4 monochargé 2 TEM 80 TEM VAGPLLR y5 monochargé 2 TEM 81 TEM VAGPLLR y6 monochargé 2 TEM 82 TEM VDAGQEQLGR y5 monochargé 2 TEM 83 TEM VDAGQEQLGR y7 monochargé 2 TEM 84 TEM VDAGQEQLGR y8 monochargé 2 TEM 85 TEM VGYIELDLNSGK y7 monochargé 2 TEM 86 TEM VGYIELDLNSGK y8 monochargé 2 TEM 87 TEM VGYIELDLNSGK y9 monochargé 2 TEM 88 TEM WEPELNEAIPNDER y12 dichargé 2 TEM 89 TEM WEPELNEAIPNDER y5 monochargé 2 TEM 90 TEM WEPELNEAIPNDER y7 monochargé 2 TEM 91 TEM YSPVTEK y4 monochargé 2 2be 92 TEM YSPVTEK y5 monochargé 2 2be 93 TEM YSPVTEK y6 monochargé 2 2be
    [0106] Dans la colonne intérêt clinique, les mentions TEM, 2b, 2br, 2be et 2ber correspondent aux mêmes indications que dans le TABLEAU 4.
    [0107] Les transitions mentionnées dans le TABLEAU 10 sont détectées en utilisant les paramètres figurant dans le TABLEAU 11. TABLEAU 11 :Transition numéro Temps de rétention (minute) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision (eV) Seuil de positivité 1 12.1 395.72 517.31 22 2500 2 12.1 395.72 588.35 22 2500 3 12.1 395.72 719.39 22 2500 4 21 479.79 646.39 26 2500 5 21 479.79 759.48 26 2500 6 21 479.79 887.53 26 2500 7 11.1 466.2 582.26 26 2500 8 11.1 466.2 713.3 26 2500 9 11.1 466.2 784.33 26 2500 10 11 322.7 389.24 19 2500 11 11 322.7 460.28 19 2500 12 11 322.7 531.31 19 2500 13 21.1 931.01 893.48 46 2500 14 21.1 931.01 1008.51 46 2500 15 21.1 931.01 1079.55 46 2500 16 12.2 323.2 317.22 19 2500 17 12.2 323.2 418.27 19 2500 18 12.2 323.2 531.35 19 2500 19 3.7 360.68 376.22 21 2500 20 3.7 360.68 505.26 21 2500 21 3.7 360.68 592.29 21 2500 22 17.1 681.85 834.44 35 2500 23 17.1 681.85 948.48 35 2500 24 17.1 681.85 1047.55 35 2500 25 15.6 741.38 725.39 38 2500 26 15.6 741.38 826.44 38 2500 27 15.6 741.38 940.48 38 2500 28 15.3 437.26 572.38 24 2500 29 15.3 437.26 643.41 24 2500 30 15.3 437.26 774.45 24 2500 31 10.5 487.73 544.32 26 2500 32 10.5 487.73 659.35 26 2500 33 10.5 487.73 788.39 26 2500 34 17.6 690.34 763.61 35 2500 35 17.6 690.34 834.45 35 2500 36 17.6 690.34 931.5 35 2500 37 16.1 675.34 763.41 35 2500 38 16.1 675.34 466.25 35 2500 39 16.1 675.34 931.5 35 2500 40 14.9 763.36 630.28 39 2500 41 14.9 763.36 814.41 39 2500 42 14.9 763.36 943.45 39 2500 43 15.5 676.39 756.4 35 2500 44 15.5 676.39 813.42 35 2500 45 15.5 676.39 926.51 35 2500 46 16.5 828.43 756.4 41 2500 47 16.5 828.43 813.42 41 2500 48 16.5 828.43 926.51 41 2500 49 16.1 791.93 756.4 40 2500 50 16.1 791.93 813.42 40 2500 51 16.1 791.93 926.51 40 2500 52 12 515.26 506.28 28 2500 53 12 515.26 779.37 28 2500 54 12 515.26 892.46 28 2500 55 16.6 674.67 660.36 38 2500 56 16.6 674.67 823.42 38 2500 57 16.6 674.67 952.46 38 2500 58 12.5 608.82 803.43 32 2500 59 12.5 608.82 966.49 32 2500 60 12.5 608.82 552.28 32 2500 61 14.6 638.34 746.42 33 2500 62 14.6 638.34 972.51 33 2500 63 14.6 638.34 460.73 33 2500 64 18 692.99 630.28 39 2500 65 18 692.99 743.37 39 2500 66 18 692.99 814.41 39 2500 67 19.5 676.32 630.28 38 2500 68 19.5 676.32 743.37 38 2500 69 19.5 676.32 814.41 38 2500 70 22.5 643.89 660.4 33 2500 71 22.5 643.89 773.49 33 2500 72 22.5 643.89 959.55 33 2500 73 18.8 571.84 701.46 30 2500 74 18.8 571.84 830.5 30 2500 75 18.8 571.84 901.54 30 2500 76 20.1 688.83 593.26 35 2500 77 20.1 688.83 779.34 35 2500 78 20.1 688.83 894.37 35 2500 79 14.1 363.24 498.34 21 2500 80 14.1 363.24 555.36 21 2500 81 14.1 363.24 626.4 21 2500 82 10.6 536.77 602.38 29 2500 83 10.6 536.77 787.41 29 2500 84 10.6 536.77 858.44 29 2500 85 18.8 654.35 746.4 34 2500 86 18.8 654.35 875.45 34 2500 87 18.8 654.35 988.53 34 2500 88 18 856.4 698.84 43 2500 89 18 856.4 630.28 43 2500 90 18 856.4 814.41 43 2500 91 9.8 412.21 476.27 23 2500 92 9.8 412.21 573.32 23 2500 93 9.8 412.21 660.36 23 2500
    [0108] Lorsque les aires d'au moins deux transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 11, la détection du peptide est considérée comme positive. Lorsque plus de deux transitions d'un même peptide comportent une aire inférieure au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 11, le peptide correspondant est considéré comme non détecté.
    [0109] Un échantillon contient des bactéries qui expriment la protéine TEM, lorsque qu'au moins un peptide, correspondant au mécanisme de résistance TEM, est détecté. Ces bactéries sont résistantes aux pénicillines.Un échantillon contient des bactéries qui expriment la protéine TEM, phénotype 2b, lorsque qu'au moins un peptide, correspondant au mécanisme de résistance TEM intérêt clinique 2b, est détecté. Ces bactéries sont seulement résistantes aux pénicillines.Un échantillon contient des bactéries qui expriment la protéine TEM, phénotype 2br, lorsque qu'au moins un peptide, correspondant au mécanisme de résistance TEM intérêt clinique 2br, est détecté. Ces bactéries sont résistantes aux pénicillines associé à un inhibiteur de type acide clavulanique et tazobactame.Un échantillon contient des bactéries qui expriment la protéine CTX-M ou la protéine TEM, phénotype 2be, lorsque qu'au moins un peptide, correspondant au mécanisme de résistance CTX-M ou TEM intérêt clinique 2be, est détecté. Ces bactéries sont résistantes aux pénicillines, aux céphalosporines et aux monobactames.Un échantillon contient des bactéries qui expriment la protéine TEM, phénotype 2ber, lorsque qu'au moins un peptide, correspondant au mécanisme de résistance TEM intérêt clinique 2ber, est détecté. Ces bactéries sont résistantes aux pénicillines, aux céphalosporines et aux monobactames et sont insensibles à l'inhibition par l'acide calvulanique, le sulfobactame ou le tazobactame.Exemple 12 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type PER:
    [0110] Les échantillons Ech74 à Ech78 sont identifiés selon l'une des méthodes décrites dans les exemples 1, 3 ou 4. L'identification des espèces est reportée dans le TABLEAU 12. TABLEAU 12 :Noms Espèces Ech74 A. baumanniiEch75 A. baumanniiEch76 P. aeruginosaEch77 P. aeruginosaEch78 P. aeruginosa
    [0111] Les échantillons Ech74 à Ech78 correspondent à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type PER. Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 13 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 13 :Transition numero Peptide Temps de rétention (minutes) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision (eV) seuil de positivité 1 AAAQLLR 12,91 371,73 401,29 16,9 2000 2 AAAQLLR 12,89 371,73 529,35 16,9 2000 3 AAAQLLR 12,91 371,73 600,38 16,9 2000 4 AAAQVLQK 10,24 414,75 487,32 19,4 2000 5 AAAQVLQK 10,24 414,75 615,38 19,4 2000 6 AAAQVLQK 10,18 414,75 686,42 19,4 2000 7 AAVLQNTWSPMMK 19,35 738,87 506,25 37,9 2000 8 AAVLQNTWSPMMK 19,35 738,87 593,28 37,9 2000 9 AAVLQNTWSPMMK 19,35 738,87 994,45 37,9 2000 10 EQIESIVIGK 17,24 558,32 317,22 27,6 2000 11 EQIESIVIGK 17,26 558,32 616,40 27,6 2000 12 EQIESIVIGK 17,24 558,32 745,45 27,6 2000 13 EQIETIVTGK 15,48 559,31 305,18 27,6 2000 14 EQIETIVTGK 15,48 559,31 618,38 27,6 2000 15 EQIETIVTGK 15,48 559,31 747,43 27,6 2000 16 ETEVVANEAQMHADDQVQYK 14,17 769,02 838,87 30,9 5000 17 ETEVVANEAQMHADDQVQYK 14,17 769,02 874,39 30,9 5000 18 ETEVVANEAQMHADDQVQYK 14,17 769,02 923,92 30,9 5000 19 FPMQSVFK 19,09 492,26 418,72 23,8 2000 20 FPMQSVFK 19,09 492,26 739,38 23,8 2000 21 FPMQSVFK 19,07 492,26 836,43 23,8 2000 22 GAAEILK 12,66 351,21 322,70 15,8 2000 23 GAAEILK 12,65 351,21 502,32 15,8 2000 24 GAAEILK 12,65 351,21 573,36 15,8 2000 25 GLLPAGTIVAHK 16,8 588,86 447,26 29,3 2000 26 GLLPAGTIVAHK 16,8 588,86 503,81 29,3 2000 27 GLLPAGTIVAHK 16,82 588,86 893,52 29,3 2000 28 GLLPAGTVVAHK 15,73 581,85 440,26 28,9 2000 29 GLLPAGTVVAHK 15,73 581,85 496,80 28,9 2000 30 GLLPAGTVVAHK 15,75 581,85 879,51 28,9 2000 31 GQIESIVIGK 16,8 522,31 616,40 25,5 5000 32 GQIESIVIGK 16,8 522,31 745,45 25,5 5000 33 GQIESIVIGK 16,8 522,31 858,53 25,5 5000 34 LDLNK 10,5 301,68 342,20 12,9 2000 35 LDLNK 10,5 301,68 374,24 12,9 2000 36 LDLNK 10,52 301,68 489,27 12,9 2000 37 LDLNQSVTVNR 15,11 629,84 338,19 31,6 2000 38 LDLNQSVTVNR 15,11 629,84 489,28 31,6 2000 39 LDLNQSVTVNR 15,11 629,84 675,38 31,6 2000 40 LDLNQTVIVNR 17,29 642,87 501,31 32,4 2000 41 LDLNQTVIVNR 17,29 642,87 600,38 32,4 2000 42 LDLNQTVIVNR 17,28 642,87 701,43 32,4 2000 43 LHLAMLVLHQVDQGK 19,84 567,99 568,83 24,7 2000 44 LHLAMLVLHQVDQGK 19,84 567,99 669,86 24,7 2000 45 LHLAMLVLHQVDQGK 19,84 567,99 726,41 24,7 2000 46 MHLAMLVLHQVDQGK 19,35 573,97 332,19 24,9 2000 47 MHLAMLVLHQVDQGK 19,35 573,97 669,86 24,9 2000 48 MHLAMLVLHQVDQGK 19,35 573,97 726,41 24,9 2000 49 NWTSMK 12,59 383,68 365,19 17,6 2000 50 NWTSMK 12,59 383,68 466,23 17,6 2000 51 NWTSMK 12,61 383,68 652,31 17,6 2000 52 QLSETSQALLWK 18,84 702,38 1162,61 35,8 2000 53 QLSETSQALLWK 18,84 702,38 446,28 35,8 2000 54 QLSETSQALLWK 18,84 702,38 845,49 35,8 2000 55 TGTSGIK 3,31 332,19 404,25 14,7 2000 56 TGTSGIK 3,29 332,19 505,30 14,7 2000 57 TGTSGIK 3,23 332,19 562,32 14,7 2000 58 TGTSGVR 1,56 339,18 418,24 15,1 2000 59 TGTSGVR 1,56 339,18 519,29 15,1 2000 60 TGTSGVR 1,56 339,18 576,31 15,1 2000 61 TNEAIIAQVAQAAYQFELK 26,27 703,37 1168,60 28,9 2000 62 TNEAIIAQVAQAAYQFELK 26,21 703,37 827,43 28,9 2000 63 TNEAIIAQVAQAAYQFELK 26,25 703,37 898,47 28,9 2000 64 TNEAIIAQVAQTAYQFELK 25,39 713,38 1198,61 29,2 2000 65 TNEAIIAQVAQTAYQFELK 25,37 713,38 827,43 29,2 2000 66 TNEAIIAQVAQTAYQFELK 25,37 713,38 898,47 29,2 2000 67 TQLSETSQALLWK 19,41 502,27 559,36 38,7 2000 68 TQLSETSQALLWK 19,41 502,27 630,40 22,7 2000 69 TQLSETSQALLWK 19,43 752,90 1162,61 22,7 2000 70 TVAVNR 7,08 330,20 388,23 14,6 2000 71 TVAVNR 7,08 330,20 459,27 14,6 2000 72 TVAVNR 7,05 330,20 558,34 14,6 2000 73 VLQNTWAPIMK 19,32 650,86 488,29 32,8 2000 74 VLQNTWAPIMK 19,3 650,86 559,33 32,8 2000 75 VLQNTWAPIMK 19,3 650,86 745,41 32,8 2000 76 WMVETTTGPER 15,5 653,81 761,38 33 2000 77 WMVETTTGPER 15,48 653,81 890,42 33 2000 78 WMVETTTGPER 15,48 653,81 989,49 33 2000 79 WMVETTTGPQR 15,19 653,32 457,25 33 2000 80 WMVETTTGPQR 15,19 653,32 889,44 33 2000 81 WMVETTTGPQR 15,23 653,32 988,51 33 2000
    [0112] Les autres paramètres machine utilisés sont les suivants : Type de balayage: MRM MRM planifié: oui Polarité: Positive Source d'ionisation:Turbo V™ (Applied BioSystems) Réglage Q1: Filtrage avec résolution unitaire Réglage Q3: Filtrage avec résolution unitaire Pause inter-scan: 5.00 msec Vitesse de balayage: 10 Da/s Gaz rideau: 50,00 psi Tension de cône: 5500,00 V Température de source: 500,00 °C Gaz de nébulisation: 40,00 psi Gaz chauffant: 40,00 psi Gaz de collision induisant dissociation : 9,00 psi Remplissage dynamique: activé Potentiel d'orifice : 100, 00 V (en anglais declustering potential (DP)) Potentiel d'entrée avant Q0 (EP): 10,00 V Potentiel en sortie de cellule de collision : 15 V (en anglais cell exit potential (CXP)) Temps de cycle total: 1 sec Fenêtre de détection : 240 sec
    [0113] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des transitions sont supérieures ou égales au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 13, la détection de la transition est considérée comme positive et est notée « 1 » dans le TABLEAU 14. Lorsqu'une transition a une aire inférieure au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 13, la transition est considérée comme non détectée et est notée « 0 » dans le TABLEAU 14.
    [0114] Pour un peptide donné, lorsque au moins 3 transitions sont notées « 1 », le peptide est considéré comme détecté. TABLEAU 14 :Numéro transition Ech74 Ech75 Ech76 Ech77 Ech78 1 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 7 0 1 0 1 0 8 0 0 0 0 1 9 1 1 1 1 1 10 1 1 1 1 1 11 1 1 1 1 1 12 1 1 1 1 1 13 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 16 0 0 0 0 0 17 1 1 0 0 0 18 0 0 0 0 0 19 1 1 0 0 0 20 1 1 0 0 0 21 1 1 0 0 0 22 1 1 1 1 1 23 1 1 1 1 1 24 1 1 1 1 1 25 0 0 0 0 0 26 0 0 0 0 0 27 0 0 0 0 0 28 1 1 1 1 1 29 1 1 1 1 1 30 1 1 1 1 1 31 0 0 0 0 0 32 0 0 0 0 0 33 1 1 0 0 0 34 0 0 0 0 0 35 0 0 0 0 0 36 0 0 0 0 0 37 0 0 1 1 1 38 0 0 0 0 0 39 0 0 0 0 0 40 1 1 1 1 1 41 1 1 1 1 1 42 1 1 1 1 1 43 0 0 0 0 0 44 0 0 0 0 0 45 0 0 0 0 0 46 0 0 0 0 0 47 0 0 0 0 0 48 0 0 0 0 0 49 0 0 0 0 0 50 0 0 0 0 0 51 0 0 0 0 0 52 0 0 0 0 0 53 0 0 0 0 0 54 0 0 0 0 0 55 1 1 0 1 1 56 1 1 0 0 0 57 1 1 0 0 0 58 0 0 0 0 0 59 0 0 0 0 0 60 0 0 0 0 0 61 0 0 0 0 0 62 0 0 0 0 0 63 0 0 0 0 0 64 0 0 0 0 0 65 0 0 0 0 0 66 0 0 0 0 0 67 1 1 1 1 1 68 1 1 1 1 1 69 1 1 1 1 0 70 0 0 0 0 0 71 0 0 0 0 0 72 0 0 0 0 0 73 1 1 1 1 1 74 1 1 1 1 1 75 1 1 1 1 1 76 1 1 1 1 1 77 1 1 1 1 1 78 1 1 1 1 1 79 0 0 0 0 0 80 0 0 0 0 0 81 0 0 0 0 0
    [0115] Les échantillons Ech74 à Ech78 comportent au moins un peptide caractéristique des PER. Les bactéries présentes dans les échantillons Ech74 à Ech78 expriment donc une béta-lactamase qui leur confère une résistance aux pénicillines, aux céphalosporines et aux monobactames Exemple 13 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type VEB:
    [0116] Les échantillons Ech79 à Ech82 sont identifiés selon l'une des méthodes décrites dans les exemples 1, 3 ou 4. L'identification des espèces est reportée dans le TABLEAU 15. TABLEAU 15 :Noms Espèces Ech79 A. baumanniiEch80 A. baumanniiEch81 A. baumanniiEch82 E. coli
    [0117] Les échantillons Ech79 à Ech82 correspondent à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type VEB. Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 16 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 16 :Transition numéro Peptide Temps de rétention (minutes) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision (eV) Seuil de positivité 1 ANEEQMHK 1,44 493,72 458,20 23,9 2000 2 ANEEQMHK 1,44 493,72 672,31 23,9 2000 3 ANEEQMHK 1,44 493,72 801,36 23,9 2000 4 DWNTQYQNWATPTAMNK 19,05 1034,96 661,33 54,7 2000 5 DWNTQYQNWATPTAMNK 19 690,31 661,33 28,5 2000 6 DWNTQYQNWATPTAMNK 19,02 690,31 762,38 28,5 2000 7 ETSEINEK 6,84 475,23 390,20 22,8 2000 8 ETSEINEK 6,84 475,23 503,28 22,8 2000 9 ETSEINEK 6,83 475,23 719,36 22,8 2000 10 ETTTGSNR 1,38 433,20 433,22 20,4 1500 11 ETTTGSNR 1,38 433,20 534,26 20,4 1500 12 ETTTGSNR 1,38 433,20 635,31 20,4 1500 13 FLNANHFTDISIK 18,72 507,27 573,30 22,8 2000 14 FLNANHFTDISIK 18,72 507,27 630,32 22,8 2000 15 FLNANHFTDISIK 18,74 507,27 686,87 22,8 2000 16 FPIALAVLSEIDK 27,01 708,41 634,88 36,1 2000 17 FPIALAVLSEIDK 27,04 708,41 704,38 36,1 2000 18 FPIALAVLSEIDK 27,01 708,41 874,49 36,1 2000 19 GNLSFEQK 12,65 461,74 551,28 22,1 2000 20 GNLSFEQK 12,65 461,74 638,31 22,1 2000 21 GNLSFEQK 12,65 461,74 751,40 22,1 2000 22 GQLPK 7,19 271,67 243,16 11,2 2000 23 GQLPK 7,19 271,67 357,25 11,2 2000 24 GQLPK 7,19 271,67 485,31 11,2 2000 25 IEITPQDLLPK 21,67 633,87 405,74 31,9 2000 26 IEITPQDLLPK 21,67 633,87 810,47 31,9 2000 27 IEITPQDLLPK 21,63 633,87 911,52 31,9 2000 28 IENVLK 12,89 358,22 359,27 16,2 2000 29 IENVLK 12,91 358,22 473,31 16,2 2000 30 IENVLK 12,89 358,22 602,35 16,2 2000 31 IGVAIFNSNEK 18,09 596,32 738,34 29,7 2000 32 IGVAIFNSNEK 18,09 596,32 851,43 29,7 2000 33 IGVAIFNSNEK 18,09 596,32 922,46 29,7 2000 34 IISDIAK 12,6 380,23 331,23 17,4 2000 35 IISDIAK 12,58 380,23 533,29 17,4 2000 36 IISDIAK 12,56 380,23 646,38 17,4 2000 37 INNDFHFPMQSVMK 20,04 569,94 740,84 24,8 2000 38 INNDFHFPMQSVMK 20,04 569,94 797,86 24,8 2000 39 INNDFHFPMQSVMK 20,05 569,94 820,41 24,8 2000 40 LIGGTDSVQK 11,48 509,28 734,37 24,8 2000 41 LIGGTDSVQK 11,46 509,28 791,39 24,8 2000 42 LIGGTDSVQK 11,46 509,28 904,47 24,8 2000 43 LLIDTYNNK 15,7 547,30 639,31 26,9 2000 44 LLIDTYNNK 15,7 547,30 754,34 26,9 2000 45 LLIDTYNNK 15,7 547,30 867,42 26,9 2000 46 MWSPIK 16,91 381,20 357,25 17,5 2000 47 MWSPIK 16,91 381,20 444,28 17,5 2000 48 MWSPIK 16,87 381,20 630,36 17,5 2000 49 NQLLSK 10,59 351,71 347,23 15,8 2000 50 NQLLSK 10,59 351,71 460,31 15,8 2000 51 NQLLSK 10,59 351,71 588,37 15,8 2000 52 NTIVAHK 23,75 391,73 454,28 18,1 2000 53 NTIVAHK 23,73 391,73 567,36 18,1 2000 54 NTIVAHK 23,75 391,73 668,41 18,1 2000 55 SYDFIWK 19,92 479,74 446,28 23,1 2000 56 SYDFIWK 19,9 479,74 593,35 23,1 2000 57 SYDFIWK 19,9 479,74 708,37 23,1 2000 58 TWSPIK 14,95 366,21 357,25 16,6 2000 59 TWSPIK 14,93 366,21 444,28 16,6 2000 60 TWSPIK 14,95 366,21 630,36 16,6 2000
    [0118] Les autres paramètres machine utilisés sont les suivants : Type de balayage: MRM MRM planifié : oui Polarité: Positive Source d'ionisation:Turbo V™ (Applied BioSystems) Réglage Q1: Filtrage avec résolution unitaire Réglage Q3: Filtrage avec résolution unitaire Pause inter-scan: 5.00 msec Vitesse de balayage: 10 Da/s Gaz rideau: 50,00 psi Tension de cône: 5500,00 V Température de source: 500,00 °C Gaz de nébulisation: 40,00 psi Gaz chauffant: 40,00 psi Gaz de collision induisant dissociation : 9,00 psi Remplissage dynamique: activé Potentiel d'orifice : 100, 00 V (en anglais declustering potential (DP)) Potentiel d'entrée avant Q0 (EP): 10,00 V Potentiel en sortie de cellule de collision : 15 V (en anglais cell exit potential (CXP)) Temps de cycle total: 1.2 sec Fenêtre de détection : 240 sec
    [0119] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des transitions sont supérieures ou égales au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 16, la détection de la transition est considérée comme positive et est notée « 1 » dans le TABLEAU 17. Lorsqu'une transition a une aire inférieure au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 16, la transition est considérée comme non détectée et est notée « 0 » dans le TABLEAU 17.
    [0120] Pour un peptide donné, lorsque au moins 3 transitions sont notées « 1 », le peptide est considéré comme détecté. TABLEAU 17 :Transition numéro Ech79 Ech80 Ech81 Ech82 1 0 0 0 0 2 0 0 0 0 3 0 0 0 0 4 0 0 0 0 5 0 0 0 0 6 0 0 0 0 7 0 0 0 0 8 0 0 0 0 9 0 0 0 0 10 1 1 1 1 11 1 1 1 1 12 1 1 1 0 13 0 1 1 0 14 0 1 1 0 15 0 1 1 0 16 0 0 0 0 17 0 0 0 0 18 0 0 0 0 19 0 0 0 0 20 0 0 0 0 21 0 0 0 0 22 0 0 0 0 23 0 0 0 0 24 0 0 0 0 25 1 1 1 1 26 1 1 1 1 27 1 1 1 1 28 0 0 0 0 29 0 0 0 0 30 0 0 0 0 31 0 0 0 0 32 0 0 0 0 33 0 0 0 0 34 0 0 0 0 35 0 0 0 0 36 0 0 0 0 37 0 0 0 0 38 0 0 0 0 39 0 0 0 0 40 1 1 1 0 41 0 1 0 0 42 1 0 1 0 43 0 0 0 0 44 0 0 0 0 45 0 0 0 0 46 0 0 0 0 47 0 0 0 0 48 0 0 0 0 49 0 0 0 0 50 0 0 0 0 51 0 0 0 0 52 0 0 0 0 53 0 0 0 0 54 0 0 0 0 55 1 1 1 0 56 1 1 1 0 57 1 1 1 0 58 0 0 0 0 59 0 0 0 0 60 0 0 0 0
    [0121] Les échantillons Ech79 à Ech82 comportent au moins un peptide caractéristique des VEB. Les bactéries présentes dans les échantillons Ech79 à Ech82 expriment donc une béta-lactamase qui leur confère une résistance aux pénicillines, aux céphalosporines, et aux monobactames Exemple 14 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type MOX:
    [0122] L'échantillon Ech83 est identifié selon l'une des méthodes décrites dans les exemples 1, 3 ou 4. L'identification de l'espèce est reportée dans le TABLEAU 18. TABLEAU 18 :Noms Espèces Ech83 E. coli
    [0123] L'échantillon Ech83 correspond à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type MOX. Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 19 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 19 :Transition numéro Peptide Temps de rétention (minutes) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de Collision (eV) Seuil de positivité 1 AHYFNYGVADR 14,36 656,807 621,289 33,2 2000 2 AHYFNYGVADR 14,36 656,807 941,448 33,2 2000 3 AHYFNYGVADR 14,34 656,807 1104,511 33,2 2000 4 ANISGVDDK 9,88 459,73 533,257 21,9 2000 5 ANISGVDDK 9,86 459,73 620,289 21,9 2000 6 ANISGVDDK 9,86 459,73 733,373 21,9 2000 7 ANISGVHDK 7,75 470,746 555,289 22,6 2000 8 ANISGVHDK 7,67 470,746 642,321 22,6 2000 9 ANISGVHDK 7,69 470,746 755,405 22,6 2000 10 ASLFAPWLK 23,52 516,797 543,329 25,2 2000 11 ASLFAPWLK 23,56 516,797 614,366 25,2 2000 12 ASLFAPWLK 23,56 516,797 761,434 25,2 2000 13 EDKPFR 8,09 396,206 419,24 18,3 2000 14 EDKPFR 8,07 396,206 547,335 18,3 2000 15 EDKPFR 8,09 396,206 662,362 18,3 2000 16 ESGNLMLFNK 18,39 576,79 408,224 28,6 2000 17 ESGNLMLFNK 18,39 576,79 521,308 28,6 2000 18 ESGNLMLFNK 18,39 576,79 652,349 28,6 2000 19 ESGSQMLFNK 15,08 570,771 408,224 28,3 2000 20 ESGSQMLFNK 15,14 570,771 521,308 28,3 2000 21 ESGSQMLFNK 15,12 570,771 652,349 28,3 2000 22 GHPVLFNK 12,74 456,259 408,224 21,7 2000 23 GHPVLFNK 12,78 456,259 521,308 21,7 2000 24 GHPVLFNK 12,78 456,259 717,429 21,7 2000 25 GIGVVMLANR 18,19 515,297 604,324 25,1 2000 26 GIGVVMLANR 18,17 515,297 703,392 25,1 2000 27 GIGVVMLANR 18,17 515,297 859,482 25,1 2000 28 MQAYYR 11,12 416,195 501,246 19,5 2000 29 MQAYYR 11,14 416,195 572,283 19,5 2000 30 MQAYYR 11,12 416,195 700,341 19,5 2000 31 NSPIEAR 9,4 393,709 375,199 18,2 2000 32 NSPIEAR 9,4 393,709 488,283 18,2 2000 33 NSPIEAR 9,4 393,709 585,335 18,2 2000 34 NSPIEGTLK 13,36 479,764 379,226 23,1 2000 35 NSPIEGTLK 13,36 479,764 547,309 23,1 2000 36 NSPIEGTLK 13,34 479,764 757,445 23,1 2000 37 NYPNEGTLK 11,6 518,259 379,706 25,3 2000 38 NYPNEGTLK 11,62 518,259 661,352 25,3 2000 39 NYPNEGTLK 11,58 518,259 758,404 25,3 2000 40 QPFDR 9,48 331,666 437,214 14,6 2000 41 QPFDR 9,5 331,666 488,214 14,6 2000 42 QPFDR 9,48 331,666 534,267 14,6 2000 43 QWTPAYSPGSHR 13,34 693,831 486,238 35,3 2000 44 QWTPAYSPGSHR 13,34 693,831 640,316 35,3 2000 45 QWTPAYSPGSHR 13,34 693,831 971,469 35,3 2000 46 QWTPAYSR 13,46 504,749 496,251 24,5 2000 47 QWTPAYSR 13,48 504,749 593,304 24,5 2000 48 QWTPAYSR 13,46 504,749 694,352 24,5 2000 49 QYANPSIGLFGYLAASSMK 25,46 673,34 594,292 28 2000 50 QYANPSIGLFGYLAASSMK 25,5 673,34 594,31 28 2000 51 QYANPSIGLFGYLAASSMK 25,5 673,34 927,46 28 2000 52 QYSNPSIGLFGHLAASSMK 21,21 670,003 609,819 27,9 2000 53 QYSNPSIGLFGHLAASSMK 21,17 670,003 758,403 27,9 2000 54 QYSNPSIGLFGHLAASSMK 21,21 670,003 858,941 27,9 2000 55 TGSSNGFGAYVAFVPAR 20,79 850,923 343,209 100 2000 56 TGSSNGFGAYVAFVPAR 20,78 850,923 380,229 100 2000 57 TGSSNGFGAYVAFVPAR 20,78 850,923 442,277 100 2000 58 TGSTNGFGAYVAFVPAK 20,45 843,928 315,203 100 2000 59 TGSTNGFGAYVAFVPAK 20,46 843,928 366,226 100 2000 60 TGSTNGFGAYVAFVPAK 20,46 843,928 414,271 100 2000 61 TGSTSGFGAYVAFVPAK 20,64 553,951 632,377 24,3 2000 62 TGSTSGFGAYVAFVPAK 20,66 830,422 315,203 43,1 2000 63 TGSTSGFGAYVAFVPAK 20,66 830,422 414,271 43,1 2000 64 TLTATLGAYAVVQGSFELDDK 18,71 733,711 569,275 29,8 2000 65 TLTATLGAYAVVQGSFELDDK 18,71 733,711 654,328 29,8 2000 66 TLTATLGAYAVVQGSFELDDK 18,71 733,711 1137,542 29,8 2000 67 VSPGMLADEAYGIK 18,63 725,866 632,816 37,1 2000 68 VSPGMLADEAYGIK 18,63 725,866 866,425 37,1 2000 69 VSPGMLADEAYGIK 18,65 725,866 1167,571 37,1 2000 70 VTPAMLAEEPYGIK 19,05 506,934 577,334 22,8 2000 71 VTPAMLAEEPYGIK 19,05 759,897 659,839 39 2000 72 VTPAMLAEEPYGIK 19,07 759,897 906,457 39 2000 73 YAYPVSEQTLLAGNSAK 18,09 604,644 547,283 25,8 2000 74 YAYPVSEQTLLAGNSAK 18,07 604,644 660,368 25,8 2000 75 YAYPVSEQTLLAGNSAK 18,09 906,462 707,88 47,4 2000
    [0124] Les autres paramètres machine utilisés sont les suivants : Type de balayage: MRM MRM planifié : oui Polarité: Positive Source d'ionisation:Turbo V™ (Applied BioSystems) Réglage Q1: Filtrage avec résolution unitaire Réglage Q3: Filtrage avec résolution unitaire Pause inter-scan: 5.00 msec Vitesse de balayage: 10 Da/s Gaz rideau: 40,00 psi Tension de cône: 5500,00 V Température de source: 500,00 °C Gaz de nébulisation: 40,00 psi Gaz chauffant: 40,00 psi Gaz de collision induisant dissociation : 9,00 psi Remplissage dynamique: activé Potentiel d'orifice : 100, 00 V (en anglais declustering potential (DP)) Potentiel d'entrée avant Q0 (EP): 10,00 V Potentiel en sortie de cellule de collision : 15 V (en anglais cell exit potential (CXP)) Temps de cycle total: 1 sec Fenêtre de détection : 240 sec
    [0125] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des transitions sont supérieures ou égales au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 19, la détection de la transition est considérée comme positive et est notée « 1 » dans le TABLEAU 20. Lorsqu'une transition a une aire inférieure au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 19, la transition est considérée comme non détectée et est notée « 0 » dans le TABLEAU 20.
    [0126] Pour un peptide donné, lorsque au moins 3 transitions sont notées « 1 », le peptide est considéré comme détecté. TABLEAU 20 :Transition numéro Ech83 1 0 2 0 3 0 4 0 5 0 6 0 7 1 8 1 9 1 10 0 11 0 12 0 13 0 14 0 15 0 16 0 17 0 18 0 19 0 20 0 21 0 22 0 23 0 24 0 25 0 26 0 27 0 28 0 29 0 30 0 31 0 32 0 33 0 34 0 35 0 36 0 37 0 38 0 39 0 40 0 41 0 42 0 43 1 44 1 45 1 46 0 47 0 48 0 49 0 50 0 51 0 52 0 53 0 54 0 55 0 56 0 57 0 58 0 59 0 60 0 61 0 62 0 63 0 64 0 65 0 66 0 67 1 68 1 69 1 70 0 71 0 72 0 73 0 74 0 75 0
    [0127] L'échantillon, Ech83, comporte au moins un peptide caractéristique des MOX. Les bactéries présentes dans l'échantillon Ech83 expriment donc une béta-lactamase qui leur confère une résistance aux pénicillines et aux céphalosporines excepté les céphalosporines de quatrième génération. Exemple 15 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type ACC:
    [0128] Les échantillons correspondant à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type ACC peuvent être détectés en mettant en oeuvre la méthode suivante.
    [0129] Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 21 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 21 :Transition numéro Peptide Temps de rétention (minutes) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision (eV) 1 ALTDTHIGYFK 15,83 422,56 457,24 25 2 ALTDTHIGYFK 15,83 422,56 514,27 25 3 ALTDTHIGYFK 15,83 422,56 627,35 25 4 AWKPADPAGTHR 10,49 436,23 470,25 26 5 AWKPADPAGTHR 10,49 436,23 638,34 26 6 AWKPADPAGTHR 10,49 436,23 669,34 26 7 DEPVHGNMEILGNEAYGIK 18,07 696 851,43 39 8 DEPVHGNMEILGNEAYGIK 18,07 696 1009,4 39 9 DEPVHGNMEILGNEAYGIK 18,07 696 1122,49 39 10 DTVDGLIQPLMQK 20,72 729,39 857,49 37 11 DTVDGLIQPLMQK 20,72 729,39 970,58 37 12 DTVDGLIQPLMQK 20,72 729,39 1027,6 37 13 DTVDSLIQPLMQK 21,62 744,39 857,49 38 14 DTVDSLIQPLMQK 21,62 744,39 1057,61 38 15 DTVDSLIQPLMQK 21,62 744,39 1172,63 38 16 IQHALTATHTGYFK 12,76 397,71 514,27 23 17 IQHALTATHTGYFK 12,76 397,71 615,31 23 18 IQHALTATHTGYFK 12,76 397,71 752,37 23 19 LDGNSTLQK 9,44 488,26 576,34 26 20 LDGNSTLQK 9,44 488,26 747,4 26 21 LDGNSTLQK 9,44 488,26 862,43 26 22 LSLDK 10,73 288,17 375,22 18 23 LSLDK 10,73 288,17 429,23 18 24 LSLDK 10,73 288,17 462,26 18 25 LSLEQSVSHYVPELR 20,3 586,31 776,43 33 26 LSLEQSVSHYVPELR 20,3 586,31 913,49 33 27 LSLEQSVSHYVPELR 20,3 586,31 1000,52 33 28 NEPIHVNMEVLGNEAYGIR 19,55 719,02 879,43 40 29 NEPIHVNMEVLGNEAYGIR 19,55 719,02 992,52 40 30 NEPIHVNMEVLGNEAYGIR 19,55 719,02 1163,55 40 31 NNIPGMSVAVTIR 18,3 457,92 559,36 27 32 NNIPGMSVAVTIR 18,3 686,37 933,52 35 33 NNIPGMSVAVTIR 18,3 686,37 1030,57 35 34 NTDQLMAYLK 18,78 598,8 625,34 31 35 NTDQLMAYLK 18,78 598,8 738,42 31 36 NTDQLMAYLK 18,78 598,8 981,51 31 37 NTTQLMTYLK 17,75 606,82 768,43 32 38 NTTQLMTYLK 17,75 606,82 896,49 32 39 NTTQLMTYLK 17,75 606,82 997,54 32 40 NYIYNYGLASK 15,9 653,33 752,39 34 41 NYIYNYGLASK 15,9 653,33 915,46 34 42 NYIYNYGLASK 15,9 653,33 1028,54 34 43 SISHYVPELR 15 400,88 514,3 24 44 SISHYVPELR 15 400,88 613,37 24 45 SISHYVPELR 15 400,88 776,43 24 46 TFAAILASYAQASGK 21,64 749,9 811,39 38 47 TFAAILASYAQASGK 21,64 749,9 882,43 38 48 TFAAILASYAQASGK 21,64 749,9 995,52 38 49 TLLPK 12,05 286,19 357,25 18 50 TLLPK 12,05 286,19 425,28 18 51 TLLPK 12,05 286,19 470,33 18 52 TNASDLIR 12,95 445,24 516,31 25 53 TNASDLIR 12,95 445,24 603,35 25 54 TNASDLIR 12,95 445,24 674,38 25 55 VTVAYK 10,34 340,7 381,21 20 56 VTVAYK 10,34 340,7 480,28 20 57 VTVAYK 10,34 340,7 581,33 20
    [0130] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des trois transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales à 2500 la détection du peptide est considérée comme positive et est noté « 1 ». Lorsque au moins une transition comporte une aire inférieure à 2500, le peptide correspondant est considéré comme non détecté et est noté « 0 ». Exemple 16 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type ACT:
    [0131] Les échantillons correspondant à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type ACT peuvent être détectés en mettant en oeuvre la méthode suivante.
    [0132] Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 22 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 22 :Transition numéro Peptide Temps de rétention (minutes) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision (eV) 1 AEEAHYAWGYR 14,21 676,81 815,38 34,8 2 AEEAHYAWGYR 14,21 676,81 952,44 34,8 3 AEEAHYAWGYR 14,21 676,81 1152,52 34,8 4 AIHVSPGMLDAEAYGVK 18,71 586,64 666,35 33,3 5 AIHVSPGMLDAEAYGVK 18,71 586,64 737,38 33,3 6 AIHVSPGMLDAEAYGVK 18,74 586,64 852,41 33,3 7 AVHVSPGMLDAEAYGVK 17,93 581,96 666,35 33,1 8 AVHVSPGMLDAEAYGVK 17,93 581,96 737,38 33,1 9 AVHVSPGMLDAEAYGVK 17,93 581,96 852,41 33,1 10 DMANWVMVNMKPDSLQDSSLK 22,23 803,71 896,45 44,2 11 DMANWVMVNMKPDSLQDSSLK 22,21 803,71 989,49 44,2 12 DMANWVMVNMKPDSLQDSSLK 22,23 803,71 1082,03 44,2 13 DNASLLR 12,76 394,72 401,29 22,4 14 DNASLLR 12,76 394,72 488,32 22,4 15 DNASLLR 12,76 394,72 559,36 22,4 16 EGITLAQSR 13,23 487,77 574,33 26,5 17 EGITLAQSR 13,25 487,77 675,38 26,5 18 EGITLAQSR 13,23 487,77 788,46 26,5 19 EVNPPAPPVNASWVHK 16,59 581,31 700,38 33,1 20 EVNPPAPPVNASWVHK 16,61 581,31 757,4 33,1 21 EVNPPAPPVNASWVHK 16,61 581,31 1134,61 33,1 22 FYQNWQPQWKPGTTR 17,43 968,98 531,29 47,6 23 FYQNWQPQWKPGTTR 17,43 968,98 1070,57 47,6 24 FYQNWQPQWKPGTTR 17,43 968,98 1198,63 47,6 25 GEISLDDPVTR 16,1 601,31 702,34 31,5 26 GEISLDDPVTR 16,1 601,31 815,43 31,5 27 GEISLDDPVTR 16,12 601,31 902,46 31,5 28 GEISLGDPVTK 15,7 558,3 559,31 29,6 29 GEISLGDPVTK 15,68 558,3 616,33 29,6 30 GEISLGDPVTK 15,68 558,3 816,45 29,6 31 GLTLAQSR 12,67 423,25 461,25 23,6 32 GLTLAQSR 12,68 423,25 574,33 23,6 33 GLTLAQSR 12,65 423,25 675,38 23,6 34 LDHTWINVPK 16,79 611,83 497,78 31,9 35 LDHTWINVPK 16,79 611,83 756,44 31,9 36 LDHTWINVPK 16,79 611,83 857,49 31,9 37 MLDLATYTAGGLPLQVPDEVK 23,87 744,39 512,79 41,2 38 MLDLATYTAGGLPLQVPDEVK 23,89 744,39 587,3 41,2 39 MLDLATYTAGGLPLQVPDEVK 23,89 1116,09 587,3 54,1 40 QGIALAQSR 12,72 472,27 574,33 25,8 41 QGIALAQSR 12,7 472,27 645,37 25,8 42 QGIALAQSR 12,72 472,27 758,45 25,8 43 QGISLAQSR 12,83 480,27 661,36 26,1 44 QGISLAQSR 12,83 480,27 774,45 26,1 45 QGISLAQSR 12,83 480,27 831,47 26,1 46 QIGIVMLANK 18,95 543,82 576,32 28,9 47 QIGIVMLANK 18,95 543,82 675,39 28,9 48 QIGIVMLANK 18,95 543,82 845,49 28,9 49 QIGIVMLANTSYPNPAR 21,86 615,66 554,31 34,8 50 QIGIVMLANTSYPNPAR 21,86 615,66 717,37 34,8 51 QIGIVMLANTSYPNPAR 21,86 922,99 554,31 45,6 52 QLAEVVANTVTPLMK 21,94 807,45 488,29 40,5 53 QLAEVVANTVTPLMK 21,94 807,45 974,53 40,5 54 QLAEVVANTVTPLMK 21,94 807,45 1073,6 40,5 55 QLAEVVER 13,05 472,26 502,3 25,8 56 QLAEVVER 13,03 472,26 631,34 25,8 57 QLAEVVER 13,03 472,26 702,38 25,8 58 QLGIVMLANK 19,27 543,82 576,32 28,9 59 QLGIVMLANK 19,27 543,82 675,39 28,9 60 QLGIVMLANK 19,27 543,82 845,49 28,9 61 SYPNPAR 9,83 402,7 343,21 22,7 62 SYPNPAR 9,83 402,7 457,25 22,7 63 SYPNPAR 9,83 402,7 554,31 22,7 64 TFTGVLGGDAIAR 18,42 639,35 659,35 33,1 65 TFTGVLGGDAIAR 18,39 639,35 772,43 33,1 66 TFTGVLGGDAIAR 18,42 639,35 1029,57 33,1 67 TGSTGGFGSYVAFIPEK 21,14 573,29 373,21 32,7 68 TGSTGGFGSYVAFIPEK 21,14 573,29 633,36 32,7 69 TGSTGGFGSYVAFIPEK 21,14 573,29 704,4 32,7 70 TVTPLMK 13,65 395,23 488,29 22,4 71 TVTPLMK 13,65 395,23 589,34 22,4 72 TVTPLMK 13,62 395,23 688,41 22,4 73 TWEGSDNK 4,64 474,74 520,24 25,9 74 TWEGSDNK 4,64 474,74 649,28 25,9 75 TWEGSDNK 4,64 474,74 748,35 25,9 76 VALAPLPAR 15,96 454,29 553,35 25 77 VALAPLPAR 15,99 454,29 624,38 25 78 VALAPLPAR 15,96 454,29 737,47 25 79 VALAPLPVAEVNPPAPPVK 21,12 627,04 705,43 35,4 80 VALAPLPVAEVNPPAPPVK 21,14 627,04 762,94 35,4 81 VALAPLPVAEVNPPAPPVK 21,14 627,04 819,47 35,4 82 VEAAYR 8,39 354,69 409,22 20,6 83 VEAAYR 8,39 354,69 480,26 20,6 84 VEAAYR 8,39 354,69 609,3 20,6 85 VFKPLK 11,66 366,24 357,25 21,1 86 VFKPLK 11,66 366,24 485,35 21,1 87 VFKPLK 11,66 366,24 632,41 21,1 88 VGAMYQGLGWEMLNWPVDAK 26,23 755,7 529,3 41,8 89 VGAMYQGLGWEMLNWPVDAK 26,23 755,7 829,42 41,8 90 VGAMYQGLGWEMLNWPVDAK 26,26 755,7 1073,55 41,8 91 VLKPLK 10,38 349,25 357,25 20,4 92 VLKPLK 10,36 349,25 485,35 20,4 93 VLKPLK 10,36 349,25 598,43 20,4 94 VSPGMLDAQAYGMK 17,62 734,35 641,3 37,3 95 VSPGMLDAQAYGMK 17,62 734,35 883,4 37,3 96 VSPGMLDAQAYGMK 17,62 734,35 996,48 37,3 97 VSPGMLDAQAYGVK 17,36 718,37 625,32 36,6 98 VSPGMLDAQAYGVK 17,36 718,37 851,43 36,6 99 VSPGMLDAQAYGVK 17,36 718,37 964,51 36,6 100 YWPQLTGK 17,33 496,76 322,19 26,9 101 YWPQLTGK 17,33 496,76 643,38 26,9 102 YWPQLTGK 17,31 496,76 829,46 26,9
    [0133] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des trois transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales à 2500 la détection du peptide est considérée comme positive et est noté « 1 ». Lorsque au moins une transition comporte une aire inférieure à 2500, le peptide correspondant est considéré comme non détecté et est noté « 0 ». Exemple 17 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type CMY:
    [0134] Les échantillons correspondant à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type CMY peuvent être détectés en mettant en oeuvre la méthode suivante.
    [0135] Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 23 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 23 :Transition numéro Peptide Temps de rétention (minutes) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision (eV) 1 AALLR 10,85 272,18 288,2 17 2 AALLR 10,85 272,18 401,29 17 3 AALLR 10,85 272,18 472,32 17 4 ADSIINGSDNK 10,62 567,28 747,36 30 5 ADSIINGSDNK 10,62 567,28 860,45 30 6 ADSIINGSDNK 10,62 567,28 947,48 30 7 AELLR 11,13 301,19 401,29 18 8 AELLR 11,13 301,19 427,26 18 9 AELLR 11,13 301,19 530,33 18 10 ALQQAISLTHK 13,79 605,35 698,42 32 11 ALQQAISLTHK 13,79 605,35 769,46 32 12 ALQQAISLTHK 13,79 605,35 897,52 32 13 AVHVSPGQLDAEAYGVK 15,59 580,97 737,38 33 14 AVHVSPGQLDAEAYGVK 15,59 580,97 776,4 33 15 AVHVSPGQLDAEAYGVK 15,59 580,97 852,41 33 16 DYAC[CAM]GYR 9,86 452,68 555,23 25 17 DYAC[CAM]GYR 9,86 452,68 626,27 25 18 DYAC[CAM]GYR 9,86 452,68 789,33 25 19 DYALGYR 13,44 429,21 508,29 24 20 DYALGYR 13,44 429,21 579,32 24 21 DYALGYR 13,44 429,21 742,39 24 22 EGKPVHASPGQLDAEAYGVK 13,47 685,02 737,38 38 23 EGKPVHASPGQLDAEAYGVK 13,47 685,02 852,41 38 24 EGKPVHASPGQLDAEAYGVK 13,47 685,02 965,49 38 25 EGKPVHGSPGQLDAEAYGVK 13,08 510,51 537,3 29 26 EGKPVHGSPGQLDAEAYGVK 13,08 510,51 666,35 29 27 EGKPVHGSPGQLDAEAYGVK 13,08 510,51 737,38 29 28 EGKPVHVSPEQLDAEAYGVK 15,07 539,03 737,38 30 29 EGKPVHVSPEQLDAEAYGVK 15,07 539,03 852,41 30 30 EGKPVHVSPEQLDAEAYGVK 15,07 718,37 852,41 40 31 EGKPVHVSPGQFDAEAYGVK 15,01 529,52 537,3 29 32 EGKPVHVSPGQFDAEAYGVK 15,01 529,52 632,33 29 33 EGKPVHVSPGQFDAEAYGVK 15,01 705,69 999,48 39 34 EGKPVHVSPGQLDAEAYC[CAM]VK 14,63 546,77 569,28 30 35 EGKPVHVSPGQLDAEAYC[CAM]VK 14,63 546,77 640,31 30 36 EGKPVHVSPGQLDAEAYC[CAM]VK 14,63 546,77 769,35 30 37 EGKPVHVSPGQLDAEAYGVK 14,65 521,02 537,3 29 38 EGKPVHVSPGQLDAEAYGVK 14,65 521,02 737,38 29 39 EGKPVHVSPGQLDAEAYGVK 14,65 521,02 852,41 29 40 EGKPVHVSPGQLDAGAYGVK 14,19 503,02 594,32 28 41 EGKPVHVSPGQLDAGAYGVK 14,19 503,02 665,36 28 42 EGKPVHVSPGQLDAGAYGVK 14,19 503,02 780,39 28 43 EGKPVHVSPGQLNAEAYGVK 14,25 520,78 537,3 29 44 EGKPVHVSPGQLNAEAYGVK 14,25 520,78 737,38 29 45 EGKPVHVSPGQLNAEAYGVK 14,25 520,78 834,45 29 46 EGKPVHVTPGQLDAEAYGVK 14,72 524,53 848,46 29 47 EGKPVHVTPGQLDAEAYGVK 14,72 699,03 852,41 39 48 EGKPVHVTPGQLDAEAYGVK 14,72 699,03 1247,63 39 49 EGKPVYVSPGQLDAEAYGVK 16,73 703,03 852,41 39 50 EGKPVYVSPGQLDAEAYGVK 16,73 703,03 860,45 39 51 EGKPVYVSPGQLDAEAYGVK 16,73 703,03 1247,63 39 52 ESGASVSEQTLFDIGSVSK 20,37 970,98 976,42 48 53 ESGASVSEQTLFDIGSVSK 20,37 970,98 1066,58 48 54 ESGASVSEQTLFDIGSVSK 20,37 970,98 1194,64 48 55 FSDPVTK 11,61 397,21 559,31 22 56 FSDPVTK 11,61 397,21 646,34 22 57 FSDPVTK 11,61 397,21 647,3 22 58 FYQNWQPQWAPGAK 18,61 860,92 867,38 43 59 FYQNWQPQWAPGAK 18,61 860,92 982,51 43 60 FYQNWQPQWAPGAK 18,61 860,92 1168,59 43 61 FYQNWQPQWTPGAK 18,53 875,92 884,46 44 62 FYQNWQPQWTPGAK 18,53 875,92 1012,52 44 63 FYQNWQPQWTPGAK 18,53 875,92 1198,6 44 64 HAPWLK 11,85 376,22 543,33 22 65 HAPWLK 11,85 376,22 605,32 22 66 HAPWLK 11,85 376,22 614,37 22 67 IPDDVR 9,9 357,69 504,24 21 68 IPDDVR 9,9 357,69 540,27 21 69 IPDDVR 9,9 357,69 601,29 21 70 LAHTWIK 12,56 434,76 547,32 24 71 LAHTWIK 12,56 434,76 684,38 24 72 LAHTWIK 12,56 434,76 755,42 24 73 LAHTWITVPENEQK 15,87 555,96 609,31 32 74 LAHTWITVPENEQK 15,87 555,96 744,35 32 75 LAHTWITVPENEQK 15,87 555,96 823,45 32 76 LAHTWITVPQSEQK 15,75 546,63 1029,56 31 77 LAHTWITVPQSEQK 15,75 819,44 1029,56 41 78 LAHTWITVPQSEQK 15,75 819,44 1215,64 41 79 LDAEAYGVK 12,86 483,25 537,3 26 80 LDAEAYGVK 12,86 483,25 737,38 26 81 LDAEAYGVK 12,86 483,25 852,41 26 82 LLHLATYTAGGLPLK 19,26 523,31 584,38 30 83 LLHLATYTAGGLPLK 19,26 523,31 655,41 30 84 LLHLATYTAGGLPLK 19,26 523,31 756,46 30 85 LLHLATYTAGGLPLQFPDDVR 22,76 575,06 601,29 32 86 LLHLATYTAGGLPLQFPDDVR 22,76 766,41 1086,56 42 87 LLHLATYTAGGLPLQFPDDVR 22,76 766,41 1098,59 42 88 NYAWGYR 14,18 465,22 581,28 25 89 NYAWGYR 14,18 465,22 652,32 25 90 NYAWGYR 14,18 465,22 815,38 25 91 NYPIPAR 12,32 415,73 456,29 23 92 NYPIPAR 12,32 415,73 553,35 23 93 NYPIPAR 12,32 415,73 716,41 23 94 NYPNEAR 6,92 432,2 489,21 24 95 NYPNEAR 6,92 432,2 586,29 24 96 NYPNEAR 6,92 432,2 749,36 24 97 SLC[CAM]C[CAM]ALLLTAPLSTFAAAK 26,05 670,02 905,51 38 98 SLC[CAM]C[CAM]ALLLTAPLSTFAAAK 26,05 1004,53 1077,59 49 99 SLC[CAM]C[CAM]ALLLTAPLSTFAAAK 26,05 1004,53 1190,68 49 100 SNVTDMAR 10,56 447,21 492,22 25 101 SNVTDMAR 10,56 447,21 593,27 25 102 SNVTDMAR 10,56 447,21 692,34 25 103 TALLHFYQNWQPQWAPGAK 21,7 752,72 854,45 42 104 TALLHFYQNWQPQWAPGAK 21,7 752,72 974,51 42 105 TALLHFYQNWQPQWAPGAK 21,7 752,72 1088,55 42 106 TDSIINGSDSK 10,86 568,78 720,35 30 107 TDSIINGSDSK 10,86 568,78 833,44 30 108 TDSIINGSDSK 10,86 568,78 920,47 30 109 TFIGVLGGDAIAR 20,29 645,36 659,35 33 110 TFIGVLGGDAIAR 20,29 645,36 772,43 33 111 TFIGVLGGDAIAR 20,29 645,36 928,52 33 112 TFNGVLGGDC[CAM]IAR 16,85 690,34 748,34 35 113 TFNGVLGGDC[CAM]IAR 16,85 690,34 861,42 35 114 TFNGVLGGDC[CAM]IAR 16,85 690,34 1131,56 35 115 TFNGVLGGEAIAR 17,2 435,57 673,36 26 116 TFNGVLGGEAIAR 17,2 652,85 673,36 34 117 TFNGVLGGEAIAR 17,2 652,85 786,45 34 118 TGSTVGFGSYVAFVPEK 20,65 873,44 1039,55 43 119 TGSTVGFGSYVAFVPEK 20,65 873,44 1096,57 43 120 TGSTVGFGSYVAFVPEK 20,65 873,44 1243,64 43 121 TGYTGGFGSYVAFVPEK 20,58 890,43 1039,55 44 122 TGYTGGFGSYVAFVPEK 20,58 890,43 1096,57 44 123 TGYTGGFGSYVAFVPEK 20,58 890,43 1243,64 44 124 TLQQGIELAQSR 15,04 448,58 461,25 26 125 TLQQGIELAQSR 15,04 672,37 703,37 35 126 TLQQGIELAQSR 15,04 672,37 873,48 35 127 TSSADLLAFVK 20,76 576,32 805,48 30 128 TSSADLLAFVK 20,76 576,32 876,52 30 129 TSSADLLAFVK 20,76 576,32 963,55 30 130 TSSADLLR 12,72 431,73 587,35 24 131 TSSADLLR 12,72 431,73 674,38 24 132 TSSADLLR 12,72 431,73 761,42 24 133 TYYFTWGK 18,46 533,26 801,39 28 134 TYYFTWGK 18,46 533,26 919,4 28 135 TYYFTWGK 18,46 533,26 964,46 28 136 VAALPAVEVNPPAPAVK 18,04 821,98 964,55 41 137 VAALPAVEVNPPAPAVK 18,04 821,98 1021,57 41 138 VAALPAVEVNPPAPAVK 18,04 821,98 1120,64 41 139 VAFAALPAVEVNPPAPAVK 21,03 621,02 679,41 35 140 VAFAALPAVEVNPPAPAVK 21,03 621,02 793,46 35 141 VAFAALPAVEVNPPAPAVK 21,03 931,03 1021,57 46 142 VALAAIPAVEVNPPAPAVK 20,17 457,52 679,41 26 143 VALAAIPAVEVNPPAPAVK 20,17 609,7 679,41 34 144 VALAAIPAVEVNPPAPAVK 20,17 609,7 793,46 34 145 VALAALHTVEVNPPAPAVK 18 475,03 582,36 27 146 VALAALHTVEVNPPAPAVK 18 475,03 679,41 27 147 VALAALHTVEVNPPAPAVK 18 633,03 679,41 36 148 VALAALPAVEINPPAPAVK 21,5 614,37 679,41 35 149 VALAALPAVEINPPAPAVK 21,5 614,37 793,46 35 150 VALAALPAVEINPPAPAVK 21,5 614,37 935,56 35 151 VALAALPTVEVNPPAPAVK 20,41 619,7 679,41 35 152 VALAALPTVEVNPPAPAVK 20,41 619,7 793,46 35 153 VALAALPTVEVNPPAPAVK 20,41 619,7 1021,57 35 154 VAPAVEVNPPAPAVK 15,16 729,92 793,46 37 155 VAPAVEVNPPAPAVK 15,16 729,92 892,53 37 156 VAPAVEVNPPAPAVK 15,16 729,92 1021,57 37 157 VEAYWR 13,37 412,21 524,26 23 158 VEAYWR 13,37 412,21 595,3 23 159 VEAYWR 13,37 412,21 724,34 23 160 VILEANPTAAPR 14,25 417,91 612,35 25 161 VILEANPTAAPR 14,25 626,36 797,43 33 162 VILEANPTAAPR 14,25 626,36 1039,55 33 163 VSLEANPTAAPR 13,15 613,33 726,39 32 164 VSLEANPTAAPR 13,15 613,33 797,43 32 165 VSLEANPTAAPR 13,15 613,33 926,47 32 166 WIQVNMDASR 16,68 610,3 693,3 32 167 WIQVNMDASR 16,68 610,3 792,37 32 168 WIQVNMDASR 16,68 610,3 920,43 32 169 WVQANMDASR 12,82 589,27 764,34 31 170 WVQANMDASR 12,82 589,27 892,39 31 171 WVQANMDASR 12,82 589,27 991,46 31 172 WVQVNMDASR 15,27 603,29 792,37 32 173 WVQVNMDASR 15,27 603,29 920,43 32 174 WVQVNMDASR 15,27 603,29 1019,49 32 175 YWSELTGK 14,9 492,25 547,31 27 176 YWSELTGK 14,9 492,25 634,34 27 177 YWSELTGK 14,9 492,25 820,42 27
    [0136] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des trois transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales à 2500 la détection du peptide est considérée comme positive et est noté « 1 ». Lorsque au moins une transition comporte une aire inférieure à 2500, le peptide correspondant est considéré comme non détecté et est noté « 0 ». Exemple 18 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type CTX-M:
    [0137] Les échantillons correspondant à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type CTX-M peuvent être détectés en mettant en oeuvre la méthode suivante.
    [0138] Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 24 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 24 :Transition numéro Peptide Temps de rétention (minutes) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision (eV) 1 AGADVASLR 11,83 430,24 446,27 24 2 AGADVASLR 11,83 430,24 485,24 24 3 AGADVASLR 11,83 430,24 660,37 24 4 AGLPASWVVGDK 18,32 600,32 790,41 31 5 AGLPASWVVGDK 18,32 600,32 861,45 31 6 AGLPASWVVGDK 18,32 600,32 958,5 31 7 AGLPTSWTAGDK 15,73 602,3 764,36 32 8 AGLPTSWTAGDK 15,73 602,3 865,41 32 9 AGLPTSWTAGDK 15,73 602,3 962,46 32 10 AGLPTSWTVGDR 17,31 630,32 820,39 33 11 AGLPTSWTVGDR 17,31 630,32 921,44 33 12 AGLPTSWTVGDR 17,31 630,32 1018,5 33 13 AGLPTSWWGDK 18,62 615,33 790,41 32 14 AGLPTSWWGDK 18,62 615,33 891,46 32 15 AGLPTSWWGDK 18,62 615,33 988,51 32 16 AIGDDTFR 12,79 447,72 653,29 25 17 AIGDDTFR 12,79 447,72 710,31 25 18 AIGDDTFR 12,79 447,72 823,39 25 19 AMAVAAVLK 16,36 437,26 501,34 24 20 AMAVAAVLK 16,36 437,26 600,41 24 21 AMAVAAVLK 16,36 437,26 671,45 24 22 APLILVTYFTQPEQK 23,95 583,33 730,37 33 23 APLILVTYFTQPEQK 23,95 874,49 1040,5 43 24 APLILVTYFTQPEQK 23,95 874,49 1141,55 43 25 APLVLVTYFTQPEPK 23,37 568,32 699,37 32 26 APLVLVTYFTQPEPK 23,37 568,32 846,44 32 27 APLVLVTYFTQPEPK 23,37 851,97 1110,55 42 28 APLVLVTYFTQPQQNAENR 22,93 730,38 956,45 41 29 APLVLVTYFTQPQQNAENR 22,93 1095,07 1185,56 53 30 APLVLVTYFTQPQQNAENR 22,93 1095,07 1233,69 53 31 APLVLVTYFTQPQQNAER 23,02 692,37 745,36 39 32 APLVLVTYFTQPQQNAER 23,02 692,37 842,41 39 33 APLVLVTYFTQPQQNAER 23,02 692,37 857,51 39 34 APLVLVTYFTQSEPK 23,53 564,98 689,35 32 35 APLVLVTYFTQSEPK 23,53 846,96 1100,53 42 36 APLVLVTYFTQSEPK 23,53 846,96 1199,59 42 37 AQLVAWLK 19,52 464,78 517,31 25 38 AQLVAWLK 19,52 464,78 616,38 25 39 AQLVAWLK 19,52 464,78 729,47 25 40 AQLVMWLK 20,53 494,79 577,32 27 41 AQLVMWLK 20,53 494,79 676,39 27 42 AQLVMWLK 20,53 494,79 789,47 27 43 ASDLVNYNPIAEK 16,72 717,37 834,44 37 44 ASDLVNYNPIAEK 16,72 717,37 948,48 37 45 ASDLVNYNPIAEK 16,72 717,37 1047,55 37 46 DFLAAAAK 14,5 403,72 431,26 23 47 DFLAAAAK 14,5 403,72 518,26 23 48 DFLAAAAK 14,5 403,72 544,35 23 49 DILASAAK 12,62 394,73 447,26 22 50 DILASAAK 12,62 394,73 560,34 22 51 DILASAAK 12,62 394,73 571,31 22 52 DNTQVLYR 12,19 504,76 550,33 27 53 DNTQVLYR 12,19 504,76 678,39 27 54 DNTQVLYR 12,19 504,76 779,44 27 55 DTTTPLAMAQALR 19,92 694,86 760,41 36 56 DTTTPLAMAQALR 19,92 694,86 873,5 36 57 DTTTPLAMAQALR 19,92 694,86 970,55 36 58 DTTTPLAMAQSLR 19,22 702,86 776,41 36 59 DTTTPLAMAQSLR 19,22 702,86 889,49 36 60 DTTTPLAMAQSLR 19,22 702,86 986,55 36 61 DTTTPLAMAQTLR 18,99 709,87 719,39 36 62 DTTTPLAMAQTLR 18,99 709,87 790,42 36 63 DTTTPLAMAQTLR 18,99 709,87 1000,56 36 64 DVLAAAAR 12,11 393,73 459,27 22 65 DVLAAAAR 12,11 393,73 572,35 22 66 DVLAAAAR 12,11 393,73 671,42 22 67 EIGDETFR 12,99 483,73 552,28 26 68 EIGDETFR 12,99 483,73 667,3 26 69 EIGDETFR 12,99 483,73 724,33 26 70 EQLVTWLK 19,13 508,79 547,32 27 71 EQLVTWLK 19,13 508,79 646,39 27 72 EQLVTWLK 19,13 508,79 759,48 27 73 GNTTGSASIQAGLPK 13,81 701,37 813,48 36 74 GNTTGSASIQAGLPK 13,81 701,37 1028,57 36 75 GNTTGSASIQAGLPK 13,81 701,37 1129,62 36 76 HDVLASAAK 9,32 456,25 659,41 25 77 HDVLASAAK 9,32 456,25 765,39 25 78 HDVLASAAK 9,32 456,25 774,44 25 79 HDVLASAAR 9,88 470,25 588,35 26 80 HDVLASAAR 9,88 470,25 687,41 26 81 HDVLASAAR 9,88 470,25 802,44 26 82 HLTLGSALGETQR 15,07 691,87 918,46 35 83 HLTLGSALGETQR 15,07 691,87 1031,55 35 84 HLTLGSALGETQR 15,07 691,87 1132,6 35 85 LAELEQQSGGR 11,17 594,3 761,35 31 86 LAELEQQSGGR 11,17 594,3 874,44 31 87 LAELEQQSGGR 11,17 594,3 1003,48 31 88 LAGLER 11,22 329,7 474,27 20 89 LAGLER 11,22 329,7 484,28 20 90 LAGLER 11,22 329,7 545,3 20 91 LDGTEPTLNTAIPGDPR 16,6 589,64 1053,57 33 92 LDGTEPTLNTAIPGDPR 16,6 883,95 1053,57 44 93 LDGTEPTLNTAIPGDPR 16,6 883,95 1154,62 44 94 LGVALIDTADNAQTLYR 20,27 917,49 980,48 45 95 LGVALIDTADNAQTLYR 20,27 917,49 1051,52 45 96 LGVALIDTADNAQTLYR 20,27 917,49 1152,56 45 97 LGVALIDTADNTHVLYR 19,46 624,34 801,42 35 98 LGVALIDTADNTHVLYR 19,46 624,34 902,48 35 99 LGVALIDTADNTHVLYR 19,46 624,34 1189,6 35 100 LGVALIDTK 16,93 465,29 589,36 25 101 LGVALIDTK 16,93 465,29 660,39 25 102 LGVALIDTK 16,93 465,29 816,48 25 103 LGVALINTADNSR 16,92 672,37 777,35 35 104 LGVALINTADNSR 16,92 672,37 890,43 35 105 LGVALINTADNSR 16,92 672,37 1003,52 35 106 LGVALINTADNTQTLYR 19,63 621,67 1081,53 35 107 LGVALINTADNTQTLYR 19,63 932 1081,53 46 108 LGVALINTADNTQTLYR 19,63 932 1182,57 46 109 LGVPLIDTADNTQVLYR 21,54 944,51 1008,51 47 110 LGVPLIDTADNTQVLYR 21,54 944,51 1079,55 47 111 LGVPLIDTADNTQVLYR 21,54 944,51 1180,6 47 112 LIAHLGGPGK 12,27 321,53 358,21 20 113 LIAHLGGPGK 12,27 321,53 415,23 20 114 LIAHLGGPGK 12,27 321,53 528,31 20 115 LIAQLGGQGGVTAFAR 18,73 779,94 963,5 39 116 LIAQLGGQGGVTAFAR 18,73 779,94 1020,52 39 117 LIAQLGGQGGVTAFAR 18,73 779,94 1133,61 39 118 LISHVGGPASVTAFAR 16,27 528,29 565,31 30 119 LISHVGGPASVTAFAR 16,27 528,29 664,38 30 120 LISHVGGPASVTAFAR 16,27 791,94 1033,54 40 121 LLLNQR 12,81 378,74 417,22 22 122 LLLNQR 12,81 378,74 530,3 22 123 LLLNQR 12,81 378,74 643,39 22 124 NLTLGNALGDTQR 16,67 686,86 931,46 35 125 NLTLGNALGDTQR 16,67 686,86 1044,54 35 126 NLTLGNALGDTQR 16,67 686,86 1145,59 35 127 NLTLGSALGETQR 17,15 453,91 590,29 27 128 NLTLGSALGETQR 17,15 680,36 918,46 35 129 NLTLGSALGETQR 17,15 680,36 1031,55 35 130 QLGDDTFR 13,1 476,23 653,29 26 131 QLGDDTFR 13,1 476,23 710,31 26 132 QLGDDTFR 13,1 476,23 823,39 26 133 SDLVNYSPIAEK 16,24 668,34 807,42 34 134 SDLVNYSPIAEK 16,24 668,34 921,47 34 135 SDLVNYSPIAEK 16,24 668,34 1020,54 34 136 SESEPSLLNQR 13,8 630,31 730,42 33 137 SESEPSLLNQR 13,8 630,31 827,47 33 138 SESEPSLLNQR 13,8 630,31 1043,55 33 139 SLGDESFR 12,8 455,72 653,29 25 140 SLGDESFR 12,8 455,72 710,31 25 141 SLGDESFR 12,8 455,72 823,39 25 142 SSDLINYNPIAEK 17,68 732,37 834,44 37 143 SSDLINYNPIAEK 17,68 732,37 948,48 37 144 SSDLINYNPIAEK 17,68 732,37 1061,56 37 145 SSDLINYNPITEK 17,72 747,38 864,45 38 146 SSDLINYNPITEK 17,72 747,38 978,49 38 147 SSDLINYNPITEK 17,72 747,38 1091,57 38 148 SWGVGDK 11,6 374,68 475,25 21 149 SWGVGDK 11,6 374,68 602,26 21 150 SWGVGDK 11,6 374,68 661,33 21 151 TELTLNTAIGDPR 17,63 749,4 826,44 38 152 TELTLNTAIGDPR 17,63 749,4 940,48 38 153 TELTLNTAIGDPR 17,63 749,4 957,53 38 154 TEPTLNSAIPGDPR 15,33 734,38 812,43 37 155 TEPTLNSAIPGDPR 15,33 734,38 926,47 37 156 TEPTLNSAIPGDPR 15,33 734,38 1237,65 37 157 TEQTLNTAIPGDPR 14,47 756,89 940,48 38 158 TEQTLNTAIPGDPR 14,47 756,89 972,5 38 159 TEQTLNTAIPGDPR 14,47 756,89 1154,62 38 160 TESTLNTAIPGDPR 14,52 736,37 940,48 37 161 TESTLNTAIPGDPR 14,52 736,37 1053,57 37 162 TESTLNTAIPGDPR 14,52 736,37 1154,62 37 163 TETTLNTAIPGDPR 14,88 743,38 826,44 38 164 TETTLNTAIPGDPR 14,88 743,38 940,48 38 165 TETTLNTAIPGDPR 14,88 743,38 945,49 38 166 TGSC[CAM]DYGTTNDIAVIWPK 20,38 999,47 1055,59 49 167 TGSC[CAM]DYGTTNDIAVIWPK 20,38 999,47 1156,64 49 168 TGSC[CAM]DYGTTNDIAVIWPK 20,38 999,47 1172,42 49 169 TGSC[CAM]GYGTTNDIAVIWPK 20,21 970,46 1055,59 48 170 TGSC[CAM]GYGTTNDIAVIWPK 20,21 970,46 1114,41 48 171 TGSC[CAM]GYGTTNDIAVIWPK 20,21 970,46 1156,64 48 172 TGSGDYGTTNDIAVIWPEGR 20,27 1055 1069,41 51 173 TGSGDYGTTNDIAVIWPEGR 20,27 1055 1155,62 51 174 TGSGDYGTTNDIAVIWPEGR 20,27 1055 1182,49 51 175 TGSGGYGTTNDIAVIWPEGR 20,16 684,33 757,4 38 176 TGSGGYGTTNDIAVIWPEGR 20,16 684,33 927,5 38 177 TGSGGYGTTNDIAVIWPEGR 20,16 684,33 1011,4 38 178 TGSGGYGTTNDIAVIWPQGR 19,81 684 756,42 38 179 TGSGGYGTTNDIAVIWPQGR 19,81 684 926,52 38 180 TGSGGYGTTNDIAVIWPQGR 19,81 684 1011,4 38 181 TIGDDTFR 12,86 462,72 538,26 25 182 TIGDDTFR 12,86 462,72 653,29 25 183 TIGDDTFR 12,86 462,72 710,31 25 184 TQLVTWLK 19,07 494,79 646,39 27 185 TQLVTWLK 19,07 494,79 759,48 27 186 TQLVTWLK 19,07 494,79 887,53 27 187 VEIKPSDLINYNPIAEK 20,21 648,35 769,41 36 188 VEIKPSDLINYNPIAEK 20,21 648,35 882,49 36 189 VEIKPSDLINYNPIAEK 20,21 648,35 948,48 36 190 VEIKPSDLVNYNPIAEK 19,33 643,68 769,41 36 191 VEIKPSDLVNYNPIAEK 19,33 643,68 882,49 36 192 VEIKPSDLVNYNPIAEK 19,33 643,68 948,48 36 193 VIGDDTFR 13,3 461,73 538,26 25 194 VIGDDTFR 13,3 461,73 710,31 25 195 VIGDDTFR 13,3 461,73 823,39 25 196 VMAAAALLK 17,06 444,27 586,39 25 197 VMAAAALLK 17,06 444,27 657,43 25 198 VMAAAALLK 17,06 444,27 788,47 25 199 VMAAAAVLEQSETQK 16,62 788,41 962,48 40 200 VMAAAAVLEQSETQK 16,62 788,41 1061,55 40 201 VMAAAAVLEQSETQK 16,62 788,41 1132,58 40 202 WAKPSGAVGDVAQR 12,73 481,26 628,34 28 203 WAKPSGAVGDVAQR 12,73 481,26 645,33 28 204 WAKPSGAVGDVAQR 12,73 481,26 698,36 28
    [0139] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des trois transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales à 2500 la détection du peptide est considérée comme positive et est noté « 1 ». Lorsque au moins une transition comporte une aire inférieure à 2500, le peptide correspondant est considéré comme non détecté et est noté « 0 ». Exemple 19 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type DHA:
    [0140] Les échantillons correspondant à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type DHA peuvent être détectés en mettant en oeuvre la méthode suivante.
    [0141] Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 25 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 25 :Transition numéro Peptide Temps de rétention (minutes) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision (eV) 1 ADLLHFYQQWQPSR 20,9 596,97 673,34 34 2 ADLLHFYQQWQPSR 20,9 596,97 988,49 34 3 ADLLHFYQQWQPSR 20,9 596,97 1116,55 34 4 AELLHFYQQWQPSR 19,23 601,64 673,34 34 5 AELLHFYQQWQPSR 19,23 601,64 801,4 34 6 AELLHFYQQWQPSR 19,23 601,64 1130,56 34 7 EMMLNDPAEK 13,78 589,26 786,4 31 8 EMMLNDPAEK 13,78 589,26 917,44 31 9 EMMLNDPAEK 13,78 589,26 1048,48 31 10 GKPYYFNYGFADVQAK 18,12 623,31 631,34 35 11 GKPYYFNYGFADVQAK 18,12 623,31 778,41 35 12 GKPYYFNYGFADVQAK 18,12 623,31 835,43 35 13 TAAINQGLGWEMYDWPQQK 21,57 746,02 964,45 41 14 TAAINQGLGWEMYDWPQQK 21,57 746,02 1095,49 41 15 TAAINQGLGWEMYDWPQQK 21,57 1118,53 1224,54 54 16 WAEMNIEPSR 15,85 616,79 715,37 32 17 WAEMNIEPSR 15,85 616,79 975,46 32 18 WAEMNIEPSR 15,85 616,79 1046,49 32
    [0142] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des trois transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales à 2500 la détection du peptide est considérée comme positive et est noté « 1 ». Lorsque au moins une transition comporte une aire inférieure à 2500, le peptide correspondant est considéré comme non détecté et est noté « 0 ». Exemple 20 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type FOX:
    [0143] Les échantillons correspondant à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type FOX peuvent être détectés en mettant en oeuvre la méthode suivante.
    [0144] Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 26 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 26 :Transition numéro Peptide Temps de rétention (minutes) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision (eV) 1 ATPGVLAAEAYGIK 17,72 680,88 751,4 35 2 ATPGVLAAEAYGIK 17,72 680,88 822,44 35 3 ATPGVLAAEAYGIK 17,72 680,88 935,52 35 4 FAEANMGYQGDAAVK 14,08 786,36 908,45 40 5 FAEANMGYQGDAAVK 14,08 786,36 1039,49 40 6 FAEANMGYQGDAAVK 14,08 786,36 1224,57 40 7 FAEANMGYQGDALVK 16,35 538,59 602,35 31 8 FAEANMGYQGDALVK 16,35 538,59 730,41 31 9 FAEANMGYQGDALVK 16,35 807,38 950,49 41 10 GEAPLTAAVDGIIQPMLK 25,85 912,5 1014,57 45 11 GEAPLTAAVDGIIQPMLK 25,85 912,5 1113,63 45 12 GEAPLTAAVDGIIQPMLK 25,85 912,5 1184,67 45 13 HWSPVYPAGTHR 12,55 469,9 541,28 27 14 HWSPVYPAGTHR 12,55 469,9 607,3 27 15 HWSPVYPAGTHR 12,55 469,9 638,34 27 16 IPGIAVAVLK 19,45 490,83 600,41 27 17 IPGIAVAVLK 19,45 490,83 770,51 27 18 IPGIAVAVLK 19,45 490,83 867,57 27 19 LMSQTLLPK 16,18 515,8 699,44 28 20 LMSQTLLPK 16,18 515,8 786,47 28 21 LMSQTLLPK 16,18 515,8 917,51 28 22 MQTYYR 10,72 431,2 602,29 24 23 MQTYYR 10,72 431,2 687,28 24 24 MQTYYR 10,72 431,2 730,35 24 25 VSHHAPWLK 11,49 537,8 614,37 29 26 VSHHAPWLK 11,49 537,8 751,42 29 27 VSHHAPWLK 11,49 537,8 888,48 29 28 VTPGMLAAEAYGIK 19 710,88 822,44 36 29 VTPGMLAAEAYGIK 19 710,88 1123,58 36 30 VTPGMLAAEAYGIK 19 710,88 1220,63 36
    [0145] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des trois transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales à 2500 la détection du peptide est considérée comme positive et est noté « 1 ». Lorsque au moins une transition comporte une aire inférieure à 2500, le peptide correspondant est considéré comme non détecté et est noté « 0 ». Exemple 21 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type MIR:
    [0146] Les échantillons correspondant à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type MIR peuvent être détectés en mettant en oeuvre la méthode suivante.
    [0147] Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 27 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 27 :Transition numéro Peptide Temps de rétention (minutes) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision (eV) 1 AEEAHFAWGYR 16,38 446,21 568,77 20,9 2 AEEAHFAWGYR 16,36 446,21 633,29 20,9 3 AEEAHFAWGYR 16,36 446,21 652,32 20,9 4 DMASWLIANMKPDSLHAPSLK 24,18 775,73 811,44 31,1 5 DMASWLIANMKPDSLHAPSLK 24,18 775,73 867,98 31,1 6 DMASWLIANMKPDSLHAPSLK 24,18 775,73 1004,54 31,1 7 DMASWLIANMKPDSLQAPSLK 25,04 772,73 528,29 31 8 DMASWLIANMKPDSLQAPSLK 25,04 772,73 806,94 31 9 DMASWLIANMKPDSLQAPSLK 25,04 772,73 863,48 31 10 DMASWVIANMKPDSLQAPSLK 24 768,06 806,94 30,9 11 DMASWVIANMKPDSLQAPSLK 24 768,06 856,47 30,9 12 DMASWVIANMKPDSLQAPSLK 24 768,06 949,51 30,9 13 GEIALGDPVAK 15,79 535,3 586,32 26,2 14 GEIALGDPVAK 15,77 535,3 699,4 26,2 15 GEIALGDPVAK 15,77 535,3 770,44 26,2 16 TVVGGSDNK 3,35 438,73 520,24 20,7 17 TVVGGSDNK 3,35 438,73 577,26 20,7 18 TVVGGSDNK 3,35 438,73 676,33 20,7
    [0148] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des trois transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales à 2500 la détection du peptide est considérée comme positive et est noté « 1 ». Lorsque au moins une transition comporte une aire inférieure à 2500, le peptide correspondant est considéré comme non détecté et est noté « 0 ». Exemple 22 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type SHV:
    [0149] Les échantillons correspondant à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type SHV peuvent être détectés en mettant en oeuvre la méthode suivante.
    [0150] Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 28 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 28 :Transition numéro Peptide Temps de rétention (minutes) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision (eV) 1 EIGDNVTR 10,07 452,23 489,28 25 2 EIGDNVTR 10,07 452,23 529,23 25 3 EIGDNVTR 10,07 452,23 661,33 25 4 GIVALLGPHNK 16,52 373,56 398,21 23 5 GIVALLGPHNK 16,52 373,56 552,29 23 6 GIVALLGPHNK 16,52 373,56 665,37 23 7 HLADGMTVGELR 14,93 433,56 474,27 26 8 HLADGMTVGELR 14,93 433,56 494,24 26 9 HLADGMTVGELR 14,93 433,56 573,34 26 10 IHYSQQDLVDYSPVSEK 16,22 669,99 872,39 37 11 IHYSQQDLVDYSPVSEK 16,22 669,99 924,43 37 12 IHYSQQDLVDYSPVSEK 16,22 669,99 985,47 37
    [0151] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des trois transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales à 2500 la détection du peptide est considérée comme positive et est noté « 1 ». Lorsque au moins une transition comporte une aire inférieure à 2500, le peptide correspondant est considéré comme non détecté et est noté « 0 ». Exemple 23: Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type CARB:
    [0152] Les échantillons correspondant à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type CARB peuvent être détectés en mettant en oeuvre la méthode suivante.
    [0153] Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 29 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 29 :Transition numéro Peptide Temps de rétention (minutes) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision (eV) 1 ADLVTYSPVIEK 17,48 667,86 672,39 34,4 2 ADLVTYSPVIEK 17,48 667,86 835,46 34,4 3 ADLVTYSPVIEK 17,48 667,86 936,5 34,4 4 ADLVTYSPVLEK 18,01 667,86 672,39 34,4 5 ADLVTYSPVLEK 18,01 667,86 835,46 34,4 6 ADLVTYSPVLEK 18,01 667,86 936,5 34,4 7 AIASTLNK 10,86 409,24 475,29 23 8 AIASTLNK 10,86 409,24 562,32 23 9 AIASTLNK 10,86 409,24 633,36 23 10 AIASTLNQLLFGSTLSEASQK 25,39 727,06 362,2 40,4 11 AIASTLNQLLFGSTLSEASQK 25,39 727,06 649,32 40,4 12 AIASTLNQLLFGSTLSEASQK 25,39 727,06 998,02 40,4 13 AIEVSLSAR 15,46 473,27 533,3 25,8 14 AIEVSLSAR 15,46 473,27 632,37 25,8 15 AIEVSLSAR 15,46 473,27 761,42 25,8 16 DTTTPIAMVTTLEK 21,41 507,6 591,34 29,4 17 DTTTPIAMVTTLEK 21,41 507,6 690,4 29,4 18 DTTTPIAMVTTLEK 21,41 507,6 892,48 29,4 19 DTTTPK 1,54 331,67 345,21 19,6 20 DTTTPK 1,54 331,67 446,26 19,6 21 DTTTPK 1,54 331,67 547,31 19,6 22 FLFGSALSEMNK 21,32 672,34 879,42 34,6 23 FLFGSALSEMNK 21,32 672,34 936,45 34,6 24 FLFGSALSEMNK 21,32 672,34 1083,51 34,6 25 FPLSSTFK 17,51 463,75 390,22 25,4 26 FPLSSTFK 17,51 463,75 682,38 25,4 27 FPLSSTFK 17,51 463,75 779,43 25,4 28 FPLTSTFK 17,85 470,76 397,23 25,7 29 FPLTSTFK 17,85 470,76 696,39 25,7 30 FPLTSTFK 17,85 470,76 793,45 25,7 31 FQQVEQDAK 10,02 546,77 590,28 29,1 32 FQQVEQDAK 10,02 546,77 689,35 29,1 33 FQQVEQDAK 10,02 546,77 817,41 29,1 34 FQQVEQDVK 11,76 560,79 618,31 29,7 35 FQQVEQDVK 11,76 560,79 717,38 29,7 36 FQQVEQDVK 11,76 560,79 845,44 29,7 37 FQSVEQEIK 14,17 554,29 745,41 29,4 38 FQSVEQEIK 14,17 554,29 832,44 29,4 39 FQSVEQEIK 14,17 554,29 960,5 29,4 40 FSESNLVTYSPVTEK 17,84 567,62 462,74 32,4 41 FSESNLVTYSPVTEK 17,84 567,62 777,39 32,4 42 FSESNLVTYSPVTEK 17,85 567,62 924,47 32,4 43 GIESSLSAR 12,88 460,25 533,3 25,3 44 GIESSLSAR 12,88 460,25 620,34 25,3 45 GIESSLSAR 12,88 460,25 749,38 25,3 46 GNEVGDALFR 17,15 539,27 678,36 28,7 47 GNEVGDALFR 17,15 539,27 777,43 28,7 48 GNEVGDALFR 17,15 539,27 906,47 28,7 49 GVPSDWIVADR 18,32 607,81 529,77 31,7 50 GVPSDWIVADR 18,32 607,81 759,42 31,7 51 GVPSDWIVADR 18,32 607,81 1058,53 31,7 52 GVTDFLR 17,69 404,22 326,18 22,8 53 GVTDFLR 17,69 404,22 550,3 22,8 54 GVTDFLR 17,69 404,22 651,35 22,8 55 IEPDLNEGK 12,13 507,76 386,7 27,3 56 IEPDLNEGK 12,13 507,76 772,38 27,3 57 IEPDLNEGK 12,13 507,76 901,43 27,3 58 IEPELNEGK 12,2 514,77 393,7 27,6 59 IEPELNEGK 12,2 514,77 786,4 27,6 60 IEPELNEGK 12,2 514,77 915,44 27,6 61 IGEQIAK 10,58 379,72 459,29 21,7 62 IGEQIAK 10,58 379,72 588,34 21,7 63 IGEQIAK 10,58 379,72 645,36 21,7 64 IGLAVHDLETGK 16,05 626,85 799,39 32,6 65 IGLAVHDLETGK 16,05 626,85 898,46 32,6 66 IGLAVHDLETGK 16,05 626,85 969,5 32,6 67 KPIVAALYITETDASFEER 21,09 718,38 667,31 39,9 68 KPIVAALYITETDASFEER 21,09 718,38 787,37 39,9 69 KPIVAALYITETDASFEER 21,09 718,38 853,37 39,9 70 LESWMVNNQVTGNLLR 22,01 625,32 564,81 32,5 71 LESWMVNNQVTGNLLR 22,01 625,32 673,4 32,5 72 LESWMVNNQVTGNLLR 22,01 625,32 772,47 32,5 73 LEYWMVNNQVTGNLLR 22,96 650,67 564,81 33,6 74 LEYWMVNNQVTGNLLR 22,96 650,67 673,4 33,6 75 LEYWMVNNQVTGNLLR 22,96 650,67 772,47 33,6 76 LLFGSALSEMNQK 21,03 719,37 389,21 36,7 77 LLFGSALSEMNQK 21,03 719,37 736,33 36,7 78 LLFGSALSEMNQK 21,03 719,37 1211,57 36,7 79 LLIDETLSIK 20,7 572,85 805,43 30,2 80 LLIDETLSIK 20,7 572,85 918,51 30,2 81 LLIDETLSIK 20,7 572,85 1031,6 30,2 82 LLYDAEHGK 11,75 523,27 656,3 28 83 LLYDAEHGK 11,75 523,27 819,36 28 84 LLYDAEHGK 11,75 523,27 932,45 28 85 LLYDAEQGEINPK 15,72 745,38 358,21 37,8 86 LLYDAEQGEINPK 15,72 745,38 632,3 37,8 87 LLYDAEQGEINPK 15,72 745,38 785,42 37,8 88 LLYDAEQGK 13,05 518,77 647,3 27,8 89 LLYDAEQGK 13,05 518,77 810,36 27,8 90 LLYDAEQGK 13,05 518,77 923,45 27,8 91 MCDNQNYGVTYMK 14,67 541,89 641,33 31,1 92 MCDNQNYGVTYMK 14,67 541,89 698,35 31,1 93 MCDNQNYGVTYMK 14,67 541,89 861,42 31,1 94 NAVIAK 7,68 308,2 331,23 18,6 95 NAVIAK 7,68 308,2 430,3 18,6 96 NAVIAK 7,68 308,2 501,34 18,6 97 NDAIVK 8,38 330,19 359,27 19,5 98 NDAIVK 8,38 330,19 430,3 19,5 99 NDAIVK 8,38 330,19 545,33 19,5 100 QQLESWLK 17,65 516,28 533,31 27,7 101 QQLESWLK 17,65 516,28 662,35 27,7 102 QQLESWLK 17,65 516,28 775,44 27,7 103 QVEQDVK 6,63 423,22 361,21 23,6 104 QVEQDVK 6,63 423,22 489,27 23,6 105 QVEQDVK 6,63 423,22 618,31 23,6 106 SGAGGFGAR 9,32 390,19 507,27 22,2 107 SGAGGFGAR 9,32 390,19 564,29 22,2 108 SGAGGFGAR 9,32 390,19 635,33 22,2 109 SIGDDTTR 7,76 432,71 492,24 24 110 SIGDDTTR 7,76 432,71 607,27 24 111 SIGDDTTR 7,76 432,71 664,29 24 112 SITAIVWSEEK 18,92 631,84 405,2 32,8 113 SITAIVWSEEK 18,92 631,84 777,38 32,8 114 SITAIVWSEEK 18,92 631,84 1062,55 32,8 115 SITDFLR 19,34 426,24 435,27 23,8 116 SITDFLR 19,34 426,24 550,3 23,8 117 SITDFLR 19,34 426,24 651,35 23,8 118 STIEIK 11,83 345,71 389,24 20,2 119 STIEIK 11,83 345,71 502,32 20,2 120 STIEIK 11,83 345,71 603,37 20,2 121 SVLPAGWNIADR 19,61 649,85 500,25 33,6 122 SVLPAGWNIADR 19,61 649,85 556,8 33,6 123 SVLPAGWNIADR 19,61 649,85 999,5 33,6 124 SVLPEGWNIADR 19,62 678,85 529,26 34,9 125 SVLPEGWNIADR 19,62 678,85 585,8 34,9 126 SVLPEGWNIADR 19,62 678,85 1057,51 34,9 127 SVLPVK 13,24 321,71 343,23 19,2 128 SVLPVK 13,24 321,71 456,32 19,2 129 SVLPVK 13,24 321,71 555,39 19,2 130 SVLPVTWSIADR 21,34 672,37 522,78 34,6 131 SVLPVTWSIADR 21,34 672,37 1044,55 34,6 132 SVLPVTWSIADR 21,34 672,37 1157,63 34,6 133 TGAGGYGSR 3,77 413,2 596,28 23,2 134 TGAGGYGSR 3,77 413,2 667,32 23,2 135 TGAGGYGSR 3,77 413,2 724,34 23,2 136 TIACAK 3,86 332,18 378,18 19,6 137 TIACAK 3,86 332,18 449,22 19,6 138 TIACAK 3,86 332,18 562,3 19,6 139 TILMENSR 13,19 482,25 505,24 26,2 140 TILMENSR 13,19 482,25 636,28 26,2 141 TILMENSR 13,19 482,25 749,36 26,2 142 TLACANVLQR 14,83 573,31 466,24 30,2 143 TLACANVLQR 14,83 573,31 860,44 30,2 144 TLACANVLQR 14,83 573,31 931,48 30,2 145 TVLMENSR 11,76 475,24 505,24 25,9 146 TVLMENSR 11,76 475,24 636,28 25,9 147 TVLMENSR 11,76 475,24 749,36 25,9 148 VEPELNEGK 11,18 507,76 393,7 27,3 149 VEPELNEGK 11,18 507,76 447,22 27,3 150 VEPELNEGK 11,18 507,76 560,3 27,3 151 VNLNSTVEIK 15,48 558,82 790,43 29,6 152 VNLNSTVEIK 15,48 558,82 903,52 29,6 153 VNLNSTVEIK 15,48 558,82 1017,56 29,6 154 VNLNSTVEVK 14,23 551,81 776,42 29,3 155 VNLNSTVEVK 14,23 551,81 889,5 29,3 156 VNLNSTVEVK 14,23 551,81 1003,54 29,3 157 VNPNSTVEIK 12,41 550,8 444,25 29,2 158 VNPNSTVEIK 12,41 550,8 887,48 29,2 159 VNPNSTVEIK 12,41 550,8 1001,53 29,2 160 VNSNSTVEIK 11,24 545,79 790,43 29 161 VNSNSTVEIK 11,24 545,79 877,46 29 162 VNSNSTVEIK 11,24 545,79 991,51 29 163 WETELNEAVPGDK 16,5 744,35 358,19 37,8 164 WETELNEAVPGDK 16,5 744,35 415,21 37,8 165 WETELNEAVPGDK 16,5 744,35 471,75 37,8 166 WSIADR 14,14 374,19 361,18 21,5 167 WSIADR 14,14 374,19 474,27 21,5 168 WSIADR 14,14 374,19 561,3 21,5
    [0154] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des trois transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales à 2500 la détection du peptide est considérée comme positive et est noté « 1 ». Lorsque au moins une transition comporte une aire inférieure à 2500, le peptide correspondant est considéré comme non détecté et est noté « 0 ».Exemple 24: Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type OXA:
    [0155] Les échantillons correspondant à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type OXA peuvent être détectés en mettant en oeuvre la méthode suivante.
    [0156] Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 30 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 30 :Transition numéro Peptide Temps de rétention (minutes) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision (eV) 1 AAAYELAENLFEAGQADGWR 24,48 728,01 1249,6 40 2 AAAYELAENLFEAGQADGWR 24,48 1091,51 1193,58 53 3 AAAYELAENLFEAGQADGWR 24,48 1091,51 1249,6 53 4 AAEGFIPASTFK 17,74 619,82 763,43 32 5 AAEGFIPASTFK 17,74 619,82 910,5 32 6 AAEGFIPASTFK 17,74 619,82 967,52 32 7 ADGQVVAFALNMQMK 21,27 811,91 982,48 41 8 ADGQVVAFALNMQMK 21,29 811,91 1053,52 41 9 ADGQVVAFALNMQMK 21,27 811,91 1152,59 41 10 ADINEIFK 17,3 475,25 650,35 26 11 ADINEIFK 17,3 475,25 763,43 26 12 ADINEIFK 17,3 475,25 878,46 26 13 ADWGK 6,9 288,64 390,21 18 14 ADWGK 6,91 288,64 430,17 18 15 ADWGK 6,89 288,64 505,24 18 16 AEGAIVISDER 13,52 387,2 419,19 23 17 AEGAIVISDER 13,53 387,2 506,22 23 18 AEGAIVISDER 13,52 387,2 619,3 23 19 AFALNLDIDK 20,16 560,31 717,38 30 20 AFALNLDIDK 20,16 560,31 830,46 30 21 AFALNLDIDK 20,16 560,31 901,5 30 22 AFAPMSTFK 16,96 500,25 710,35 27 23 AFAPMSTFK 16,96 500,25 781,39 27 24 AFAPMSTFK 16,96 500,25 928,46 27 25 AFGYGNADVSGDPGQNNGLDR 15,12 708,65 873,42 39 26 AFGYGNADVSGDPGQNNGLDR 15,12 708,65 970,47 39 27 AFGYGNADVSGDPGQNNGLDR 15,12 708,65 1154,47 39 28 AFTMTK 11,32 349,68 480,25 20 29 AFTMTK 11,33 349,68 552,25 20 30 AFTMTK 11,33 349,68 627,32 20 31 AGDDIALR 12,23 415,72 587,35 23 32 AGDDIALR 12,23 415,72 702,38 23 33 AGDDIALR 12,23 415,72 759,4 23 34 AGHVYAFALNIDMPR 20,63 558,95 631,32 32 35 AGHVYAFALNIDMPR 20,63 558,95 745,37 32 36 AGHVYAFALNIDMPR 20,63 558,95 817,4 32 37 AGLWR 13,44 301,67 361,2 18 38 AGLWR 13,44 301,67 474,28 18 39 AGLWR 13,44 301,67 531,3 18 40 AHTEYVPASTFK 13,18 450,89 553,3 27 41 AHTEYVPASTFK 13,18 450,89 602,26 27 42 AHTEYVPASTFK 13,18 450,89 650,35 27 43 AIIPWDGKPR 15,84 384,89 428,23 23 44 AIIPWDGKPR 15,84 384,89 457,29 23 45 AIIPWDGKPR 15,84 384,89 572,32 23 46 AISDITITR 14,8 495,28 603,38 27 47 AISDITITR 14,8 495,28 718,41 27 48 AISDITITR 14,8 495,28 805,44 27 49 ALGQDR 11,25 330,18 475,23 20 50 ALGQDR 11,25 330,18 485,24 20 51 ALGQDR 11,25 330,18 588,31 20 52 ALQAK 1,86 265,67 346,21 17 53 ALQAK 1,87 265,67 384,22 17 54 ALQAK 1,87 265,67 459,29 17 55 AMETFSPASTFK 17,06 658,81 737,38 34 56 AMETFSPASTFK 17,05 658,81 985,5 34 57 AMETFSPASTFK 17,06 658,81 1114,54 34 58 AMLFLQER 18,48 504,27 545,3 27 59 AMLFLQER 18,48 504,27 692,37 27 60 AMLFLQER 18,48 504,27 805,46 27 61 AMLVFDPVR 19,87 524,29 732,4 28 62 AMLVFDPVR 19,87 524,29 845,49 28 63 AMLVFDPVR 19,87 524,29 976,53 28 64 AMTLLESGPGWELHGK 19,32 575,96 923,47 33 65 AMTLLESGPGWELHGK 19,32 575,96 980,49 33 66 AMTLLESGPGWELHGK 19,32 575,96 1067,53 33 67 ANLHITLHGK 12,18 368,55 403,24 22 68 ANLHITLHGK 12,18 368,55 555,32 22 69 ANLHITLHGK 12,18 368,55 668,41 22 70 ANQLIVK 11,87 393,25 600,41 22 71 ANQLIVK 11,86 393,25 639,38 22 72 ANQLIVK 11,86 393,25 714,45 22 73 ANTEYVPASTFK 14,54 664,33 912,48 34 74 ANTEYVPASTFK 14,54 664,33 1041,53 34 75 ANTEYVPASTFK 14,54 664,33 1142,57 34 76 ANVSR 9,57 273,65 361,22 17 77 ANVSR 9,57 273,65 372,19 17 78 ANVSR 9,57 273,65 475,26 17 79 APIGWFIGWATR 25,58 687,87 850,46 35 80 APIGWFIGWATR 25,58 687,87 1093,56 35 81 APIGWFIGWATR 25,58 687,87 1206,64 35 82 APLGWFIGWATHEER 24,69 590,63 742,35 34 83 APLGWFIGWATHEER 24,69 590,63 985,45 34 84 APLGWFIGWATHEER 24,69 590,63 1098,53 34 85 AQDEVQSMLFIEEK 20,15 833,9 996,51 42 86 AQDEVQSMLFIEEK 20,14 833,9 1124,57 42 87 AQDEVQSMLFIEEK 20,15 833,9 1223,63 42 88 AQGVIVLWNENK 18,95 685,87 902,47 35 89 AQGVIVLWNENK 18,95 685,87 1015,56 35 90 AQGVIVLWNENK 18,95 685,87 1171,65 35 91 ASAIAVYQDLAR 18,05 639,35 765,39 33 92 ASAIAVYQDLAR 18,05 639,35 864,46 33 93 ASAIAVYQDLAR 18,05 639,35 935,49 33 94 ASAILVYQDLAR 19,08 660,37 765,39 34 95 ASAILVYQDLAR 19,08 660,37 864,46 34 96 ASAILVYQDLAR 19,08 660,37 977,54 34 97 ASAIPVYQDLAR 17,45 652,35 765,39 34 98 ASAIPVYQDLAR 17,45 652,35 864,46 34 99 ASAIPVYQDLAR 17,45 652,35 961,51 34 100 ASAIPVYQDLPR 17,59 665,36 791,4 34 101 ASAIPVYQDLPR 17,59 665,36 890,47 34 102 ASAIPVYQDLPR 17,6 665,36 987,53 34 103 ASAIQVYQDLAR 18,37 667,86 765,39 34 104 ASAIQVYQDLAR 18,37 667,86 864,46 34 105 ASAIQVYQDLAR 18,37 667,86 992,52 34 106 ASAISVYQDLAR 17,93 647,34 765,39 33 107 ASAISVYQDLAR 17,93 647,34 864,46 33 108 ASAISVYQDLAR 17,93 647,34 951,49 33 109 ASALPVYQDLAR 17,77 652,35 864,46 34 110 ASALPVYQDLAR 17,77 652,35 961,51 34 111 ASALPVYQDLAR 17,77 652,35 1074,59 34 112 ASAMPVYQDLAR 16,64 661,33 765,39 34 113 ASAMPVYQDLAR 16,64 661,33 864,46 34 114 ASAMPVYQDLAR 16,64 661,33 961,51 34 115 ASAVPVYQDLAR 16,29 645,35 765,39 33 116 ASAVPVYQDLAR 16,29 645,35 864,46 33 117 ASAVPVYQDLAR 16,29 645,35 961,51 33 118 ASIEYVPASTFK 16,7 656,84 749,42 34 119 ASIEYVPASTFK 16,7 656,84 912,48 34 120 ASIEYVPASTFK 16,7 656,84 1041,53 34 121 ASNVPVYQELAR 18,48 673,86 779,4 35 122 ASNVPVYQELAR 18,48 673,86 878,47 35 123 ASNVPVYQELAR 18,48 673,86 975,53 35 124 ASPASTFK 10,29 404,71 553,3 23 125 ASPASTFK 10,29 404,71 650,35 23 126 ASPASTFK 10,28 404,71 737,38 23 127 ASTAYIPASTFK 15,69 628,83 763,43 33 128 ASTAYIPASTFK 15,69 628,83 926,5 33 129 ASTAYIPASTFK 15,69 628,83 997,54 33 130 ASTEYVPASTFK 14,59 650,82 749,42 34 131 ASTEYVPASTFK 14,59 650,82 912,48 34 132 ASTEYVPASTFK 14,6 650,82 1041,53 34 133 ASTTEVFK 11,78 441,73 623,34 24 134 ASTTEVFK 11,78 441,73 724,39 24 135 ASTTEVFK 11,78 441,73 811,42 24 136 ATSTEIFK 13,15 448,74 637,36 25 137 ATSTEIFK 13,15 448,74 724,39 25 138 ATSTEIFK 13,15 448,74 825,44 25 139 ATTNEIFK 13,21 462,25 650,35 25 140 ATTNEIFK 13,21 462,25 751,4 25 141 ATTNEIFK 13,21 462,25 852,45 25 142 ATTTAVFK 11,9 419,74 464,29 23 143 ATTTAVFK 11,9 419,74 565,33 23 144 ATTTAVFK 11,9 419,74 666,38 23 145 ATTTEIFK 13,64 455,75 637,36 25 146 ATTTEIFK 13,65 455,75 738,4 25 147 ATTTEIFK 13,65 455,75 839,45 25 148 ATTTEVFK 11,98 448,74 623,34 25 149 ATTTEVFK 11,98 448,74 724,39 25 150 ATTTEVFK 11,98 448,74 825,44 25 151 AVSDITILEQTDNYTLHGK 19,19 706,7 974,49 39 152 AVSDITILEQTDNYTLHGK 19,19 706,7 1048,51 39 153 AVSDITILEQTDNYTLHGK 19,18 706,7 1176,56 39 154 AVSDITILEQTYNYTLHGK 22,29 722,71 995,49 40 155 AVSDITILEQTYNYTLHGK 22,29 722,71 998,5 40 156 AVSDITILEQTYNYTLHGK 22,28 722,71 1224,6 40 157 AVVPHFEAGDWDVQGK 17,81 585,62 743,34 33 158 AVVPHFEAGDWDVQGK 17,81 585,62 792,88 33 159 AVVPHFEAGDWDVQGK 17,81 585,62 904,42 33 160 AWEHDMSLR 13,99 572,76 758,36 30 161 AWEHDMSLR 13,99 572,76 887,4 30 162 AWEHDMSLR 13,99 572,76 1073,48 30 163 AWIGSSLQISPLEQLEFLGK 26,98 739,4 963,51 41 164 AWIGSSLQISPLEQLEFLGK 26,99 739,4 1173,65 41 165 AWIGSSLQISPLEQLEFLGK 26,98 1108,6 1173,65 54 166 DAFLK 12,42 297,17 407,27 18 167 DAFLK 12,43 297,17 447,22 18 168 DAFLK 12,42 297,17 478,3 18 169 DDFILHGK 13,99 472,75 714,43 26 170 DDFILHGK 13,99 472,75 798,38 26 171 DDFILHGK 13,99 472,75 829,46 26 172 DDVLK 8,62 295,16 359,27 18 173 DDVLK 8,63 295,16 443,21 18 174 DDVLK 8,62 295,16 474,29 18 175 DEFHVFR 15,39 475,23 705,38 26 176 DEFHVFR 15,39 475,23 775,34 26 177 DEFHVFR 15,39 475,23 834,43 26 178 DEFQIFR 19,02 477,74 520,2 26 179 DEFQIFR 19,02 477,74 563,33 26 180 DEFQIFR 19,02 477,74 710,4 26 181 DEFQVFR 17,29 470,73 549,31 26 182 DEFQVFR 17,28 470,73 619,27 26 183 DEFQVFR 17,29 470,73 696,38 26 184 DELVR 9,33 316,17 387,27 19 185 DELVR 9,35 316,17 457,23 19 186 DELVR 9,33 316,17 516,31 19 187 DFDYGNQDFSGDK 14,72 754,3 967,41 38 188 DFDYGNQDFSGDK 14,72 754,3 1130,47 38 189 DFDYGNQDFSGDK 14,72 754,3 1245,5 38 190 DFTLGEAMQASTVPVYQELAR 24,19 776,05 975,53 43 191 DFTLGEAMQASTVPVYQELAR 24,19 776,05 1074,59 43 192 DFTLGEAMQASTVPVYQELAR 24,19 1163,57 1175,64 56 193 DHDLITAMK 14,23 522,26 563,32 28 194 DHDLITAMK 14,23 522,26 695,34 28 195 DHDLITAMK 14,23 522,26 791,43 28 196 DIAAWNR 13,63 423,22 546,28 24 197 DIAAWNR 13,63 423,22 617,32 24 198 DIAAWNR 13,62 423,22 730,4 24 199 DILYIQELAGGWK 24,49 753,4 888,46 38 200 DILYIQELAGGWK 24,48 753,4 1001,54 38 201 DILYIQELAGGWK 24,49 753,4 1164,6 38 202 DITILEK 15,9 416,24 603,37 23 203 DITILEK 15,91 416,24 685,38 23 204 DITILEK 15,91 416,24 716,46 23 205 DLLSAK 12,45 323,69 429,23 19 206 DLLSAK 12,44 323,69 500,27 19 207 DLLSAK 12,45 323,69 531,35 19 208 DLMITEAGR 15,07 503,26 533,27 27 209 DLMITEAGR 15,07 503,26 646,35 27 210 DLMITEAGR 15,07 503,26 777,39 27 211 DLMIVEAGR 16,68 502,27 531,29 27 212 DLMIVEAGR 16,68 502,27 644,37 27 213 DLMIVEAGR 16,68 502,27 775,41 27 214 DLMIVEAK 16,23 459,75 473,24 25 215 DLMIVEAK 16,23 459,75 559,34 25 216 DLMIVEAK 16,23 459,75 690,39 25 217 DLSGNPGK 6,69 394,2 472,25 22 218 DLSGNPGK 6,69 394,2 559,28 22 219 DLSGNPGK 6,7 394,2 672,37 22 220 DLSLR 12,37 302,18 375,24 18 221 DLSLR 12,35 302,18 429,23 18 222 DLSLR 12,36 302,18 488,32 18 223 DLTLR 12,48 309,18 389,25 19 224 DLTLR 12,47 309,18 443,25 19 225 DLTLR 12,47 309,18 502,33 19 226 DMTLGDAIK 15,97 482,24 503,28 26 227 DMTLGDAIK 15,97 482,24 616,37 26 228 DMTLGDAIK 15,97 482,24 717,41 26 229 DMTLGDAMALSAVPVYQELAR 25,76 751,04 975,53 42 230 DMTLGDAMALSAVPVYQELAR 25,76 1126,06 1145,63 55 231 DMTLGDAMALSAVPVYQELAR 25,75 1126,06 1232,66 55 232 DMTLGDAMK 14,46 491,22 634,32 27 233 DMTLGDAMK 14,46 491,22 735,37 27 234 DMTLGDAMK 14,46 491,22 866,41 27 235 DMTLGEAMALSAVPVYQDLAR 25,92 751,04 961,51 42 236 DMTLGEAMALSAVPVYQDLAR 25,92 1126,06 1131,62 55 237 DMTLGEAMALSAVPVYQDLAR 25,92 1126,06 1218,65 55 238 DMTLGEAMALSAVPVYQELAR 26,48 755,71 779,4 42 239 DMTLGEAMALSAVPVYQELAR 26,48 755,71 975,53 42 240 DMTLGEAMALSAVPVYQELAR 26,47 1133,07 1232,66 55 241 DMTLGEAMK 15,09 498,23 535,25 27 242 DMTLGEAMK 15,09 498,23 648,34 27 243 DMTLGEAMK 15,09 498,23 749,39 27 244 DMTLGQAMQASAVPVYQELAR 23,29 760,38 779,4 42 245 DMTLGQAMQASAVPVYQELAR 23,29 760,38 975,53 42 246 DMTLGQAMQASAVPVYQELAR 23,29 760,38 976,42 42 247 DQDLR 2,54 323,66 403,23 19 248 DQDLR 2,55 323,66 472,2 19 249 DQDLR 2,55 323,66 531,29 19 250 DQQIGWFVGWASKPGK 21,64 601,98 830,45 34 251 DQQIGWFVGWASKPGK 21,64 902,46 929,52 45 252 DQQIGWFVGWASKPGK 21,64 902,46 1076,59 45 253 DQQVQVYGNDLNR 13,59 774,87 851,4 39 254 DQQVQVYGNDLNR 13,58 774,87 950,47 39 255 DQQVQVYGNDLNR 13,59 774,87 1078,53 39 256 DQTLESAFK 15,21 519,76 581,29 28 257 DQTLESAFK 15,21 519,76 694,38 28 258 DQTLESAFK 15,21 519,76 795,42 28 259 DSIVWYSQELTR 19,61 748,87 896,45 38 260 DSIVWYSQELTR 19,61 748,87 1082,53 38 261 DSIVWYSQELTR 19,61 748,87 1181,59 38 262 DSIVWYSQQLTR 19,1 748,38 895,46 38 263 DSIVWYSQQLTR 19,11 748,38 1081,54 38 264 DSIVWYSQQLTR 19,1 748,38 1180,61 38 265 DSNLR 1,77 302,66 402,25 18 266 DSNLR 1,77 302,66 430,19 18 267 DSNLR 1,77 302,66 489,28 18 268 DSYIAWGGEAWK 19,67 691,82 833,39 35 269 DSYIAWGGEAWK 19,67 691,82 904,43 35 270 DSYIAWGGEAWK 19,66 691,82 1017,52 35 271 DTLNPEWPYK 17,3 631,81 819,4 33 272 DTLNPEWPYK 17,3 631,81 933,45 33 273 DTLNPEWPYK 17,3 631,81 1046,53 33 274 DVDEVFYK 15,62 507,74 685,36 27 275 DVDEVFYK 15,62 507,74 800,38 27 276 DVDEVFYK 15,62 507,74 899,45 27 277 DWILR 17,44 351,7 415,2 20 278 DWILR 17,44 351,7 528,28 20 279 DWILR 17,44 351,7 587,37 20 280 EAFLR 12,51 318,18 435,27 19 281 EAFLR 12,51 318,18 461,24 19 282 EAFLR 12,51 318,18 506,31 19 283 EAIVR 7,84 294,18 387,27 18 284 EAIVR 7,84 294,18 413,24 18 285 EAIVR 7,84 294,18 458,31 18 286 EAIVTEATPEYIVHSK 16,43 596,31 746,42 34 287 EAIVTEATPEYIVHSK 16,43 596,31 972,51 34 288 EAIVTEATPEYIVHSK 16,42 596,31 1073,56 34 289 EALVTEAAPEYLVHSK 17,3 586,31 875,46 33 290 EALVTEAAPEYLVHSK 17,3 586,31 972,51 33 291 EALVTEAAPEYLVHSK 17,3 586,31 1114,59 33 292 EALVTEAPEYLVHSK 17,58 562,63 637,32 32 293 EALVTEAPEYLVHSK 17,58 562,63 972,51 32 294 EALVTEAPEYLVHSK 17,58 562,63 1043,55 32 295 EEIVR 8,41 323,18 387,27 19 296 EEIVR 8,4 323,18 471,24 19 297 EEIVR 8,4 323,18 516,31 19 298 EEVLAALPAQLK 19,48 641,37 740,47 33 299 EEVLAALPAQLK 19,47 641,37 811,5 33 300 EEVLAALPAQLK 19,47 641,37 924,59 33 301 EFSAEAVNGVFVLC[CAM]K 21,1 835,42 936,5 42 302 EFSAEAVNGVFVLC[CAM]K 21,1 835,42 1106,6 42 303 EFSAEAVNGVFVLC[CAM]K 21,1 835,42 1235,65 42 304 EFSSESVHGVFVLC[CAM]K 18,26 575,62 666,36 33 305 EFSSESVHGVFVLC[CAM]K 18,26 575,62 822,45 33 306 EFSSESVHGVFVLC[CAM]K 18,26 575,62 959,51 33 307 EGMSGSIR 9,88 418,7 432,26 23 308 EGMSGSIR 9,88 418,7 519,29 23 309 EGMSGSIR 9,88 418,7 707,35 23 310 EGMTGSIR 10,63 425,71 432,26 24 311 EGMTGSIR 10,63 425,71 533,3 24 312 EGMTGSIR 10,63 425,71 664,34 24 313 EIAVWNR 14,78 444,24 475,24 25 314 EIAVWNR 14,77 444,24 574,31 25 315 EIAVWNR 14,77 444,24 645,35 25 316 EIAYK 8,46 312,17 381,21 19 317 EIAYK 8,46 312,17 477,23 19 318 EIAYK 8,46 312,17 494,3 19 319 EIFER 11,7 347,18 451,23 20 320 EIFER 11,7 347,18 519,24 20 321 EIFER 11,7 347,18 564,31 20 322 EIFYHYR 13,31 514,25 785,37 28 323 EIFYHYR 13,31 514,25 853,39 28 324 EIFYHYR 13,32 514,25 898,46 28 325 EIGDDK 1,99 338,66 434,19 20 326 EIGDDK 1,99 338,66 530,21 20 327 EIGDDK 1,99 338,66 547,27 20 328 EIGDGK 1,76 309,66 376,18 19 329 EIGDGK 1,75 309,66 472,2 19 330 EIGDGK 1,75 309,66 489,27 19 331 EIGEDK 2,32 345,67 448,2 20 332 EIGEDK 2,33 345,67 544,22 20 333 EIGEDK 2,33 345,67 561,29 20 334 EIGEDNAR 10,05 452,21 604,27 25 335 EIGEDNAR 10,05 452,21 661,29 25 336 EIGEDNAR 10,06 452,21 774,37 25 337 EIGENK 1,86 345,18 447,22 20 338 EIGENK 1,86 345,18 543,24 20 339 EIGENK 1,86 345,18 560,3 20 340 EIGSEIDK 11,04 445,73 591,3 25 341 EIGSEIDK 11,04 445,73 648,32 25 342 EIGSEIDK 11,04 445,73 761,4 25 343 EMIYLK 15,11 398,72 536,34 23 344 EMIYLK 15,11 398,72 650,32 23 345 EMIYLK 15,11 398,72 667,38 23 346 EMLYVER 14,12 470,23 566,29 26 347 EMLYVER 14,12 470,23 679,38 26 348 EMLYVER 14,12 470,23 810,42 26 349 ENIEK 11,07 316,67 389,24 19 350 ENIEK 11,07 316,67 486,22 19 351 ENIEK 11,07 316,67 503,28 19 352 ENQLIVK 12,15 422,25 472,35 24 353 ENQLIVK 12,15 422,25 600,41 24 354 ENQLIVK 12,15 422,25 714,45 24 355 EQAILLFR 19,88 495,29 548,36 27 356 EQAILLFR 19,88 495,29 661,44 27 357 EQAILLFR 19,88 495,29 732,48 27 358 EQIQFLLR 19,45 523,8 548,36 28 359 EQIQFLLR 19,45 523,8 676,41 28 360 EQIQFLLR 19,45 523,8 789,5 28 361 EQLAFDPQVQQQVK 16,43 829,43 954,54 41 362 EQLAFDPQVQQQVK 16,42 829,43 1069,56 41 363 EQLAFDPQVQQQVK 16,42 829,43 1216,63 41 364 EQVDFVQR 13,09 510,76 549,31 27 365 EQVDFVQR 13,09 510,76 664,34 27 366 EQVDFVQR 13,09 510,76 763,41 27 367 EVGEIR 9,35 351,69 474,27 20 368 EVGEIR 9,35 351,69 528,27 20 369 EVGEIR 9,35 351,69 573,34 20 370 EVGEVR 6,91 344,68 460,25 20 371 EVGEVR 6,91 344,68 514,25 20 372 EVGEVR 6,91 344,68 559,32 20 373 EYLPASTFK 15,41 528,27 553,3 28 374 EYLPASTFK 15,41 528,27 650,35 28 375 EYLPASTFK 15,41 528,27 763,43 28 376 EYLPVSTFK 17,16 542,29 581,33 29 377 EYLPVSTFK 17,16 542,29 678,38 29 378 EYLPVSTFK 17,16 542,29 791,47 29 379 EYNTSGTFVFYDGK 18,2 814,37 1033,5 41 380 EYNTSGTFVFYDGK 18,2 814,37 1120,53 41 381 EYNTSGTFVFYDGK 18,2 814,37 1221,58 41 382 EYVPASTFK 13,89 521,27 553,3 28 383 EYVPASTFK 13,89 521,27 650,35 28 384 EYVPASTFK 13,89 521,27 749,42 28 385 FAPESTFK 13,67 463,73 482,26 25 386 FAPESTFK 13,67 463,73 611,3 25 387 FAPESTFK 13,67 463,73 708,36 25 388 FAQYAK 9,39 364,19 509,27 21 389 FAQYAK 9,39 364,19 580,31 21 390 FAQYAK 9,39 364,19 581,27 21 391 FDYGNR 10,1 386,17 509,25 22 392 FDYGNR 10,1 386,17 597,23 22 393 FDYGNR 10,09 386,17 624,27 22 394 FEDLYK 13,52 407,7 423,26 23 395 FEDLYK 13,52 407,7 538,29 23 396 FEDLYK 13,52 407,7 667,33 23 397 FEDTFHISNQK 14,33 455,89 476,25 27 398 FEDTFHISNQK 14,33 455,89 589,33 27 399 FEDTFHISNQK 14,33 455,89 726,39 27 400 FEDTFHTSNQQHEK 10,66 583,26 870,41 33 401 FEDTFHTSNQQHEK 10,66 583,26 971,45 33 402 FEDTFHTSNQQHEK 10,66 583,26 1108,51 33 403 FEYGNQDVSGDSGK 11,95 751,82 764,34 38 404 FEYGNQDVSGDSGK 11,95 751,82 1063,47 38 405 FEYGNQDVSGDSGK 11,95 751,82 1226,53 38 406 FFSDFQAK 16 495,24 608,3 27 407 FFSDFQAK 16 495,24 695,34 27 408 FFSDFQAK 16 495,24 842,4 27 409 FFSDLQAEGAIVIADER 20,44 627,65 1143,6 35 410 FFSDLQAEGAIVIADER 20,43 940,97 1143,6 46 411 FFSDLQAEGAIVIADER 20,44 940,97 1179,57 46 412 FFSDLR 15,38 392,7 490,26 22 413 FFSDLR 15,38 392,7 610,29 22 414 FFSDLR 15,38 392,7 637,33 22 415 FFSEFQAK 16,13 502,25 622,32 27 416 FFSEFQAK 16,13 502,25 709,35 27 417 FFSEFQAK 16,13 502,25 856,42 27 418 FGLEGQLR 15,8 460,25 473,28 25 419 FGLEGQLR 15,8 460,25 602,33 25 420 FGLEGQLR 15,8 460,25 772,43 25 421 FLESLYLNNLPASK 20,75 804,94 856,49 40 422 FLESLYLNNLPASK 20,75 804,94 1019,55 40 423 FLESLYLNNLPASK 20,75 804,94 1219,67 40 424 FLLEGQLR 18,06 488,28 602,33 26 425 FLLEGQLR 18,06 488,28 715,41 26 426 FLLEGQLR 18,06 488,28 828,49 26 427 FQQYVDR 11,19 478,24 552,28 26 428 FQQYVDR 11,19 478,24 680,34 26 429 FQQYVDR 11,19 478,24 808,39 26 430 FSDYVQR 11,83 457,72 565,31 25 431 FSDYVQR 11,83 457,72 680,34 25 432 FSDYVQR 11,83 457,72 767,37 25 433 FSTASTFK 12,71 444,73 553,3 25 434 FSTASTFK 12,7 444,73 654,35 25 435 FSTASTFK 12,7 444,73 741,38 25 436 FSWDGK 14,32 370,17 505,24 21 437 FSWDGK 14,32 370,17 592,27 21 438 FSWDGK 14,32 370,17 593,24 21 439 FSYGNQNISGGIDK 14,61 750,36 803,43 38 440 FSYGNQNISGGIDK 14,61 750,36 1045,53 38 441 FSYGNQNISGGIDK 14,61 750,36 1102,55 38 442 FSYGNQNISGGTDK 12,74 744,34 791,39 38 443 FSYGNQNISGGTDK 12,74 744,34 1033,49 38 444 FSYGNQNISGGTDK 12,74 744,34 1090,51 38 445 FSYGSQNISGGIDK 14,74 736,85 803,43 37 446 FSYGSQNISGGIDK 14,74 736,85 1075,54 37 447 FSYGSQNISGGIDK 14,75 736,85 1238,6 37 448 FTEYVK 11,81 393,71 538,29 22 449 FTEYVK 11,81 393,71 639,33 22 450 FTEYVK 11,81 393,71 640,3 22 451 FVPASTYK 11,76 456,74 498,26 25 452 FVPASTYK 11,76 456,74 569,29 25 453 FVPASTYK 11,77 456,74 666,35 25 454 FVYDLAQGQLPFKPEVQQQVK 20,48 821,44 955,52 45 455 FVYDLAQGQLPFKPEVQQQVK 20,48 821,44 1108,59 45 456 FVYDLAQGQLPFKPEVQQQVK 20,49 821,44 1109,07 45 457 FWLEDQLR 20,39 553,79 660,33 29 458 FWLEDQLR 20,39 553,79 773,42 29 459 FWLEDQLR 20,38 553,79 959,49 29 460 FWLEGPLK 20,63 495,28 543,31 27 461 FWLEGPLK 20,63 495,28 656,4 27 462 FWLEGPLK 20,63 495,28 842,48 27 463 FWLEGQLR 19,49 524,78 602,33 28 464 FWLEGQLR 19,49 524,78 715,41 28 465 FWLEGQLR 19,48 524,78 901,49 28 466 FYPASSFK 14,74 473,74 636,34 26 467 FYPASSFK 14,74 473,74 799,4 26 468 FYPASSFK 14,74 473,74 800,36 26 469 FYPASTFK 14,98 480,74 553,3 26 470 FYPASTFK 14,99 480,74 650,35 26 471 FYPASTFK 14,98 480,74 813,41 26 472 GAIQVSAVPVFQQIAR 21,6 842,48 958,55 42 473 GAIQVSAVPVFQQIAR 21,6 842,48 1057,62 42 474 GAIQVSAVPVFQQIAR 21,59 842,48 1128,65 42 475 GAIQVSAVPVFQQITR 21,52 857,49 988,56 43 476 GAIQVSAVPVFQQITR 21,51 857,49 1087,63 43 477 GAIQVSAVPVFQQITR 21,52 857,49 1158,66 43 478 GELPVSEDALEMTK 18,1 759,87 936,43 38 479 GELPVSEDALEMTK 18,11 759,87 1023,47 38 480 GELPVSEDALEMTK 18,11 759,87 1122,53 38 481 GISSSVR 8,65 353,2 448,25 21 482 GISSSVR 8,65 353,2 535,28 21 483 GISSSVR 8,67 353,2 648,37 21 484 GNQTLVFAR 14,83 503,28 605,38 27 485 GNQTLVFAR 14,83 503,28 706,42 27 486 GNQTLVFAR 14,83 503,28 834,48 27 487 GPLEISAFEEAR 18,95 659,84 809,38 34 488 GPLEISAFEEAR 18,94 659,84 922,46 34 489 GPLEISAFEEAR 18,94 659,84 1051,51 34 490 GPLTITPIQEVK 18,14 648,38 814,47 34 491 GPLTITPIQEVK 18,15 648,38 927,55 34 492 GPLTITPIQEVK 18,14 648,38 1028,6 34 493 GSLLLWDQK 19,61 530,3 576,28 28 494 GSLLLWDQK 19,61 530,3 689,36 28 495 GSLLLWDQK 19,61 530,3 802,45 28 496 GTFVLYDVQR 17,93 599,32 680,34 31 497 GTFVLYDVQR 17,93 599,32 793,42 31 498 GTFVLYDVQR 17,93 599,32 892,49 31 499 GTIVVADER 11,82 480,26 490,23 26 500 GTIVVADER 11,82 480,26 589,29 26 501 GTIVVADER 11,82 480,26 688,36 26 502 GTIVVLDAR 15,77 472,28 573,34 26 503 GTIVVLDAR 15,77 472,28 672,4 26 504 GTIVVLDAR 15,77 472,28 785,49 26 505 GTIVVVDER 13,6 494,28 518,26 27 506 GTIVVVDER 13,6 494,28 617,33 27 507 GTIVVVDER 13,6 494,28 716,39 27 508 GTLPFSAR 14,96 424,73 577,31 24 509 GTLPFSAR 14,96 424,73 690,39 24 510 GTLPFSAR 14,97 424,73 791,44 24 511 HIADSK 11,91 335,68 420,21 20 512 HIADSK 11,9 335,68 524,25 20 513 HIADSK 11,91 335,68 533,29 20 514 HNGTDGAWIISSLR 19,36 509,6 575,35 29 515 HNGTDGAWIISSLR 19,35 509,6 653,26 29 516 HNGTDGAWIISSLR 19,36 509,6 688,44 29 517 HTLSVFDQER 14,25 411,21 432,22 25 518 HTLSVFDQER 14,25 411,21 547,25 25 519 HTLSVFDQER 14,25 411,21 694,32 25 520 HVTFASFR 14,36 322,17 338,18 20 521 HVTFASFR 14,36 322,17 409,22 20 522 HVTFASFR 14,36 322,17 485,25 20 523 IAISLMGYDAGFLR 23,93 763,91 898,44 39 524 IAISLMGYDAGFLR 23,93 763,91 1029,48 39 525 IAISLMGYDAGFLR 23,94 763,91 1229,6 39 526 IALSLMGFDSGILK 24,91 732,91 836,45 37 527 IALSLMGFDSGILK 24,91 732,91 967,49 37 528 IALSLMGFDSGILK 24,91 732,91 1167,61 37 529 IANALIGLENHK 15,95 431,58 697,36 26 530 IANALIGLENHK 15,95 646,87 697,36 33 531 IANALIGLENHK 15,95 646,87 810,45 33 532 IDTFWLDNSLK 21,79 676,35 689,38 35 533 IDTFWLDNSLK 21,79 676,35 875,46 35 534 IDTFWLDNSLK 21,79 676,35 1123,58 35 535 IDYYNLDR 14,85 536,26 680,34 29 536 IDYYNLDR 14,85 536,26 843,4 29 537 IDYYNLDR 14,85 536,26 958,43 29 538 IFNALIALDSGVIK 24,74 737,44 802,47 37 539 IFNALIALDSGVIK 24,74 737,44 915,55 37 540 IFNALIALDSGVIK 24,74 737,44 1028,64 37 541 IFNSLLALDSGALDNER 22,76 924,48 976,43 46 542 IFNSLLALDSGALDNER 22,77 924,48 1089,52 46 543 IFNSLLALDSGALDNER 22,76 924,48 1160,55 46 544 IFNTLIGLENGIVK 23,29 765,95 829,48 39 545 IFNTLIGLENGIVK 23,3 765,95 942,56 39 546 IFNTLIGLENGIVK 23,3 765,95 1055,65 39 547 IGLDLMQK 17,7 459,26 634,32 25 548 IGLDLMQK 17,7 459,26 747,41 25 549 IGLDLMQK 17,7 459,26 804,43 25 550 IGLEK 8,54 280,18 389,24 17 551 IGLEK 8,55 280,18 413,24 17 552 IGLEK 8,54 280,18 446,26 17 553 IGLELMQQEVQR 18,73 722,38 787,41 37 554 IGLELMQQEVQR 18,73 722,38 918,45 37 555 IGLELMQQEVQR 18,73 722,38 1031,53 37 556 IGLELMSK 17,52 445,75 478,27 25 557 IGLELMSK 17,52 445,75 720,4 25 558 IGLELMSK 17,52 445,75 777,42 25 559 IGLELMSNEVK 18,73 616,83 707,34 32 560 IGLELMSNEVK 18,73 616,83 820,42 32 561 IGLELMSNEVK 18,73 616,83 949,47 32 562 IGLER 10,96 294,18 304,16 18 563 IGLER 10,96 294,18 417,25 18 564 IGLER 10,96 294,18 474,27 18 565 IGLNK 9,59 272,68 374,24 17 566 IGLNK 9,59 272,68 398,24 17 567 IGLNK 9,59 272,68 431,26 17 568 IGLNLMQK 17,1 458,77 633,34 25 569 IGLNLMQK 17,09 458,77 746,42 25 570 IGLNLMQK 17,11 458,77 803,44 25 571 IGPSLMQSELQR 17,02 679,86 760,39 35 572 IGPSLMQSELQR 17,02 679,86 891,44 35 573 IGPSLMQSELQR 17,02 679,86 1188,6 35 574 IGYGNMQIGTEVDQFWLK 24,31 700,35 935,5 39 575 IGYGNMQIGTEVDQFWLK 24,32 1050,02 1164,54 51 576 IGYGNMQIGTEVDQFWLK 24,3 1050,02 1222,61 51 577 IINHNLPVK 11,88 349,88 456,32 21 578 IINHNLPVK 11,88 349,88 570,36 21 579 IINHNLPVK 11,88 349,88 592,32 21 580 IINHNLPVR 12,04 359,22 598,37 22 581 IINHNLPVR 12,04 538,32 598,37 29 582 IINHNLPVR 12,04 538,32 849,47 29 583 ILFQQGTQQAC[CAM]AER 14,51 550,61 606,27 32 584 ILFQQGTQQAC[CAM]AER 14,51 825,41 1020,45 41 585 ILFQQGTQQAC[CAM]AER 14,51 825,41 1148,51 41 586 ILNNWFK 18,98 467,76 594,3 26 587 ILNNWFK 18,98 467,76 708,35 26 588 ILNNWFK 18,97 467,76 821,43 26 589 ILNTLISLEEK 19,98 636,87 718,4 33 590 ILNTLISLEEK 19,98 636,87 1046,57 33 591 ILNTLISLEEK 19,98 636,87 1159,66 33 592 INIVK 11,43 293,7 359,27 18 593 INIVK 11,43 293,7 440,29 18 594 INIVK 11,43 293,7 473,31 18 595 INLYGNALSR 16,05 560,81 617,34 30 596 INLYGNALSR 16,05 560,81 780,4 30 597 INLYGNALSR 16,05 560,81 893,48 30 598 IPFSLNLEMK 21,68 596,33 834,44 31 599 IPFSLNLEMK 21,67 596,33 981,51 31 600 IPFSLNLEMK 21,67 596,33 1078,56 31 601 IPHTLFALDADAVR 20 513,62 531,29 30 602 IPHTLFALDADAVR 20 513,62 646,32 30 603 IPHTLFALDADAVR 20 769,92 1191,64 39 604 IPHTLFALDAGAAR 18,58 726,9 744,4 37 605 IPHTLFALDAGAAR 18,58 726,9 891,47 37 606 IPHTLFALDAGAAR 18,58 726,9 1004,55 37 607 IPHTLFALDAGAVR 19,72 494,28 588,31 29 608 IPHTLFALDAGAVR 19,71 494,28 780,44 29 609 IPHTLFALDAGAVR 19,72 740,92 1133,63 38 610 IPNAIIGLETGVIK 21,75 719,44 816,48 37 611 IPNAIIGLETGVIK 21,75 719,44 929,57 37 612 IPNAIIGLETGVIK 21,75 719,44 1227,73 37 613 IPNALIGLETGAIK 20,96 705,42 788,45 36 614 IPNALIGLETGAIK 20,96 705,42 901,54 36 615 IPNALIGLETGAIK 20,96 705,42 1014,62 36 616 IPNSLIAFDTGAVR 20,24 737,41 765,39 37 617 IPNSLIAFDTGAVR 20,24 737,41 836,43 37 618 IPNSLIAFDTGAVR 20,24 737,41 949,51 37 619 IPSAIIGLETGVIK 21,66 705,93 816,48 36 620 IPSAIIGLETGVIK 21,67 705,93 929,57 36 621 IPSAIIGLETGVIK 21,66 705,93 1200,72 36 622 ISAFNQVK 13,02 453,76 488,28 25 623 ISAFNQVK 13,02 453,76 706,39 25 624 ISAFNQVK 13,02 453,76 793,42 25 625 ISAHEQILFLR 18,28 442,92 548,36 26 626 ISAHEQILFLR 18,28 442,92 789,5 26 627 ISAHEQILFLR 18,28 663,88 918,54 34 628 ISAMEQTR 9,84 468,23 664,31 26 629 ISAMEQTR 9,84 468,23 735,35 26 630 ISAMEQTR 9,84 468,23 822,38 26 631 ISAMEQVK 11,65 453,24 634,32 25 632 ISAMEQVK 11,65 453,24 705,36 25 633 ISAMEQVK 11,65 453,24 792,39 25 634 ISATEQVAFLR 17,7 412,23 435,27 25 635 ISATEQVAFLR 17,71 412,23 506,31 25 636 ISATEQVAFLR 17,7 412,23 605,38 25 637 ISATQQIAFLR 18,58 624,36 747,45 32 638 ISATQQIAFLR 18,58 624,36 1047,59 32 639 ISATQQIAFLR 18,58 624,36 1134,63 32 640 ISAVNQVEFLESLFLNK 28,77 976,03 988,51 48 641 ISAVNQVEFLESLFLNK 28,77 976,03 1110,62 48 642 ISAVNQVEFLESLFLNK 28,77 976,03 1239,66 48 643 ISAVNQVK 10,32 429,76 488,28 24 644 ISAVNQVK 10,32 429,76 658,39 24 645 ISAVNQVK 10,32 429,76 745,42 24 646 ISPEEQIQFLR 18,87 680,37 933,52 35 647 ISPEEQIQFLR 18,87 680,37 1062,56 35 648 ISPEEQIQFLR 18,87 680,37 1159,61 35 649 ISPEEQVR 10,49 479,25 531,29 26 650 ISPEEQVR 10,49 479,25 660,33 26 651 ISPEEQVR 10,49 479,25 757,38 26 652 ISPEGQVR 9,86 443,24 459,27 25 653 ISPEGQVR 9,86 443,24 588,31 25 654 ISPEGQVR 9,86 443,24 685,36 25 655 ISPLEQLAFLR 24,02 643,88 876,49 33 656 ISPLEQLAFLR 24,01 643,88 989,58 33 657 ISPLEQLAFLR 24,02 643,88 1086,63 33 658 ITAFQQVDFLR 21,11 669,36 777,43 34 659 ITAFQQVDFLR 21,12 669,36 905,48 34 660 ITAFQQVDFLR 21,12 669,36 1123,59 34 661 ITPIQEVNFADDFANNR 21,25 655,32 736,34 37 662 ITPIQEVNFADDFANNR 21,25 655,32 851,36 37 663 ITPIQEVNFADDFANNR 21,25 655,32 922,4 37 664 ITPIQEVNFADDLANNR 20,95 643,99 817,38 36 665 ITPIQEVNFADDLANNR 20,95 965,49 1149,53 47 666 ITPIQEVNFADDLANNR 20,96 965,49 1248,6 47 667 ITPQQEAQFAYK 14,52 712,36 856,42 36 668 ITPQQEAQFAYK 14,52 712,36 984,48 36 669 ITPQQEAQFAYK 14,52 712,36 1209,59 36 670 ITPQQEAQFTYK 14,33 485,25 558,29 28 671 ITPQQEAQFTYK 14,33 727,37 1014,49 37 672 ITPQQEAQFTYK 14,33 727,37 1239,6 37 673 ITPVQEVNFADDLAHNR 18,98 646,99 840,4 36 674 ITPVQEVNFADDLAHNR 18,98 646,99 862,92 36 675 ITPVQEVNFADDLAHNR 18,98 646,99 911,43 36 676 IVAFALK 17,21 381,25 478,3 22 677 IVAFALK 17,22 381,25 549,34 22 678 IVAFALK 17,21 381,25 648,41 22 679 IVAFALNMEMR 17,95 647,84 864,41 34 680 IVAFALNMEMR 17,95 647,84 1011,48 34 681 IVAFALNMEMR 17,97 647,84 1082,51 34 682 IVESTTLADGTVVHGK 13,69 542,96 697,4 31 683 IVESTTLADGTVVHGK 13,69 542,96 812,43 31 684 IVESTTLADGTVVHGK 13,68 542,96 883,46 31 685 IYNSLIGLNEK 17,37 632,35 673,39 33 686 IYNSLIGLNEK 17,37 632,35 786,47 33 687 IYNSLIGLNEK 17,37 632,35 987,55 33 688 KPDIGWWVGWIER 24,47 547,96 660,35 31 689 KPDIGWWVGWIER 24,47 547,96 883,45 31 690 KPDIGWWVGWIER 24,46 821,43 1188,59 41 691 LAC[CAM]ATNNLAR 11,22 552,28 688,37 29 692 LAC[CAM]ATNNLAR 11,22 552,28 759,41 29 693 LAC[CAM]ATNNLAR 11,22 552,28 919,44 29 694 LAQGELPFPAPVQSTVR 19,84 905,5 954,54 45 695 LAQGELPFPAPVQSTVR 19,84 905,5 1101,61 45 696 LAQGELPFPAPVQSTVR 19,84 905,5 1198,66 45 697 LAQNELPYPIEIQK 19,09 828,45 929,47 41 698 LAQNELPYPIEIQK 19,09 828,45 987,55 41 699 LAQNELPYPIEIQK 19,08 828,45 1100,64 41 700 LAQNELQYPIEIQK 17,98 843,96 890,5 42 701 LAQNELQYPIEIQK 17,98 843,96 1018,56 42 702 LAQNELQYPIEIQK 17,98 843,96 1131,64 42 703 LDFGNK 11,75 347,18 465,25 20 704 LDFGNK 11,74 347,18 547,25 20 705 LDFGNK 11,75 347,18 580,27 20 706 LDGSLNR 9,48 387,71 402,25 22 707 LDGSLNR 9,48 387,71 546,3 22 708 LDGSLNR 9,48 387,71 661,33 22 709 LEILQQALAELGLYPK 29,81 900,02 1003,58 45 710 LEILQQALAELGLYPK 29,81 900,02 1074,62 45 711 LEILQQALAELGLYPK 29,81 900,02 1202,68 45 712 LENQEQVK 7,6 494,26 631,34 27 713 LENQEQVK 7,59 494,26 745,38 27 714 LENQEQVK 7,59 494,26 874,43 27 715 LETQEEVEK 9,88 552,77 633,31 29 716 LETQEEVEK 9,88 552,77 862,42 29 717 LETQEEVEK 9,88 552,77 991,46 29 718 LETQEEVK 9,5 488,25 504,27 26 719 LETQEEVK 9,49 488,25 733,37 26 720 LETQEEVK 9,49 488,25 862,42 26 721 LFAAEGVK 13,53 417,74 503,28 23 722 LFAAEGVK 13,53 417,74 574,32 23 723 LFAAEGVK 13,53 417,74 721,39 23 724 LFESAGVK 12,99 425,74 461,27 24 725 LFESAGVK 12,99 425,74 590,31 24 726 LFESAGVK 12,99 425,74 737,38 24 727 LFGAAGVK 13,94 381,73 445,28 22 728 LFGAAGVK 13,94 381,73 502,3 22 729 LFGAAGVK 13,94 381,73 649,37 22 730 LGVDR 8,51 280,16 290,15 17 731 LGVDR 8,51 280,16 389,21 17 732 LGVDR 8,5 280,16 446,24 17 733 LLNLLSQSK 17,97 508,31 562,32 27 734 LLNLLSQSK 17,97 508,31 789,45 27 735 LLNLLSQSK 17,97 508,31 902,53 27 736 LLQDER 9,34 387,21 547,25 22 737 LLQDER 9,31 387,21 599,3 22 738 LLQDER 9,34 387,21 660,33 22 739 LLVQDGDC[CAM]GR 11,92 566,77 679,25 30 740 LLVQDGDC[CAM]GR 11,92 566,77 807,3 30 741 LLVQDGDC[CAM]GR 11,92 566,77 906,37 30 742 LNEVGYGNR 10,74 511,26 566,27 27 743 LNEVGYGNR 10,74 511,26 665,34 27 744 LNEVGYGNR 10,73 511,26 794,38 27 745 LNYGNADPSTK 10,76 590,29 732,35 31 746 LNYGNADPSTK 10,76 590,29 789,37 31 747 LNYGNADPSTK 10,76 590,29 952,44 31 748 LNYGNK 7,21 354,69 481,24 21 749 LNYGNK 7,24 354,69 562,26 21 750 LNYGNK 7,22 354,69 595,28 21 751 LPASK 1,93 258,16 305,18 16 752 LPASK 1,93 258,16 369,21 16 753 LPASK 1,93 258,16 402,23 16 754 LPHTLFALDADAVR 19,98 769,92 977,51 39 755 LPHTLFALDADAVR 19,98 769,92 1090,59 39 756 LPHTLFALDADAVR 19,98 769,92 1191,64 39 757 LPHTLFALDAGAVR 19,7 740,92 919,5 38 758 LPHTLFALDAGAVR 19,67 740,92 1032,58 38 759 LPHTLFALDAGAVR 19,7 740,92 1133,63 38 760 LPLAIMGFDSGILQSPK 25,08 893,99 944,5 44 761 LPLAIMGFDSGILQSPK 25,08 893,99 1091,57 44 762 LPLAIMGFDSGILQSPK 25,08 893,99 1148,59 44 763 LPLAIMGYDADILLDATTPR 27,86 720,39 773,42 40 764 LPLAIMGYDADILLDATTPR 27,87 720,39 886,5 40 765 LPLAIMGYDADILLDATTPR 27,87 720,39 1160,57 40 766 LPSSLIALETGAVR 20,6 713,92 816,46 36 767 LPSSLIALETGAVR 20,6 713,92 929,54 36 768 LPSSLIALETGAVR 20,6 713,92 1216,69 36 769 LPVSAQTLQYTANILK 21,84 880,5 950,53 44 770 LPVSAQTLQYTANILK 21,84 880,5 1063,61 44 771 LPVSAQTLQYTANILK 21,85 880,5 1164,66 44 772 LPVSER 9,57 350,7 490,26 20 773 LPVSER 9,57 350,7 526,29 20 774 LPVSER 9,57 350,7 587,31 20 775 LPVSPTAVDMTER 16,21 708,36 1019,48 36 776 LPVSPTAVDMTER 16,21 708,36 1106,51 36 777 LPVSPTAVDMTER 16,21 708,36 1205,58 36 778 LSASK 10,72 253,15 305,18 16 779 LSASK 10,71 253,15 359,19 16 780 LSASK 10,71 253,15 392,21 16 781 LSAVPIYQEVAR 17,96 673,38 765,39 35 782 LSAVPIYQEVAR 17,96 673,38 975,53 35 783 LSAVPIYQEVAR 17,95 673,38 1074,59 35 784 LSAVPVYQELAR 18,45 449,25 616,34 26 785 LSAVPVYQELAR 18,44 673,38 779,4 35 786 LSAVPVYQELAR 18,44 673,38 975,53 35 787 LSC[CAM]TLVIDEASGDLLHR 20,38 633,66 797,43 36 788 LSC[CAM]TLVIDEASGDLLHR 20,38 633,66 868,46 36 789 LSC[CAM]TLVIDEASGDLLHR 20,38 633,66 1112,53 36 790 LSLQHGWFIGWIEK 23,95 571,98 632,34 33 791 LSLQHGWFIGWIEK 23,95 571,98 892,49 33 792 LSLQHGWFIGWIEK 23,95 571,98 969,49 33 793 LSQNSLPFSQEAMNSVK 18,64 627,31 1140,54 35 794 LSQNSLPFSQEAMNSVK 18,63 940,46 1140,54 46 795 LSQNSLPFSQEAMNSVK 18,64 940,46 1237,59 46 796 LSVNPK 9,8 329,2 457,28 19 797 LSVNPK 9,79 329,2 511,29 19 798 LSVNPK 9,8 329,2 544,31 19 799 LTVGAR 9,51 308,69 402,25 19 800 LTVGAR 9,51 308,69 442,27 19 801 LTVGAR 9,51 308,69 503,29 19 802 LYGFALNIDMPGGEADIGK 23,35 661 843,42 37 803 LYGFALNIDMPGGEADIGK 23,35 990,99 1089,49 49 804 LYGFALNIDMPGGEADIGK 23,35 990,99 1202,57 49 805 LYHNELPFR 15,29 396,88 414,21 24 806 LYHNELPFR 15,29 396,88 419,24 24 807 LYHNELPFR 15,29 396,88 657,3 24 808 LYHNK 8,54 337,68 414,21 20 809 LYHNK 8,53 337,68 528,26 20 810 LYHNK 8,53 337,68 561,28 20 811 LYQNDLPFR 17,2 583,3 761,39 31 812 LYQNDLPFR 17,2 583,3 889,45 31 813 LYQNDLPFR 17,2 583,3 1052,52 31 814 MDDLFK 15,5 384,68 522,29 22 815 MDDLFK 15,5 384,68 622,25 22 816 MDDLFK 15,5 384,68 637,32 22 817 MEDLHK 6,66 386,69 512,28 22 818 MEDLHK 6,65 386,69 626,26 22 819 MEDLHK 6,66 386,69 641,33 22 820 MLIALIGLENHK 21,33 451,26 527,26 27 821 MLIALIGLENHK 21,33 451,26 697,36 27 822 MLIALIGLENHK 21,33 451,26 810,45 27 823 MLLIK 15,81 309,21 373,28 19 824 MLLIK 15,81 309,21 471,3 19 825 MLLIK 15,81 309,21 486,36 19 826 MLNALIGLEHHK 16,89 459,26 550,27 27 827 MLNALIGLEHHK 16,89 459,26 720,38 27 828 MLNALIGLEHHK 16,89 459,26 833,46 27 829 MLNALIGLENHK 18,39 451,58 697,36 27 830 MLNALIGLENHK 18,38 676,87 697,36 35 831 MLNALIGLENHK 18,39 676,87 810,45 35 832 MLNALIGLENQK 19,71 672,37 688,36 35 833 MLNALIGLENQK 19,71 672,37 801,45 35 834 MLNALIGLENQK 19,71 672,37 914,53 35 835 MLNALIGLEYHK 19,6 701,38 746,38 36 836 MLNALIGLEYHK 19,6 701,38 859,47 36 837 MLNALIGLEYHK 19,6 701,38 1157,63 36 838 MLNALIGLQHGK 17,5 432,25 582,34 26 839 MLNALIGLQHGK 17,5 432,25 639,36 26 840 MLNALIGLQHGK 17,5 432,25 752,44 26 841 MLNALISLEHHK 17,2 352,2 359,17 21 842 MLNALISLEHHK 17,21 469,26 750,39 27 843 MLNALISLEHHK 17,2 469,26 863,47 27 844 MQAYVDAFDYGNR 17,56 775,34 957,41 39 845 MQAYVDAFDYGNR 17,56 775,34 1056,47 39 846 MQAYVDAFDYGNR 17,56 775,34 1219,54 39 847 MQEGLNK 8,68 410,21 560,3 23 848 MQEGLNK 8,66 410,21 673,3 23 849 MQEGLNK 8,68 410,21 688,36 23 850 MSPASTYK 9,49 442,71 569,29 24 851 MSPASTYK 9,49 442,71 666,35 24 852 MSPASTYK 9,49 442,71 753,38 24 853 NEHDPVLPYR 13,09 413,88 435,24 25 854 NEHDPVLPYR 13,09 620,31 744,44 32 855 NEHDPVLPYR 13,09 620,31 859,47 32 856 NEHQIFK 9,91 458,24 509,21 25 857 NEHQIFK 9,91 458,24 622,29 25 858 NEHQIFK 9,91 458,24 672,38 25 859 NEHQVFK 7,74 451,23 658,37 25 860 NEHQVFK 7,74 451,23 755,35 25 861 NEHQVFK 7,74 451,23 787,41 25 862 NEITYK 9,35 384,2 524,31 22 863 NEITYK 9,35 384,2 621,29 22 864 NEITYK 9,35 384,2 653,35 22 865 NELLMK 13,08 374,21 504,32 21 866 NELLMK 13,09 374,21 601,3 21 867 NELLMK 13,09 374,21 633,36 21 868 NELPFR 14,39 388,21 419,24 22 869 NELPFR 14,39 388,21 532,32 22 870 NELPFR 14,4 388,21 661,37 22 871 NISSYGNNLVR 14,36 618,82 835,44 32 872 NISSYGNNLVR 14,36 618,82 922,47 32 873 NISSYGNNLVR 14,36 618,82 1009,51 32 874 NISTYGNNLTR 13,1 626,82 674,36 33 875 NISTYGNNLTR 13,09 626,82 837,42 33 876 NISTYGNNLTR 13,1 626,82 1025,5 33 877 NLFNEVHTTGVLVIR 20,69 571,32 757,49 33 878 NLFNEVHTTGVLVIR 20,7 571,32 858,54 33 879 NLFNEVHTTGVLVIR 20,7 571,32 995,6 33 880 NLSTYGNALAR 14,34 590,31 764,4 31 881 NLSTYGNALAR 14,35 590,31 865,45 31 882 NLSTYGNALAR 14,35 590,31 952,48 31 883 NMENLELFGK 19,08 597,79 820,46 31 884 NMENLELFGK 19,08 597,79 949,5 31 885 NMENLELFGK 19,08 597,79 1080,54 31 886 NMLLLEENNGYK 16,71 719,36 853,37 37 887 NMLLLEENNGYK 16,69 719,36 966,45 37 888 NMLLLEENNGYK 16,68 719,36 1079,54 37 889 NMLLLEESNGYK 18,12 705,85 939,44 36 890 NMLLLEESNGYK 18,13 705,85 1052,53 36 891 NMLLLEESNGYK 18,11 705,85 1165,61 36 892 NMLLLEK 16,99 430,75 502,32 24 893 NMLLLEK 16,98 430,75 615,41 24 894 NMLLLEK 16,98 430,75 746,45 24 895 NMTLGDAMK 14,42 490,73 521,24 27 896 NMTLGDAMK 14,42 490,73 634,32 27 897 NMTLGDAMK 14,42 490,73 735,37 27 898 NNGLTEAWLESSLK 20,61 781,4 862,47 39 899 NNGLTEAWLESSLK 20,6 781,4 933,5 39 900 NNGLTEAWLESSLK 20,62 781,4 1163,59 39 901 NQLPFK 13,49 373,71 391,23 21 902 NQLPFK 13,49 373,71 504,32 21 903 NQLPFK 13,49 373,71 632,38 21 904 NQLPFQVEHQR 14,33 698,36 796,41 36 905 NQLPFQVEHQR 14,33 698,36 1040,53 36 906 NQLPFQVEHQR 14,33 698,36 1153,61 36 907 NSAIENTIDNMYLQDLENSTK 22,77 805,04 934,45 44 908 NSAIENTIDNMYLQDLENSTK 22,77 805,04 1047,53 44 909 NSAIENTIDNMYLQDLENSTK 22,77 805,04 1210,6 44 910 NSAIENTIENMYLQDLDNSTK 23,13 805,04 920,43 44 911 NSAIENTIENMYLQDLDNSTK 23,13 805,04 1033,52 44 912 NSAIENTIENMYLQDLDNSTK 23,14 805,04 1196,58 44 913 NSAIENTIENMYLQDLENSTK 23,7 809,72 934,45 44 914 NSAIENTIENMYLQDLENSTK 23,7 809,72 1047,53 44 915 NSAIENTIENMYLQDLENSTK 23,7 809,72 1217,55 44 916 NSAVWVYELFAK 24,66 713,87 869,48 36 917 NSAVWVYELFAK 24,66 713,87 1055,56 36 918 NSAVWVYELFAK 24,65 713,87 1154,62 36 919 NSQVPAYK 9,78 453,74 478,27 25 920 NSQVPAYK 9,78 453,74 577,33 25 921 NSQVPAYK 9,78 453,74 705,39 25 922 NSTVWIYELFAK 25,64 735,88 883,49 37 923 NSTVWIYELFAK 25,64 735,88 1069,57 37 924 NSTVWIYELFAK 25,64 735,88 1168,64 37 925 NSTVWVYELFAK 24,42 728,88 770,41 37 926 NSTVWVYELFAK 24,43 728,88 869,48 37 927 NSTVWVYELFAK 24,42 728,88 1055,56 37 928 NSTVWVYQLFAK 23,9 728,39 769,42 37 929 NSTVWVYQLFAK 23,91 728,39 1054,57 37 930 NSTVWVYQLFAK 23,91 728,39 1153,64 37 931 NTSGALVIQTDK 13,34 623,84 816,48 32 932 NTSGALVIQTDK 13,34 623,84 944,54 32 933 NTSGALVIQTDK 13,34 623,84 1031,57 32 934 NTSGVLVIQTDK 14,9 637,85 816,48 33 935 NTSGVLVIQTDK 14,9 637,85 972,57 33 936 NTSGVLVIQTDK 14,91 637,85 1059,6 33 937 NVDEMFYYYDGSK 18,86 815,84 895,38 41 938 NVDEMFYYYDGSK 18,86 815,84 1042,45 41 939 NVDEMFYYYDGSK 18,85 815,84 1173,49 41 940 NWILR 16,3 351,21 414,21 20 941 NWILR 16,29 351,21 527,3 20 942 NWILR 16,3 351,21 587,37 20 943 NWNAAMDLR 16,54 545,76 605,31 29 944 NWNAAMDLR 16,55 545,76 676,34 29 945 NWNAAMDLR 16,54 545,76 790,39 29 946 NYVDAFHYGNQDISGDK 15,76 648,29 933,43 36 947 NYVDAFHYGNQDISGDK 15,77 648,29 1096,49 36 948 NYVDAFHYGNQDISGDK 15,76 971,93 1233,55 48 949 QADHAILVFDQAR 16,58 495,26 523,23 29 950 QADHAILVFDQAR 16,61 495,26 636,31 29 951 QADHAILVFDQAR 16,58 495,26 735,38 29 952 QAEHALLVFGQER 16,86 499,93 636,31 29 953 QAEHALLVFGQER 16,85 499,93 735,38 29 954 QAEHALLVFGQER 16,87 499,93 763,41 29 955 QAITK 11 280,67 361,24 17 956 QAITK 11 280,67 414,23 17 957 QAITK 11,01 280,67 432,28 17 958 QAMLTEANSDYIIR 18,26 812,9 951,49 41 959 QAMLTEANSDYIIR 18,25 812,9 1080,53 41 960 QAMLTEANSDYIIR 18,26 812,9 1181,58 41 961 QEVQFVSALAR 17,69 624,34 763,45 32 962 QEVQFVSALAR 17,68 624,34 891,5 32 963 QEVQFVSALAR 17,68 624,34 990,57 32 964 QFASIK 11,66 347,2 434,2 20 965 QFASIK 11,66 347,2 547,29 20 966 QFASIK 11,68 347,2 565,33 20 967 QGMPGSIR 11,4 423,22 529,31 24 968 QGMPGSIR 11,43 423,22 660,35 24 969 QGMPGSIR 11,4 423,22 717,37 24 970 QGMSGSIR 9,44 418,21 519,29 23 971 QGMSGSIR 9,45 418,21 650,33 23 972 QGMSGSIR 9,44 418,21 707,35 23 973 QGQTQQSYGNDLAR 11,16 783,37 895,43 39 974 QGQTQQSYGNDLAR 11,17 783,37 1023,49 39 975 QGQTQQSYGNDLAR 11,16 783,37 1151,54 39 976 QIDYGNADPSTIK 13,41 711,35 845,44 36 977 QIDYGNADPSTIK 13,42 711,35 902,46 36 978 QIDYGNADPSTIK 13,42 711,35 1065,52 36 979 QIDYGNVDPSTIK 15,08 725,36 873,47 37 980 QIDYGNVDPSTIK 15,07 725,36 930,49 37 981 QIDYGNVDPSTIK 15,07 725,36 1093,55 37 982 QIGQAR 2,3 336,69 431,24 20 983 QIGQAR 2,33 336,69 498,27 20 984 QIGQAR 2,32 336,69 544,32 20 985 QIMLIEQTPAFTLR 24,42 830,96 933,52 42 986 QIMLIEQTPAFTLR 24,42 830,96 1062,56 42 987 QIMLIEQTPAFTLR 24,42 830,96 1175,64 42 988 QLGSAIDQFWLR 22,67 717,38 864,44 37 989 QLGSAIDQFWLR 22,68 717,38 977,52 37 990 QLGSAIDQFWLR 22,67 717,38 1192,61 37 991 QLPVK 9,57 292,69 343,23 18 992 QLPVK 9,58 292,69 438,27 18 993 QLPVK 9,57 292,69 456,32 18 994 QLSLDVLDK 18,63 515,79 589,32 28 995 QLSLDVLDK 18,62 515,79 789,44 28 996 QLSLDVLDK 18,63 515,79 902,52 28 997 QLVYAR 11,04 375,22 508,29 22 998 QLVYAR 11,04 375,22 575,32 22 999 QLVYAR 11,04 375,22 621,37 22 1000 QMMLTEASTDYIIR 19,82 836,41 867,46 42 1001 QMMLTEASTDYIIR 19,82 836,41 1067,54 42 1002 QMMLTEASTDYIIR 19,82 836,41 1168,58 42 1003 QMSIVEATPDYVLHGK 18,77 894,45 1029,54 44 1004 QMSIVEATPDYVLHGK 18,77 894,45 1100,57 44 1005 QMSIVEATPDYVLHGK 18,77 894,45 1229,62 44 1006 QTLVFAR 14,65 417,75 492,29 23 1007 QTLVFAR 14,65 417,75 605,38 23 1008 QTLVFAR 14,65 417,75 706,42 23 1009 QVVFAR 12,06 360,21 492,29 21 1010 QVVFAR 12,04 360,21 545,31 21 1011 QVVFAR 12,06 360,21 591,36 21 1012 SADEVLPYGGKPQR 12,96 506,26 642,37 29 1013 SADEVLPYGGKPQR 12,96 506,26 805,43 29 1014 SADEVLPYGGKPQR 12,96 506,26 902,48 29 1015 SC[CAM]ATNDLAR 9,37 504,23 689,36 27 1016 SC[CAM]ATNDLAR 9,37 504,23 760,39 27 1017 SC[CAM]ATNDLAR 9,37 504,23 920,43 27 1018 SC[CAM]ATNNLAR 8,66 503,74 688,37 27 1019 SC[CAM]ATNNLAR 8,66 503,74 759,41 27 1020 SC[CAM]ATNNLAR 8,67 503,74 919,44 27 1021 SDIPGGSK 7,63 380,7 558,32 22 1022 SDIPGGSK 7,63 380,7 614,28 22 1023 SDIPGGSK 7,63 380,7 673,35 22 1024 SDWGK 5,75 296,64 390,21 18 1025 SDWGK 5,75 296,64 446,17 18 1026 SDWGK 5,75 296,64 505,24 18 1027 SEDNFHISSQQHEK 10,36 422,19 541,27 24 1028 SEDNFHISSQQHEK 10,36 422,19 730,28 24 1029 SEDNFHISSQQHEK 10,36 422,19 756,36 24 1030 SEMPASIR 12,02 445,72 674,37 25 1031 SEMPASIR 12,02 445,72 716,33 25 1032 SEMPASIR 12,02 445,72 803,41 25 1033 SEMPASTR 8,2 439,71 662,33 24 1034 SEMPASTR 8,19 439,71 704,29 24 1035 SEMPASTR 8,19 439,71 791,37 24 1036 SFAAHNQDQDLR 10,35 467,89 531,29 27 1037 SFAAHNQDQDLR 10,35 467,89 871,37 27 1038 SFAAHNQDQDLR 10,35 467,89 888,42 27 1039 SFAGHNK 9,4 380,69 455,24 22 1040 SFAGHNK 9,4 380,69 526,27 22 1041 SFAGHNK 9,38 380,69 673,34 22 1042 SFAGHNQDQDLR 10,18 694,32 888,42 36 1043 SFAGHNQDQDLR 10,18 694,32 1025,48 36 1044 SFAGHNQDQDLR 10,18 694,32 1082,5 36 1045 SFAGHNQDQNLR 9,8 462,89 530,3 27 1046 SFAGHNQDQNLR 9,8 462,89 773,39 27 1047 SFAGHNQDQNLR 9,8 462,89 887,43 27 1048 SFLESWAK 18,27 484,25 491,26 26 1049 SFLESWAK 18,27 484,25 620,3 26 1050 SFLESWAK 18,27 484,25 733,39 26 1051 SFTAWEK 14,44 434,71 462,23 24 1052 SFTAWEK 14,44 434,71 533,27 24 1053 SFTAWEK 14,44 434,71 634,32 24 1054 SFTTWEK 14,1 449,72 462,23 25 1055 SFTTWEK 14,1 449,72 563,28 25 1056 SFTTWEK 14,1 449,72 664,33 25 1057 SGSGWLR 13,25 381,7 531,3 22 1058 SGSGWLR 13,25 381,7 618,34 22 1059 SGSGWLR 13,25 381,7 675,36 22 1060 SGWGMAVDPQVGWYVGFVEK 24,65 738,02 841,45 41 1061 SGWGMAVDPQVGWYVGFVEK 24,65 738,02 1029,45 41 1062 SGWGMAVDPQVGWYVGFVEK 24,68 1106,53 1128,51 54 1063 SGWGMDVSPQVGWLTGWVEK 26,32 1110,03 1144,51 54 1064 SGWGMDVSPQVGWLTGWVEK 26,32 1110,03 1174,63 54 1065 SGWGMDVSPQVGWLTGWVEK 26,32 1110,03 1201,53 54 1066 SGWGMDVTPQVGWLTGWVEK 26,61 745,03 832,46 41 1067 SGWGMDVTPQVGWLTGWVEK 26,61 745,03 1018,54 41 1068 SGWGMDVTPQVGWLTGWVEK 26,61 745,03 1075,56 41 1069 SIHPASTFK 10,74 494,27 650,35 27 1070 SIHPASTFK 10,73 494,27 787,41 27 1071 SIHPASTFK 10,73 494,27 900,49 27 1072 SISTK 10,41 268,16 335,19 17 1073 SISTK 10,42 268,16 389,2 17 1074 SISTK 10,42 268,16 448,28 17 1075 SLGLSNNLSR 14,23 530,79 690,35 28 1076 SLGLSNNLSR 14,23 530,79 803,44 28 1077 SLGLSNNLSR 14,23 530,79 860,46 28 1078 SLSMSGK 9,31 355,18 509,24 21 1079 SLSMSGK 9,32 355,18 563,25 21 1080 SLSMSGK 9,32 355,18 622,32 21 1081 SMLFIEEK 17,82 498,76 518,28 27 1082 SMLFIEEK 17,82 498,76 665,35 27 1083 SMLFIEEK 17,82 498,76 778,43 27 1084 SNGLTHSWLGSSLK 16,78 743,89 877,48 38 1085 SNGLTHSWLGSSLK 16,78 743,89 1014,54 38 1086 SNGLTHSWLGSSLK 16,78 743,89 1115,58 38 1087 SPTWELKPEYNPSPR 16,02 600,97 733,36 34 1088 SPTWELKPEYNPSPR 16,02 600,97 808,91 34 1089 SPTWELKPEYNPSPR 16,02 600,97 959,46 34 1090 SQDIVR 8,4 359,2 502,3 21 1091 SQDIVR 8,38 359,2 543,28 21 1092 SQDIVR 8,4 359,2 630,36 21 1093 SQQKPTDPTIWLK 16,6 514,62 660,41 30 1094 SQQKPTDPTIWLK 16,6 514,62 757,46 30 1095 SQQKPTDPTIWLK 16,6 514,62 785,38 30 1096 SQVGWLTGWVEQPDGK 22,27 893,94 1015,5 44 1097 SQVGWLTGWVEQPDGK 22,28 893,94 1116,53 44 1098 SQVGWLTGWVEQPDGK 22,28 893,94 1229,62 44 1099 SSSNSC[CAM]TTNNAAR 16,84 685,29 907,41 35 1100 SSSNSC[CAM]TTNNAAR 16,85 685,29 994,44 35 1101 SSSNSC[CAM]TTNNAAR 16,84 685,29 1108,48 35 1102 SVYGELR 12,65 412,22 417,25 23 1103 SVYGELR 12,65 412,22 474,27 23 1104 SVYGELR 12,65 412,22 637,33 23 1105 SWILR 16,33 337,7 401,29 20 1106 SWILR 16,32 337,7 500,29 20 1107 SWILR 16,33 337,7 587,37 20 1108 SYLEK 9,09 320,17 389,24 19 1109 SYLEK 9,09 320,17 493,23 19 1110 SYLEK 9,1 320,17 552,3 19 1111 TAYIPASTFK 15,43 549,8 650,35 29 1112 TAYIPASTFK 15,43 549,8 763,43 29 1113 TAYIPASTFK 15,43 549,8 926,5 29 1114 TDDLFK 13,48 369,69 407,27 21 1115 TDDLFK 13,48 369,69 522,29 21 1116 TDDLFK 13,48 369,69 637,32 21 1117 TDINEIFK 17,44 490,26 650,35 27 1118 TDINEIFK 17,44 490,26 763,43 27 1119 TDINEIFK 17,44 490,26 878,46 27 1120 TFIHNDPR 18,92 500,25 751,38 27 1121 TFIHNDPR 18,92 500,25 825,39 27 1122 TFIHNDPR 18,92 500,25 898,45 27 1123 TGAGFTANR 9,64 447,72 461,25 25 1124 TGAGFTANR 9,64 447,72 665,34 25 1125 TGAGFTANR 9,64 447,72 793,4 25 1126 TGFNDGQK 7,5 433,7 561,26 24 1127 TGFNDGQK 7,5 433,7 708,33 24 1128 TGFNDGQK 7,5 433,7 765,35 24 1129 TGLADSK 9,7 346,18 533,29 20 1130 TGLADSK 9,67 346,18 545,26 20 1131 TGLADSK 9,7 346,18 590,31 20 1132 TGLDLMQK 15,32 453,24 634,32 25 1133 TGLDLMQK 15,32 453,24 747,41 25 1134 TGLDLMQK 15,32 453,24 804,43 25 1135 TGLELMQK 15,03 460,25 648,34 25 1136 TGLELMQK 15,03 460,25 761,42 25 1137 TGLELMQK 15,03 460,25 818,44 25 1138 TGMGYPK 10,28 377,18 464,25 22 1139 TGMGYPK 10,28 377,18 595,29 22 1140 TGMGYPK 10,28 377,18 652,31 22 1141 TGNGR 0,8 252,63 330,14 16 1142 TGNGR 0,8 252,63 346,18 16 1143 TGNGR 0,81 252,63 403,2 16 1144 TGTGSFIDAR 13,35 512,76 708,37 28 1145 TGTGSFIDAR 13,35 512,76 765,39 28 1146 TGTGSFIDAR 13,35 512,76 866,44 28 1147 TGTGSLSDAK 8,32 468,74 620,32 26 1148 TGTGSLSDAK 8,32 468,74 677,35 26 1149 TGTGSLSDAK 8,32 468,74 778,39 26 1150 TGVATEYQPEIGWWAGWVER 25,49 779,04 903,45 43 1151 TGVATEYQPEIGWWAGWVER 25,5 779,04 1146,55 43 1152 TGVATEYQPEIGWWAGWVER 25,52 1168,06 1189,57 56 1153 TGVSYPLLADGTR 17,4 675,36 842,47 35 1154 TGVSYPLLADGTR 17,41 675,36 1005,54 35 1155 TGVSYPLLADGTR 17,4 675,36 1092,57 35 1156 TGWAMDIK 16,71 461,23 577,3 25 1157 TGWAMDIK 16,71 461,23 763,38 25 1158 TGWAMDIK 16,72 461,23 820,4 25 1159 TGWATR 9,71 346,18 517,24 20 1160 TGWATR 9,69 346,18 533,28 20 1161 TGWATR 9,69 346,18 590,3 20 1162 TGWC[CAM]FDC[CAM]TPELGWWVGWVK 28,39 795,36 960,51 44 1163 TGWC[CAM]FDC[CAM]TPELGWWVGWVK 28,39 795,36 1017,53 44 1164 TGWC[CAM]FDC[CAM]TPELGWWVGWVK 28,38 795,36 1028,36 44 1165 TGWEGR 9,1 353,17 531,22 21 1166 TGWEGR 9,09 353,17 547,26 21 1167 TGWEGR 9,09 353,17 604,28 21 1168 TGWFVDK 16,08 426,72 694,36 24 1169 TGWFVDK 16,1 426,72 706,32 24 1170 TGWFVDK 16,08 426,72 751,38 24 1171 TGYDTK 2,09 342,66 526,25 20 1172 TGYDTK 2,09 342,66 538,21 20 1173 TGYDTK 2,08 342,66 583,27 20 1174 TGYGVR 8,09 326,67 478,23 19 1175 TGYGVR 8,1 326,67 494,27 19 1176 TGYGVR 8,1 326,67 551,29 19 1177 TGYSAR 2,24 327,66 480,21 19 1178 TGYSAR 2,24 327,66 496,25 19 1179 TGYSAR 2,24 327,66 553,27 19 1180 TGYSTR 2,08 342,67 510,22 20 1181 TGYSTR 2,08 342,67 526,26 20 1182 TGYSTR 2,08 342,67 583,28 20 1183 THESSNWGK 5,36 523,24 678,32 28 1184 THESSNWGK 5,37 523,24 807,36 28 1185 THESSNWGK 5,37 523,24 944,42 28 1186 TIC[CAM]TAIADAGTGK 14,35 639,82 732,39 33 1187 TIC[CAM]TAIADAGTGK 14,35 639,82 904,47 33 1188 TIC[CAM]TAIADAGTGK 14,35 639,82 1064,5 33 1189 TIGGAPDAYWVDDSLQISAR 21,22 712,35 1004,5 40 1190 TIGGAPDAYWVDDSLQISAR 21,22 712,35 1103,57 40 1191 TIGGAPDAYWVDDSLQISAR 21,21 1068,02 1103,57 52 1192 TLPFSASSYETLR 18,73 736,37 855,42 37 1193 TLPFSASSYETLR 18,73 736,37 1013,49 37 1194 TLPFSASSYETLR 18,73 736,37 1160,56 37 1195 TLPFSPK 15 395,23 478,27 22 1196 TLPFSPK 15 395,23 575,32 22 1197 TLPFSPK 15 395,23 688,4 22 1198 TLPFSQEVQDEVQSILFIEEK 28,55 827,09 891,52 45 1199 TLPFSQEVQDEVQSILFIEEK 28,56 827,09 978,55 45 1200 TLPFSQEVQDEVQSILFIEEK 28,56 827,09 1106,61 45 1201 TLPFSQEVQDEVQSMLFIEEK 27,7 833,08 996,51 46 1202 TLPFSQEVQDEVQSMLFIEEK 27,69 833,08 1124,57 46 1203 TLPFSQEVQDEVQSMLFIEEK 27,7 833,08 1223,63 46 1204 TLQNGWFEGFIISK 24,12 820,43 940,51 41 1205 TLQNGWFEGFIISK 24,11 820,43 1126,59 41 1206 TLQNGWFEGFIISK 24,11 820,43 1183,61 41 1207 TMQEYLNK 12,6 513,75 666,35 28 1208 TMQEYLNK 12,6 513,75 794,4 28 1209 TMQEYLNK 12,6 513,75 925,44 28 1210 TQTYQAYDAAR 11,2 644,3 666,32 33 1211 TQTYQAYDAAR 11,2 644,3 957,44 33 1212 TQTYQAYDAAR 11,2 644,3 1058,49 33 1213 TTDPTIWEK 14,39 545,77 676,37 29 1214 TTDPTIWEK 14,39 545,77 773,42 29 1215 TTDPTIWEK 14,39 545,77 888,45 29 1216 TTTTEVFK 12,06 463,75 522,29 25 1217 TTTTEVFK 12,06 463,75 623,34 25 1218 TTTTEVFK 12,06 463,75 724,39 25 1219 TWASNDFSR 13,73 542,25 638,29 29 1220 TWASNDFSR 13,73 542,25 725,32 29 1221 TWASNDFSR 13,73 542,25 796,36 29 1222 TWDMVQR 14,28 468,22 648,31 26 1223 TWDMVQR 14,28 468,22 761,33 26 1224 TWDMVQR 14,28 468,22 834,39 26 1225 TYVVDPAR 12,15 460,75 557,3 25 1226 TYVVDPAR 12,14 460,75 656,37 25 1227 TYVVDPAR 12,15 460,75 819,44 25 1228 VAFSLNIEMK 20,65 576,31 747,41 30 1229 VAFSLNIEMK 20,65 576,31 834,44 30 1230 VAFSLNIEMK 20,65 576,31 981,51 30 1231 VANSLIGLSTGAVR 17,97 679,39 760,43 35 1232 VANSLIGLSTGAVR 17,97 679,39 873,52 35 1233 VANSLIGLSTGAVR 17,97 679,39 986,6 35 1234 VELGK 7,74 273,17 342,2 17 1235 VELGK 7,75 273,17 399,22 17 1236 VELGK 7,74 273,17 446,26 17 1237 VFLDSWAK 18,2 483,26 606,29 26 1238 VFLDSWAK 18,2 483,26 719,37 26 1239 VFLDSWAK 18,2 483,26 866,44 26 1240 VFLESWAK 18,11 490,27 620,3 27 1241 VFLESWAK 18,11 490,27 733,39 27 1242 VFLESWAK 18,11 490,27 880,46 27 1243 VFLSSWAQDMNLSSAIK 23,66 948,98 978,49 47 1244 VFLSSWAQDMNLSSAIK 23,66 948,98 1106,55 47 1245 VFLSSWAQDMNLSSAIK 23,66 948,98 1177,59 47 1246 VGFER 10,32 304,16 433,21 18 1247 VGFER 10,32 304,16 451,23 18 1248 VGFER 10,32 304,16 508,25 18 1249 VILVFDQVR 19,69 544,83 664,34 29 1250 VILVFDQVR 19,69 544,83 763,41 29 1251 VILVFDQVR 19,69 544,83 876,49 29 1252 VMAAMVR 12,3 389,21 476,26 22 1253 VMAAMVR 12,3 389,21 547,3 22 1254 VMAAMVR 12,3 389,21 678,34 22 1255 VPLAVMGYDAGILVDAHNPR 21,61 703,37 709,34 39 1256 VPLAVMGYDAGILVDAHNPR 21,61 703,37 808,41 39 1257 VPLAVMGYDAGILVDAHNPR 21,61 703,37 921,49 39 1258 VQDEVQSMLFIEEK 20,48 847,92 996,51 42 1259 VQDEVQSMLFIEEK 20,48 847,92 1124,57 42 1260 VQDEVQSMLFIEEK 20,47 847,92 1223,63 42 1261 VQDGVQSMLFIEEK 20,26 811,91 996,51 41 1262 VQDGVQSMLFIEEK 20,27 811,91 1124,57 41 1263 VQDGVQSMLFIEEK 20,25 811,91 1223,63 41 1264 VSC[CAM]LPC[CAM]YQVVSHK 14,32 526,26 569,34 30 1265 VSC[CAM]LPC[CAM]YQVVSHK 14,32 526,26 860,46 30 1266 VSC[CAM]LPC[CAM]YQVVSHK 14,31 526,26 1020,49 30 1267 VSC[CAM]VWC[CAM]YQALAR 18,41 756,86 881,43 38 1268 VSC[CAM]VWC[CAM]YQALAR 18,41 756,86 1067,51 38 1269 VSC[CAM]VWC[CAM]YQALAR 18,41 756,86 1166,58 38 1270 VSDVC[CAM]SEVTAEGWQEVR 17,33 650,97 774,39 37 1271 VSDVC[CAM]SEVTAEGWQEVR 17,34 975,95 1075,52 48 1272 VSDVC[CAM]SEVTAEGWQEVR 17,34 975,95 1174,59 48 1273 VSEVEGWQIHGK 13,92 456,9 582,34 27 1274 VSEVEGWQIHGK 13,92 456,9 768,42 27 1275 VSEVEGWQIHGK 13,92 456,9 825,44 27 1276 VSFSLNIEMK 20,65 584,31 834,44 31 1277 VSFSLNIEMK 20,64 584,31 981,51 31 1278 VSFSLNIEMK 20,65 584,31 1068,54 31 1279 VSPC[CAM]SSFK 11,04 456,22 468,25 25 1280 VSPC[CAM]SSFK 11,04 456,22 628,28 25 1281 VSPC[CAM]SSFK 11,04 456,22 725,33 25 1282 VSQVPAYK 10,68 446,25 478,27 25 1283 VSQVPAYK 10,68 446,25 577,33 25 1284 VSQVPAYK 10,68 446,25 705,39 25 1285 VVFAR 11,17 296,18 393,22 18 1286 VVFAR 11,17 296,18 417,25 18 1287 VVFAR 11,17 296,18 492,29 18 1288 WDGAK 4,9 288,64 302,11 18 1289 WDGAK 4,9 288,64 390,2 18 1290 WDGAK 4,9 288,64 430,17 18 1291 WDGHIYDFPDWNR 20,52 574,25 590,27 33 1292 WDGHIYDFPDWNR 20,52 574,25 687,32 33 1293 WDGHIYDFPDWNR 20,52 574,25 887,37 33 1294 WDGIK 12,03 309,67 359,13 19 1295 WDGIK 12,03 309,67 432,25 19 1296 WDGIK 12,03 309,67 472,22 19 1297 WDGKPR 6,36 379,7 457,29 22 1298 WDGKPR 6,35 379,7 572,32 22 1299 WDGKPR 6,36 379,7 584,28 22 1300 WDGQTR 7,41 381,68 461,25 22 1301 WDGQTR 7,41 381,68 576,27 22 1302 WDGQTR 7,41 381,68 588,24 22 1303 WDGVK 10,1 302,66 359,13 18 1304 WDGVK 10,1 302,66 418,23 18 1305 WDGVK 10,1 302,66 458,2 18 1306 WDGVNR 10,39 373,68 445,25 21 1307 WDGVNR 10,39 373,68 560,28 21 1308 WDGVNR 10,42 373,68 572,25 21 1309 YAQAK 12,58 290,66 363,17 18 1310 YAQAK 12,58 290,66 417,25 18 1311 YAQAK 12,58 290,66 434,2 18 1312 YFSDFNAK 14,21 496,23 681,32 27 1313 YFSDFNAK 14,21 496,23 828,39 27 1314 YFSDFNAK 14,21 496,23 828,39 27 1315 YGTHLDR 8,51 431,21 641,34 24 1316 YGTHLDR 8,52 431,21 687,31 24 1317 YGTHLDR 8,51 431,21 698,36 24 1318 YLDELVK 15,52 440,24 488,31 24 1319 YLDELVK 15,53 440,24 603,33 24 1320 YLDELVK 15,52 440,24 716,42 24 1321 YLMITEAGR 15,86 527,27 533,27 28 1322 YLMITEAGR 15,86 527,27 646,35 28 1323 YLMITEAGR 15,86 527,27 777,39 28 1324 YLNLFSYGNANIGGGIDK 22,16 639,32 773,42 36 1325 YLNLFSYGNANIGGGIDK 22,16 958,48 1015,52 47 1326 YLNLFSYGNANIGGGIDK 22,16 958,48 1178,58 47 1327 YPVVWYSQQVAHHLGAQR 18,11 535,53 544,32 30 1328 YPVVWYSQQVAHHLGAQR 18,11 535,53 681,38 30 1329 YPVVWYSQQVAHHLGAQR 18,11 535,53 889,48 30 1330 YSNVLAFK 16,44 471,26 478,3 26 1331 YSNVLAFK 16,44 471,26 691,41 26 1332 YSNVLAFK 16,44 471,26 778,45 26 1333 YSPASTFK 12,22 450,73 553,3 25 1334 YSPASTFK 12,22 450,73 650,35 25 1335 YSPASTFK 12,22 450,73 737,38 25 1336 YSVVPVYQQLAR 18,42 711,89 778,42 36 1337 YSVVPVYQQLAR 18,42 711,89 974,54 36 1338 YSVVPVYQQLAR 18,43 711,89 1073,61 36 1339 YSVVWYSQLTAK 19,75 722,88 810,44 37 1340 YSVVWYSQLTAK 19,76 722,88 996,51 37 1341 YSVVWYSQLTAK 19,76 722,88 1095,58 37 1342 YSVVWYSQQVAHHLGAQR 18,61 533,02 544,32 30 1343 YSVVWYSQQVAHHLGAQR 18,61 533,02 681,38 30 1344 YSVVWYSQQVAHHLGAQR 18,61 533,02 889,48 30 1345 YTPASTFK 11,95 305,49 553,3 19 1346 YTPASTFK 11,98 457,73 553,3 25 1347 YTPASTFK 11,98 457,73 650,35 25 1348 YTSAFGYGNADVSGEPGK 15,03 607,28 673,35 34 1349 YTSAFGYGNADVSGEPGK 15,02 607,28 788,38 34 1350 YTSAFGYGNADVSGEPGK 15,02 910,41 1030,48 45 1351 YVFVSALTGNLGSNLTSSIK 23,66 691,04 906,49 39 1352 YVFVSALTGNLGSNLTSSIK 23,66 1036,06 1165,63 51 1353 YVFVSALTGNLGSNLTSSIK 23,67 1036,06 1190,64 51 1354 YVFVSALTGSLGSNLTSSIK 24,04 682,04 906,49 38 1355 YVFVSALTGSLGSNLTSSIK 24,04 1022,55 1106,61 50 1356 YVFVSALTGSLGSNLTSSIK 24,04 1022,55 1163,63 50
    [0157] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des trois transitions d'un même peptide sont supérieures ou égales à 2500 la détection du peptide est considérée comme positive et est noté « 1 ». Lorsque au moins une transition comporte une aire inférieure à 2500, le peptide correspondant est considéré comme non détecté et est noté « 0 ».Exemple 25 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type ACC:
    [0158] Les échantillons Ech96 à Ech101 sont identifiés selon l'une des méthodes décrites dans les exemples 1, 3 ou 4. L'identification des espèces est reportée dans le TABLEAU 31. TABLEAU 31 :Noms Espèces Ech96 K. oxytocaEch97 S. livingstoneEch98 Salmonella sppEch99 S. enterica ssp entericaEch100 K. pneumoniaeEch101 H. alvei
    [0159] Les échantillons Ech96 à Ech101 correspondent à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type ACC. Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 32 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 32 :Transition numéro Peptide Etat de charge du précurseur Ion fragment Temps de rétention (minutes) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision (eV) Seuil de positivité 1 ANIDESK 2 y4 monochargé 2,45 388,69 478,21 17,9 2500 2 ANIDESK 2 y5 monochargé 2,37 388,69 591,3 17,9 2500 3 ANIDESK 2 y6 monochargé 2,41 388,69 705,34 17,9 2500 4 AWKPADAAGTHR 3 y9 dichargé 10,61 427,56 448,22 20,3 2500 5 AWKPADAAGTHR 3 y4 monochargé 10,61 427,56 470,25 20,3 2500 6 AWKPADAAGTHR 3 y10 dichargé 10,61 427,56 512,27 20,3 2500 7 DEPVHVNMEILGNEAYGIK 3 y9 dichargé 20,81 710,02 482,76 29,1 2500 8 DEPVHVNMEILGNEAYGIK 3 y8 monochargé 20,81 710,02 851,43 29,1 2500 9 DEPVHVNMEILGNEAYGIK 3 y9 monochargé 20,81 710,02 964,51 29,1 2500 10 DTVDDLIQPLMQK 3 y5 monochargé 22,36 505,93 616,35 22,8 2500 11 DTVDDLIQPLMQK 2 y5 monochargé 22,36 758,39 616,35 39 2500 12 DTVDDLIQPLMQK 2 y10 monochargé 22,36 758,39 1200,63 39 2500 13 ILSSLEGNK 2 y6 monochargé 13,47 480,77 647,34 23,1 2500 14 ILSSLEGNK 2 y7 monochargé 13,47 480,77 734,37 23,1 2500 15 ILSSLEGNK 2 y8 monochargé 13,47 480,77 847,45 23,1 2500 16 LSLDQSVSHYVPELR 3 y12 dichargé 20,27 581,64 715,36 25,1 2500 17 LSLDQSVSHYVPELR 3 y13 dichargé 20,27 581,64 771,9 25,1 2500 18 LSLDQSVSHYVPELR 3 y14 dichargé 20,27 581,64 815,42 25,1 2500 19 MGIVMLANK 2 y5 monochargé 18,15 488,77 576,32 23,6 2500 20 MGIVMLANK 2 y6 monochargé 18,15 488,77 675,39 23,6 2500 21 MGIVMLANK 2 y8 monochargé 18,13 488,77 845,49 23,6 2500 22 MQQALTATHTGYFK 3 y9 dichargé 15,01 532,93 513,26 23,6 2500 23 MQQALTATHTGYFK 3 y11 dichargé 15,01 532,93 605,32 23,6 2500 24 MQQALTATHTGYFK 3 y12 dichargé 15,01 532,93 669,35 23,6 2500 25 NNIPGMSVAVTVNGK 2 y5 monochargé 17,45 750,9 518,29 38,5 2500 26 NNIPGMSVAVTVNGK 2 y12 dichargé 17,43 750,9 580,31 38,5 2500 27 NNIPGMSVAVTVNGK 2 y12 monochargé 17,43 750,9 1159,61 38,5 2500 28 NTTQLMAYLK 2 y5 monochargé 19,34 591,81 625,34 29,5 2500 29 NTTQLMAYLK 2 y6 monochargé 19,34 591,81 738,42 29,5 2500 30 NTTQLMAYLK 2 y8 monochargé 19,36 591,81 967,53 29,5 2500 31 NYIYNYGLAAK 2 y7 monochargé 16,98 645,33 736,4 32,5 2500 32 NYIYNYGLAAK 2 y8 monochargé 16,98 645,33 899,46 32,5 2500 33 NYIYNYGLAAK 2 y9 monochargé 16,98 645,33 1012,55 32,5 2500 34 NYSIDQR 2 y3 monochargé 10,93 448,22 418,2 21,3 2500 35 NYSIDQR 2 y4 monochargé 10,91 448,22 531,29 21,3 2500 36 NYSIDQR 2 y5 monochargé 10,91 448,22 618,32 21,3 2500 37 QPQQPVTENTLFEVGSLSK 3 y5 monochargé 20,77 701,36 491,28 28,8 2500 38 QPQQPVTENTLFEVGSLSK 3 y7 monochargé 20,77 701,36 719,39 28,8 2500 39 QPQQPVTENTLFEVGSLSK 3 y8 monochargé 20,79 701,36 866,46 28,8 2500 40 SLGVSYEDAIEK 2 y6 monochargé 16,42 655,83 704,35 33,1 2500 41 SLGVSYEDAIEK 2 y8 monochargé 16,42 655,83 954,44 33,1 2500 42 SLGVSYEDAIEK 2 y10 monochargé 16,42 655,83 1110,53 33,1 2500 43 SVATPIVPPLPPQENVWINK 3 y10 dichargé 22,31 733,74 612,82 29,8 2500 44 SVATPIVPPLPPQENVWINK 3 y13 dichargé 22,29 733,74 766,42 29,8 2500 45 SVATPIVPPLPPQENVWINK 3 y10 monochargé 22,35 733,74 1224,64 29,8 2500 46 TFAATLASYAQVSGK 3 y6 monochargé 19,93 505,6 589,33 22,8 2500 47 TFAATLASYAQVSGK 2 y8 monochargé 19,93 757,9 839,43 38,9 2500 48 TFAATLASYAQVSGK 2 y9 monochargé 19,93 757,9 910,46 38,9 2500 49 TGSTNGFGAYIAFVPAK 3 y3 monochargé 21,68 567,63 315,2 24,7 2500 50 TGSTNGFGAYIAFVPAK 3 y6 monochargé 21,68 567,63 632,38 24,7 2500 51 TGSTNGFGAYIAFVPAK 2 y3 monochargé 21,68 850,94 315,2 44,2 2500 52 TLLPQLGMHHSYLK 3 y11 dichargé 17,99 546,63 655,84 24 2500 53 TLLPQLGMHHSYLK 3 y12 dichargé 17,95 546,63 712,38 24 2500 54 TLLPQLGMHHSYLK 2 y11 dichargé 17,97 819,45 655,84 42,4 2500 55 TTSSDLLR 2 y4 monochargé 13 446,74 516,31 21,2 2500 56 TTSSDLLR 2 y5 monochargé 13 446,74 603,35 21,2 2500 57 TTSSDLLR 2 y6 monochargé 13 446,74 690,38 21,2 2500 58 VPADQMENYAWGYNK 3 y4 monochargé 17,53 595,94 481,24 25,6 2500 59 VPADQMENYAWGYNK 3 y5 monochargé 17,53 595,94 667,32 25,6 2500 60 VPADQMENYAWGYNK 3 y6 monochargé 17,53 595,94 738,36 25,6 2500 61 VYSNIGTGLLGMIAAK 3 y6 monochargé 24,59 536,63 590,33 23,7 2500 62 VYSNIGTGLLGMIAAK 3 y7 monochargé 24,59 536,63 703,42 23,7 2500 63 VYSNIGTGLLGMIAAK 2 y11 monochargé 24,59 804,45 1031,59 41,6 2500 64 YVQANMGQLK 2 y4 monochargé 13,88 576,3 445,28 28,6 2500 65 YVQANMGQLK 2 y7 monochargé 13,88 576,3 761,4 28,6 2500 66 YVQANMGQLK 2 y8 monochargé 13,88 576,3 889,46 28,6 2500
    [0160] Les autres paramètres machine utilisés sont les suivants : Type de balayage: MRM MRM planifié: non Polarité: Positive Source d'ionisation:Turbo V™ (Applied BioSystems) Réglage Q1: Filtrage avec résolution unitaire Réglage Q3: Filtrage avec résolution unitaire Pause inter-scan: 5.00 msec Vitesse de balayage: 10 Da/s Gaz rideau: 50,00 psi Tension de cône: 5500,00 V Température de source: 500,00 °C Gaz de nébulisation: 50,00 psi Gaz chauffant: 50,00 psi Gaz de collision induisant dissociation : 9,00 psi Remplissage dynamique: activé Potentiel d'orifice : 100, 00 V (en anglais declustering potential (DP)) Potentiel d'entrée avant Q0 (EP): 6,00 V Potentiel en sortie de cellule de collision : 15 V (en anglais cell exit potential (CXP)) Temps de cycle total: 1,32 sec
    [0161] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des transitions sont supérieures ou égales au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 32, la détection de la transition est considérée comme positive et est notée « 1 » dans le TABLEAU 33. Lorsqu'une transition a une aire inférieure au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 32, la transition est considérée comme non détectée et est notée « 0 » dans le TABLEAU 33.
    [0162] Pour un peptide donné, lorsque au moins 3 transitions sont notées « 1 », le peptide est considéré comme détecté. TABLEAU 33 :Transition numéro Ech96 Ech97 Ech98 Ech99 Ech100 Ech101 1 0 1 1 1 1 0 2 0 1 1 1 1 0 3 0 1 1 1 1 0 4 1 1 1 1 1 1 5 1 1 1 1 1 1 6 1 1 1 1 1 1 7 1 1 1 1 1 0 8 1 1 1 1 1 0 9 1 1 1 1 1 0 10 1 1 1 1 1 0 11 1 1 1 1 1 0 12 1 1 1 1 1 0 13 1 1 1 1 1 0 14 1 1 1 1 1 0 15 1 1 1 1 1 0 16 1 1 1 1 1 1 17 1 1 1 1 1 1 18 1 1 1 1 1 1 19 1 1 1 1 1 0 20 1 1 1 1 1 0 21 1 1 1 1 1 0 22 1 1 1 1 1 1 23 1 1 1 1 1 1 24 1 1 1 1 1 1 25 1 1 1 1 1 1 26 1 1 1 1 1 1 27 1 1 1 1 1 1 28 1 1 1 1 1 0 29 1 1 1 1 1 0 30 1 1 1 1 1 0 31 1 1 1 1 1 0 32 1 1 1 1 1 0 33 1 1 1 1 1 0 34 1 1 1 1 1 0 35 1 1 1 1 1 0 36 1 1 1 1 1 0 37 1 1 1 1 1 0 38 1 1 1 1 1 0 39 1 1 1 1 1 0 40 1 1 1 1 1 1 41 1 1 1 1 1 1 42 1 1 1 1 1 1 43 1 1 1 1 1 1 44 1 1 1 1 1 1 45 1 1 1 1 1 1 46 1 1 1 1 1 0 47 1 1 1 1 1 0 48 1 1 1 1 1 0 49 1 1 1 1 1 1 50 1 1 1 1 1 1 51 1 1 1 1 1 1 52 1 1 1 1 1 0 53 1 1 1 1 1 0 54 1 1 1 1 1 0 55 1 1 1 1 1 1 56 1 1 1 1 1 1 57 1 1 1 1 1 1 58 1 0 0 0 1 0 59 1 0 0 0 1 0 60 1 0 0 0 1 0 61 1 1 1 1 1 1 62 1 1 1 1 1 1 63 1 1 1 1 1 1 64 1 1 1 1 1 1 65 1 1 1 1 1 1 66 1 1 1 1 1 1
    [0163] Les échantillons Ech96 à Ech101 comportent au moins un peptide caractéristique des protéines ACC. Les bactéries présentes dans les échantillons Ech96 à Ech101 expriment donc une béta-lactamase qui leur confère une résistance aux pénicillines et aux céphalosporines excepté les céphalosporines de quatrième génération. Exemple 26 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type CMY:
    [0164] Les échantillons Ech102 à Ech108 sont identifiés selon l'une des méthodes décrites dans les exemples 1, 3 ou 4. L'identification des espèces est reportée dans le TABLEAU 34. TABLEAU 34 :Noms Espèces Ech102 P. mirabilisEch103 S. senftenbergEch104 P. mirabilisEch105 K. oxytocaEch106 E. coliEch107 S. enterica ssp entericaEch108 P. mirabilis
    [0165] Les échantillons Ech102 à Ech108 correspondent à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type CMY. Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 35 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 35 :Transition numéro Peptide Temps de rétention (minutes) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision (eV) Seuil de positivité 1 AALLHFYQNWQPQWTPGAK 22,2 752,72 372,22 30,4 2500 2 AALLHFYQNWQPQWTPGAK 22,1 752,72 442,74 30,4 2500 3 AALLHFYQNWQPQWTPGAK 22,2 752,72 884,46 30,4 2500 4 ADIANNHPVTQQTLFELGSVSK 19,9 790,41 427,27 31,6 2500 5 ADIANNHPVTQQTLFELGSVSK 19,9 790,41 719,39 31,6 2500 6 ADIANNHPVTQQTLFELGSVSK 19,9 790,41 866,46 31,6 2500 7 ADSIINGSDSK 11,3 553,77 493,23 27,3 2500 8 ADSIINGSDSK 11,3 553,77 607,27 27,3 2500 9 ADSIINGSDSK 11,3 553,77 720,35 27,3 2500 10 ANIGGVDDK 10 444,73 533,26 21,1 2500 11 ANIGGVDDK 10 444,73 590,28 21,1 2500 12 ANIGGVDDK 10,1 444,73 703,36 21,1 2500 13 ASWVHK 9,3 364,2 383,24 16,5 2500 14 ASWVHK 9,3 364,2 569,32 16,5 2500 15 ASWVHK 9,3 364,2 656,35 16,5 2500 16 DYAWGYR 15,6 465,71 395,2 22,3 2500 17 DYAWGYR 15,6 465,71 581,28 22,3 2500 18 DYAWGYR 15,6 465,71 652,32 22,3 2500 19 ESGSQVLFNK 14,5 554,79 408,22 27,4 2500 20 ESGSQVLFNK 14,5 554,79 521,31 27,4 2500 21 ESGSQVLFNK 14,5 554,79 620,38 27,4 2500 22 GAMQLDDK 11,4 439,21 490,25 20,8 2500 23 GAMQLDDK 11,4 439,21 618,31 20,8 2500 24 GAMQLDDK 11,4 439,21 749,35 20,8 2500 25 GIGIVMLANR 19,9 522,31 604,32 25,5 2500 26 GIGIVMLANR 19,9 522,31 703,39 25,5 2500 27 GIGIVMLANR 19,9 522,31 873,5 25,5 2500 28 IGDMYQGLGWEMLNWPLK 27,9 717,69 357,25 29,3 2500 29 IGDMYQGLGWEMLNWPLK 27,9 717,69 657,37 29,3 2500 30 IGDMYQGLGWEMLNWPLK 27,9 717,69 901,5 29,3 2500 31 IPGMAVAVLK 19,3 499,81 600,41 24,2 2500 32 IPGMAVAVLK 19,3 499,81 788,47 24,2 2500 33 IPGMAVAVLK 19,3 499,81 885,52 24,2 2500 34 LAHTWITVPQNEQK 16,5 832,94 743,37 43,2 2500 35 LAHTWITVPQNEQK 16,5 832,94 943,48 43,2 2500 36 LAHTWITVPQNEQK 16,5 832,94 1242,65 43,2 2500 37 LLHLATYTAGGLPLQIPDDVR 22,8 755,09 526,79 30,5 2500 38 LLHLATYTAGGLPLQIPDDVR 23 755,09 601,29 30,5 2500 39 LLHLATYTAGGLPLQIPDDVR 23 755,09 1052,57 30,5 2500 40 LSDPVTK 11,1 380,22 444,28 17,4 2500 41 LSDPVTK 11,1 380,22 559,31 17,4 2500 42 LSDPVTK 11,1 380,22 646,34 17,4 2500 43 NLGIVMLANK 19,6 536,81 576,32 26,3 2500 44 NLGIVMLANK 19,6 536,81 675,39 26,3 2500 45 NLGIVMLANK 19,6 536,81 845,49 26,3 2500 46 QAMASYAYGYSK 14,1 670,3 454,23 33,9 2500 47 QAMASYAYGYSK 14,2 670,3 617,29 33,9 2500 48 QAMASYAYGYSK 14,1 670,3 688,33 33,9 2500 49 QWAPVYSPGSHR 14,7 692,84 553,28 35,2 2500 50 QWAPVYSPGSHR 14,8 692,84 640,32 35,2 2500 51 QWAPVYSPGSHR 14,8 692,84 999,5 35,2 2500 52 QWQGIR 13,1 394,21 345,22 18,2 2500 53 QWQGIR 13,1 394,21 473,28 18,2 2500 54 QWQGIR 13,1 394,21 659,36 18,2 2500 55 SSVIDMAR 14,3 439,72 492,22 20,8 2500 56 SSVIDMAR 14,3 439,72 605,31 20,8 2500 57 SSVIDMAR 14,3 439,72 704,38 20,8 2500 58 SYPNPVR 11,6 416,72 371,24 19,5 2500 59 SYPNPVR 11,6 416,72 485,28 19,5 2500 60 SYPNPVR 11,6 416,72 582,34 19,5 2500 61 TEQQIADIVNR 15,8 643,84 616,34 32,4 2500 62 TEQQIADIVNR 15,8 643,84 687,38 32,4 2500 63 TEQQIADIVNR 15,8 643,84 800,46 32,4 2500 64 TFNGVLGGDAIAR 17,9 645,84 602,33 32,5 2500 65 TFNGVLGGDAIAR 17,9 645,84 659,35 32,5 2500 66 TFNGVLGGDAIAR 17,9 645,84 772,43 32,5 2500 67 TITPLMQEQAIPGMAVAVIYQGK 24,9 820,44 617,34 32,5 2500 68 TITPLMQEQAIPGMAVAVIYQGK 25 820,44 778,45 32,5 2500 69 TITPLMQEQAIPGMAVAVIYQGK 24,9 820,44 1233,67 32,5 2500 70 TLQQGIALAQSR 15,5 643,37 574,33 32,4 2500 71 TLQQGIALAQSR 15,5 643,37 645,37 32,4 2500 72 TLQQGIALAQSR 15,5 643,37 815,47 32,4 2500 73 TLTATLGAYAVVK 19,7 654,38 707,41 33 2500 74 TLTATLGAYAVVK 19,7 654,38 820,49 33 2500 75 TLTATLGAYAVVK 19,7 654,38 921,54 33 2500 76 VALAALPAVEVNPPAPAVK 21,1 609,7 644,87 26 2500 77 VALAALPAVEVNPPAPAVK 21 609,7 679,41 26 2500 78 VALAALPAVEVNPPAPAVK 21 609,7 793,46 26 2500 79 VEAAWR 12 366,2 432,24 16,6 2500 80 VEAAWR 12 366,2 503,27 16,6 2500 81 VEAAWR 12 366,2 632,32 16,6 2500 82 VLQPLK 13,1 349,23 357,25 15,6 2500 83 VLQPLK 13,1 349,23 485,31 15,6 2500 84 VLQPLK 13 349,23 598,39 15,6 2500 85 VNPGMLADEAYGIK 18,8 739,37 632,82 37,9 2500 86 VNPGMLADEAYGIK 18,9 739,37 795,39 37,9 2500 87 VNPGMLADEAYGIK 18,9 739,37 866,43 37,9 2500 88 WVQANMDASHVQEK 13,4 548,26 615,28 24,1 2500 89 WVQANMDASHVQEK 13,4 548,26 679,31 24,1 2500 90 WVQANMDASHVQEK 13,4 548,26 728,85 24,1 2500 91 YWPELTGK 17,8 497,26 305,18 24,1 2500 92 YWPELTGK 17,8 497,26 418,27 24,1 2500 93 YWPELTGK 17,8 497,26 644,36 24,1 2500
    [0166] Les autres paramètres machine utilisés sont les suivants : Type de balayage: MRM MRM planifié : oui Polarité: Positive Source d'ionisation:Turbo V™ (Applied BioSystems) Réglage Q1: Filtrage avec résolution unitaire Réglage Q3: Filtrage avec résolution unitaire Pause inter-scan: 5.00 msec Vitesse de balayage: 10 Da/s Gaz rideau: 50,00 psi Tension de cône: 5500,00 V Température de source: 500,00 °C Gaz de nébulisation: 50,00 psi Gaz chauffant: 50,00 psi Gaz de collision induisant dissociation : 9,00 psi Remplissage dynamique: activé Potentiel d'orifice : 100, 00 V (en anglais declustering potential (DP)) Potentiel d'entrée avant Q0 (EP): 6,00 V Potentiel en sortie de cellule de collision : 15 V (en anglais cell exit potential (CXP)) Temps de cycle total: 0,04 sec Fenêtre de détection : 120 sec
    [0167] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des transitions sont supérieures ou égales au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 35, la détection de la transition est considérée comme positive et est notée « 1 » dans le TABLEAU 36. Lorsqu'une transition a une aire inférieure au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 35, la transition est considérée comme non détectée et est notée « 0 » dans le TABLEAU 36.
    [0168] Pour un peptide donné, lorsque au moins 3 transitions sont notées « 1 », le peptide est considéré comme détecté. TABLEAU 36 :Transition numéro Ech102 Ech103 Ech104 Ech105 Ech106 Ech107 Ech108 1 0 0 0 1 0 0 1 2 0 0 0 1 0 0 1 3 0 0 0 1 0 0 1 4 0 0 0 0 1 0 0 5 0 0 0 0 1 0 0 6 0 0 0 0 1 0 0 7 1 1 1 1 1 1 1 8 1 1 1 1 1 1 1 9 1 1 1 1 1 1 1 10 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 13 1 1 1 1 1 1 1 14 1 1 1 1 1 1 1 15 1 1 1 1 1 1 1 16 0 1 0 1 1 1 0 17 0 1 0 1 1 1 0 18 0 1 0 1 1 1 0 19 0 0 0 1 0 0 0 20 0 0 0 1 0 0 0 21 0 0 0 1 0 0 0 22 0 0 0 0 0 0 1 23 0 0 0 0 0 0 1 24 0 0 0 0 0 0 1 25 0 0 0 0 0 0 0 26 0 0 0 0 0 0 0 27 0 0 0 0 0 0 0 28 0 0 0 1 0 0 0 29 0 0 0 1 0 0 0 30 0 0 0 1 0 0 0 31 0 0 0 0 0 0 0 32 0 0 0 0 0 0 0 33 0 0 0 0 0 0 0 34 1 1 1 1 1 1 1 35 1 1 1 1 1 1 1 36 1 1 1 1 1 1 1 37 0 0 0 0 0 0 0 38 0 0 0 0 0 0 0 39 0 0 0 0 0 0 0 40 1 1 1 1 0 1 1 41 1 1 1 1 0 1 1 42 1 1 1 1 0 1 1 43 1 1 1 1 1 1 1 44 1 1 1 1 1 1 1 45 1 1 1 1 1 1 1 46 0 0 0 0 0 0 0 47 0 0 0 0 0 0 0 48 0 0 0 0 0 0 0 49 0 0 0 0 0 0 0 50 0 0 0 0 0 0 0 51 0 0 0 0 0 0 0 52 1 1 1 1 1 1 1 53 1 1 1 1 1 1 1 54 1 1 1 1 1 1 1 55 1 1 1 1 1 1 1 56 1 1 1 1 1 1 1 57 1 1 1 1 1 1 1 58 0 1 1 1 1 0 1 59 0 1 1 1 1 0 1 60 0 1 1 1 1 0 1 61 1 1 1 1 1 1 1 62 1 1 1 1 1 1 1 63 1 1 1 1 1 1 1 64 1 1 1 1 1 1 1 65 1 1 1 1 1 1 1 66 1 1 1 1 1 1 1 67 1 0 0 0 0 1 0 68 1 0 0 0 0 1 0 69 1 0 0 0 0 1 0 70 1 1 1 1 1 1 1 71 1 1 1 1 1 1 1 72 1 1 1 1 1 1 1 73 0 0 0 0 0 0 0 74 0 0 0 0 0 0 0 75 0 0 0 0 0 0 0 76 1 1 1 1 1 1 1 77 1 1 1 1 1 1 1 78 1 1 1 1 1 1 1 79 1 1 1 1 1 1 1 80 1 1 1 1 1 1 1 81 1 1 1 1 1 1 1 82 1 1 1 1 1 1 1 83 1 1 1 1 1 1 1 84 1 1 1 1 1 1 1 85 0 0 1 0 1 1 1 86 0 0 1 0 1 1 1 87 0 0 1 0 1 1 1 88 1 1 1 1 1 1 1 89 1 1 1 1 1 1 1 90 1 1 1 1 1 1 1 91 1 1 1 1 0 1 1 92 1 1 1 1 0 1 1 93 1 1 1 1 0 1 1
    [0169] Les échantillons Ech102 à Ech108 comportent au moins un peptide caractéristique des protéines CMY. Les bactéries présentes dans les échantillons Ech102 à Ech108 expriment donc une béta-lactamase qui leur confère une résistance aux pénicillines et aux céphalosporines excepté les céphalosporines de quatrième génération. Exemple 27 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type CTX-M:
    [0170] Les échantillons Ech109 à Ech118 sont identifiés selon l'une des méthodes décrites dans les exemples 1, 3 ou 4. L'identification des espèces est reportée dans le TABLEAU 37. TABLEAU 37 :Noms Espèces Ech109 E. aerogenesEch110 E. coliEch111 E. coliEch112 E. coliEch113 E. coliEch114 K. pneumoniaeEch115 K. pneumoniaeEch116 P. mirabilisEch117 Salmonella sppEch118 Salmonella spp
    [0171] Les échantillons Ech109 à Ech118 correspondent à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type CTX-M. Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 38 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 38 :Transition numéro Peptide Etat de charge du précurseur Etat de charge du fragment Ion fragment Temps de rétention (minutes) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision (eV) Seuil de positivité 1 AGLPK 2 1 y4 8,4 243,16 414,27 9,6 3000 2 AGLPK 2 1 y3 8,4 243,16 357,25 9,6 3000 3 AGLPK 2 2 y3 8,4 243,16 179,13 9,6 3000 4 AGLPTSWTVGDK 2 1 y9 18 616,32 990,49 30,9 2000 5 AGLPTSWTVGDK 2 1 y7 18 616,32 792,39 30,9 2000 6 AGLPTSWTVGDK 2 2 y9 17,9 616,32 495,75 30,9 2000 7 AIGDETFR 2 1 y6 13,5 454,73 724,33 21,7 2000 8 AIGDETFR 2 1 y5 13,5 454,73 667,31 21,7 2000 9 AIGDETFR 2 1 y4 13,5 454,73 552,28 21,7 2000 10 ALAETQR 2 1 y5 7,5 394,72 604,31 18,2 2000 11 ALAETQR 2 1 y4 7,5 394,72 533,27 18,2 2000 12 ALAETQR 2 2 y6 7,5 394,72 359,2 18,2 2000 13 ALGDSQR 2 1 y5 3,5 373,69 562,26 17 2000 14 ALGDSQR 2 1 y3 3,6 373,69 390,21 17 2000 15 ALGDSQR 2 2 y6 3,5 373,69 338,18 17 2000 16 AMAQTLR 2 1 y5 10,7 395,72 588,35 18,3 2000 17 AMAQTLR 2 1 y4 10,7 395,72 517,31 18,3 2000 18 AMAQTLR 2 1 y3 10,7 395,72 389,25 18,3 2000 19 APLILVTYFTQPQPK 2 1 y10 24,6 858,49 1208,63 44,7 2000 20 APLILVTYFTQPQPK 3 1 y6 24,6 572,66 698,38 24,8 2000 21 APLILVTYFTQPQPK 3 1 y4 24,6 572,66 469,28 24,8 2000 22 APLVLVTYFTQPQQNAESR 3 1 y8 23,6 721,38 929,44 29,4 2000 23 APLVLVTYFTQPQQNAESR 3 1 y6 23,6 721,38 704,33 29,4 2000 24 APLVLVTYFTQPQQNAESR 3 2 y8 23,6 721,38 465,23 29,4 2000 25 AQLVTWLK 2 1 y6 20 479,79 759,48 23,1 2000 26 AQLVTWLK 2 1 y5 20 479,79 646,39 23,1 2000 27 AQLVTWLK 2 1 y4 20 479,79 547,32 23,1 2000 28 AQLVTWMK 2 1 y6 18,5 488,77 777,43 23,6 2000 29 AQLVTWMK 2 1 y5 18,6 488,77 664,35 23,6 2000 30 AQLVTWMK 2 1 y4 18,5 488,77 565,28 23,6 2000 31 DILAAAAK 2 1 y6 14,1 386,73 544,35 17,8 2000 32 DILAAAAK 2 1 y5 14,1 386,73 431,26 17,8 2000 33 DILAAAAK 2 1 y4 14,1 386,73 360,22 17,8 2000 34 DTTSPR 2 1 y5 1 338,67 561,3 15 2000 35 DTTSPR 2 1 y4 1 338,67 460,25 15 2000 36 DTTSPR 2 1 y3 1 338,67 359,2 15 2000 37 DTTTPLAMAQTLK 2 1 y9 19,4 695,87 972,56 35,4 2000 38 DTTTPLAMAQTLK 2 1 y7 19,4 695,87 762,42 35,4 2000 39 DTTTPLAMAQTLK 2 2 y9 19,4 695,87 486,78 35,4 2000 40 DTTTPR 2 1 y5 1 345,67 575,32 15,4 2000 41 DTTTPR 2 1 y4 1 345,67 474,27 15,4 2000 42 DTTTPR 2 1 y3 1 345,67 373,22 15,4 2000 43 DVLAAAAK 2 1 y6 12,2 379,72 544,35 17,4 2000 44 DVLAAAAK 2 1 y5 12,2 379,72 431,26 17,4 2000 45 DVLAAAAK 2 1 y4 12,2 379,72 360,22 17,4 2000 46 DVLASAAK 2 1 y6 11,4 387,72 560,34 17,8 2000 47 DVLASAAK 2 1 y5 11,4 387,72 447,26 17,8 2000 48 DVLASAAK 2 1 y4 11,4 387,72 376,22 17,8 2000 49 DVLASAAR 2 1 y6 11,9 401,73 588,35 18,6 2000 50 DVLASAAR 2 1 y5 11,9 401,73 475,26 18,6 2000 51 DVLASAAR 2 1 y4 11,9 401,73 404,23 18,6 2000 52 FAMCSTSK 2 1 y7 11,6 466,2 784,33 22,3 2000 53 FAMCSTSK 2 1 y6 11,6 466,2 713,3 22,3 2000 54 FAMCSTSK 2 1 y5 11,6 466,2 582,26 22,3 2000 55 FPMCSTSK 2 1 y7 12,3 479,21 810,35 23,1 2000 56 FPMCSTSK 2 1 y6 12,3 479,21 713,3 23,1 2000 57 FPMCSTSK 2 2 y7 12,3 479,21 405,68 23,1 2000 58 GNTTGAASIQAGLPASWVVGDK 3 1 y9 21,1 700,7 958,5 29,1 2000 59 GNTTGAASIQAGLPASWVVGDK 3 1 y7 21,1 700,7 790,41 29,1 2000 60 GNTTGAASIQAGLPASWVVGDK 3 2 y9 21,2 700,7 479,75 29,1 2000 61 GNTTGAASIQAGLPTSWVVGDK 3 1 y9 21,3 710,7 988,51 29,1 8500 62 GNTTGAASIQAGLPTSWVVGDK 3 2 y9 21,3 710,7 494,76 29,1 8500 63 GNTTGAASIQAGLPTSWVVGDK 3 1 y3 21,3 710,7 319,16 29,1 8500 64 GNTTGAASIR 2 1 y7 9,3 474,25 675,38 22,8 2000 65 GNTTGAASIR 2 1 y6 9,3 474,25 574,33 22,8 2000 66 GNTTGAASIR 2 1 y4 9,3 474,25 446,27 22,8 2000 67 GNTTGSASIR 2 1 y8 8 482,25 792,42 23,2 2000 68 GNTTGSASIR 2 1 y7 8 482,25 691,37 23,2 2000 69 GNTTGSASIR 2 1 y6 8 482,25 590,33 23,2 2000 70 HLLNQR 2 1 y5 8,1 390,73 643,39 18 2000 71 HLLNQR 2 1 y4 8,1 390,73 530,31 18 2000 72 HLLNQR 2 1 y3 8,1 390,73 417,22 18 2000 73 LAALEK 2 1 y5 11,3 322,7 531,31 14,1 2000 74 LAALEK 2 1 y4 11,3 322,7 460,28 14,1 2000 75 LAALEK 2 1 y3 11,3 322,7 389,24 14,1 2000 76 LAELER 2 1 y5 11,7 365,71 617,33 16,6 2000 77 LAELER 2 1 y4 11,7 365,71 546,29 16,6 2000 78 LAELER 2 1 y3 11,7 365,71 417,25 16,6 2000 79 LGVALIDTADNTQVLYR 3 1 y6 21,5 621,34 779,44 26,3 2000 80 LGVALIDTADNTQVLYR 3 1 y5 21,5 621,34 678,39 26,3 2000 81 LGVALIDTADNTQVLYR 3 1 y4 21,5 621,34 550,34 26,3 2000 82 LGVALIDTADNTQVLYR 3 1 y3 21,4 621,34 451,27 26,3 2000 83 LGVALINTADNSQILYR 3 1 y6 21,4 621,01 779,44 26,3 2000 84 LGVALINTADNSQILYR 3 1 y5 21,4 621,01 692,41 26,3 2000 85 LGVALINTADNSQILYR 3 1 y4 21,4 621,01 564,35 26,3 2000 86 LGVALINTADNSQILYR 3 1 y3 21,4 621,01 451,27 26,3 2000 87 LIAHLGGPDK 3 1 y6 13,2 340,87 586,32 17,6 2000 88 LIAHLGGPDK 3 2 y9 13,2 340,87 454,25 17,6 2000 89 LIAHLGGPDK 3 2 y8 13,2 340,87 397,71 17,6 2000 90 LIAHVGGPASVTAFAR 3 1 y5 17,7 522,96 565,31 23,3 2000 91 LIAHVGGPASVTAFAR 3 1 y4 17,7 522,96 464,26 23,3 2000 92 LIAHVGGPASVTAFAR 3 1 y3 17,7 522,96 393,22 23,3 2000 93 LIAQLGGPGGVTAFAR 2 1 y11 20,3 764,44 989,52 39,3 2000 94 LIAQLGGPGGVTAFAR 2 1 y9 20,3 764,44 875,47 39,3 2000 95 LIAQLGGPGGVTAFAR 3 1 y5 20,3 509,96 565,31 22,9 2000 96 NLTLGK 2 1 y5 12,3 323,2 531,35 14,2 2000 97 NLTLGK 2 1 y4 12,3 323,2 418,27 14,2 2000 98 NLTLGK 2 1 y3 12,3 323,2 317,22 14,2 2000 99 QLGDETFR 2 1 y6 13,6 483,24 724,33 23,3 2000 100 QLGDETFR 2 1 y4 13,6 483,24 552,28 23,3 2000 101 QLGDETFR 2 1 y3 13,6 483,24 423,24 23,3 2000 102 QLTLGHALGETQR 3 2 y11 15,6 475,26 591,82 21,8 2000 103 QLTLGHALGETQR 3 1 y5 15,6 475,26 590,29 21,8 2000 104 QLTLGHALGETQR 3 2 y10 15,6 475,26 541,29 21,8 2000 105 QSESDK 2 1 y5 0,8 347,16 565,25 15,5 2000 106 QSESDK 2 1 y4 0,8 347,16 478,21 15,5 2000 107 QSESDK 2 1 y3 0,8 347,16 349,17 15,5 2000 108 QSETQK 2 1 y5 0,8 360,68 592,29 16,3 2000 109 QSETQK 2 1 y4 0,8 360,68 505,26 16,3 2000 110 QSETQK 2 1 y3 0,8 360,68 376,22 16,3 2000 111 QSGGR 2 1 y4 0,7 252,63 376,19 10,1 2000 112 QSGGR 2 1 y3 0,7 252,63 289,16 10,1 2000 113 QSGGR 2 2 y4 0,7 252,63 188,6 10,1 2000 114 SDLVNYNPIAEK 2 1 y8 17,3 681,85 948,48 34,6 2000 115 SDLVNYNPIAEK 2 1 y6 17,4 681,85 671,37 34,6 2000 116 SDLVNYNPIAEK 2 1 y5 17,4 681,85 557,33 34,6 2000 117 SESEPNLLNQR 2 1 y7 14,6 643,82 854,48 32,4 2000 118 SESEPNLLNQR 2 2 y7 14,6 643,82 427,75 32,4 2000 119 SESEPNLLNQR 3 1 y3 14,6 429,55 417,22 20,4 2000 120 SLGDETFR 2 1 y6 13,9 462,73 724,33 22,1 2000 121 SLGDETFR 2 1 y5 13,8 462,73 667,31 22,1 2000 122 SLGDETFR 2 1 y4 13,9 462,73 552,28 22,1 2000 123 SSGGR 2 1 y4 0,7 232,12 376,19 9 2000 124 SSGGR 2 1 y3 0,7 232,12 289,16 9 2000 125 SSGGR 2 2 y4 0,7 232,12 188,6 9 2000 126 SW WGDK 2 1 y5 13,9 395,71 517,3 18,3 2000 127 SW WGDK 2 1 y4 13,9 395,71 418,23 18,3 2000 128 SW WGDK 2 1 y3 13,9 395,71 319,16 18,3 2000 129 TEPTLNTAIPGDPR 2 2 y12 16,3 741,38 626,34 38 2000 130 TEPTLNTAIPGDPR 2 1 y5 16,3 741,38 541,27 38 2000 131 TEPTLNTAIPGDPR 3 1 y5 16,3 494,59 541,27 22,4 2000 132 TGSGDYGTTNDIAVRWPK 2 1 y8 20,9 947,96 941,55 49,8 2000 133 TGSGDYGTTNDIAVRWPK 3 2 y6 21 632,31 357,22 26,7 2000 134 TGSGDYGTTNDIAVRWPK 3 2 y5 20,9 632,31 321,7 26,7 2000 135 TGSGDYGTTNDIAVIWPQGR 3 1 y6 20,5 703,34 756,42 28,9 2000 136 TGSGDYGTTNDIAVIWPQGR 3 1 y5 20,5 703,34 643,33 28,9 2000 137 TGSGDYGTTNDIAVIWPQGR 3 1 y4 20,5 703,34 457,25 28,9 2000 138 TGSGGYGTTNDIAVIWPK 2 1 y3 20,9 918,96 430,25 48,1 2000 139 TGSGGYGTTNDIAVIWPK 3 1 y6 20,9 612,98 713,43 26,1 2000 140 TGSGGYGTTNDIAVIWPK 3 1 y5 20,9 612,98 642,4 26,1 2000 141 VMAAAAVLK 2 1 y8 15,7 437,27 774,45 20,7 2000 142 VMAAAAVLK 2 1 y7 15,7 437,27 643,41 20,7 2000 143 VMAAAAVLK 2 1 y6 15,7 437,27 572,38 20,7 2000 144 VMAVAAVLK 2 1 y7 18,2 451,28 671,45 21,5 2000 145 VMAVAAVLK 2 1 y6 18,2 451,28 600,41 21,5 2000 146 VMAVAAVLK 2 1 y5 18,2 451,28 501,34 21,5 2000 147 VTAFAR 2 1 y5 11 332,69 565,31 14,7 2000 148 VTAFAR 2 1 y4 11 332,69 464,26 14,7 2000 149 VTAFAR 2 1 y3 11 332,69 393,22 14,7 2000
    [0172] Les autres paramètres machine utilisés sont les suivants : Type de balayage: MRM MRM planifié: oui Polarité: Positive Source d'ionisation:Turbo V™ (Applied BioSystems) Réglage Q1: Filtrage avec résolution unitaire Réglage Q3: Filtrage avec résolution unitaire Pause inter-scan: 5.00 msec Vitesse de balayage: 10 Da/s Gaz rideau: 50,00 psi Tension de cône: 5500,00 V Température de source: 500,00 °C Gaz de nébulisation: 50,00 psi Gaz chauffant: 50,00 psi Gaz de collision induisant dissociation : 9,00 psi Remplissage dynamique: activé Potentiel d'orifice : 100, 00 V (en anglais declustering potential (DP)) Potentiel d'entrée avant Q0 (EP): 6,00 V Potentiel en sortie de cellule de collision : 15 V (en anglais cell exit potential (CXP)) Temps de cycle total: 0,04 sec Fenêtre de détection : 120 sec
    [0173] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des transitions sont supérieures ou égales au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 38, la détection de la transition est considérée comme positive et est notée « 1 » dans le TABLEAU 39. Lorsqu'une transition a une aire inférieure au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 38, la transition est considérée comme non détectée et est notée « 0 » dans le TABLEAU 39.
    [0174] Pour un peptide donné, lorsque au moins 3 transitions sont notées « 1 », le peptide est considéré comme détecté. TABLEAU 39 :Transition numéro Ech109 Ech110 Ech111 Ech112 Ech113 Ech114 Ech115 Ech116 Ech117 Ech118 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 2 1 1 0 0 1 0 0 0 1 1 3 1 1 0 0 1 0 0 0 1 1 4 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 7 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 17 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 18 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 1 1 0 0 1 0 1 0 1 0 26 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 27 1 1 0 0 1 0 1 0 1 0 28 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 30 1 1 0 0 1 0 1 0 0 0 31 0 1 1 0 1 0 0 0 1 1 32 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 33 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 34 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 36 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 37 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 38 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 39 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 40 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 41 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 43 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 44 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 45 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 46 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 47 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 48 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 49 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 50 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 51 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 52 1 0 1 1 0 1 0 1 1 1 53 1 0 1 1 0 1 0 1 1 1 54 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 55 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 56 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 57 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 58 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 59 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 61 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 62 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 63 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 64 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 65 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 66 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 67 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 68 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 69 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 71 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 72 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 73 1 1 0 0 1 1 0 0 0 1 74 1 1 0 1 1 1 1 0 0 0 75 1 1 0 0 1 1 1 0 0 1 76 0 0 1 1 0 0 0 1 0 1 77 0 0 1 1 0 0 0 1 0 1 78 0 0 1 1 0 0 0 1 0 1 79 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 81 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 82 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 83 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 84 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 86 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 87 1 0 0 0 0 1 0 0 1 0 88 1 0 0 0 0 1 0 0 1 0 89 1 0 0 0 0 1 1 0 1 0 90 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 91 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 92 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 101 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 102 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 103 0 1 0 0 1 1 1 1 0 1 104 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 105 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 106 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 107 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 108 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 109 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 110 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 111 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 112 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 113 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 114 0 0 1 1 0 0 0 1 1 1 115 0 1 1 1 0 0 0 1 1 1 116 0 0 1 1 0 0 0 1 1 1 117 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 118 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 119 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 120 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 121 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 122 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 123 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 124 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 125 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 126 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 127 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 128 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 129 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 130 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 131 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 132 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 133 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 134 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 135 1 1 0 0 1 0 1 0 0 0 136 1 1 1 0 1 0 1 0 0 0 137 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 138 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 139 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 140 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 141 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 142 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 143 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 144 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 145 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 146 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 147 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 148 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 149 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
    [0175] Les échantillons Ech109 à Ech118 comportent au moins un peptide caractéristique des protéines CTX-M. Les bactéries présentes dans les échantillons Ech109 à Ech118 expriment donc une béta-lactamase qui leur confère une résistance aux pénicillines, aux céphalosporines et aux monobactames. Exemple 28 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type DHA:
    [0176] Les échantillons Ech119 à Ech124 sont identifiés selon l'une des méthodes décrites dans les exemples 1, 3 ou 4. L'identification des espèces est reportée dans le TABLEAU 40. TABLEAU 40 :Noms Espèces Ech119 E. coliEch120 K. oxytocaEch121 K. pneumoniaeEch122 K. pneumoniaeEch123 K. pneumoniaeEch124 K. pneumoniae
    [0177] Les échantillons Ech119 à Ech124 correspondent à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type DHA. Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 41 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 41 :Transition numéro Peptide Etat de charge du précurseur Ion fragment Temps de rétention (minutes) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision (eV) Seuil de positivité 1 AAQAILSALEMK 2 y8 monochargé 21,45 623,35 904,52 31,3 2500 2 AAQAILSALEMK 2 y7 monochargé 21,45 623,35 791,43 31,3 2500 3 AAQAILSALEMK 2 y6 monochargé 21,45 623,35 678,35 31,3 2500 4 ADLLNFYQQWQPSR 2 y3 monochargé 22,92 883,44 359,2 46,1 2500 5 ADLLNFYQQWQPSR 3 y5 monochargé 22,92 589,29 673,34 25,4 2500 6 ADLLNFYQQWQPSR 3 y3 monochargé 22,92 589,29 359,2 25,4 2500 7 AGNADLEMAMYLAQTR 3 y6 monochargé 21,53 585,61 751,41 25,2 2500 8 AGNADLEMAMYLAQTR 3 y5 monochargé 21,53 585,61 588,35 25,2 2500 9 AGNADLEMAMYLAQTR 3 y4 monochargé 21,53 585,61 475,26 25,2 2500 10 EMALNDPAAK 2 y8 monochargé 13,12 530,26 799,43 26 2500 11 EMALNDPAAK 2 y6 monocharqé 13,12 530,26 615,31 26 2500 12 EMALNDPAAK 2 y4 monochargé 13,12 530,26 386,24 26 2500 13 GKPYYFNYGFADIQAK 3 y8 monochargé 19,85 627,98 849,45 26,5 2500 14 GKPYYFNYGFADIQAK 3 y6 monochargé 19,85 627,98 645,36 26,5 2500 15 GKPYYFNYGFADIQAK 3 y5 monochargé 19,85 627,98 574,32 26,5 2500 16 NYPNTER 2 y5 monochargé 7,63 447,21 616,31 21,2 2500 17 NYPNTER 2 y3 monochargé 7,63 447,21 405,21 21,2 2500 18 NYPNTER 2 y5 dichargé 7,63 447,21 308,66 21,2 2500 19 QPVTENTLFELGSVSK 2 y8 monochargé 20,9 874,96 866,46 45,6 2500 20 QPVTENTLFELGSVSK 3 y8 monochargé 20,9 583,64 866,46 25,2 2500 21 QPVTENTLFELGSVSK 3 y5 monochargé 20,9 583,64 477,27 25,2 2500 22 QVAIVILANK 2 y8 monochargé 18,75 534,84 841,55 26,2 2500 23 QVAIVILANK 2 y6 monochargé 18,75 534,84 657,43 26,2 2500 24 QVAIVILANK 2 y5 monochargé 18,75 534,84 558,36 26,2 2500 25 TFTGVLGAVSVAK 2 y11 monochargé 20,03 625,36 1001,6 31,4 2500 26 TFTGVLGAVSVAK 2 y8 monochargé 20,03 625,36 744,46 31,4 2500 27 TFTGVLGAVSVAK 2 y7 monochargé 20,03 625,36 631,38 31,4 2500 28 TGATTGFGAYVAFIPEK 2 y3 monochargé 22,12 865,44 373,21 45,1 2500 29 TGATTGFGAYVAFIPEK 3 y6 monochargé 22,12 577,3 704,4 25 2500 30 TGATTGFGAYVAFIPEK 3 y3 monochargé 22,12 577,3 373,21 25 2500 31 VSPGQLDAESYGVK 2 y8 monochargé 15,43 725,37 868,41 37,1 2500 32 VSPGQLDAESYGVK 2 y13 dichargé 15,43 725,37 675,83 37,1 2500 33 VSPGQLDAESYGVK 2 y12 dichargé 15,43 725,37 632,31 37,1 2500 34 WAEMNMEPSR 2 y8 monochargé 15,78 625,77 993,41 31,4 2500 35 WAEMNMEPSR 2 y6 monochargé 15,78 625,77 733,33 31,4 2500 36 WAEMNMEPSR 2 y3 monochargé 15,78 625,77 359,2 31,4 2500 37 YQPELALPQWK 2 y4 monochargé 20,97 686,87 558,3 34,9 2500 38 YQPELALPQWK 2 y9 dichargé 20,97 686,87 541,31 34,9 2500 39 YQPELALPQWK 3 y4 monochargé 20,97 458,25 558,3 21,3 2500
    [0178] Les autres paramètres machine utilisés sont les suivants : Type de balayage: MRM MRM planifié : non Polarité: Positive Source d'ionisation:Turbo V™ (Applied BioSystems) Réglage Q1: Filtrage avec résolution unitaire Réglage Q3: Filtrage avec résolution unitaire Pause inter-scan: 5.00 msec Vitesse de balayage: 10 Da/s Gaz rideau: 50,00 psi Tension de cône: 5500,00 V Température de source: 500,00 °C Gaz de nébulisation: 50,00 psi Gaz chauffant: 50,00 psi Gaz de collision induisant dissociation : 9,00 psi Remplissage dynamique: activé Potentiel d'orifice : 100, 00 V (en anglais declustering potential (DP)) Potentiel d'entrée avant Q0 (EP): 6,00 V Potentiel en sortie de cellule de collision : 15 V (en anglais cell exit potential (CXP)) Temps de cycle total: 1,17 sec
    [0179] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des transitions sont supérieures ou égales au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 41, la détection de la transition est considérée comme positive et est notée « 1 » dans le TABLEAU 42. Lorsqu'une transition a une aire inférieure au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 41, la transition est considérée comme non détectée et est notée « 0 » dans le TABLEAU 42.
    [0180] Pour un peptide donné, lorsque au moins 3 transitions sont notées « 1 », le peptide est considéré comme détecté. TABLEAU 42 :Transition numéro Ech119 Ech120 Ech121 Ech122 Ech123 Ech124 1 1 0 1 1 0 0 2 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 4 0 0 1 0 1 0 5 0 1 1 0 0 0 6 0 1 1 0 0 0 7 0 0 0 1 0 0 8 0 0 0 1 0 0 9 0 0 0 1 0 0 10 1 1 1 1 1 1 11 1 1 1 1 1 1 12 1 1 1 0 1 1 13 1 1 1 0 1 0 14 1 1 1 0 1 0 15 1 0 1 0 0 0 16 0 0 1 1 0 1 17 0 0 1 1 0 1 18 0 0 1 1 1 1 19 1 1 1 1 1 1 20 1 0 1 1 1 1 21 1 1 1 1 1 1 22 0 1 1 1 1 1 23 0 0 1 1 1 1 24 1 1 1 1 1 1 25 1 1 1 1 1 1 26 1 1 1 1 1 1 27 1 1 1 1 1 1 28 0 0 1 1 0 0 29 0 0 1 1 1 0 30 0 0 1 1 0 0 31 1 1 1 1 1 1 32 0 1 1 1 1 1 33 0 1 1 1 1 1 34 1 1 1 1 1 1 35 0 1 1 1 1 1 36 1 0 1 1 1 1 37 1 0 1 1 0 1 38 1 1 1 1 1 1 39 1 1 1 1 1 1
    [0181] Les échantillons Ech119 à Ech124 comportent au moins un peptide caractéristique des protéines DHA. Les bactéries présentes dans les échantillons Ech119 à Ech124 expriment donc une béta-lactamase qui leur confère une résistance aux pénicillines et aux céphalosporines excepté les céphalosporines de quatrième génération. Exemple 29 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type FOX:
    [0182] Les échantillons Ech125 à Ech130 sont identifiés selon l'une des méthodes décrites dans les exemples 1, 3 ou 4. L'identification des espèces est reportée dans le TABLEAU 43. TABLEAU 43 :Noms Espèces Ech125 E. coliEch126 E. coliEch127 K. oxytocaEch128 K. oxytocaEch129 K. pneumoniaeEch130 K. pneumoniae
    [0183] Les échantillons Ech125 à Ech130 correspondent à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type FOX. Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 44 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 44 :Transition numéro Peptide Etat de charge du précurseur Ion fragment Temps de rétention (minutes) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision (eV) Seuil de positivité 1 AHYFNYGVANR 3 y3 monochargé 14,08 437,88 360,2 20,7 2500 2 AHYFNYGVANR 3 y4 monochargé 14,08 437,88 459,27 20,7 2500 3 AHYFNYGVANR 3 y5 monochargé 14,08 437,88 516,29 20,7 2500 4 AMGEQR 2 y5 dichargé 1,08 346,16 310,65 15,5 2500 5 AMGEQR 2 y4 monochargé 1,08 346,16 489,24 15,5 2500 6 AMGEQR 2 y5 monochargé 1,08 346,16 620,28 15,5 2500 7 ESGQR 2 y3 dichargé 0,8 288,64 180,6 12,2 2500 8 ESGQR 2 y3 monochargé 0,76 288,64 360,2 12,2 2500 9 ESGQR 2 y4 monochargé 0,82 288,64 447,23 12,2 2500 10 FAVPK 3 y4 monochargé 12,95 187,79 414,27 12,9 2500 11 FAVPK 2 y3 monochargé 12,95 281,17 343,23 11,8 2500 12 FAVPK 2 y4 monochargé 12,93 281,17 414,27 11,8 2500 13 GGFELDDK 2 y6 dichargé 14,31 440,71 383,69 20,9 2500 14 GGFELDDK 2 y4 monochargé 14,34 440,71 490,25 20,9 2500 15 GGFELDDK 2 y5 monochargé 14,31 440,71 619,29 20,9 2500 16 GIAIVMLANR 2 y4 monochargé 20,15 529,31 473,28 25,9 2500 17 GIAIVMLANR 2 y5 monochargé 20,13 529,31 604,32 25,9 2500 18 GIAIVMLANR 2 y6 monochargé 20,13 529,31 703,39 25,9 2500 19 IPGMAVAVLK 2 y9 dichargé 19,17 499,81 443,27 24,2 2500 20 IPGMAVAVLK 2 y8 monochargé 19,17 499,81 788,47 24,2 2500 21 IPGMAVAVLK 2 y9 monochargé 19,15 499,81 885,52 24,2 2500 22 NYPIEAR 2 y3 monochargé 12,04 431,73 375,2 20,3 2500 23 NYPIEAR 2 y4 monochargé 12,04 431,73 488,28 20,3 2500 24 NYPIEAR 2 y5 monochargé 12,06 431,73 585,34 20,3 2500 25 SWSPVYPAGTHR 3 y9 dichargé 14,97 453,23 499,26 21,1 2500 26 SWSPVYPAGTHR 3 y10 dichargé 14,97 453,23 542,78 21,1 2500 27 SWSPVYPAGTHR 3 y6 monochargé 14,97 453,23 638,34 21,1 2500 28 TGSADLLK 2 y5 monochargé 12,97 402,73 559,35 18,7 2500 29 TGSADLLK 2 y6 monochargé 12,95 402,73 646,38 18,7 2500 30 TGSADLLK 2 y7 monochargé 12,97 402,73 703,4 18,7 2500 31 TGSTGGFGAYVAFVPAR 3 y5 monochargé 21,03 553,28 589,35 24,2 2500 32 TGSTGGFGAYVAFVPAR 3 y6 monochargé 21,03 553,28 660,38 24,2 2500 33 TGSTGGFGAYVAFVPAR 2 y3 monochargé 21,03 829,42 343,21 43 2500 34 TGSTGGFGAYVAFVPAR 2 y6 monochargé 21,03 829,42 660,38 43 2500 35 TLTATLGAYAAVK 2 y7 monochargé 18,68 640,37 679,38 32,2 2500 36 TLTATLGAYAAVK 2 y8 monochargé 18,68 640,37 792,46 32,2 2500 37 TLTATLGAYAAVK 2 y9 monochargé 18,66 640,37 893,51 32,2 2500 38 VSEQTLFEIGSVSK 2 y5 monochargé 20,34 762,4 477,27 39,2 2500 39 VSEQTLFEIGSVSK 2 y7 monochargé 20,34 762,4 719,39 39,2 2500 40 VSEQTLFEIGSVSK 2 y8 monochargé 20,34 762,4 866,46 39,2 2500 41 VSQHAPWLK 3 y6 dichargé 14,1 355,87 376,22 18,1 2500 42 VSQHAPWLK 3 y8 dichargé 14,1 355,87 483,76 18,1 2500 43 VSQHAPWLK 3 y4 monochargé 14,1 355,87 543,33 18,1 2500 44 VTPGVLAAEAYGIK 2 y12 dichargé 19,37 694,89 594,84 35,3 2500 45 VTPGVLAAEAYGIK 2 y7 monochargé 19,37 694,89 751,4 35,3 2500 46 VTPGVLAAEAYGIK 2 y8 monochargé 19,37 694,89 822,44 35,3 2500
    [0184] Les autres paramètres machine utilisés sont les suivants : Type de balayage: MRM MRM planifié: non Polarité: Positive Source d'ionisation:Turbo V™ (Applied BioSystems) Réglage Q1: Filtrage avec résolution unitaire Réglage Q3: Filtrage avec résolution unitaire Pause inter-scan: 5.00 msec Vitesse de balayage: 10 Da/s Gaz rideau: 50,00 psi Tension de cône: 5500,00 V Température de source: 500,00 °C Gaz de nébulisation: 50,00 psi Gaz chauffant: 50,00 psi Gaz de collision induisant dissociation : 9,00 psi Remplissage dynamique: activé Potentiel d'orifice : 100, 00 V (en anglais declustering potential (DP)) Potentiel d'entrée avant Q0 (EP): 6,00 V Potentiel en sortie de cellule de collision : 15 V (en anglais cell exit potential (CXP)) Temps de cycle total: 1,38 sec
    [0185] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des transitions sont supérieures ou égales au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 44, la détection de la transition est considérée comme positive et est notée « 1 » dans le TABLEAU 45. Lorsqu'une transition a une aire inférieure au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 44, la transition est considérée comme non détectée et est notée « 0 » dans le TABLEAU 45.
    [0186] Pour un peptide donné, lorsque au moins 2 transitions sont notées « 1 », le peptide est considéré comme détecté. TABLEAU 45 :transition numéro Ech125 Ech126 Ech127 Ech128 Ech129 Ech130 1 0 0 1 1 0 0 2 1 0 1 1 0 0 3 1 1 1 1 0 1 4 1 1 0 1 1 1 5 1 1 0 1 1 1 6 1 1 1 1 1 1 7 0 0 0 0 0 0 8 0 0 1 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 13 1 1 1 1 1 1 14 1 0 0 1 0 1 15 1 0 0 1 0 1 16 1 0 1 1 1 1 17 1 1 1 1 1 1 18 1 1 1 1 1 1 19 1 1 1 1 1 1 20 1 1 1 1 1 1 21 1 1 1 1 1 1 22 1 1 1 1 1 1 23 1 1 1 1 1 1 24 1 1 1 1 1 1 25 1 1 1 1 1 1 26 1 1 1 1 1 1 27 1 1 1 1 1 1 28 1 1 1 1 1 1 29 1 1 1 1 1 1 30 1 1 1 1 1 1 31 1 0 1 1 1 1 32 0 1 1 1 1 1 33 0 1 1 0 1 1 34 0 1 1 1 1 1 35 0 0 0 0 0 1 36 1 1 1 0 1 1 37 1 0 1 0 1 1 38 1 1 1 1 1 1 39 1 1 1 1 1 1 40 1 1 1 1 1 1 41 1 1 1 1 1 1 42 1 1 0 0 1 1 43 1 1 1 1 1 1 44 0 0 0 0 0 0 45 0 0 0 0 0 0 46 0 0 0 0 0 0
    [0187] Les échantillons Ech125 à Ech130 comportent au moins un peptide caractéristique des protéines FOX. Les bactéries présentes dans les échantillons Ech125 à Ech130 expriment donc une béta-lactamase qui leur confère une résistance aux pénicillines et aux céphalosporines excepté les céphalosporines de quatrième génération. Exemple 30 : Identification d'une résistance aux béta-lactamines de type SHV:
    [0188] Les échantillons Ech131 à Ech144 sont identifiés selon l'une des méthodes décrites dans les exemples 1, 3 ou 4. L'identification des espèces est reportée dans le TABLEAU 46. TABLEAU 46 :Noms Espèces Ech131 E. aerogenesEch132 E. coliEch133 E. coliEch134 E. coliEch135 E. coliEch136 K. pneumoniaeEch137 K. pneumoniaeEch138 K. pneumoniaeEch139 K. pneumoniaeEch140 K. pneumoniaeEch141 K. pneumoniaeEch142 K. pneumoniaeEch143 K. pneumoniaeEch144 K. pneumoniae
    [0189] Les échantillons Ech131 à Ech144 correspondent à une espèce pouvant comporter un mécanisme de résistance de type SHV. Chaque échantillon est traité selon l'exemple 5, puis analysé selon l'exemple 6 en détectant les peptides du TABLEAU 47 en lieu et place des peptides du TABLEAU 3. TABLEAU 47 :Transition numéro Peptide Etat de charge du précurseur Ion fragment Temps de rétention (minutes) (m/z) filtré en Q1 (m/z) filtré en Q3 Energie de collision (eV) Seuil de positivité 1 AGAGER 2 y3 monochargé 0,9 280,64 361,18 11,7 2000 2 AGAGER 2 y4 monochargé 0,9 280,64 432,22 11,7 2000 3 AGAGER 2 y5 monochargé 0,9 280,64 489,24 11,7 2000 4 ATTTPASMAATLR 3 y5 monochargé 16,2 431,23 531,33 20,5 2000 5 ATTTPASMAATLR 2 y9 dichargé 16,2 646,34 459,25 32,6 2000 6 ATTTPASMAATLR 2 y9 monochargé 16,2 646,34 917,49 32,6 2000 7 CIISLLATLPLAVHASPQPEQIK 3 y18 dichargé 27,4 871,5 957,05 34,1 2000 8 CIISLLATLPLAVHASPQPEQIK 3 y21 dichargé 27,4 871,5 1113,65 34,1 2000 9 CIISLLATLPLAVHASPQPEQIK 3 y22 dichargé 27,3 871,5 1170,19 34,1 2000 10 DMPASMAER 2 y7 dichargé 12,4 504,22 381,18 24,5 2000 11 DMPASMAER 2 y5 monochargé 12,4 504,22 593,27 24,5 2000 12 DMPASMAER 2 y7 monochargé 12,4 504,22 761,36 24,5 2000 13 DSPASMAER 2 y7 dichargé 10,5 482,21 381,18 23,2 2000 14 DSPASMAER 2 y5 monochargé 10,5 482,21 593,27 23,2 2000 15 DSPASMAER 2 y6 monochargé 10,5 482,21 664,31 23,2 2000 16 DTLASMAER 2 y5 monochargé 14 497,24 593,27 24,1 2000 17 DTLASMAER 2 y6 monochargé 14 497,24 664,31 24,1 2000 18 DTLASMAER 2 y7 monochargé 14 497,24 777,39 24,1 2000 19 DTPASMAER 2 y7 dichargé 10,5 489,22 381,18 23,6 2000 20 DTPASMAER 2 y5 monochargé 10,5 489,22 593,27 23,6 2000 21 DTPASMAER 2 y7 monochargé 10,5 489,22 761,36 23,6 2000 22 DTPASMAK 2 y6 dichargé 9,1 410,7 302,66 19,1 2000 23 DTPASMAK 2 y5 monochargé 9,1 410,7 507,26 19,1 2000 24 DTPASMAK 2 y6 monochargé 9,1 410,7 604,31 19,1 2000 25 DTTTPASMAATLR 3 y5 monochargé 16,5 445,89 531,33 20,9 2000 26 DTTTPASMAATLR 2 y9 dichargé 16,5 668,33 459,25 33,8 2000 27 DTTTPASMAATLR 2 y9 monochargé 16,5 668,33 917,49 33,8 2000 28 DTTTPASMAGTLR 3 y4 monochargé 15,3 441,22 446,27 20,8 2000 29 DTTTPASMAGTLR 2 y9 dichargé 15,3 661,32 452,24 33,4 2000 30 DTTTPASMAGTLR 2 y9 monochargé 15,3 661,32 903,47 33,4 2000 31 DTTTPASMTATLR 2 y9 dichargé 15,9 683,34 474,25 34,7 2000 32 DTTTPASMTATLR 2 y7 monochargé 15,9 683,34 779,41 34,7 2000 33 DTTTPASMTATLR 2 y9 monochargé 15,9 683,34 947,5 34,7 2000 34 FPMISTFK 2 y7 dichargé 20,2 485,76 412,22 23,4 2000 35 FPMISTFK 2 y5 monochargé 20,2 485,76 595,35 23,4 2000 36 FPMISTFK 2 y6 monochargé 20,2 485,76 726,39 23,4 2000 37 FPMMSTFK 2 y7 dichargé 19,3 494,74 421,2 23,9 2000 38 FPMMSTFK 2 y5 monochargé 19,3 494,74 613,3 23,9 2000 39 FPMMSTFK 2 y6 monochargé 19,3 494,74 744,34 23,9 2000 40 GIVALLGGNIK 2 y5 monochargé 21,1 527,84 488,28 25,8 2000 41 GIVALLGGNIK 2 y6 monochargé 21,1 527,84 601,37 25,8 2000 42 GIVALLGGNIK 2 y8 monochargé 21,1 527,84 785,49 25,8 2000 43 GIVALLGPDNK 2 y5 monochargé 18,9 548,82 530,26 27 2000 44 GIVALLGPDNK 2 y6 monochargé 19 548,82 643,34 27 2000 45 GIVALLGPDNK 2 y8 monochargé 18,9 548,82 827,46 27 2000 46 GIVALLGPNHK 3 y9 dichargé 17,6 373,56 474,79 18,7 2000 47 GIVALLGPNHK 3 y5 monochargé 17,6 373,56 552,29 18,7 2000 48 GIVALLGPNHK 3 y6 monochargé 17,6 373,56 665,37 18,7 2000 49 GIVALLGPNNK 2 y5 monochargé 18,6 548,33 529,27 27 2000 50 GIVALLGPNNK 2 y6 monochargé 18,6 548,33 642,36 27 2000 51 GIVALLGPNNK 2 y7 monochargé 18,6 548,33 755,44 27 2000 52 GIVALLGPNNNAER 3 y8 dichargé 18,8 479,93 436,2 22 2000 53 GIVALLGPNNNAER 2 y7 monochargé 18,8 719,39 814,38 36,7 2000 54 GIVALLGPNNNAER 2 y8 monochargé 18,7 719,39 871,4 36,7 2000 55 GIVALR 2 y4 dichargé 14,1 314,71 229,66 13,7 2000 56 GIVALR 2 y3 monochargé 14,1 314,71 359,24 13,7 2000 57 GIVALR 2 y4 monochargé 14,1 314,71 458,31 13,7 2000 58 GPNNK 2 y4 dichargé 0,8 265,14 236,63 10,8 2000 59 GPNNK 2 y3 monochargé 0,8 265,14 375,2 10,8 2000 60 GPNNK 2 y4 monochargé 0,8 265,14 472,25 10,8 2000 61 GTTTPASMAATLR 2 y9 dichargé 16 639,33 459,25 32,2 2000 62 GTTTPASMAATLR 2 y7 monochargé 16 639,33 749,4 32,2 2000 63 GTTTPASMAATLR 2 y9 monochargé 16 639,33 917,49 32,2 2000 64 HLADGMTVGELCAAAITMSDNSAAK 3 y6 monochargé 21,3 845,39 605,29 33,3 2000 65 HLADGMTVGELCAAAITMSDNSAAK 3 y7 monochargé 21,3 845,39 692,32 33,3 2000 66 HLADGMTVGELCAAAITMSDNSAAK 3 y9 monochargé 21,3 845,39 924,41 33,3 2000 67 HLLQWMVDDR 3 y3 monochargé 19,6 438,22 405,17 20,7 2000 68 HLLQWMVDDR 3 y4 monochargé 19,6 438,22 504,24 20,7 2000 69 HLLQWMVDDR 3 y5 monochargé 19,6 438,22 635,28 20,7 2000 70 IHYLQQDLVDYSPVSEK 3 y6 monochargé 19 678,68 646,34 28,1 2000 71 IHYLQQDLVDYSPVSEK 3 y7 monochargé 19 678,68 809,4 28,1 2000 72 IHYLQQDLVDYSPVSEK 3 y8 monochargé 18,9 678,68 924,43 28,1 2000 73 IVVIYLR 2 y3 monochargé 19,3 438,29 451,27 20,7 2000 74 IVVIYLR 2 y4 monochargé 19,3 438,29 564,35 20,7 2000 75 IVVIYLR 2 y5 monochargé 19,3 438,29 663,42 20,7 2000 76 LCIISLLAALPLAVHASPQPLEQIK 3 y17 dichargé 30,7 899,19 906,52 35 2000 77 LCIISLLAALPLAVHASPQPLEQIK 3 y18 dichargé 30,7 899,19 942,04 35 2000 78 LCIISLLAALPLAVHASPQPLEQIK 3 y22 dichargé 30,7 899,19 1155,18 35 2000 79 LCIISLLATLPLAVHASPQPLDQIK 3 y19 dichargé 30,2 904,52 1006,58 35,1 2000 80 LCIISLLATLPLAVHASPQPLDQIK 3 y22 dichargé 30,2 904,52 1163,18 35,1 2000 81 LCIISLLATLPLAVHASPQPLDQIK 3 y23 dichargé 30,3 904,52 1219,72 35,1 2000 82 LCIISLLATLPLAVHASPQPLEQIK 3 y15 dichargé 30,2 909,19 814,46 35,3 2000 83 LCIISLLATLPLAVHASPQPLEQIK 3 y17 dichargé 30,2 909,19 921,53 35,3 2000 84 LCIISLLATLPLAVHASPQPLEQIK 3 y19 dichargé 30,2 909,19 1013,59 35,3 2000 85 LCIISLLATLPLAVHSSPQPLEQIK 3 y15 dichargé 29,3 914,53 822,46 35,4 2000 86 LCIISLLATLPLAVHSSPQPLEQIK 3 y18 dichargé 29,3 914,53 965,04 35,4 2000 87 LCIISLLATLPLAVHSSPQPLEQIK 3 y21 dichargé 29,3 914,53 1121,64 35,4 2000 88 LCIISLLATLPLAVHTSPQPLEQIK 3 y15 dichargé 29,4 919,2 829,47 35,6 2000 89 LCIISLLATLPLAVHTSPQPLEQIK 3 y21 dichargé 29,5 919,2 1128,65 35,6 2000 90 LCIISLLATLPLAVHTSPQPLEQIK 3 y23 dichargé 29,4 919,2 1241,74 35,6 2000 91 LCIISLLATLPLTVHASPQPLEQIK 3 y15 dichargé 29,8 919,2 829,47 35,6 2000 92 LCIISLLATLPLTVHASPQPLEQIK 3 y17 dichargé 29,8 919,2 936,53 35,6 2000 93 LCIISLLATLPLTVHASPQPLEQIK 3 y22 dichargé 29,8 919,2 1185,19 35,6 2000 94 LCIISLLATLPLVVHASPQPLEQIK 3 y19 dichargé 31,3 918,54 1027,6 35,6 2000 95 LCIISLLATLPLVVHASPQPLEQIK 3 y21 dichargé 31,3 918,54 1127,66 35,6 2000 96 LCIISLLATLPLVVHASPQPLEQIK 3 y23 dichargé 31,3 918,54 1240,75 35,6 2000 97 LCIISLLATLSLAVHASPQPLEQIK 3 y18 dichargé 31,2 905,85 952,04 35,2 2000 98 LCIISLLATLSLAVHASPQPLEQIK 3 y22 dichargé 31,3 905,85 1165,18 35,2 2000 99 LCIISLLATLSLAVHASPQPLEQIK 3 y23 dichargé 31,2 905,85 1221,72 35,2 2000 100 LCIISLLATMPLAVHASPQPLEQIK 3 y18 dichargé 28,9 915,18 966,03 35,5 2000 101 LCIISLLATMPLAVHASPQPLEQIK 3 y19 dichargé 28,9 915,18 1022,57 35,5 2000 102 LCIISLLATMPLAVHASPQPLEQIK 3 y23 dichargé 28,9 915,18 1235,71 35,5 2000 103 LCIISLLAVLPLAVHASPQPLEQIK 3 y17 dichargé 31 908,54 920,54 35,2 2000 104 LCIISLLAVLPLAVHASPQPLEQIK 3 y22 dichargé 31,1 908,54 1169,2 35,2 2000 105 LCIISLLAVLPLAVHASPQPLEQIK 3 y23 dichargé 31,1 908,54 1225,74 35,2 2000 106 LLISQR 2 y3 monochargé 13,4 365,24 390,21 16,6 2000 107 LLISQR 2 y4 monochargé 13,4 365,24 503,29 16,6 2000 108 LLISQR 2 y5 monochargé 13,4 365,24 616,38 16,6 2000 109 LLLATVGGPAGLTAFLR 3 y4 monochargé 26,9 557,34 506,31 24,4 2000 110 LLLATVGGPAGLTAFLR 3 y5 monochargé 26,9 557,34 607,36 24,4 2000 111 LLLATVGGPAGLTAFLR 2 y11 monochargé 26,9 835,5 1059,6 43,4 2000 112 LLNSQR 2 y3 monochargé 8,4 365,71 390,21 16,6 2000 113 LLNSQR 2 y4 monochargé 8,4 365,71 504,25 16,6 2000 114 LLNSQR 2 y5 monochargé 8,4 365,71 617,34 16,6 2000 115 LLTNQR 2 y3 monochargé 9,3 372,72 417,22 17 2000 116 LLTNQR 2 y4 monochargé 9,3 372,72 518,27 17 2000 117 LLTNQR 2 y5 monochargé 9,3 372,72 631,35 17 2000 118 LLTSQR 2 y3 monochargé 9,5 359,22 390,21 16,2 2000 119 LLTSQR 2 y4 monochargé 9,5 359,22 491,26 16,2 2000 120 LLTSQR 2 y5 monochargé 9,5 359,22 604,34 16,2 2000 121 LNIISLLATLPLAVHASPQPLEQIK 3 y17 dichargé 30,8 893,87 921,53 34,8 2000 122 LNIISLLATLPLAVHASPQPLEQIK 3 y18 dichargé 30,7 893,87 957,05 34,8 2000 123 LNIISLLATLPLAVHASPQPLEQIK 3 y21 dichargé 30,8 893,87 1113,65 34,8 2000 124 LSASSQR 2 y4 monochargé 1,2 374,7 477,24 17,1 2000 125 LSASSQR 2 y5 monochargé 1,2 374,7 548,28 17,1 2000 126 LSASSQR 2 y6 monochargé 1,2 374,7 635,31 17,1 2000 127 LSESQLSGR 2 y8 dichargé 11,6 488,76 432,22 23,6 2000 128 LSESQLSGR 2 y6 monochargé 11,6 488,76 647,35 23,6 2000 129 LSESQLSGR 2 y7 monochargé 11,6 488,76 776,39 23,6 2000 130 LSESQLSGSVGMIEMDLASGR 3 y3 monochargé 23,7 723,02 319,17 29,5 2000 131 LSESQLSGSVGMIEMDLASGR 3 y4 monochargé 23,7 723,02 390,21 29,5 2000 132 LSESQLSGSVGMIEMDLASGR 3 y6 monochargé 23,7 723,02 618,32 29,5 3000 133 MVVIYLR 2 y3 monochargé 19,5 447,27 451,27 21,2 3000 134 MVVIYLR 2 y4 monochargé 19,5 447,27 564,35 21,2 3000 135 MVVIYLR 2 y5 monochargé 19,5 447,27 663,42 21,2 2000 136 NEALPGDAR 2 y5 monochargé 10,9 471,74 515,26 22,6 2000 137 NEALPGDAR 2 y6 monochargé 10,9 471,74 628,34 22,6 2000 138 NEALPGDAR 2 y7 monochargé 10,9 471,74 699,38 22,6 2000 139 NQHIAGIGAALIEHWQR 3 y13 dichargé 20,1 638,68 711,39 26,9 2000 140 NQHIAGIGAALIEHWQR 3 y14 dichargé 20,1 638,68 767,93 26,9 2000 141 NQHIAGIGAALIEHWQR 3 y15 dichargé 20,1 638,68 836,46 26,9 2000 142 NQQIAGIGAALIEHWQR 3 y13 dichargé 22,3 635,67 711,39 26,8 2000 143 NQQIAGIGAALIEHWQR 3 y14 dichargé 22,3 635,67 767,93 26,8 2000 144 NQQIAGIGAALIEHWQR 3 y15 dichargé 22,3 635,67 831,96 26,8 2000 145 NQQIAGLGAALIEHWQR 3 y13 dichargé 22,7 635,67 711,39 26,8 2000 146 NQQIAGLGAALIEHWQR 3 y14 dichargé 22,7 635,67 767,93 26,8 2000 147 NQQIAGLGAALIEHWQR 3 y15 dichargé 22,6 635,67 831,96 26,8 2000 148 NTTTPASMAATLR 3 y4 monochargé 16 445,56 460,29 20,9 2000 149 NTTTPASMAATLR 3 y5 monochargé 16 445,56 531,33 20,9 2000 150 NTTTPASMAATLR 2 y9 monochargé 16 667,84 917,49 33,8 2000 151 NVLTSQR 2 y3 monochargé 10,2 409,23 390,21 19,1 2000 152 NVLTSQR 2 y4 monochargé 10,2 409,23 491,26 19,1 2000 153 NVLTSQR 2 y5 monochargé 10,2 409,23 604,34 19,1 2000 154 QIDDNVTR 2 y4 monochargé 10 480,74 489,28 23,1 2000 155 QIDDNVTR 2 y5 monochargé 10 480,74 604,31 23,1 2000 156 QIDDNVTR 2 y6 monochargé 10 480,74 719,33 23,1 2000 157 QIGDK 3 y4 monochargé 1,1 187,44 432,25 12,9 2000 158 QIGDK 2 y3 monochargé 1,1 280,66 319,16 11,7 2000 159 QIGDK 2 y4 monochargé 1,1 280,66 432,25 11,7 2000 160 QIGDNVTR 2 y3 monochargé 10,2 451,74 375,24 21,5 2000 161 QIGDNVTR 2 y4 monochargé 10,2 451,74 489,28 21,5 2000 162 QIGDNVTR 2 y6 monochargé 10,2 451,74 661,33 21,5 2000 163 QIGENVTR 2 y3 monochargé 10,3 458,75 375,24 21,9 2000 164 QIGENVTR 2 y4 monochargé 10,3 458,75 489,28 21,9 2000 165 QIGENVTR 2 y6 monochargé 10,3 458,75 675,34 21,9 2000 166 QLLQW MVDAR 2 y5 monochargé 22,1 630,33 591,29 31,7 2000 167 QLLQW MVDAR 2 y6 monochargé 22,1 630,33 777,37 31,7 2000 168 QLLQW MVDAR 2 y7 monochargé 22,1 630,33 905,43 31,7 2000 169 QLLQW MVDDGVAGPLIR 3 y4 monochargé 25,7 637,68 498,34 26,8 2000 170 QLLQW MVDDGVAGPLIR 3 y5 monochargé 25,8 637,68 555,36 26,8 2000 171 QLLQW MVDDGVAGPLIR 3 y6 monochargé 25,7 637,68 626,4 26,8 2000 172 QLLQWMVDDR 2 y4 monochargé 21,7 652,33 504,24 32,9 2000 173 QLLQWMVDDR 2 y5 monochargé 21,7 652,33 635,28 32,9 2000 174 QLLQWMVDDR 2 y6 monochargé 21,7 652,33 821,36 32,9 2000 175 QLLQWMVDGR 2 y4 monochargé 21,4 623,32 446,24 31,3 2000 176 QLLQWMVDGR 2 y5 monochargé 21,4 623,32 577,28 31,3 2000 177 QLLQWMVDGR 2 y6 monochargé 21,4 623,32 763,36 31,3 2000 178 QLLQWMVEDR 3 y4 monochargé 21,7 439,89 518,26 20,7 2000 179 QLLQWMVEDR 2 y5 monochargé 21,7 659,34 649,3 33,3 2000 180 QLLQWMVEDR 2 y6 monochargé 21,7 659,34 835,38 33,3 2000 181 QQDLVDYSPVSEK 3 y5 monochargé 16 503,25 559,31 22,7 2000 182 QQDLVDYSPVSEK 2 y5 monochargé 16 754,37 559,31 38,7 2000 183 QQDLVDYSPVSEK 2 y8 monochargé 16 754,37 924,43 38,7 2000 184 QQHLVDYSPVSEK 3 y6 dichargé 14,2 510,59 323,67 22,9 2000 185 QQHLVDYSPVSEK 3 y5 monochargé 14,2 510,59 559,31 22,9 2000 186 QQHLVDYSPVSEK 3 y6 monochargé 14,3 510,59 646,34 22,9 2000 187 QSESQLSGR 2 y3 monochargé 7,2 496,24 319,17 24 2000 188 QSESQLSGR 2 y8 dichargé 7,2 496,24 432,22 24 2000 189 QSESQLSGR 2 y4 monochargé 7,2 496,24 432,26 24 2000 190 QSESQLSGSVGMIEMDLASGR 3 y3 monochargé 22,3 728,01 319,17 29,7 2000 191 QSESQLSGSVGMIEMDLASGR 3 y6 monochargé 22,3 728,01 618,32 29,7 2000 192 QSESQLSGSVGMIEMDLASGR 3 y8 monochargé 22,3 728,01 878,4 29,7 2000 193 SQLQLLQWMVDDR 3 y4 monochargé 24,9 544,61 504,24 24 2000 194 SQLQLLQWMVDDR 3 y5 monochargé 24,9 544,61 635,28 24 2000 195 SQLQLLQWMVDDR 3 y6 monochargé 24,9 544,61 821,36 24 2000 196 SVLPAGWFIADK 2 y9 dichargé 23,1 652,36 502,76 32,9 2000 197 SVLPAGWFIADK 2 y10 dichargé 23,1 652,36 559,31 32,9 2000 198 SVLPAGWFIADK 2 y9 monochargé 23,1 652,36 1004,52 32,9 2000 199 SVLPAGWFIADR 2 y9 dichargé 23,4 666,36 516,77 33,7 2000 200 SVLPAGWFIADR 2 y10 dichargé 23,4 666,36 573,31 33,7 2000 201 SVLPAGWFIADR 2 y9 monochargé 23,4 666,36 1032,53 33,7 2000 202 SVLSAGWFIADK 2 y7 monochargé 22,3 647,35 836,43 32,6 2000 203 SVLSAGWFIADK 2 y8 monochargé 22,3 647,35 907,47 32,6 2000 204 SVLSAGWFIADK 2 y9 monochargé 22,3 647,35 994,5 32,6 2000 205 TGAAER 2 y3 monochargé 1 302,66 375,2 13 2000 206 TGAAER 2 y4 monochargé 1 302,66 446,24 13 2000 207 TGAAER 2 y5 monochargé 1 302,66 503,26 13 2000 208 TGAAK 2 y4 dichargé 0,8 224,13 173,61 8,5 2000 209 TGAAK 2 y3 monochargé 0,8 224,13 289,19 8,5 2000 210 TGAAK 2 y4 monochargé 0,8 224,13 346,21 8,5 2000 211 TGAGER 2 y3 monochargé 1 295,65 361,18 12,6 2000 212 TGAGER 2 y4 monochargé 1 295,65 432,22 12,6 2000 213 TGAGER 2 y5 monochargé 1 295,65 489,24 12,6 2000 214 TGAGK 3 y4 monochargé 0,7 145,09 332,19 11,6 2000 215 TGAGK 2 y3 monochargé 0,7 217,12 275,17 8,1 2000 216 TGAGK 2 y4 monochargé 0,7 217,12 332,19 8,1 2000 217 TGASER 2 y3 monochargé 1 310,65 391,19 13,4 2000 218 TGASER 2 y4 monochargé 1 310,65 462,23 13,4 2000 219 TGASER 2 y5 monochargé 1 310,65 519,25 13,4 2000 220 TGASK 2 y4 dichargé 0,8 232,13 181,61 9 2000 221 TGASK 2 y3 monochargé 0,8 232,13 305,18 9 2000 222 TGASK 2 y4 monochargé 0,8 232,13 362,2 9 2000 223 TGASR 3 y4 monochargé 0,8 164,42 390,21 12,2 2000 224 TGASR 2 y3 monochargé 0,8 246,13 333,19 9,8 2000 225 TGASR 2 y4 monochargé 0,8 246,13 390,21 9,8 2000 226 TLTAWCADER 2 y5 monochargé 15,5 611,78 650,26 30,6 5200 227 TLTAWCADER 2 y6 monochargé 15,5 611,78 836,34 30,6 5200 228 TLTAWCADER 2 y8 monochargé 15,5 611,78 1008,42 30,6 5200 229 TLTAWHADER 3 y6 dichargé 13,1 400,53 407,19 19,5 2000 230 TLTAWHADER 3 y8 dichargé 13,1 400,53 493,23 19,5 2000 231 TLTAWHADER 3 y5 monochargé 13,1 400,53 627,28 19,5 2000 232 TLTAWR 2 y3 monochargé 14,6 374,21 432,24 17,1 2000 233 TLTAWR 2 y4 monochargé 14,6 374,21 533,28 17,1 2000 234 TLTAWR 2 y5 monochargé 14,6 374,21 646,37 17,1 2000 235 TVGGPAGLTAFLR 2 y5 monochargé 22 630,36 607,36 31,7 2000 236 TVGGPAGLTAFLR 2 y7 monochargé 22 630,36 777,46 31,7 2000 237 TVGGPAGLTAFLR 2 y11 monochargé 22 630,36 1059,6 31,7 2000 238 TWIYLR 2 y3 monochargé 17,5 432,27 451,27 20,4 2000 239 TWIYLR 2 y4 monochargé 17,5 432,27 564,35 20,4 2000 240 TWIYLR 2 y5 monochargé 17,4 432,27 663,42 20,4 2000 241 VAGPLIR 2 y4 monochargé 13,8 363,24 498,34 16,4 2000 242 VAGPLIR 2 y5 monochargé 13,8 363,24 555,36 16,4 2000 243 VAGPLIR 2 y6 monochargé 13,8 363,24 626,4 16,4 2000 244 VALCGAVLAR 2 y8 dichargé 16,4 515,3 430,25 25,1 2000 245 VALCGAVLAR 2 y6 monochargé 16,4 515,3 586,37 25,1 2000 246 VALCGAVLAR 2 y7 monochargé 16,4 515,3 746,4 25,1 2000 247 VDAGDEQLER 2 y5 monochargé 11 566,27 674,35 28 2000 248 VDAGDEQLER 2 y7 monochargé 11 566,27 846,4 28 2000 249 VDAGDEQLER 2 y8 monochargé 11 566,27 917,43 28 2000 250 VDAGDK 2 y3 monochargé 1 302,65 319,16 13 2000 251 VDAGDK 2 y4 monochargé 1 302,65 390,2 13 2000 252 VDAGDK 2 y5 monochargé 1 302,65 505,23 13 2000 253 VGMIEMDLASGR 2 y6 monochargé 19,3 639,81 618,32 32,2 2000 254 VGMIEMDLASGR 2 y7 monochargé 19,3 639,81 749,36 32,2 2000 255 VGMIEMDLASGR 2 y8 monochargé 19,3 639,81 878,4 32,2 2000 256 VGMIEMDLASR 2 y6 monochargé 19,2 611,3 692,34 30,6 2000 257 VGMIEMDLASR 2 y7 monochargé 19,2 611,3 821,38 30,6 2000 258 VGMIEMDLASR 2 y8 monochargé 19,2 611,3 934,47 30,6 2000 259 VGMIEMDLASSR 2 y6 monochargé 18,8 654,82 648,33 33,1 2000 260 VGMIEMDLASSR 2 y7 monochargé 18,8 654,82 779,37 33,1 2000 261 VGMIEMDLASSR 2 y8 monochargé 18,8 654,82 908,41 33,1 2000 262 VLLCGAVLAR 2 y6 monochargé 18,2 536,32 586,37 26,3 5400 263 VLLCGAVLAR 2 y7 monochargé 18,3 536,32 746,4 26,3 5400 264 VLLCGAVLAR 2 y8 monochargé 18,3 536,32 859,48 26,3 5400 265 WLCGAMLAR 2 y6 monochargé 17,7 545,3 618,34 26,8 2000 266 WLCGAMLAR 2 y7 monochargé 17,7 545,3 778,37 26,8 2000 267 WLCGAMLAR 2 y8 monochargé 17,7 545,3 891,45 26,8 2000 268 VVLCGAVLAR 2 y6 monochargé 17,2 529,31 586,37 25,9 2000 269 VVLCGAVLAR 2 y7 monochargé 17,2 529,31 746,4 25,9 2000 270 VVLCGAVLAR 2 y8 monochargé 17,2 529,31 859,48 25,9 2000 271 VVLCGTVLAR 2 y6 monochargé 16,9 544,32 616,38 26,8 2000 272 VVLCGTVLAR 2 y7 monochargé 16,9 544,32 776,41 26,8 2000 273 VVLCGTVLAR 2 y8 monochargé 16,9 544,32 889,49 26,8 2000 274 WETDR 3 y4 monochargé 8,2 236,11 520,24 14,4 2000 275 WETDR 2 y3 monochargé 8,2 353,66 391,19 15,9 2000 276 WETDR 2 y4 monochargé 8,2 353,66 520,24 15,9 2000 277 WETELNEAFPGDAR 3 y5 monochargé 19,1 545,59 515,26 24 2000 278 WETELNEAFPGDAR 3 y6 monochargé 19,1 545,59 662,33 24 2000 279 WETELNEAFPGDAR 2 y5 monochargé 19,1 817,88 515,26 42,4 2000 280 WETELNEALPADAR 3 y5 monochargé 18,5 538,93 529,27 23,8 2000 281 WETELNEALPADAR 2 y5 monochargé 18,5 807,89 529,27 41,8 2000 282 WETELNEALPADAR 2 y7 monochargé 18,5 807,89 713,39 41,8 2000 283 WETELNEALPGDAR 3 y5 monochargé 18,2 534,26 515,26 23,6 2000 284 WETELNEALPGDAR 2 y5 monochargé 18,2 800,88 515,26 41,4 2000 285 WETELNEALPGDAR 2 y7 monochargé 18,2 800,88 699,38 41,4 2000 286 WETELNEALSGDAR 3 y5 monochargé 18,9 530,92 505,24 23,5 2000 287 WETELNEALSGDAR 3 y6 monochargé 18,9 530,92 618,32 23,5 2000 288 WETELNEALSGDAR 2 y5 monochargé 18,9 795,87 505,24 41,1 2000 289 WETELNEVLPGDAR 3 y5 monochargé 20,1 543,6 515,26 23,9 2000 290 WETELNEVLPGDAR 2 y5 monochargé 20,1 814,9 515,26 42,2 2000 291 WETELNEVLPGDAR 2 y6 monochargé 20,1 814,9 628,34 42,2 2000 292 WETER 3 y4 monochargé 9 240,78 534,25 14,5 2000 293 WETER 2 y3 monochargé 8,9 360,67 405,21 16,3 2000 294 WETER 2 y4 monochargé 8,9 360,67 534,25 16,3 2000
    [0190] Les autres paramètres machine utilisés sont les suivants : Type de balayage: MRM MRM planifié : oui Polarité: Positive Source d'ionisation:Turbo V™ (Applied BioSystems) Réglage Q1: Filtrage avec résolution unitaire Réglage Q3: Filtrage avec résolution unitaire Pause inter-scan: 5.00 msec Vitesse de balayage: 10 Da/s Gaz rideau: 50,00 psi Tension de cône: 5500,00 V Température de source: 500,00 °C Gaz de nébulisation: 50,00 psi Gaz chauffant: 50,00 psi Gaz de collision induisant dissociation : 9,00 psi Remplissage dynamique: activé Potentiel d'orifice : 100, 00 V (en anglais declustering potential (DP)) Potentiel d'entrée avant Q0 (EP): 6,00 V Potentiel en sortie de cellule de collision : 15 V (en anglais cell exit potential (CXP)) Temps de cycle total: 1 sec Fenêtre de détection : 120 sec
    [0191] Les aires obtenues pour chacune des transitions et pour chacun des microorganismes étudiés ont été mesurées. Lorsque les aires des transitions sont supérieures ou égales au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 47, la détection de la transition est considérée comme positive et est notée « 1 » dans le TABLEAU 48. Lorsqu'une transition a une aire inférieure au seuil de positivité décrit dans le TABLEAU 47, la transition est considérée comme non détectée et est notée « 0 » dans le TABLEAU 48.
    [0192] Pour un peptide donné, lorsque au moins 3 transitions sont notées « 1 », le peptide est considéré comme détecté. TABLEAU 48 :transition numéro Ech131 Ech132 Ech133 Ech134 Ech135 Ech136 Ech137 Ech138 Ech139 Ech140 Ech141 Ech142 Ech143 Ech144 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 1 0 0 0 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 20 1 0 0 0 1 1 1 0 1 0 0 1 1 1 21 1 0 1 0 1 1 1 0 1 0 0 1 1 0 22 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 1 1 1 0 1 1 1 0 1 0 1 1 1 0 26 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 27 0 1 1 0 1 1 1 0 1 0 1 1 1 0 28 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 32 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 33 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 34 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 36 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 37 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 38 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 1 0 39 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 41 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 43 0 0 0 0 1 1 1 0 1 0 0 1 1 0 44 0 0 0 0 1 1 1 0 1 0 0 1 1 0 45 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 46 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 47 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 48 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 49 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 50 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 51 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 52 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 53 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 54 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 56 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 57 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 58 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 59 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 61 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 62 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 63 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 64 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 65 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 66 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 67 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 68 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 69 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 71 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 72 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 73 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 74 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 75 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 76 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 77 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 78 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 79 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 81 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 82 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 83 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 84 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 86 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 87 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 88 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 89 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 91 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 92 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 101 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 102 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 103 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 104 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 105 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 106 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 107 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 108 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 109 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 110 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 111 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 112 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 113 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 114 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 115 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 116 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 117 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 118 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 119 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 120 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 121 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 122 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 123 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 124 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 125 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 126 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 127 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 128 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 129 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 130 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 131 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 132 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 133 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 134 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 135 0 0 0 1 0 0 1 0 1 1 1 1 1 1 136 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 137 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 138 1 0 0 0 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 139 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 140 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 0 1 141 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 142 0 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 143 0 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 144 0 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 145 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 146 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 147 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 148 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 149 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 150 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 151 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 152 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 153 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 154 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 155 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 156 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 157 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 158 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 159 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 160 1 0 0 0 1 1 1 0 1 0 0 1 1 0 161 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 0 1 1 0 162 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 163 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 164 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 165 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 166 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 167 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 168 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 169 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 170 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 171 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 172 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 173 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 174 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 1 175 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 176 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 177 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 178 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 179 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 180 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 181 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 182 1 0 0 0 1 1 1 0 1 0 0 1 1 0 183 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 184 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 185 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 186 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 187 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 188 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 189 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 190 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 191 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 192 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 193 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 194 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 195 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 196 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 197 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 198 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 199 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 200 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 201 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 202 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 203 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 204 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 205 1 1 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 206 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 1 0 0 207 1 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 0 1 208 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 209 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 210 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 211 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 212 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 213 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 214 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 215 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 216 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 217 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 218 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 219 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 220 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 221 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 222 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 223 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 224 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 225 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 226 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 227 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 228 1 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 229 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 230 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 231 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 232 0 0 1 0 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 233 0 0 1 0 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 234 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 235 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 236 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 237 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 238 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 239 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 240 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 241 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 242 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 1 243 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 1 244 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 245 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 246 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 247 1 0 1 0 1 1 1 0 1 0 1 1 1 0 248 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 249 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 250 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 251 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 252 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 253 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 254 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 255 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 256 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 257 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 258 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 259 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 260 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 261 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 262 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 263 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 264 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 265 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 266 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 267 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 268 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 269 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 270 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 271 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 272 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 273 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 274 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 275 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 276 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 277 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 278 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 279 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 280 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 281 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 282 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 283 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 284 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 285 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 286 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 287 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 288 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 289 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 290 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 291 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 292 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 293 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 294 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
    [0193] Les échantillons Ech131 à Ech144 comportent au moins un peptide caractéristique des protéines SHV. Les bactéries présentes dans les échantillons Ech131 à Ech144 expriment donc une béta-lactamase qui leur confère une résistance aux pénicillines. L'échantillon Ech142 comporte un peptide spécifique du phénotype 2be. L'échantillon Ech142 est donc résistant aux pénicillines, aux céphalosporines et aux monobactames.Aucun peptide spécifique des phénotypes 2b et 2br n'est observé, aucun échantillon testé n'est identifié comme appartenant uniquement à ces phénotypes.
    [0194] Les méthodes de détection décrites dans les exemples 6 à 30 sont particulièrement avantageuses car elles permettent de doser un grand nombre de peptides et de détecter simultanément la présence d'un ou plusieurs mécanismes de résistance induit par une ou plusieurs béta-lactamases.En outre, la détection est réalisée en un temps court, inférieur à une heure. En effet, seule la partie du gradient comprise entre 3 et 34 minutes est utile à l'analyse. Les temps de rétention des peptides dosés sont d'ailleurs tous inférieurs à 34 minutes. De surcroit, les méthodes de détection décrites dans les exemples 6 à 30 sont plus avantageuses que les méthodes de biologie moléculaire car elles détectent le produit de l'expression des gènes et non les gènes eux-mêmes. La détection d'un gène de résistance peut ne pas avoir de sens clinique si ce gène n'est pas exprimé, ou s'il est trop faiblement exprimé pour conduire à une résistance effective. La détection d'un peptide caractérisant une protéine caractéristique d'un mécanisme de résistance n'a pas cet inconvénient.De façon surprenante, les exemples ci-dessus montrent qu'il est possible d'atteindre par spéctrométrie de masse la sensibilité nécessaire à la détection spécifique de l'existance d'un mécanisme de résistance à au moins un antimicrobien d'un microorganisme contenu dans un échantillon, et ce, sans mettre en oeuvre de méthode d'amplification comme c'est usuellement le cas lorsque des méthodes de biologie moléculaire sont utilisées. Références bibliographiques
    [0195] [1] J. Anhalt & C. Fenselau, 1975, Anal. Chem., 47(2) :219-225.[2] A. Fox et al, ed., 1990, Analytical microbiology methods : chromatography and mass spectrometry, Plenum Press, New York, N.Y.[3] M. Claydon et al, 1996, Nature Biotech. 14 :1584-1586.[4] T. Krishnamurthy & P. Ross, 1996, Rapid Com. Mass Spec., 10 :1992-1996.[5] P. Seng et al. 2009, Clin. Infect. Dis., 49 :543-551.[6] C. Fenselau et al., 2008, Appl. Environ. Microbiol., 904-906.[7] S. Hofstadler et al., 2005, Int..J Mass Spectrom., 242:23-41.[8] D. Ecker, 2008, Nat. Rev. Microbiol., 6(7):553-558.[9] Bush and Jacoby, 2010, Antimicrobial Agents and Chemotherapy ; 54 (3) : 969-976 [10] W.-J. Chen et al., 2008, Anal. Chem., 80 : 9612-9621 [11] D. Lopez-Ferrer et al., 2008, Anal. Chem., 80 :8930-8936 [12] D. Lopez-Ferrer et al., 2005, J. Proteome res., 4(5) : 1569-1574 [13] T. Fortin et al., 2009, Mol. Cell Proteomics, 8(5) : 1006-1015.[14] H. Keshishian et al., 2007, Mol. Cell Proteomics, 2212-2229.[15] J. Stal-Zeng et al., 2007, Mol. Cell Proteomics, 1809-1817.[16] Gaskell, Electrospray: principles and practise, 1997, J. Mass Spectrom., 32, 677-688).[17] V. Fusaro et al., 2009, Nature Biotech. 27, 190-198.[18] J. Mead et al., 15 nov 2008, Mol. Cell Proteomics, E-pub.[19] F. Desiere et al., 2006, Nucleic Acids Res., 34(database issue) : D655-8).[20] L. Anderson & C. Hunter, 2006, Mol. Cell Proteomics, 573-588).[21] B. Han & R. Higgs, 2008, Brief Funct Genomic Proteomic.,7(5):340-54).[22] K.-Y. Wang et al., 2008, Anal Chem, 80(16) 6159-6167).[23] J. Bundy & C. Fenselau, 1999, Anal. Chem. 71 : 1460-1463.[24] K-C Ho et al., 2004, Anal. Chem. 76 : 7162-7268.[25] Y.S. Lin et al., 2005, Anal. Chem., 77 : 1753-1760.[26] S. Vaidyanathan et al., 2001, Anal. Chem., 73 :4134-4144.[27] R. Everley et al., 2009, J. Microbiol. Methods, 77:152-158.[28] P. Seng et al., 2009, Clin. Infect. Dis., 49 :543-551.[29] Manes N. et al., 2007, Mol. & Cell. Proteomics, 6(4): 717-727.[30] R. Nandakumar et al., 2009, Oral Microbiology Immunology, 24 :347-352).[31] L. Hernychova et al., 2008, Anal. Chem., 80 :7097-7104.[32] J.-M. Pratt et al., 2006, Nat. Protoc., 1:1029-1043.[33] V. Brun et al., 2007, Mol. Cell Proteomics, 2139-2149.
    权利要求:
    Claims (7)
    [0001] Procédé de détection, par spectrométrie de masse de type MS/MS en mode MRM, pour au moins un microorganisme compris dans un échantillon, un marqueur de résistance dudit au moins un microorganisme, à au moins un antimicrobien, qui est une céphalosporine, le ou lesdits marqueur(s) de résistance étant une (des) protéine(s) ou un (des) peptide(s), compris parmi les protéines ou peptides de type CTX-M.
    [0002] Procédé de détection selon la revendication 1, dans lequel les protéines dudit microorganisme sont digérées en peptides.
    [0003] Procédé de détection selon la revendication 2, dans lequel la digestion est réalisée par une enzyme.
    [0004] Procédé de détection selon la revendication 3, dans lequel l'enzyme est la trypsine.
    [0005] Procédé de détection selon l'une des revendications 1 à 4, dans lequel la résistance est de type BLSE et les peptides marqueurs de résistance sont , choisis parmi les séquences SEQ ID N°446, SEQ ID N°447, SEQ ID N°448, SEQ ID N°449, SEQ ID N°450, SEQ ID N°451, SEQ ID N°452, SEQ ID N°453, SEQ ID N°454, SEQ ID N°455, SEQ ID N°456, SEQ ID N°457, SEQ ID N°458, SEQ ID N°459, SEQ ID N°460, SEQ ID N°461, SEQ ID N°462, SEQ ID N°463, SEQ ID N°464, SEQ ID N°465, SEQ ID N°466, SEQ ID N°467, SEQ ID N°468, SEQ ID N°469, SEQ ID N°470, SEQ ID N°471, SEQ ID N°472, SEQ ID N°473, SEQ ID N°474, SEQ ID N°475, SEQ ID N°476, SEQ ID N°477, SEQ ID N°478, SEQ ID N°480, SEQ ID N°481, SEQ ID N°482, SEQ ID N°483, SEQ ID N°484, SEQ ID N°485, SEQ ID N°486, SEQ ID N°487, SEQ ID N°488, SEQ ID N°489, SEQ ID N°490, SEQ ID N°491, SEQ ID N°492, SEQ ID N°493, SEQ ID N°494, SEQ ID N°495, SEQ ID N°2009, SEQ ID N°2010, SEQ ID N°2011, SEQ ID N°2012, SEQ ID N°2013, SEQ ID N°2015, SEQ ID N°2017, SEQ ID N°2019, SEQ ID N°2021, SEQ ID N°2022, SEQ ID N°2023, SEQ ID N°2024, SEQ ID N°2025, SEQ ID N°2026, SEQ ID N°2027, SEQ ID N°2029, SEQ ID N°2030, SEQ ID N°2032, SEQ ID N°2034, SEQ ID N°2035, SEQ ID N°2036, SEQ ID N°2037, SEQ ID N°2038, SEQ ID N°2039, SEQ ID N°2042, SEQ ID N°2043, SEQ ID N°2044, SEQ ID N°2045, SEQ ID N°2046, SEQ ID N°2047, SEQ ID N°2048, SEQ ID N°2049, SEQ ID N°2050, SEQ ID N°2051, SEQ ID N°2054, SEQ ID N°2055, SEQ ID N°2057, SEQ ID N°2058, SEQ ID N°2059, SEQ ID N°2060, SEQ ID N°2061, SEQ ID N°2062, SEQ ID N°2063, SEQ ID N°2065, SEQ ID N°2066, SEQ ID N°2067, SEQ ID N°2069, SEQ ID N°2070, SEQ ID N°2071, SEQ ID N°2072, SEQ ID N°2073, SEQ ID N°2074, SEQ ID N°2076, SEQ ID N°2077, SEQ ID N°2078, SEQ ID N°2081, SEQ ID N°2082, SEQ ID N°2083, SEQ ID N°2084, SEQ ID N°2085, SEQ ID N°2086, SEQ ID N°2087, SEQ ID N°2088, SEQ ID N°2090, SEQ ID N°2091, SEQ ID N°2092.
    [0006] Procédé de détection selon l'une des revendications 1 à 5, dans lequel le(s) marqueur(s) de résistance sont des peptides de type CTX-M, choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°446 à SEQ ID N°478, SEQ ID N°480 à SEQ ID N°495 et SEQ ID N°2009 à SEQ ID N°2013, SEQ ID N°2015, SEQ ID N°2017, SEQ ID N°2019, SEQ ID N°2021, SEQ ID N°2022, SEQ ID N°2023, SEQ ID N°2024, SEQ ID N°2025, SEQ ID N°2026, SEQ ID N°2027, SEQ ID N°2029, SEQ ID N°2030, SEQ ID N°2032, SEQ ID N°2034, SEQ ID N°2035, SEQ ID N°2036, SEQ ID N°2037, SEQ ID N°2038, SEQ ID N°2039, SEQ ID N°2042, SEQ ID N°2043, SEQ ID N°2044, SEQ ID N°2045, SEQ ID N°2046, SEQ ID N°2047, SEQ ID N°2048, SEQ ID N°2049, SEQ ID N°2050, SEQ ID N°2051, SEQ ID N°2054, SEQ ID N°2055, SEQ ID N°2057, SEQ ID N°2058, SEQ ID N°2059, SEQ ID N°2060, SEQ ID N°2061, SEQ ID N°2062, SEQ ID N°2063, SEQ ID N°2065, SEQ ID N°2066, SEQ ID N°2067, SEQ ID N°2069, SEQ ID N°2070, SEQ ID N°2071, SEQ ID N°2072, SEQ ID N°2073, SEQ ID N°2074, SEQ ID N°2076, SEQ ID N°2077, SEQ ID N°2078, SEQ ID N°2081, SEQ ID N°2082, SEQ ID N°2083, SEQ ID N°2084, SEQ ID N°2085, SEQ ID N°2086, SEQ ID N°2087, SEQ ID N°2088, SEQ ID N°2090, SEQ ID N°2091, SEQ ID N°2092.
    [0007] Procédé selon la revendication 6, dans lequel les marqueurs de résistance sont des peptides de type CTX-M, choisis parmi les peptides de séquence SEQ ID N°446, SEQ ID N°451, SEQ ID N°454, SEQ ID N°458, SEQ ID N°460, SEQ ID N°461, SEQ ID N°462, SEQ ID N°463, SEQ ID N°464, SEQ ID N°467, SEQ ID N°468, SEQ ID N°470, SEQ ID N°471, SEQ ID N°474, SEQ ID N°480, SEQ ID N°484, SEQ ID N°485, SEQ ID N°489, SEQ ID N°491.
    类似技术:
    公开号 | 公开日 | 专利标题
    JP2018183140A|2018-11-22|微生物学的分析用の装置及び方法
    Udeshi et al.2013|Large-scale identification of ubiquitination sites by mass spectrometry
    Michalski et al.2012|A systematic investigation into the nature of tryptic HCD spectra
    Kawahara et al.2016|A targeted proteomic strategy for the measurement of oral cancer candidate biomarkers in human saliva
    Hale et al.2000|Increased sensitivity of tryptic peptide detection by MALDI-TOF mass spectrometry is achieved by conversion of lysine to homoarginine
    Rademaker et al.1998|Mass spectrometric determination of the sites of O-glycan attachment with low picomolar sensitivity
    Yu et al.2002|Production of iturin A by Bacillus amyloliquefaciens suppressing Rhizoctonia solani
    EP2248909B1|2016-09-28|Composition d'analyse des protéines glyquées
    Spoof et al.2003|Screening for cyanobacterial hepatotoxins, microcystins and nodularin in environmental water samples by reversed-phase liquid chromatography–electrospray ionisation mass spectrometry
    Ruelle et al.2004|Rapid identification of environmental bacterial strains by matrix‐assisted laser desorption/ionization time‐of‐flight mass spectrometry
    Stavenhagen et al.2013|Quantitative mapping of glycoprotein micro‐heterogeneity and macro‐heterogeneity: an evaluation of mass spectrometry signal strengths using synthetic peptides and glycopeptides
    Zhu et al.2002|Amino acid residue specific stable isotope labeling for quantitative proteomics
    Santos-Rosa et al.2009|Histone H3 tail clipping regulates gene expression
    Spindler et al.2011|Enhancement of latent fingermarks on non-porous surfaces using anti-l-amino acid antibodies conjugated to gold nanoparticles
    EP1223224B1|2010-09-01|Procede d'analyse d'une glycoproteine
    US9353396B2|2016-05-31|System for determining drug resistance in microorganisms
    Vaidyanathan et al.2001|Discrimination of aerobic endospore-forming bacteria via electrospray-ionization mass spectrometry of whole cell suspensions
    EP2364446B1|2018-12-05|Procédés pour la séparation et la caractérisation de micro-organismes en utilisant des agents identificateurs
    Kurochkin et al.2007|Novel peroxisomal protease Tysnd1 processes PTS1‐and PTS2‐containing enzymes involved in β‐oxidation of fatty acids
    Süle et al.2004|Proteomic analysis of small heat shock protein isoforms in barley shoots
    Kargul et al.2005|Light‐harvesting complex II protein CP29 binds to photosystem I of Chlamydomonas reinhardtii under State 2 conditions
    Virkler et al.2009|Analysis of body fluids for forensic purposes: from laboratory testing to non-destructive rapid confirmatory identification at a crime scene
    Cockman et al.2009|Proteomics-based identification of novel factor inhibiting hypoxia-inducible factor | substrates indicates widespread asparaginyl hydroxylation of ankyrin repeat domain-containing proteins
    Yuan et al.2006|Microcystin analysis in human sera and liver from human fatalities in Caruaru, Brazil 1996
    Kartal et al.2011|Molecular mechanism of anaerobic ammonium oxidation
    同族专利:
    公开号 | 公开日
    WO2012143534A3|2013-06-20|
    JP2014512015A|2014-05-19|
    US20140127734A1|2014-05-08|
    EP2699692A2|2014-02-26|
    JP6087341B2|2017-03-01|
    CA2833454A1|2012-10-26|
    US9506932B2|2016-11-29|
    CA2833454C|2020-03-10|
    EP2699692B1|2016-09-14|
    CN103748233A|2014-04-23|
    CN107782886A|2018-03-09|
    WO2012143534A2|2012-10-26|
    EP3156496B1|2019-04-10|
    引用文献:
    公开号 | 申请日 | 公开日 | 申请人 | 专利标题
    法律状态:
    2016-11-20| STAA| Information on the status of an ep patent application or granted ep patent|Free format text: STATUS: UNKNOWN |
    2017-03-20| STAA| Information on the status of an ep patent application or granted ep patent|Free format text: STATUS: REQUEST FOR EXAMINATION WAS MADE |
    2017-03-20| PUAI| Public reference made under article 153(3) epc to a published international application that has entered the european phase|Free format text: ORIGINAL CODE: 0009012 |
    2017-04-19| AK| Designated contracting states|Kind code of ref document: A1 Designated state(s): AL AT BE BG CH CY CZ DE DK EE ES FI FR GB GR HR HU IE IS IT LI LT LU LV MC MK MT NL NO PL PT RO RS SE SI SK SM TR |
    2017-04-19| 17P| Request for examination filed|Effective date: 20160913 |
    2017-04-19| AC| Divisional application: reference to earlier application|Ref document number: 2699692 Country of ref document: EP Kind code of ref document: P |
    2018-05-14| STAA| Information on the status of an ep patent application or granted ep patent|Free format text: STATUS: GRANT OF PATENT IS INTENDED |
    2018-05-14| GRAP| Despatch of communication of intention to grant a patent|Free format text: ORIGINAL CODE: EPIDOSNIGR1 |
    2018-06-13| INTG| Intention to grant announced|Effective date: 20180515 |
    2018-09-17| GRAJ| Information related to disapproval of communication of intention to grant by the applicant or resumption of examination proceedings by the epo deleted|Free format text: ORIGINAL CODE: EPIDOSDIGR1 |
    2018-09-17| STAA| Information on the status of an ep patent application or granted ep patent|Free format text: STATUS: REQUEST FOR EXAMINATION WAS MADE |
    2018-10-22| STAA| Information on the status of an ep patent application or granted ep patent|Free format text: STATUS: GRANT OF PATENT IS INTENDED |
    2018-10-22| GRAP| Despatch of communication of intention to grant a patent|Free format text: ORIGINAL CODE: EPIDOSNIGR1 |
    2018-10-24| INTC| Intention to grant announced (deleted)|
    2018-11-21| INTG| Intention to grant announced|Effective date: 20181023 |
    2019-03-01| GRAS| Grant fee paid|Free format text: ORIGINAL CODE: EPIDOSNIGR3 |
    2019-03-08| GRAA| (expected) grant|Free format text: ORIGINAL CODE: 0009210 |
    2019-03-08| STAA| Information on the status of an ep patent application or granted ep patent|Free format text: STATUS: THE PATENT HAS BEEN GRANTED |
    2019-04-10| AK| Designated contracting states|Kind code of ref document: B1 Designated state(s): AL AT BE BG CH CY CZ DE DK EE ES FI FR GB GR HR HU IE IS IT LI LT LU LV MC MK MT NL NO PL PT RO RS SE SI SK SM TR |
    2019-04-10| AC| Divisional application: reference to earlier application|Ref document number: 2699692 Country of ref document: EP Kind code of ref document: P |
    2019-04-10| REG| Reference to a national code|Ref country code: GB Ref legal event code: FG4D Free format text: NOT ENGLISH |
    2019-04-15| REG| Reference to a national code|Ref country code: CH Ref legal event code: EP Ref country code: AT Ref legal event code: REF Ref document number: 1118691 Country of ref document: AT Kind code of ref document: T Effective date: 20190415 |
    2019-05-01| REG| Reference to a national code|Ref country code: IE Ref legal event code: FG4D Free format text: LANGUAGE OF EP DOCUMENT: FRENCH |
    2019-05-02| REG| Reference to a national code|Ref country code: DE Ref legal event code: R096 Ref document number: 602012058987 Country of ref document: DE |
    2019-08-14| REG| Reference to a national code|Ref country code: NL Ref legal event code: MP Effective date: 20190410 |
    2019-08-26| REG| Reference to a national code|Ref country code: LT Ref legal event code: MG4D |
    2019-09-15| REG| Reference to a national code|Ref country code: AT Ref legal event code: MK05 Ref document number: 1118691 Country of ref document: AT Kind code of ref document: T Effective date: 20190410 |
    2019-09-30| PG25| Lapsed in a contracting state [announced via postgrant information from national office to epo]|Ref country code: NL Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190410 |
    2019-10-31| PG25| Lapsed in a contracting state [announced via postgrant information from national office to epo]|Ref country code: HR Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190410 Ref country code: LT Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190410 Ref country code: ES Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190410 Ref country code: FI Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190410 Ref country code: AL Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190410 Ref country code: SE Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190410 Ref country code: PT Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190910 Ref country code: NO Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190710 |
    2019-11-29| PG25| Lapsed in a contracting state [announced via postgrant information from national office to epo]|Ref country code: BG Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190710 Ref country code: GR Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190711 Ref country code: PL Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190410 Ref country code: LV Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190410 Ref country code: RS Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190410 |
    2019-11-29| REG| Reference to a national code|Ref country code: CH Ref legal event code: PL |
    2019-12-31| PG25| Lapsed in a contracting state [announced via postgrant information from national office to epo]|Ref country code: LU Free format text: LAPSE BECAUSE OF NON-PAYMENT OF DUE FEES Effective date: 20190420 Ref country code: AT Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190410 Ref country code: IS Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190810 |
    2020-01-13| REG| Reference to a national code|Ref country code: DE Ref legal event code: R097 Ref document number: 602012058987 Country of ref document: DE |
    2020-01-31| PG25| Lapsed in a contracting state [announced via postgrant information from national office to epo]|Ref country code: EE Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190410 Ref country code: RO Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190410 Ref country code: CZ Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190410 Ref country code: MC Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190410 Ref country code: SK Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190410 Ref country code: CH Free format text: LAPSE BECAUSE OF NON-PAYMENT OF DUE FEES Effective date: 20190430 Ref country code: DK Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190410 Ref country code: LI Free format text: LAPSE BECAUSE OF NON-PAYMENT OF DUE FEES Effective date: 20190430 |
    2020-02-14| STAA| Information on the status of an ep patent application or granted ep patent|Free format text: STATUS: NO OPPOSITION FILED WITHIN TIME LIMIT |
    2020-02-28| PG25| Lapsed in a contracting state [announced via postgrant information from national office to epo]|Ref country code: SM Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190410 |
    2020-03-18| 26N| No opposition filed|Effective date: 20200113 |
    2020-03-31| PG25| Lapsed in a contracting state [announced via postgrant information from national office to epo]|Ref country code: TR Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190410 |
    2020-05-01| PG25| Lapsed in a contracting state [announced via postgrant information from national office to epo]|Ref country code: IE Free format text: LAPSE BECAUSE OF NON-PAYMENT OF DUE FEES Effective date: 20190420 |
    2020-05-29| PG25| Lapsed in a contracting state [announced via postgrant information from national office to epo]|Ref country code: SI Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190410 |
    2021-05-31| PG25| Lapsed in a contracting state [announced via postgrant information from national office to epo]|Ref country code: CY Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190410 |
    2021-07-30| PGFP| Annual fee paid to national office [announced via postgrant information from national office to epo]|Ref country code: IT Payment date: 20210421 Year of fee payment: 10 Ref country code: DE Payment date: 20210428 Year of fee payment: 10 Ref country code: FR Payment date: 20210426 Year of fee payment: 10 |
    2021-07-30| PG25| Lapsed in a contracting state [announced via postgrant information from national office to epo]|Ref country code: HU Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT; INVALID AB INITIO Effective date: 20120420 Ref country code: MT Free format text: LAPSE BECAUSE OF FAILURE TO SUBMIT A TRANSLATION OF THE DESCRIPTION OR TO PAY THE FEE WITHIN THE PRESCRIBED TIME-LIMIT Effective date: 20190410 |
    2021-08-31| PGFP| Annual fee paid to national office [announced via postgrant information from national office to epo]|Ref country code: GB Payment date: 20210427 Year of fee payment: 10 Ref country code: BE Payment date: 20210427 Year of fee payment: 10 |
    优先权:
    申请号 | 申请日 | 专利标题
    [返回顶部]